1791年3月的下旬，华盛顿开始了对南部各州的视察，途中经过了里士满、威尔明顿、弗雷德里克斯堡、查尔斯顿，以后又从无树平原去了奥古斯塔、哥伦比亚以及弗吉尼亚和北卡罗莱纳的一些内陆城镇，行程共达1887英里。7月6日，华盛顿返回了费城，他对这次视察的收获感到十分满意。在视察当中，他看到了全国各处的实际情况，还亲自听取了百姓的意见。相比于书面汇报来说，华盛顿感觉那些百姓的意见和建议都具有非常大的价值。一路上，华盛顿总是在认真地观察着所有的事情，看到人民生活得很幸福的时候，他总是会露出开心的微笑。
美国的国家制度正逐步完善并且日益深入了人心，人民已经习惯于接受国会制定的各项法律，这便表明了人们对国会以及议员们的信任。国会做出的国产酒征税法刚刚获得通过的时候，有很多人断言这一法案在南部各州根本就不可能实施，但是实践证明，人民的普遍反应却并不是这样的，这一法案得到了广大人民的支持。几年来，政府的公信力有了极大的提高。新近成立的国家银行在快速地发展着，这些都证明了人民对美利坚合众国政府的信任。为了国家和个人的利益，人们纷纷认购股份，仅仅一个小时之内，2万股就被一抢而空了。
首届国会第二次会议于10月4日在费城如期召开，华盛顿致了开幕词，他既讲到了建国后获得的巨大成就，同时也说明了西部边疆存在着的军事隐患。为了确保西部边疆的安全，华盛顿主张要尽快采取行动。为了征讨印第安人，华盛顿早已经在该地区设立了以圣·克莱尔为首的军事委员会，要求他们尽一切努力去保障边疆的安全。此后，圣·克莱尔的队伍曾对肯塔基地区的印第安人部落进行了两次征讨，首次是在5月份，第二次则是在8月份。但是两次讨伐都战绩平平，遭遇征讨的印第安人中部分被杀死，部分则沦为了战俘。不久，克莱尔发起了第三次征讨。9月上旬，他带领着大军在华盛顿的要塞集合，队伍集中了2000名正规军和1000名民兵。但是这次征讨却困难重重，他们要在荒无人烟的地方架桥，还要在沿线构筑堡垒。为了和俄亥俄的队伍获得联系，克莱尔于9月6日指示队伍向北行进。由于路途艰苦，许多民兵都在中途离去了，这便极大地影响了美国军队的士气。
不巧的是，在队伍行进途中，克莱尔本人得了痛风病，并且很严重，甚至连上马都需要他人搀扶才行。弗吉尼亚的部分战士要求退役，克莱尔忧心此举将会引起连锁反应，所以他便把队伍带入了腹地，这样就将这些士兵掉头返乡的后路给断掉了。队伍在连续行进了6天后，总算是接近了印第安人的驻地。可就在此时，有60名民兵一起开了小差，他们还企图要拦截后面的军需车辆，多亏哈姆特伦克少校发现得及时，才保证了军需车辆没有遇到抢劫。队伍最后在距离印第安人村庄15英里的地方安营扎寨，从印第安人残留的驻地痕迹判断，大约有十几名印第安哨兵刚刚才离去。卡莱尔把战士分成了两部分，巴特勒少将率克拉克队伍形成右翼，组成了第一团队；达克上校指挥盖恩麾和德丁杰手下的人马和美国军队组成第二团队，形成了左翼。每个驻地都长约400码，斯诺登带领骑兵队伍隐藏在左翼的后面。
距离驻地不远的地方沟壑纵横、丛林密布，根据克莱尔将军的分析，敌军有可能是从此处发起的偷袭。民兵被安排在了临近小河的高台上面，他们是作为正规军的预备力量而存在的。克莱尔着手进行了安排，只等哈姆特伦克少校的队伍一到，便马上对印第安人发起进攻。即日，他和福格森少校商议了次日的进攻安排，同时由欧德海姆率领着两队民兵进行巡逻。次日清晨，战士们操练完毕，丛林里便响起了马蹄声，随即一阵密集的枪声传了过来。民兵只是胡乱地开了几枪后，就马上逃到了后面的驻地当中。印第安人跟着这些民兵闯进了营区，那些没有准备的战士被迫用刺刀进行还击。这一战美国军队损失了多达三分之二的战士，巴特勒少将阵亡。美国军队在进行反击无效后，由克莱尔率领队伍仓皇出逃了，敌军追击了1英里后才撤了回来。经过此次惨败，令克莱尔不知道怎样回去向华盛顿交差。在他出征前，华盛顿反复告诫他要严防偷袭，没想到华盛顿的预言竟然成了现实。
