几乎从穆罕默德时代开始，中国就有了先知的追随者。在这种新的宗教到来之时，阿拉伯和东南亚之间已经有了明确的贸易和旅行路线，一直延伸到现在的广州市。阿拉伯商人在沿海城市和东印度诸岛非常著名。这些商人属于第一批伊斯兰教信徒，并非没有可能。不过，是否如同中国的回民历史学家所说，中国早在隋朝（581－618）就存在真正的伊斯兰教徒，还是值得怀疑的。穆罕默德（567－632）直到610年还只有为数不多的信徒，直到616年才开始公开宣讲他的使命。在618年以前，如果说会有一两名早期信徒来到中国，可能性是不大的。
无论如何，在唐朝（618－905）早期，先知的信徒们在中国的人数已经为数不少。第一批以可观人数来到这个国家大约是在公元757年，巴格达的伊斯兰教国王应肃宗皇帝所请，派出大约4000名穆斯林官兵，协助唐朝镇压一次造反。事情平定后，这些军人决定留下，娶了中国妻子，成为中国的常住居民。在唐朝末期，许多穆斯林从中亚进入中国。这种移民在接下来的宋朝（960－1279）继续进行，只是规模较小。到了元朝（1271－1368），中国与中亚穆斯林国家交往极为自由，几万名穆斯林在蒙古军队中服役，另一些穆斯林在机遇和贸易的吸引下进入中国，庞大的回民人口分布在中国各处。明朝（1368－1644）照样接收回民，他们的人口增速很快，特别是在甘肃、山西和云南。
中国人早就以对各种宗教观念的包容力而著称，对回民没有特别刁难。他们可以参加帝国的科举考试，而且有不少人获得官职。在中国认识穆斯林的一千年内，直到1644年为止，没有关于中国穆斯林暴动或造反的记载。在唐朝、宋朝、元朝和明朝，没有出现麻烦的迹象。
在随着满人进入中国而发生的战争中，穆斯林似乎以不小的热情支持明朝。这无疑激怒了满人，而且与后来满人对穆斯林的态度有很大关联。摩擦从满人时期之初就有了，而且带有血腥味。
1648年甘肃回民第一次起事，回民在兰州杀死了巡抚和提督。1650年在甘肃东南部的巩昌府发生了暴动。这些暴动都被严厉地镇压下去，此后直到1781－1785年，没有发生大麻烦。西北的回民在80年内相当安定，接着就爆发了1862年至1877年的回民运动。根据左宗棠对其起源的叙述，当时有两位满拉（先生）从新疆西部来到甘肃，一位叫马明心，另一位叫苏四十三，声称他们接收了有关真教的启示，吸引了一批信徒，于是回民中发生了一些暴力事件。朝廷最后被迫插手，接着与回民的所有派别发生纷争，一直延续4年之久。但是乾隆爷未能彻底解决问题。尽管他镇压了新教派，但是到了嘉庆（1796－1820）治下，又有两名满拉复活了已被镇压的新教，一个姓穆，一个名叫马二。到了回民运动的时候，新教已经有了大批追随者，左宗棠声称他们分布在伊犁至吉林之间，北京也有几千人。按照左宗棠的说法，旧教派和新教派的区别在于：老教诵经时端坐，合掌向上，置于面孔之前，抬眼向上，由一个人诵读，送葬不脱鞋；新教诵经则是两掌向上而不合，大家一起诵读，头摇而肩耸，送葬要脱鞋。
回民运动时的新教大首领是马二之子马化龙，运动的中心是金积堡，黄河西岸边的一个回民城市，位于宁夏以南约50英里处。1000多年以来，它一直是一个回民中心。马化龙不是凡人，他具有支配信徒的神奇力量。新教信仰的一个奇妙特点就是马化龙能够赦免罪过。左宗棠又说：
臣于金积各犯解讯时，细心推鞠，有供马化龙能知未来事者，如远客来访，必预知同伴多寡之数；从前官军攻剿宁、灵，马化龙父子兄弟悉众抗拒，预言官军将退，回民无事之类。有供称马化龙时露灵异，疗病则愈，求嗣则得之类。有供称马化龙于投入新教之人，向其自陈过犯，罚挞皮鞭，代为忏悔，即可免罪之类。
左宗棠认为马化龙是帝国最大的骗子，他的动机完全是为了图利，他利用自己对于甘肃回民的强大号召力来聚敛巨财。
