阿诺德强烈反对让自己现在去接受新的审判的做法。他给华盛顿写了一封信，内容说里德的敌意让自己困难重重，他断言，里德一定会影响到军事法庭的裁决。在信中，他敦促华盛顿尽早任命适当的人选来完成这项审判，目的是让他的冤屈得以昭雪。阿诺德认为自己受到的伤害是前所未有的，他是一个战士，当然有着战士所特有的火爆脾气，这个脾气让他无法安心等待将要到来的审判。但是令阿诺德感到欣慰的是舍潘小姐对他的爱并未因这件事而有所减弱。在做出上述裁决后的第5天，阿诺德如愿娶了舍潘小姐。华盛顿对阿诺德的遭遇表示非常同情，所以指定5月1日为审判日期。但是宾夕法尼亚州议会不断的请求以及战事的迫近，导致审判时间一再被拖延。在此期间，阿诺德依旧在费城担任军事总指挥，只是没有正式的公职以及收入。后来阿诺德背负了债务，并且遭到了人们的厌弃。在一起群众的动乱事件中，他受到了袭击。考虑到自己的安全问题，他向大陆会议提出了带警卫的申请。但他的这个申请被大陆会议以相信纽约州议会可以保护他的安全为由拒绝掉了。
接下来的几个月中，阿诺德一直都感到非常焦虑。他只能继续承受煎熬，除非军事法庭宣布他无罪，他的这种状态是由他的性格决定的。并且也是因为这件事，他不能参加很多的军事活动，这样的情况让他感到非常气愤。现在，他只想尽快将这种生活结束。不管会有怎样的结果，只要军事法庭尽快开庭审判，他都愿意承受。耽搁很久的法庭在几个月后终于开庭了，经过反复的讨论，军事法庭裁定在提出的8项指控中只有4项成立。在这4项中，他们又宣布其中只有两项有罪，其中一项就是阿诺德在瓦利堡军营私自向一只属于不满分子的船进行书面授权，让船只离开了费城港，并且能够自由驶入美国的任意港口而不受阻拦；另外一项就是他利用自己的公职权，在一次特殊紧急转移中挪用了公家马车去运送私人财物以及那些愿意留下同敌人呆在一起的人。他的这些行为被认为是损害了国家的利益，并且还对祖国的独立不忠。
阿诺德分别对这两项指控做出了辩解。针对第一项指控，他解释说当时自己并不在费城，并且提出申请的人和他的船看起来并没有什么异常的状况。至于他没有经过授权就决定行动的那件事，他说将军级别官衔的军官在必要的时候可以做出适当的变通，并不需要事事都向总司令请示，更何况他做出这样的举措也只是出于对士兵生命安全的考虑。针对第二项指控，他很干脆地承认了自己曾经征用马车的事实，但为了试图减轻罪责，他声称自己曾付了钱给那些马夫，所以应该算是雇佣。经过最后的判决，阿诺德将他欺诈行为的罪行洗清了。考虑到他的军衔，第二项指控被认为是因为他自己的谨慎而导致了错误，所以他应该接受指责。法庭最后判定他要承受总司令的斥责，这项判决在1780年2月12日这天得到了大陆会议的正式确认。
林肯将军驻守在查尔斯顿，他开始对自己失去了信心，因为他无法判定敌人的动向。他一直以来都习惯了听命于华盛顿，因此他把自己的困难告诉了华盛顿，并且请求华盛顿的支援。1月23日，他给华盛顿写了一封信，将自己的请求说了出来。在当时，英将领亨利给予了林肯军队巨大的威胁，不久前，亨利带着大批的战舰到达了美洲，他们的旅程很漫长，并且遇到了暴风雨，大部分船只被吹散，很多军马也损失掉了。风雨过后他们的船只在萨凡纳河特比湾集合，当时是1780年的1月底。亨利爵士觉得他们最大的损失是骑兵马匹的失去，这是因为骑兵军队很擅长与美国南方灵活的游击队进行作战。骑兵军队作为亨利爵士军队的先锋队之一，其主要任务就是到敌军的营地进行扫荡以及在有紧急情况时去执行封锁任务。
舰队登陆后，亨利爵士就没了马匹。因此，他准备去南卡罗莱纳补充马匹，无论用哪种方法，他都要想方设法让骑兵队重新站起来。这种方法令他获得了一些马匹，但质量不佳。不过在当时，能有马骑就已经很好了。2月11日这天，亨利爵士带领的主力军登上了圣约翰岛。他在出发找马之前，先到了与查尔斯顿城相对的阿希里河岸，那里能够进行有效的进攻或防守。亨利爵士是一个用兵谨慎的人，他们大部分时间都在港口悄悄地修筑工事。另外，他还调动萨凡纳所可以调动的所有军队来增强阿希里的防御力量。在此期间他写信给在纽约的克尼福森，希望他能够尽力保证驻地的安全。亨利爵士非常看重这场战役，因为如果战争失利的话，他的前途便将会是一片黑暗。
进攻者缓慢的动作，让林肯将军有了充分扩大以及加强防御的时间。为了稳妥，他在主体防御工事前挖了一条可以连通两个沼泽的运河。这样一来，棱堡与大炮群就可以被安置在运河和主体工事之间了。
由惠普尔指挥的一个拥有9艘大小不齐战舰的中队，能够和莫尔奇与詹姆森这两个堡垒以及各式大炮共同进行港口的保卫工作。林肯为了牵制敌军，在位于工事前的地里安置了大批的军队，其中共有200名优秀的骑兵。在3月12日，亨利到达了查尔斯顿。阿巴斯诺特上将想让战舰率先通过渡口，随后凭着他们海军的优势去突破封锁线。而惠普尔认为，目前敌人不清楚海水的深度，所以这也令他们的军舰与船只不能通航，按照他所想的，敌人应该只能将在这个区域停泊船只的目标放弃。也正是基于这种判断，在破坏了敌人的一些航标后他很快便占领了那些可以停泊舰队的位子。
华盛顿在知道这些情况后产生了不好的预感，所以他很快便回信对他们进行了警告，说不准坚持己见去守卫沙滩，因为那很可能会带来让城镇以及要塞沦陷的损失。在华盛顿看来，保卫城镇要比保卫沙滩轻松得多。华盛顿给予了林肯将军高度的评价，并鼓励其可以再接再厉。在当时，诺顿勋爵带领的援军正赶过来支援亨利爵士，他们将会在纽约登陆。华盛顿听到这个消息后非常担心。因为敌人显然是准备要将南方作为主战场并进行大规模的军事行动。他们的计划严重地威胁到了美军的安全。华盛顿自愿赶往了南方，并且尽最大努力去保卫纽约这个哈得逊河地区的重要城市，让它免于沦陷。以前当北方有战事发生的时候，需要南方帮忙，但是现在北方是否可以帮助南方却仍旧是一个未知数。目前华盛顿所面临的最主要问题是兵力不足，难以为南方构筑起强力的屏障。
华盛顿在哈得逊河两岸仅有10400名官兵，并且其中的2800名官兵还将在3月下旬服满役，但是，敌人在该地区的兵力，哪怕保守估计也有1.1万。华盛顿向大陆会议汇报了这个情况，但大陆会议像往常一样，考虑到联邦的利益，依旧主张让中部各州冒险，理由是他们的内部稳定。华盛顿在接到大陆会议的同意后便向马里兰前线的士兵与特拉华州的兵团布置了进军的任务，接到任务后，马里兰州指挥官巴伦·卡尔布便立刻动身去支援林肯将军，并且希望他可以在这即将到来的战争中获得利益。
