为了确立法国人在埃及的绝对统治地位，拿破仑对一切胆敢与法国人作对的人绝不手软。驻守在亚历山大港的克莱贝尔将军以叛国罪逮捕了这个城市的百万富翁西弟·穆罕默德·艾里·科拉伊姆。此人被押送到开罗后，法军告诉他，如果想救自己的脑袋，就交出30万金法郎。可此人却认为生死在于天命，他说：“如果我注定现在死，那就什么也救不了我，即使交出钱也没用。假如我注定要死，那我为什么还要交出这些东西？”拿破仑命人砍下他的脑袋，并将其脑袋拿到开罗街上示众。艾里·科拉伊姆的死引起了一些富裕的阿拉伯人的恐慌，他们如数拿出了法军所要的一切。
由于法军的勒索，1798年10月末开罗爆发了一次大规模的起义。起义军的势力一度很强大，将前去镇压起义的15名法军全都剁成了肉泥。拿破仑怒不可遏，派出大军前去镇压，起义失败，起义者均被绞死。
法国人通过一系列的东方式暴力镇压，把开罗和附近城乡居民的勇气压下去了。法军在开罗及沿尼罗河下游的所有战略地点，都修筑了堡垒，埃及看来好像是被征服了。
拿破仑给在罗塞塔的梅努的信中说：“在开罗这边，我平均每天要砍五六个人头。”年底，当他结束了对苏伊士的考察回到开罗时，他获悉叙利亚的土耳其总督杰查正在集结一支土耳其军队准备入侵埃及。
拿破仑决定先发制人。他计划进军阿克，击败杰查，然后率领新招募的5万大军（包括法国人、阿拉伯人和努比亚人）逼苏丹言和，进而协助他进军印度。11月9日，他给杰查下了最后通牒：“如果你继续在埃及边界为易卜拉欣提供避难所，我将视之为战争行为并将向阿克挺进。”
由于未获答复，拿破仑便按计划行事。为了入侵巴勒斯坦，他集结了一支由4个师组成的远征队，分别由克莱贝尔、邦、拉纳和雷尼埃指挥；杜高留下镇守开罗，梅努驻防罗赛塔。德塞师仍留在上埃及征讨穆拉德。
拿破仑于2月10日从开罗出发，其前卫雷尼埃师比他早走了两周，但2月8日，在阿里什，却受阻于土耳其的边防要塞。与当初相比，法军现在较为适应这里的水土了，而且为了适应沙漠作战还改善了部队的装备，大多数人都有了水壶，还发放了热带棉布制服。
在这次出征之前，拿破仑是经过精心策划的。在他看来，土耳其已经对法宣战，并派出一支军队取道叙利亚去收复埃及；另一支远征军则在罗德岛集结。拿破仑同所有的名将一样，从不甘居于守势。他的信念和他的好斗的本性都促使他主动打击敌人，而不肯等着挨打。
于是他调动12000人，准备来进行一次冒险。如不是拿破仑，任何别人想这样干的话，那就会被斥为堂·吉诃德式的空想了。但这事发生在拿破仑名下，我们就必须探讨其实际意图何在。因为他从来不让想象脱离实际；在他风华正茂之时，他的想象也总是为政治和战略服务的，而不是颠倒着来。
2月17日，拿破仑到达阿里什，他发现雷尼埃师和克莱贝尔师久攻不克，至今依旧在土耳其要塞面前止步不前，不禁非常恼火。由于过分乐观，他在达米埃塔把所有的攻城炮都装船海航，预定在阿克卸载供他使用。然而在预定的航线上却为英国海军所截获。于是，他便集中所有的野战炮对敌人要塞猛轰。2月20日，九百名土耳其和马穆鲁克守军投降，法军继续前进。
2月24日，法军未遇抵抗便进入加沙；3月3日，法军兵临雅法城下遭到守军的顽强抵抗。3月7日，法军工兵在城墙上炸开了一个缺口，该城遂被攻克并遭洗劫；法军在城内大肆奸淫掳掠。
占领该城后，拿破仑就为如何处置2500名（也许是3000名）土耳其俘虏而大伤脑筋。显然不能加以信任而把他们编入法军队伍。再说，给养还不够法军自己吃呢。法国士兵已经开始抱怨了，不肯把任何东西分给土耳其人和阿尔巴尼亚人吃。此外，也不能把这些战俘都送到埃及，让他们到那里去散布不满情绪；实际上，一共只送走了其中的300名埃及人。最后在将官们和士兵们的要求下，拿破仑下令在海边把其余的俘虏都枪决了。
