1948年9月16日，胡适离开北平到南京出席中央研究院成立20周纪念暨第一届院士会议。这次会议是这年3月所选出，来81位院士首次集会（实到者40余人）。23日在蒋介石、翁文灏、张元济等人讲话之后，胡致答词说：今日是中国学术界值得纪念的日子，院士中有30余岁的壮年，也有寿高八旬的老前辈，今日聚首盛会，同庆国家最高学术机关之成立，令人欣慰无似！并表示：愿以励人策己，传继衣钵，光大学术，与众共勉。此行在南方共住36天，先后应邀到武汉、杭州等地讲学。此外曾见过蒋介石。据其日记所载：9月29日，“晚八点在总统官邸吃饭，同席者傅孟真。孟真谈军事、政治，我很少意见可以提出。病根在作风，在人才不能尽其长。今日则人才没有机会出头，故我们排斥一个甚易，而抬举一人甚难。我只提出国际形势紧张，请政府注意早作准备，如联合参谋部之准备实不可少。”10月28日云，“今夜总统蒋先生约吃饭，我很质直的谈了一点多钟的话，都是很逆耳的话，但他很和气的听受。（一）局势的艰难有很大的危险。（二）决不是一个人所能对付，必须建立一个真正可靠的参谋部。（三）必须认错，必须虚心。（四）美国援助是不容易运用的，也须有虚心作基础。（五）黄埔嫡系失败在没有根底，必须承认失败。（六）国军纪律之坏是我回国后最伤心的事。（七）必须信赖傅作义，真诚的支持他。”（时蒋在北平）从上所述可见胡、蒋这时在政治上是亲密无间的；一般人不敢讲的话，胡适都敢讲，而蒋居然唯唯是听，说明胡适对即将崩溃的国民党政权仍寄以厚望。
胡适10月22日飞回北平。这时人民解放军在各个战场上均取得辉煌的战绩：9月23日解放济南，10月15日解放锦州，其他华北、华东的蒋军也都处于被包围之中。国民党不仅军事上失败，经济上面也已出现大崩溃。11月2日，东北也解放了。这时蒋介石为了要在政治上挽救危局，特派陶希圣从南京飞到北平，敦请胡适代替翁文灏出任国民党政府行政院院长。其事之经过，据陶后来回忆说：忽一日清晨，“总统”官邸电话来要我马上来见。我赶往黄浦路官邸，蒋说：“你现在就去北平请胡先生来担任行政院长，所有政务委员与各部会首长的名单由他开，我不加干涉。”旋即命陶速往。陶希圣赶忙回家收拾一个手提箱，即往飞机场，等候军用飞机起飞。因徐州会战激烈，改道青岛，当晚飞机在西直门外的北苑机场降落。那时北平已被人民解放军包围，因此飞机场全部熄灯。陶从飞机上摸黑下来，上了交通车，进了西直门，才看到万家灯火。他先到护国寺国民党空军司令部，随后叫了一部人力车到北京饭店，已是夜里10点钟了。陶饿了一整天，于是先到餐厅吃饭。厅里还有乐队演奏，这是出乎他意料之外的事，但客人只有他一人，因此一曲终了，他还得鼓掌。他回忆到此时说：“颇有孤掌难鸣之感。”饭后他上楼回房，即打电话给胡适。胡一接电话甚是吃惊，说道：“希圣，你怎么又来了？”陶回答说：“我来了，有事奉商。”胡说：“你来的任务我已经知道了！”电话接通后，陶便赶到东厂胡同胡适家。首先是说明来意。胡回答道：“这是美国大使馆及三两个教授的主张，那是万万做不得的！”又说：“你看，现在满地书籍，都没有收拾，我根本不能动，我一动，学校里人心就散了！”谈到后来，胡适开玩笑说：“我可以做总统，但不能做行政院长。”陶也打趣地说：“您若是做总统，我谋个小差事。”胡问干什么差事？陶回道：“我想做总统府的副秘书长。”胡适说：“你就做正秘书长嘛！何必屈就副的？”陶说：“那不行，正的太忙。”初次见面，谈话到此结束。第二天上午8点多，胡适专程到北京饭店看望陶希圣。陶说：“这里不好谈话，新闻界朋友一知道我来了，就会来这里。昨夜约定今早仍然在您公馆见，那知道您亲到这里？”胡适郑重其事地说：“你这次来，是背着黄包袱，我非来拜望不可。我们就走，到我家去。”于是他俩又回到东厂胡同，继续会谈。会谈结果：胡适不去南京组阁，但他坚决表示说：“在国家最危难的时候，我一定与总统蒋先生站在一起。”就这样结束了第二次会谈。陶先用电报将胡适的意思报告蒋介石。第三天他就赶回南京去了。在他走时，胡将其父的遗稿及自己考证《水经注》的书稿，托他带到南京交给傅斯年保存。事实上胡适已经在作撤退的打算了。当天（11月22日）他在日记里写道：“陶希圣从南京来，奉有使命来看我。可惜我没有力量接受这个使命。”从陶之突然出现于北平，要胡适这个“书生”去当南京政府的行政院长，说明蒋介石此时已方寸乱矣，而国民党政权之垮台，也是计日可待了。
