防守失败后，华盛顿立即组织军队撤退。已经接到撤退命令的休斯上校，开始沿着哈德逊河沿岸搜集大小船只，并把搜集到的船只集中起来，停泊在纽约城东。华盛顿在中午时发出的命令得到了一丝不苟的执行。为完成撤退任务，华盛顿让军队必须做好夜间行军的一切准备。一天的奋战，让美军士兵疲惫不堪，然而，作为军人，服从命令是天职，除了夜间行军，他们没有任何选择的余地。
华盛顿在敌人没有丝毫察觉的情况下，悄然实行着他的计划，在将军米夫林、汉斯利特及斯莫尔军队的掩护下，军队主力全部撤离到了船上。华盛顿仍然在向外面派驻岗哨，一切都显得异常平静，和往常没有什么两样。然而，计划万一被打破，那么，为了集中兵力抗敌，所有人就都要在距离布鲁克林教堂很近的秘密地点集合。当天夜里，美军依照计划开始进行撤退。首先撤除了中间防务，紧接着撤除了两边的，最后主力部分有条不紊地向着港口方向行进。年轻的汉密尔顿是一个不折不扣的军事天才，此次行动中，他奉命殿后，并负责保障辎重的安全。然而，就在这时，一门大炮震耳欲聋的怒吼声，让人们惊慌失措，生怕自己的行踪被敌人发现。不过幸运的是，英国军队并没有丝毫响应，美国军队只不过是虚惊一场。
美军不惜一切代价，动用了全部可能动用的船只加速运兵。华盛顿亲临港口指挥，这让所有列队前进的人都显得小心翼翼。同时，华盛顿让上校斯卡梅尔传令，要部队加速行军。斯卡梅尔却把这个指令告诉了负责殿后的将军米夫林，为此他犯了一个严重的错误，这一错误致使米夫林一接到命令，便立刻率军赶向了港口。
将军米夫林的到来，让华盛顿勃然大怒，这是他最担心的事情，他担心会因为米夫林的擅离岗位而导致军队的全军覆灭。所以当他稍微平息了怒气后，米夫林才气喘吁吁地说，是接到了副官斯卡梅尔的传令。这一荒诞的错误让华盛顿啼笑皆非。
此时，华盛顿意识到了这是一个极为可怕的错误，如今最好的补救方法只有一个，那就是米夫林赶快率军返回去守住防线。情急之下，米夫林接受了命令率领原班人马疾速赶往阵地。万幸的是，回去时大雾笼罩着大地，方圆几里都是灰蒙蒙的一片，敌人并没有发现他们的行踪，美军终于安然无恙地度过了这段可怕的失控时期。而后，这队殿后的军队中所有的士兵都表现出了一种极为顽强的精神，随时准备着投入战斗，等所有士兵都安全撤离后，他们才撤离。
那天夜里，美军没有遭受到灭顶之灾完全是因为浓雾的掩护。很显然，那晚的长岛上有浓雾，可是令人惊奇的是，和它相隔很近的纽约却是晴朗的天气。满载辎重的美军船只借助于阵阵微风一路行驶，畅行无阻，看来，风向帮了他们的大忙。当黎明的曙光冲破夜晚的最后一丝黑暗，全部人员和满载辎重的船只都安全抵达了纽约。将军米夫林的军队也安全地从前线撤离，华盛顿坚持到最后，没有听任何人的劝说，直到军队全部安全撤离，他才坐上了最后一艘船离开。英军还是发现了美军撤离的计划，然而，已经为时过晚，尽管英军立即拉响了警报，豪将军立即派人赶往了华盛顿的军营，但那里却早已经空无一人了。浓雾渐渐散开，当英军赶到渡口时，恰巧看到了美军最后一批船只在河对岸安全登陆。
这次完美的撤退，堪称美军历来取得的最大成就之一，不仅没有给英军任何可乘的机会，而且撤退得如此干净利落，这让华盛顿的声誉也大大提高了。而众所周知的是，为了军队的安全撤离，华盛顿两天两夜都没有合眼。美军撤离后，长岛成了敌人的天下。布鲁克林由黑森的士兵和英军驻守，同时布什威克、希尔格特和牛顿也被他们占领。豪将军率领的舰队随后也冲了过来，抛锚在总督岛的附近。