现在法军要面对更加危险的敌人了。在阿里什堡的时候，克莱贝尔师里，就已经出现了几个鼠疫病号（该师是从罗塞塔和达米埃塔开来的）；败退中的马穆鲁克骑兵和土耳其部队的残骸也可能把那个致命的病疫传给追击他们的部队。攻占雅法之后，法军许多营都遭到瘟疫的侵袭。也许正是这个情况，促使拿破仑加速了向阿克进军。
自从十字军东征的时代以来，阿克港就一直是巴勒斯坦的军事要冲。但是如今港口几乎已完全被淤泥充塞，就连附近的停泊区也已荒废了。阿克的堡垒当时只是对东方人说来才是坚不可摧的。沃尔内在他的《废墟》一书里，关于阿克就有这样一段话：“在亚洲这一带地方，人们对棱堡、防线、荫蔽道路、堡垒——总之，对一切与现代防御工事有关的东西，都是全然陌生的。一艘装有三十门炮的快速舰，就会很容易地把整个海岸轰为废墟。”
要不是英国人前来救援，阿克城无疑是会陷落的。关于阿克城在西德尼·史密斯爵士到来之前的情况，英国战舰“塞修士号”的米勒舰长是这样向英国海军部报告的：“我发现除了对着海的那些炮眼外，几乎每个炮眼都是空着的。全城的垃圾，倒在城外，多年积累，堆积如山，把进入城门的路堵住了，使该城和唯一从侧面掩护它的炮群和海岸隔绝了。他们的炮台都没有暗炮台、旋转装置或防弹装置。他们的炮倒是不少，但一般都是有毛病的小炮，炮架一般也是有毛病的。”
由于米勒舰长的能力，这些缺陷才部分地得到弥补；但当西德尼·史密斯爵士于3月15日到达时，阿克的城防工事仍然薄弱得可怜。
史密斯很走运，他在卡尔梅勒山的海角外，俘获了七艘装载着拿破仑攻城炮群的法国船队。这一事件对围城和整个战役的成败，都有决定性的影响。
在勇敢的英国海军军官和水兵的协助下，史密斯设法修补了被法国野战炮打开的缺口，并在最易遭到攻击的各处，修筑了内围防御工事。这些内围工事后来挫败了攻城部队多次极其顽强的冲锋。攻城的法军，先前连战连捷，满怀信心，在他们的伟大司令官亲自督战下更加勇气倍增。他们接连向城墙的缺口发起了九次冲锋，但是，九次都被英勇顽强的英国水兵和土耳其军队打退了。
在这些苦战过程中，拿破仑抽调了相当大的兵力，派往内地，去打退一支企图为阿克解围并入侵埃及的土耳其和马穆鲁克部队。第一次遭遇战是在拿撒勒附近打响的。在那里，朱诺表现了当年在意大利成名的那种智勇双全的特点。但是决定性的一仗，是在离塔博尔山山麓不远的厄斯德累伊伦的平原上进行的。
克莱贝尔师的两千人在此地有好几个钟头受到骑兵和步兵的沉重压力，这些兵是从土耳其苏丹的各个领地调来的杂牌军。克莱贝尔这位身材魁梧的阿尔萨斯人的英雄气概和他部下的坚韧耐战也几乎抵挡不住这些穆斯林骑兵和步兵的猛烈冲锋。后来，终于听到了拿破仑的炮声。这位主帅率领着排成三个方阵的援军飞驰前进，很快地就把云集在法军周围的东方人扫荡开了。最后，两支法军密切配合，把敌人赶回各个山口，其中有些山口由于拿破仑有先见之明，法军已先行占领了。
到了4月15日这个难忘的日子的傍晚，两师兵力的法军由于作战英勇、部署巧妙，把近3万名敌军打得溃不成军、望风逃窜。而这两师人的总数还不到敌军的1/7。在近代战争史中，从来没有比这次以少胜多的范例更为接近当年亚历山大大帝的战绩了。
胜利的法军在重返阿克城下和他们的战友会合时发现，攻城并未取得进展，有一段时间，围城军队依靠用地雷爆破的办法攻城，但并无成效。虽然菲利波5月1日中暑病倒，英国的道格拉斯上校立即接替了他；这位上校挫败了法国工程兵的种种努力，并使该城一直坚守到盼望已久的土耳其援军到来的时候。5月7日，远远望去，土耳其帆船正出现在几乎是无风的海面上。拿破仑立即作出最后努力要把这个“土围子”猛攻下来。英勇的拉纳身先士卒，率领军队攻下城的东北角，并把法国三色旗插在城楼上；但英国分舰队司令派去的大批水兵挡住法军，使之无法再前进一步。这时，刮起了一阵顺风，把土耳其援军送到岸边。他们及时登陆把失陷的东北城角夺了回去。