胡适这时的心情也处于彷徨中，何去何从似当在考虑之中。11月中旬，他应傅作义之邀，到西郊国民党华北“剿总”去讲演，题为《国际形势的观察》。宣称当前内战是世界上两种生活方式斗争的一部分。重谈自由民主与所谓集权之争等等。当他谈到暴力革命时说：“马克思列宁认为社会制度不合理，应该改革，应该平等。但他们认为必须抓着政权，以少数人的意志，强迫多数人跟随着走向另一种生活方式。这些人提倡的改革，意志很好，但错在太性急，太没有忍耐性。”从这段谈话可看出他虽反对暴力革命，但对改革不合理的社会制度是赞成的。从中我们也可看到他内心深处的矛盾。这时，北平已接近兵临城下，形势紧张。但他表面上还是泰然自若，每天照常到校办公。12月13日还为北大50周年校庆特刊撰写了《北京大学五十周年》一文。是文回顾了北大发展的历史，最后他说：“现在我们又在很危险很艰苦的环境里，给北大做50岁的生日，我用沉重的心情叙述他多灾多难的历史，祝福他长寿康强，祝他能安全渡过眼前的危难，正如同他渡过50年中许多次危难一样。”这时人民解放军已经包围北平，形势很紧张，有人传说共产党的广播电台已经宣告任用胡适做北平图书馆馆长了。胡适听了之后，微笑地回答说；“他们会用我吗？”
同月14日早晨，他还没有出门，突然接到陈雪屏从南京打来的电话，力劝他离平南下，并称即将有飞机来接。胡适表示外寇来时可以撤退，现在是内战，怎好丢开北大不管。10点到校后，又接陈之来电，称：“顷经元又转达，务请师与师母即日登程，万勿迟疑。当有人来洽机，宜充分利用。”胡适12点回到家里，陈又来电报催促，并请他约陈寅恪一同南下。这时清华大学进城路线已经不通，而陈早已住进城来了，但不知住在哪里。胡将此事告诉邓广铭，邓说可能住在东四礼士胡同他大嫂（即陈师曾的夫人）家里。胡请他去找，果然在那里找到了。于是他们两家乘北大两辆汽车出发，准备出城到飞机场上飞机。但到宣武门，士兵不肯开门放行；与傅作义联系，又没有联系上，于是又只好返回东厂胡同胡宅。当晚，胡表示明天如果再走不成，那就决定不走了。不料几小时后，傅作义亲自打电话给胡适说：“总统已有电话，要你南飞，飞机今早8点可到。”请作好准备。胡适在电话上告诉他，不能同他留守北平表示歉意。傅也表示很谅解。次日，胡适偕同夫人江冬秀；陈携其夫人及二女乘车先到勤政殿，下午3点多到南苑机场上飞机。行前曾致便函于汤用彤、郑天挺说：“今日及今午连接政府几个电报要我即南去。我就毫无准备地走了。一切的事只好拜托你们几位同事维持。我虽在远，决不忘掉北大。”当晚六点半到南京明故宫机场。到机场迎接的有王世杰、朱家骅、蒋经国、傅斯年、杭立武等人。入城住教育部准备好的赤峰路一座招待所。
胡适到南京后第二天（12月17日）便是北大校庆纪念日。这天下午，他应邀出席当地北大校友会举办的“北大50校庆大会”，并在会上讲了话。他说：“我是一个弃职的逃兵，实在没有面子再在这里说话。”“不能与多灾多难之学校同度艰危。”他讲话时痛哭失声，会场凄凉与往日大不一样了。
这天又是胡适的生日，蒋介石夫妇在官邸特邀请胡适夫妇为他祝寿。胡适后来回忆说：“那天总统请我吃饭。总统请客向不用酒，那天特为我备酒，我上席后才知道总统给我做寿。”见此情景，难怪胡适即使是在最危难的时候，也要与蒋站在一起了。
胡适到南京不久，便得喉痛病在家休息。有一天，他的一位在国民党政府里任职的晚辈乡友胡寿民去拜会他，那是一个大雪纷纷的早晨，天气很冷，客人坐定后致敬意，关切地问道：先生娘出来了没有？胡适答道：一起来的。又问：思杜兄来了没有（当时胡祖望已经在上海）？胡适回答说：我家里书很多啊！没人看不行。书，会被人家搞掉的。说完胡适一再叹气！很凄凉地自言自语地说：我对不起我的同事，我一个人出来了，把他们丢掉了。一会儿又望着窗外迷茫的雪天，自言自语地说：前方战士打仗好苦啊！从上面的对话，不难看出胡适当时悲惨心情！同时也说明胡思杜未随其南下，部分原因是他走得太匆忙。当时只拣了一部16回的《石头记》钞本随身带走，其他的东西都没有带，故把他留下了。后来，北平解放后，胡思杜被调到华北大学去学习，毕业后分配到唐山交通学院政治理论教研室任教。1951年开始批判胡适，他也写了批判文章在报纸上发表。1957年反右时，他被打成右派分子，同年11月的一个夜晚上吊自杀，死时36岁，尚未结婚。1980年11月经组织重新审查，认为他属错划给予平反昭雪。据江冬秀的堂弟江泽涵先生说，胡思杜之是否确死，胡适、江冬秀在世时还一直不知道。后来他哥哥胡祖望为此事曾托陶孟和的女儿陶维达，她1973年趁回国观光之便来打听过这件事。
这年阴历除夕，胡适与傅斯年同在一起度岁，相对凄然与往年喜迎元旦的欢乐情景形成鲜明的对照。他们一边喝酒，一边共背陶渊明的《拟古》的第九首：
种桑长江边，三年望当采。
枝条始欲茂，忽值山河改。
柯叶自摧折，根株浮沧海。
春蚕既无食，寒衣欲谁待。
本不植高原，今日后何悔
抚今思昔，而触景伤情，二人不约而同地流泪了。他们的失败，说明中国只有在共产党领导下的新民主主义革命才有光明的前途，走改良主义的道路是行不通的。
