按照中央决定，习仲勋调回北京后先参加中央书记处工作，之后在中共十一届六中全会上，补选为中央书记处书记，中共十二届一中全会上当选为中共中央政治局委员、书记处书记，协助胡启立负责中央书记处常务工作。中央书记处在中南海勤政殿办公，习仲勋在这里度过了七年的时光，参与了党和国家一系列重大问题的处理。十二大后，习仲勋与胡启立共同协助中共中央总书记胡耀邦工作，在拨乱反正，推动组织、干部人事制度改革，实现干部的新老交替，机构精简，加强领导班子建设等方面，倾注了大量心血，作出了历史性贡献。时任中共中央政治局常委、书记处书记的胡启立后来回忆说：当时，正值改革开放之初，小平同志作为改革开放的总设计师，高瞻远瞩；耀邦等同志全力推进；仲勋同志旗帜鲜明，态度坚决，是改革开放的坚定拥护者和积极推动者。耀邦同志对他非常信任，把许多大事情交给他办理。当时为了方便领导，中央书记处成立了临时领导小组，胡耀邦任组长，习仲勋任副组长，许多日常工作都是由习仲勋来处理的。
一九八○年十一月，中共中央决定习仲勋调中央工作。在拨乱反正的重要历史关头，中央从党和国家的大局考虑，决定他到广东工作，把守祖国南大门。这次调他回中央工作，同样也是从党和国家的大局考虑的。按照习仲勋自己的说法，这是“京官还朝”。
一九八一年二月四日是农历辛酉年的除夕，北京和全国一样，到处洋溢着欢乐的气氛，人们充满了对改革的期望，沉浸在喜悦之中，兴高采烈地参加各种欢庆活动。这天晚上，天安门广场张灯结彩，人民大会堂灯火辉煌，首都盛大的春节联欢晚会在这里举行。习仲勋以全国人大常委会副委员长的身份和其他党和国家领导人一起出席。这是他自一九六二年受到审查离开国家领导岗位后，第一次参加这样的活动，也是他从广东回北京工作后首次公开露面。
一九八一年三月二十八日，中共中央决定，习仲勋参加中央书记处工作。
五月下旬至六月上旬，习仲勋率全国人大代表团访问瑞典、芬兰、挪威和丹麦等国。习仲勋把这次访问看做是一次学习的机会，仔细研究这些国家的相关资料，不辞劳苦实地考察所到国家的工厂、农村、科研单位，特别注意了解先进的科学技术和管理经验。
六月二十七日至二十九日，中国共产党十一届六中全会在北京举行。这次全会是继十一届三中全会以后中共历史上又一次具有重要意义的会议，会议以在党的指导思想上完成拨乱反正的历史任务而载入史册。会议解决了两大问题，一是通过了《关于建国以来党的若干历史问题的决议》。二是对中央主要领导成员进行了改选和增选，胡耀邦当选为中共中央主席，邓小平当选为中央军委主席。
《关于建国以来党的若干历史问题的决议》，运用辩证唯物主义和历史唯物主义观点，对新中国建立三十二年来党所经历的重大历史事件特别是“文化大革命”做出了正确的总结，科学地分析了建国以来历次政治事件中党的指导思想的正确和错误，指出了产生错误的主观因素和社会原因，实事求是地评价了毛泽东在中国革命中的历史地位，充分论述了毛泽东思想作为中国共产党指导思想的伟大意义。《决议》肯定了中共十一届三中全会以来逐步确定的适合中国国情的建设现代化强国的道路。《决议》在当时形势下对统一全党全国人民的思想，发挥了极为重要的作用。
全会一致同意华国锋辞去中央委员会主席和中央军委主席职务的请求。选举胡耀邦为中央委员会主席，赵紫阳、华国锋为副主席，邓小平为中央军委主席。中央政治局常委会由胡耀邦、叶剑英、邓小平、赵紫阳、李先念、陈云、华国锋组成，增选习仲勋为中央书记处书记。这个重要的人事变动，从组织上保证了拨乱反正任务的完成和党的正确路线的贯彻执行。
