一是河北省和北平、天津两市地盘的问题。在北伐战争最后阶段，冯派鹿钟麟指挥韩复榘等部战胜奉军，进兵河北，直取平津。因鹿和韩都是河北人，他们都抱着打回老家、取得地盘的迫切要求。冯以长期局促于西北瘠苦之区，更是早就有了向外发展的打算。他还曾对人说过：“我们连个海口也没有，向国外购买一些军事装备，真是太不方便。”虽然这时蒋介石已将山东省的地盘许冯，但胶东和济南都在日军占领控制之下，是一个残缺不全的省分，远非河北、平、津可比。当时冯认为他的军队在河北打退奉军付出的代价最大，论功行赏，应该把河北、平、津分配到自己名下。不料在一九二八年五月间蒋介石到石家庄与阎锡山会面之后，却使冯的希望落了空。阎对蒋说：“请你翻开历史看看，哪个人没有吃过冯的亏？”这句话正好触动了蒋的心事。他们经过计议之后，蒋便秘密决定把河北省和北平、天津两市的地盘都分配给阎。后来蒋为了对冯敷衍，把北平市长一职给了冯的部属何其巩，但是北平警备司令张荫梧和北平市公安局长赵以宽都是阎的人，实际上统治北平市的人却是兼任平津卫戍总司令的阎锡山。在河北省和平、津两市地盘分配问题尚未揭开之前，蒋还征求过冯的意见。冯对这类问题，向来不肯直接了当地说出自己的真正意图，唯恐别人说他是争权夺利。他表示一切以蒋的意旨为意旨，以示对蒋的尊重。蒋便趁势说出把河北、平、津交阎的主张。他的理由是：第二集团军拥有鲁、豫、陕、甘、宁、青六省，已不为少；第三集团军才不过冀、晋、察、绥四省，并不为多。况且平、津两地外交关系复杂，不易应付，万一发生意外，难保不造成第二个济南惨案。他认为冯性情刚直，不宜于外交折冲，故以交阎应付为宜。冯对蒋的话不便当面表示异议，问题就这样决定下来。这个问题解决之后，冯在新乡给部队讲话，提出“地盘要小，军队要少，工作要好”的口号，是说漂亮话，也是发牢骚，其实在这一问题上，冯的内心对蒋、阎是极为不满的。这是蒋、冯关系发生变化的第一个因素。
第二个因素是军队的编遣问题。一九二八年七月，蒋介石、冯玉祥、阎锡山、李宗仁等在北平汤山会商东北问题和裁兵问题，冯在前往北平路过保定的时候，为了迎合蒋介石的心理，同时也为了收揽人心，发出一个歌（七月五日）电，提出了统一军权、收缩军队、减轻民困和废除不平等条约等主张。在编遣会议正式开会之前，蒋介石提出了一个全国共编五十个师的指标（东北除外），要大家进行讨论。冯对军队的编遣，首先提出一个编遣准则，即：“强壮者编，老弱者遣；有枪者编，无枪者遣；有训练者编，无训练者遣；有革命功绩者编，无革命功绩者遣。”他并根据这个准则提出一个方案，即：第一、第二集团军各编十二个师，第三、第四集团军各编八个师，其它不属于各集团军的军队共编八个师。原来他认为第二集团军兵员最多，素质最好，训练最精，战功最大，论道理应该多编几个师；可是他又考虑到，如果按照自己的编遣准则，第二集团军应编的人数就要占第一位，就要超过第一集团军，必然得不到蒋介石的支持，而且会影响到与蒋合作的关系，所以他的方案是，把第一、二两集团军拉平，把阎、李的第三、四两集团军和其它杂军压低，以为这样就可以蒋、冯的团结为中心，控制其它方面，蒋对冯案采取了不置可否的态度。阎锡山看透了蒋的意图，便提出另一方案。
这个方案是：第一、二、三、四集团军各编十一个师，另设一个中央编遣区，亦为十一个师。不言而喻，这个中央编遣区，当然要由蒋介石掌握。这个方案，表面上是抬蒋压冯，而骨子里还有着离间蒋、冯关系的作用。蒋看到阎案于己有利，看不透阎要借着这一方案来拆散冯和他合作关系的阴谋，故授意何应钦积极支持阎案。李宗仁和白崇禧对此案亦表同意。在编遣会议正式开会之前，冯案受到多数的反对，而阎案遂得以通过。冯遭此打击，在正式开会时，即称病不再出席。而阎在这时便到处说冯的坏话，说他如何反复无常，如何不讲信义，使冯陷于孤立。
冯托病不出，召鹿钟麟到南京，拟令其代理军政部长，以便于借故离开南京。但因鹿是常务次长，不能代理部务，冯亦无如之何。蒋介石虽明知冯是托病，但也曾两度偕宋美龄亲往探视慰问，以示关切。还有一次，冯正在和部属谈话，忽报孔祥熙来访，冯立即卧床蒙被，呻吟不止。当时外边很多人都说冯患的是“心病”。