首届二次国会审议了各州选派议员的议案，依据《美利坚合众国宪法》的规定，每3万人方可选派一名众议院代表。假如严格执行《宪法》的规定的话，一些不足3万人的州就没有办法产生代表，这样也就不能在立法机关中行使本州人民的权力了，因此大家希望能够产生一个新的代表分配办法。参议院根据这些意见做出了新的代表分配方案，具体内容是把全国人口除以3万，这样代表总数便是120名。这120个名额依然按30000比1的比例进行分配，最后把剩余的代表名额分给那些余额较大的州。通过激烈的争论，众议院的意见达成了一致，最后将它转呈给了总统进行裁定。杰斐逊和汉密尔顿的意见在此项法案是否符合宪法的问题上有了一致性，他们都认为该法案的部分地方过于模糊，应该建议立法机关行使解释权。华盛顿综合听取了各方面的意见，通过了深思熟虑之后，确定该法案违背了宪法精神，不予通过。依据宪法的精神，议员代表不应该按照美国的累计人口来计算，而是应该依据各州独立的人口总数来确定。因此，华盛顿便首次动用了否决权。国会最终商定以33000比1的比例来选定代表。
国会争论的激烈程度极大地超过了华盛顿的想像，他痛苦地发现国会现在形成了两大政治派别，同时，舆论界也在煽动激进情绪、推波助澜。当时费城有两家对立的报纸，即《国民公报》和《合众国公报》他们都站在各自的立场上来对对方的所有建议进行反驳。比如，由弗雷诺主编的《国民公报》，这个报纸除去不攻击杰斐逊赞成的法案之外，对国会通过的任何法案都一概表示反对。损害内阁和谐、扰乱国家安静的政治纷争让华盛顿感到心力交瘁，他感觉管理政府的任务实在太重，真希望撂下这副担子。在此前，华盛顿就公开表明过，一旦总统任期届满，他就会马上退出政坛，可现在距离任期结束还有一些时间，他必须要耐住性子。此时，杰斐逊也流露出了要和华盛顿共同辞职的想法。华盛顿对杰斐逊的这一打算感觉到十分不安，只能劝他不要这样做。至于他自己，华盛顿说自己有很好的理由辞职，当初他就是在他人的恳求下才当选总统的，假如他再接着留任，估算会有人说他舍不得离开总统的职位了。华盛顿真诚地向杰斐逊说，自己已经渐入老年，基本没有什么精力和体力来管理国家了。在当前的情形下，隐退便是自己的最佳选择。
杰斐逊对此表示了深切的理解，但是他也有着个人的苦衷。他说自己当初进入政界也十分勉强，接任内阁职位时便已经下定了决心，总统辞职之日就是我的辞职之时。现在，他对内阁的斗争已经感觉到了厌烦。不过他还是安慰华盛顿说，内阁里的其他人员可没人想要辞职，甚至已经有人开始进行继任的准备了，杰斐逊所说的是汉密尔顿。但华盛顿的看法则是财政部的权力有限，而国务院要管理全国政务，责任十分重大，两个职务不能相提而论。因此，华盛顿的观点是国务卿不能够辞职，否则便会引起极大的震动，有可能会影响到新政府的稳定。杰斐逊借此机会贬低了自己的对手，他感觉自己的不满全部都来自于一个地方，那就是财政部。尽管他对国防部也有不满，不过他感觉到这也是由于财政部的无能而影响到的。他认为，正是因为财政部行使的权力不恰当，才导致了当今社会的道德沦丧。杰斐逊对汉密尔顿大加讨伐，华盛顿对此没有做出任何评论。华盛顿与他谈话的目的只是希望他能够继续留任国务卿，而不是听他来贬低他人。
通过了长时间的思想斗争，华盛顿最终同意参加竞选第二届总统。结果没有什么悬念，大家一致再次选举他为第二届美国总统。民众的爱戴和信赖让华盛顿十分感动，同时，约翰·亚当斯以27票的优势战胜了乔治·克林顿，当选为美国的副总统。尽管华盛顿感激民众的爱戴和信任，但是他也清楚这意味着本人还要在4年之后才能回到弗农山庄，每当想起这些，华盛顿的心中就都会感到很不愉快。1792年11月5日华盛顿主持召开了本届国会的最后一次会议，会议开幕时，美国军队和印第安人的战争仍在进行，因此，华盛顿在演讲中表达了自己深切的痛心，他敦促政府全力去平反叛乱。此前，政府曾经派出了两位使者前去谈判，结果均惨遭杀害。在此情形下，政府决心全力对敌人进行征讨，由韦恩任此次远征部队的总司令官。在开幕词中，华盛顿还提到了部分地区的群众借机闹事，反对国家税务制度的问题，他表明要坚决维护法律的尊严，要求当地政府和联邦政府要保持一致。在向众议院发表的演讲当中，华盛顿表明现在的国家财政状态确实有所好转，大举清偿债务的工作真正能够得以进行，他希望财政部可以加紧实施。