党中央高层人事变动的同时，习仲勋被安排到负责党中央日常事务的书记处工作，是考虑到他德高望重，经验丰富，又有高超的领导才能，也有利于对新干部的传帮带。此时习仲勋已六十八岁，对中央提议自己担任这样重要的职务心存感激，同时也有自己的想法。他虽然三月份就开始参加书记处工作，但觉得自己毕竟是快七十岁的人了，不管是从党的事业出发，还是从个人的身体状况考虑，都应让位于更年轻的同志。习仲勋在全会讨论中央人事安排时发言，一开始就表明了自己的态度说，全会决议关于人事安排的方案中，除对我个人安排是否再作考虑以外，完全拥护中央政治局关于中央人事变动问题的建议。
习仲勋说：拥护胡耀邦同志为党中央主席。三中全会前后，是谁冲破了“左”的一套造成的那潭死水，推动了历史的伟大转折？耀邦同志就是重要的一个。他敢于解放思想，勇于冲破种种禁锢，这不是他的缺点，而是一个共产党人特别是一位领导干部所必须具有的一股革命闯劲，一种革命胆略，这是难能可贵的，可以说是人才难得。自他担任总书记、主持中央书记处工作以来，做了大量的工作，很有成绩，这也是大家公认的。选他当主席顺乎党心、军心、民心。国际舆论预料也会是好的。
他说，这次人事变动，非常及时，是粉碎“四人帮”以来特别是三中全会以来，又一次最大的拨乱反正，一次有深远历史意义的战略决策，是全党的一件大事，关系党和国家的命运和前途。可以肯定地说，有这次六中全会的人事变动，可以在几十年内避免发生像“文化大革命”那样的浩劫。我是乐观的，对今后满怀信心，但是也不能高枕无忧，因为不安定的因素还存在，天下还不那么太平，我们务必谦虚谨慎，兢兢业业。我的态度，一是坚决拥护，二是寄希望于新上去的同志，在几位老中央副主席的传帮带下，把党和国家的事情办好。
习仲勋谈到自己进中央书记处时说，中央政治局这次建议选我进中央书记处，小组会上许多同志对我的评价，都使我诚惶诚恐，非常惭愧。我觉得这个担子很重，不能胜任，这不是谦虚。虽然我曾经在中央担任过领导工作，但那已是五十年代的事，现在情况与过去有很大的不同。人贵有自知之明：一、我的缺点毛病很多；二、工作能力不强，水平不高，虽有一些实践经验，但不适应目前形势的发展；三、年近古稀，已有力不从心之感，不符合领导班子成员年轻化的要求。总之，无论从哪方面讲，我都不够条件，比我强的同志有的是。今年三月底，中央通知我参加中央书记处的工作，我对耀邦同志讲过，我将竭尽全力，做一点力所能及的事，帮帮忙，在有生之年，力争为党多做一点工作，以不辜负党中央对我的信任及期望。现在我仍然是这个态度。我并且准备随时让贤与能。
习仲勋还谈了对一些问题的看法和思考。他说：
一是官做大了，不一定本事就大了。本事和职位是两回事，别人的经验不等于是自己的。在过去中央的几次会上我都说过这个话。
二是抬轿子、坐轿子的问题。抬轿子的人，任何时候任何地方都会有。问题在于坐轿子的人的态度，你是欣赏鼓励呢，还是抵制反对？抬轿子的固然不对，坐轿子的责任更大，我们每个人都会遇到这个问题，也都有一个如何正确对待的问题。
习仲勋的这些话，对领导干部来讲，至今仍有借鉴意义。
从到中央书记处工作直到十二大召开前的这段时间里，习仲勋协助胡耀邦处理中央书记处的日常工作，中央经常把一些重大的事情交他处理，他不负众望，以丰富的工作经验和革命家的魄力，驾轻就熟，卓有成效，受到了新老干部的称赞。