冯这次在南京，本想与蒋能有进一步的结合，以便在国民政府占一个重要的地位，同时在蒋的支持下保持自己的强大实力，以形成内外呼应之势。不料在编遣会议上遭到失败，使他看清了不可能再和蒋介石合作下去，于是在一九二九年二月五日以养病为借口离开南京，前往豫北辉县之百泉村。这是蒋、冯分裂公开化的表现。
桂系的李、白看到蒋、冯关系破裂，认为反蒋时机成熟，就先从湖南下手，罢免了非其系统的鲁涤平，蒋桂战争已到一触即发的地步。李、白派代表温乔生到百泉谒冯，冯毫不犹豫地表示共同倒蒋。不久，邵力子衔蒋命到百泉促冯入京，冯则表示愿辞职出国留学，以备异日效力党国，并希望军政部长一职由鹿钟麟代理，谢绝了南京之行。三月下旬，冯抵华山；邵力子和贺耀祖先后赴华山访冯。这时，蒋因桂系对他公开决裂，请冯出兵援助，并提出以行政院长及湖北、湖南两省主席为条件。冯表示：论公论私，都不能使蒋独任其艰，决出兵十三万相助，随即派韩复榘为总指挥，着手进行军事部署。但是，冯的军事行动，究竟是援蒋还是助桂，对外并未表示明确的态度，而实际上冯的计划是：把蒋、桂之争看作一个大好机会，先作壁上观，待一败一伤，再收卞庄刺虎之利。不料李明瑞的倒戈，使得桂系很快遭到失败。冯的计划不但落了空，而且弄巧成拙，给自己造成了极为不利的后果：由于韩复榘部迟迟不进，不但失掉了夺取武汉的时机，而且在蒋、桂两方看来，都认为冯无助己的诚意，冯反而落得两面不讨好。特别是蒋借着韩复榘带兵南下的机会将韩召至汉口，对他进行了收买，为尔后韩、石倒冯投蒋伏下了张本。
一九二九年五月间，韩复榘联合石友三叛冯投蒋。冯痛心韩、石叛变，对蒋已到了势不两立的地步，于是有亲赴山西拉阎反蒋的行动（当时对外表示与阎联袂出洋，实系故放烟幕）。本来冯、阎之间早就有过不少的矛盾。如：一九二五年冯的国民军与奉直联军作战失利时，阎曾派兵在天镇、大同等处截击，使国民军遭受很大损失；还有前面所述河北、平、津地盘问题；编遣会议提案问题等等。冯一向对阎没有好感，但是为了达到打倒蒋介石这一目的，不得不冒险去山西拉阎，不料目的没有达到，反被阎软禁起来。不久，阎看到冯的将领与蒋恢复了往来，惟恐不利于己，又骗冯命令宋哲元等于一九二九年十月十日发动了反蒋战争。由于阎的背约，致宋等很快地遭到失败。冯屡次受阎之害，对阎恨之刺骨；但在被软禁的情况之下，又不能和阎翻脸。当时冯的想法是：只有拉阎指联合倒蒋，自己才有出路；把蒋打倒之后，回过头来收拾阎，那就容易得多了。所以冯在这一时期，把全付精力都用在设法拉阎倒蒋的问题上。
一九二九年十二月，冯召鹿钟麟由天津秘密到他被软禁的所在建安村，对鹿面授机宜，令其回陕代理总司令职务。鹿到了西安，立即按照冯的指示提出了“拥护中央，开发西北”的口号，并密派代表赴南京约见何应钦。鹿对他的代表说：“蒋介石是我们的敌人，阎锡山是我们历史上的仇人；敌可化为友，仇则不共戴天。”他的代表与何应钦见面时，何为了拉拢西北军以消灭阎锡山，对鹿表示好感，希望鹿不要再上阎的当，并说：“只要西北军一经表明打阎的态度，马上可以获得中央的接济。”鹿既与南京拉上关系，便开始计划与韩复榘、石友三联合起来攻打山西。在鹿看来，晋军力量不大，而且是长于守而短于攻，在进攻山西时，只要不攻坚城，仅以少数兵力予以监视，以主力直取太原，胜算是满有把握的。
鹿在密派代表赴南京见何的同时，并派闻承烈、李火斤去河南与韩复榘、石友三取得联系。韩电鹿表示：阎锡山好用权诈，搬弄是非，如不把他打倒，国家就不会太平。鹿即复电备致赞扬之意，并说：“我弟如举兵入晋，兄愿听弟指挥。”石友三部自从由安徽移驻豫北，主要靠韩的接济，正在伺机取得一个地盘，对于联合攻打山西，当然表示同意。鹿和韩、石的这些电报，均被阎的无线电台收听译出，阎得此消息大惊，感到对冯的软禁已无作用。同时，阎亦感到二、四两集团军已被蒋打败，而自己又曾经参预过唐生智反蒋战争的策划，蒋介石迟早要和他算帐。而且这时各方代表都在太原进行反蒋活动，一致对他表示拥护，如再迟迟不表明反蒋态度，一旦西北军联合起来向山西进攻，自己就会陷于十分不利的地步。于是亲自去建安村访冯，表示坚决与冯合作，共同讨蒋。阎迎冯至太原后，立即会同冯与桂系代表以及各杂牌军的代表对讨蒋联军的组织系统和作战方略进行了会商，大体决定之后，冯即于一九三○年三月十日由山西返回潼关。