我们很难估算1862年回民运动时陕西、甘肃和新疆回民的人口约数。但是可以间接地推算。在这场战争中回民遭到的屠杀是骇人听闻的。左宗棠说，在陕西，10个回民中有9人死于战争、疾病与饥饿。［1］有人估算，甘肃的人口从1500万减到了100万，而回民的人口减少了2/3。［2］这个估算显然是有缺陷的，因为我们可以肯定，回民的人口远远超过了汉人，如果所有的汉人都被杀掉了（当然事实并非如此），而死去的回民只有2/3，那么该省幸存者的比例就会多于1/15。如果甘肃战前的人口为1500万，那么甘肃回民的死亡率就会跟陕西回民一样为9/10，因为所有的资料都表明，回民运动结束时的人口不会超过100万。
自从1860年以后，再也没有人数可观的移民进入西北，刚好相反，倒是有不少人迁移到中国的其他地区。布鲁霍尔是研究中国回民的最细心的学者，他在1910年前后的著作中，估计当时陕西、甘肃和新疆的回民，最小人数为302.6万人，最大人数为640万人。值得注意的是，这里的最大估数与其他作者的估数相比是比较保守的。考虑到当时的各种因素，1910年的回民人口是否恢复到了1860年人口的1/3以上，还是非常令人怀疑的。如果把布鲁霍尔估数的中间值取为1910年的可能人口数，那么据保守的估计，1860年陕西、甘肃和新疆的穆斯林人口应该为1500万左右。
太平天国运动以及中英之间的鸦片战争，使大家都知道朝廷已经虚弱、无能和腐败，大清王朝正在迅速分崩离析。
1860年，一大股对抗政府的武装，有人说是太平军，侵入陕西南部。该省的清军无法进行有力的抵抗，当局组织一支民兵来驱逐入侵者。在这支民兵中，汉民与回民组编在不同的部队里。不久双方就发生了争执，互相指责，都说对方在战斗中没有尽责。不论是汉人部队还是回民部队，究竟是否打过什么大仗，是值得怀疑的。入侵者打着太平军的旗号，在几个月后就离开了陕南，但和往常一样，他们引起了动乱。民兵组织仍然是地方自卫的措施。汉人越来越觉得回民曾秘密协助太平军。双方已经剑拔弩张，但仍然没有料到，一件很小的事情会引发冲突。
据说在1862年春季，陕西东部华州的一些回民，没有得到竹林主人的同意，砍了汉人村庄附近的几根竹子。回民说，那些竹子用于修筑栅栏——共同防御的工事。知州不敢惩罚砍竹人，却提议屠杀砍竹现场附近村庄里的回民。屠杀执行了，结果成为点燃反抗之火的火花。1862年3月26日，华州地区的所有回民武装起事，进行了三天三夜不分青红皂白的屠杀。可用的少量官军部队被击败了，几天之内全省都燃起反抗之火。汉人和满人，一经发现，便被屠杀，不问年龄性别。只有大约2万名汉人基督徒得以幸免。尽管陕西的回民只占少数，但汉人都吓呆了，没有进行任何抵抗。围城和围镇能够提供防御，大多数汉人和满人逃过了第一波攻击，但是乡村里的屠杀骇人听闻。
省级当局束手无策，中央政府正在全力对付太平军、捻军和云南的造反者。这场运动波及全省，最得力的地方当局也只能死守围城而已；他们没有兵力派往周边的乡村。更有甚者，在整个西北，官方的一多半驻军都是回民。驻军不忠于朝廷的第一个信号从西安发出，这里驻扎的一支由回民组成的大部队离开了城市，去加入他们的同教中人。
在曾国藩手下有过显著战绩的满人将领多隆阿，奉调离开曾国藩的部队，奔赴陕西去执行上谕规定的任务。他雄赳赳地前往陕西，当即大加杀伐，杀死他能抓到的每一个回民，无分老幼，不论男女。但是这支军队兵力还不足以完成既定的任务。回民开始集结为大股部队，首领们从这些集团中脱颖而出。多隆阿很快就被迫把作战局限于西安城外的邻近区域。
回民运动很快就向西发展到甘肃。到1863年底，全省除了围城以外，全部落入回民手中。又从甘肃发展到新疆，乾隆于1760年在那里恢复了中国的主权，100年来，中国在那里的统治未曾受到严重的挑战。中国政府在这个地区总体上施行仁政，这里的回民和汉民之间没有盛行于陕西与甘肃的明显对立。这个地区的所有驻军都是回民，同时有满人和蒙古人官兵散布各地。中国政府在新疆的总部设在固尔扎。