流血战争是豪将军最不希望看到的，他崇尚通过和平的方式来解决殖民地和宗主国之间的争端。为此，他派遣获得假释的将军沙利文向大陆会议郑重提议：在授权许可的范围之内，通过最优惠的条件，来协调解决美国和英国之间的争端。即便豪将军根本不承认大陆会议是一个合法的团体，但他还是希望彼此之间能坐下来进行和平的谈判。他的这个提议让大陆会议感到非常为难，因为同意和谈将意味着要放弃独立，如果拒绝谈判又将意味着完全断送双方和解的唯一希望。经过很长一段时间的争论，9月5日，大陆会议答复道：“作为独立自由的美国代表，我们不可能派出任何人以私人身份同勋爵进行谈判。此外，我们希望在相对合理的条件下，双方争取到真正所谓的和平。届时，我们会委派委员会和勋爵就谈判的具体条件进行商议。”
9月6日选出了这个委员会，成员有约翰·亚当斯、博士富兰克林及爱德华·拉特里奇。富兰克林和豪勋爵早在一年前就有过数面之缘。那段往事在一封富兰克林写给豪勋爵的信中被重提，并且富兰克林表达了希望和解的恳切愿望。同时，他对豪勋爵率领军队攻打纽约的事件表示遗憾。在豪勋爵的回信中他强调自己作为英国贵族的尊贵身份。以及对王室忠贞不二的决心，强迫他必须要考虑到英国的国家利益。他认为，大陆会议如果不肯放弃独立，战争将无法避免。而唯一和平解决的方案就是大陆会议进行低头。
11日在斯塔藤岛召开了会议。当美军代表参加会议之时，一名英军代表被作为人质，代表们上岛时，受到了英军司令官的会见。在他们走进司令官的住宅前，卫兵们对他们进行了仔细的检查。与会期间，勋爵表明大陆会议是一个非法团体，是殖民地那些有声望的人士的聚合体。然而，委员会只按照会议要求来确定他们的身份，而并不介意勋爵那样的观点。
随后，代表们和勋爵展开了很长时间的会谈，而会谈其间，很少涉及到关于和平法案的问题。豪勋爵要求除非殖民地再次宣誓效忠英国，否则一切都免谈。而委员会代表们认为，不可能会重新宣誓对英国表示效忠，他们和他谈判是站在美国旗帜下的。最后，勋爵对于双方意见无法达成一致而感到遗憾。谈判结束后，勋爵对富兰克林表达了失望之情。不过这次会谈有个意外的收获，让大陆会议的代表们知道了一个事实，就是豪勋爵没有什么特殊使命，他只是在实施议会所赋予他的权力。
当美国军队从布鲁克林撤离后，英国军队也撤离了斯塔藤岛，转而进军到了长岛，军队的大队人马在纽顿湾及弗拉兴湾之间驻扎。在长岛末端，英军匆忙地兴建了炮兵阵地，他们的目的是想牢牢地控制住哈莱姆河口。这很显然，敌军打的如意算盘是要占领美国军队的后方，而后乘其不备用前后夹击的策略一举打败大陆军。
面对和自己军队相差悬殊的敌军，华盛顿决定撤军是非常明智的举动。而一旦机会酝酿成熟，他便迅速着手准备。除了携带军队必需的补给品之外，其他的全部补给品都被转移了。9月13日，英军在三艘快船那猛烈炮火连续攻击的掩护下，迎着徐徐的微风向东河挺进。当时华盛顿正头顶着纽约的大炮轰鸣骑马前去要塞。另外有六艘船趁着黄昏后驶过了桑德海峡，同前面的那几艘船碰头以后会合，接着继续前进。很快地，司令部就接到了将军米夫林和上校萨金特几乎在时间的报告，报告中说，大约有三四千名的敌军已经从希尔格特横渡而过来到了哈莱姆河口。显然，敌军想在莫里桑尼亚和哈莱姆突然登陆，给对方一个惊喜。而华盛顿迅速骑马赶向哈莱姆高地。第二天一大早，泊在哈德逊河的三艘敌军战舰在总督岛火力的掩护下，向美军发动了凶猛的进攻。同时，亨利爵士也率领着自己的军队出现在了纽顿湾，他们在军舰火力的积极配合下向龟湾和基普斯湾靠近而后登陆。在龟湾和基普斯湾进行守卫的民兵军队经不住敌军的攻击，溃不成军，而前来准备进行支援的队伍也是不堪一击，混乱当中，分不清方向，只能落荒而逃。