这场不寻常的攻城战，使两军都筋疲力尽了。一股凶恶的自然力量正在侵袭围城的部队。随着天气转热，越来越多的法军染上瘟疫倒下来了。5月10日攻城又遭失败后，许多营的士兵拒绝踏着他们战友的腐烂尸体向城墙缺口处前进。拿破仑在用尽一切力量还打不下阿克之后，终于在5月20日夜晚，下令撤兵。这次长达九周的围城战役给拿破仑带来了严重的损失，其中包括损失了卡法雷和邦两位将军。但是最大的损失莫过于丧失了他一直享有的百战百胜的威名。
望着阿克城下法军那恐怖的尸山血海，拿破仑知道从青年时代便一直萦绕他脑际、激荡他的雄心的东方之梦就是在这个叙利亚沙漠边缘的要塞面前中止了。这个东方之梦似乎直到围城即将结束时，还索回在拿破仑的脑际。整个围城期间，以及后来，经常可以听见他痛骂那个“小破土围子”。是呀，正是那个小破土围子从中作梗，使他不能实现命中注定要由他实现的大业——创建东方帝国。至于建立东方帝国一事，纳布卢斯附近的各部落公开表示的敌对态度，已经说明，拿破仑争取穆斯林的努力完全徒劳无功。
幻想破灭的痛苦再加上对伤病员的同情心，使拿破仑又一次对自己失去了控制。他下令所有的骑兵一律下马，以便让出足够的马匹来运载病号和伤员。当时有一个侍卫官来问司令官，要把哪匹马留下给自己骑。拿破仑抽了他一鞭子，骂道，“你没有听见命令吗？人人步行！”这位伟人从来很少用粗暴的举动来玷污他的高尚行为。这一事件充分显示出他感情的激动。他的情感一向是强烈的，这时更因为精神上的失望和身体上的痛苦而过度激动了。当时也确实有许多事情使他恼怒。虽然他向督政府谎报说，在整个这次远征中他的损失没有超过1500人，但他在阿克一地，战死、负伤和得瘟疫的将士，就将近5000人。在那次可怕的向雅法撤退途中，他不仅因为时而有些士兵当他的面自杀而大为震惊，而且因为军官和士兵们对于伤病员的疾苦和需要毫无同情心而激怒。正是为了惩戒这种残忍态度，他才命令全军步行。
7月14日，有消息传到开罗说，一支土耳其舰队已抵达亚历山大港外并准备登陆。拿破仑立即率领一个纵队长驱100英里沿尼罗河而下至拉曼尼亚。在那里，他才获悉一个土耳其运兵船队在西德尼·史密斯的海军中队护送下，已在阿布基尔湾登陆了8000人并俘虏了据守该要塞的法军。不过这支土军没有前进而是在该堡以南的滩头掘壕据守。拿破仑在集结了1万人之后，于7月25日拂晓向土军防线发起进攻。缨拉准将率一个骑兵旅冲击，突破了土军的防线，他还亲手砍伤并俘虏了土军司令。
在阿布基尔之战结束，双方交换俘虏时，拿破仑从西德尼·史密斯送给他的报纸中得知，法国国内局势正急转直下，在莱茵地区和意大利的法军被奥军和俄军击败；举国上下惊惶不安，一片混乱。“祖国处于危险之中！”这对拿破仑的确是一个很好的借口。他决定返回法国。8月18日，他带了一批精心挑选的人员，乘夜幕悄悄离开了开罗，声称他要去上埃及视察，却登船沿尼罗河而下。22日，他抵达亚历山大港，黄昏之后，他在冈托姆将军的陪同下登上了一艘快速炮帆船。翌晨，他在拂晓的微风中起航，仅留给克莱贝尔一封信，命令他代理东方军团司令。经过47天的顺利航行并成功地避开了纳尔逊的舰队之后，拿破仑于10月9日在圣拉菲尔登岸。
这个做法道义上是否正当，曾引起激烈的争论。全军的士卒似乎认为这简直是开小差。他作出这一重要决定，所考虑的主要是他个人的动机，这一点是不容否认的。
对拿破仑来说，东方之梦已像沙漠中的海市蜃楼一样可见而不可即，那么，他就必然重新选择施展他个人才智的舞台，这个舞台就是那遥远的巴黎。