发生在甘肃的事件很快就动摇了西边的回民，他们相继在哈密、巴里坤、乌鲁木齐、玛纳斯和吐鲁番起事，照样屠杀汉人、满人和蒙古人。喀什噶尔和伊犁也开始起事。伊犁河谷的屠杀非常严重，因为这个区域有较多的汉人、满人和蒙古人居民。乾隆所建的固尔扎新城有大约7.5万人，遭到彻底摧毁。到1864年底，从潼关到帕米尔的清朝当局被局限在陕西和甘肃的几座围城之内，在整个新疆几乎只剩下了一些遗迹。
战争在陕西缓慢进行，清军不时从围城中发起一些突击。对运动的镇压没有取得任何进展，多隆阿于1866年被回民俘获斩首。
1864年，朝廷派杨岳斌到兰州出任陕甘总督。此人曾在曾国藩的水师中大战于长江而扬名立万，与太平军作战勇气非凡。他不是书生，起家行武，却登上了总督高位。然而他显然眼光有限，属于只能当僚属的那一类人。作为长江上的一名司令官，协同陆军作战，他是无与伦比的。作为甘肃的总督，仅仅隶属于远在北京的天子，无人为他出谋划策，他就找不到北了。不久他就被免去了职务。宁夏满人驻军的司令官穆图善将军被任命为总督。
按照安德鲁斯的说法，穆图善是一位智勇双全的军人，［3］但左宗棠认为他既无智又无勇。
左宗棠认为他软弱无能，甘愿被回民首领所愚弄。穆图善的确致力于保住兰州，他对回民进行安抚，也许是为了不让他们全部集合到某一个首领之下。然而，一座又一座大围城落到了回民手中，最后只有北部的甘州、省会兰州和东部的平凉坚守下来。局势已经糜烂不堪，据说甘肃西部西宁的陷落，居然3年未向北京报告。［4］很明显，只要穆图善哪怕有一点点镇压回民运动的表现，他都不会受到降职处罚。1866年秋天，左宗棠被任命为陕甘总督，而穆图善被降为甘肃巡抚。
从左宗棠被任命为陕甘总督之时起，直到他抵达西安为止，经过了两年多的时间。其中有一年半他在与捻军作战。不过，在他从潼关渡过黄河亲自上阵打捻军的时候，他指令刘典代他负责指挥陕西的征战。后来他把刘典推到了陕西巡抚的位置上。左宗棠在山西、河南与直隶追逐捻军的时候，刘典也没有闲着。他肃清了陕南和东起潼关西至甘肃边界的渭河流域，保障了西安以东的道路通畅。陕北仍然被造反军占领，沿陕甘边界他们兵力甚众。
甘肃的局势很难充分评估。除了平凉城、兰州城和甘州城，全省都在造反军手中。兰州及其东部偶尔也能交通，而顺黄河而下直至包头的路线仍然畅通，尽管河道几乎就在甘肃最强大的回民堡垒金积堡的城墙下面通过。
甘肃的回民势力有4大中心。西北的金积堡是新教的中心，而新教的领袖是马化龙。第2大中心是兰州西南边的河州。河州回民多数是旧教信徒，服从马占鳌的指挥。第3大中心是兰州以西的西宁，这个地区的主导人物是马尕三。第4大中心是甘肃西北部的肃州，那里的领导人是马文禄。西宁和肃州的回民多数倾向于新教。不过，在整个回民运动中，4大中心没有显著的协同。甘肃的两个主要领导人是马化龙和马占鳌，但是他们并不十分投机。各个集团之间的相互援助是间歇性的，而且成效不大。
马化龙是回民运动最杰出的领袖，但他的地位不容易看懂。很明显，他鼓励、支助、推动运动长达约7年之久，但在朝廷看来他是个友好人士，站在帝国大业的这一边。穆图善在宁夏时显然跟他混得很熟，对他充分信任。可以肯定，这就是那么多年来兰州以下的黄河河道保持畅通的原因。马化龙如此扮演两面派的目的究竟是什么？这是这场回民运动留下的一个最大的谜团。
新疆的局势跟甘肃大致相同。主要的中心是哈密、乌鲁木齐和玛纳斯，但三者之间没有任何合作，而且都对甘肃发生的事件麻木不仁。在伊犁河谷，回民内部的纷争十分激烈，以至于俄国人抓住机会干预，占领了整个河谷。一浪又一浪的运动从陕西扩展到帕米尔。虽然局势提供了许多机会，但只有塔里木盆地出现了一个政治实体。阿古柏建立了喀什噶尔王国。
注释：
［1］《年谱》，第5卷，第33页。
［2］安德鲁斯：《中国西北的回教势力》，第155页。
［3］安德鲁斯：《中国西北的回教势力》，第81－83页。
［4］普列捷瓦尔斯基：《蒙古》，第2卷，第124页。
