自从斯坦因、伯希和盗劫敦煌遗书后，中国政府便将劫余部分共8000余卷，运送北京，入藏京师图书馆（今北京图书馆）。既然如此，为何橘瑞超、鄂登堡还能盗去大量遗书呢？斯坦因于1914年来敦煌时，又能从王道士处骗购600余卷呢？在运京途中及入藏京师图书馆前，又有许多散失呢？因此，探讨敦煌遗书之流失和被盗劫，不仅要研究斯坦因、伯希和、橘瑞超、鄂登堡、华尔纳等外国“考察家”、“探险家”的劫夺，而且要分析国内官僚地主及一些权势人物对敦煌遗书的盗劫，从而使一部分珍贵文物流散出去，造成了我国学术文化不可弥补的损失。这正如陈寅恪先生所说：“或日，敦煌者，吾国学术之伤心史也。其发见之佳品，不流入于异国，即秘藏于私家。兹国有之八千余轴，盖当时唾弃之剩余，精华已去，糟粕空存，则此残篇故纸，未必实有系于学术之轻重者在。”
一、敦煌文书的流散
敦煌文书发现后，即引起了我国学者的关注与研究。文书发现之初，王道士就请城中绅士来参观。绅士们不知其可贵，只认为这些佛经流落于外，诚大造孽，都叮嘱王道士仍藏洞内。“王道士颇机诈，思借之以贸利，私载经卷一箱至酒泉，献于安肃道道台满人廷栋。廷栋不省，以为此经卷其书法乃出己下，无足重。王道士颇丧沮，弃之而去，时嘉峪关税务司比国人某将回国，来谒廷栋，临行，廷栋出数卷赠之。此比国人行过新疆，复谒长庚将军（亦满人）及道台潘某。相与道敦煌事，复以经卷分赠长庚和潘道台”。
1902年，敦煌知县汪宗瀚把王圆篆送给自己的部分敦煌遗书、遗画和拓片等，转送给了甘肃学台、金石学家叶昌炽。叶昌炽深知这些文物的重要价值，立即建议甘肃省当局，要求将藏经洞全部文物运送兰州保管，而政府当局则以经费困难为由拒绝了这一建议。1904年3月，甘肃省藩台令敦煌知县汪宗瀚对藏经洞出土文物进行清点并封存。汪宗瀚乘机择其精品，送给了新疆、甘肃等一些地方官员。敦煌文献从此开始在外界流传。
斯坦因、伯希和盗劫文献后，藏经洞文物才开始为人们所知，并引起政府的重视。1908年，清朝政府责令敦煌知县并王圆篆“将此项经卷，妥为保存，毋再遗失私卖，致于咎戾”。于是将残存卷子分装两大木箱，名为“转经筒”，藏于第367窟。但狡诈的王道士还是私藏了不少经卷，偷偷出售。当1909年敦煌遗书运送北京时，由于王道士做了手脚，并没有全部运完，因此1914年斯坦因第二次来敦煌时，又从王道士手中买去五六百卷。当时在新疆一带也不时有人向外国人兜售。后来又在莫高窟发现了一批藏文佛经，甘肃省政府教育厅便令敦煌知县：“将该项番字经卷，悉数运送来省，交由省图书馆保存”。并派人会同敦煌县地方政府共同清理查验，共清理出藏文经卷94捆，重440余斤；带夹板经书11打，重1744斤。这些藏文经卷由敦煌劝学所、莫高窟寺院和甘肃省图书馆保存。
二、运京途中遭劫记
伯希和盗劫敦煌文献后，于1908年5月从敦煌出发往东，途经西安并停留了一个月，再经郑州、北京，于1908年12月12日到达了河内。
1909年伯希和又来北京，为法国远东学院购买汉文古籍。这次他于5月21日从河内出发，夏天到达北京。经田中庆太郎（东京文求堂店主）介绍，罗振玉等人于中秋节访伯希和于苏州胡同寓所。伯希和出示所带敦煌遗书《老子化胡经》、《尚书》残卷等10余种，并送给罗振玉一些敦煌文献照片。
关于伯希和在北京及敦煌遗书的流传情况，田中庆太郎也有记载，可以使我们了解的更详细一些。田中用救堂生这个笔名将当时的见闻题为《敦煌石室中的典籍》一文，发表在北京日侨主办的《燕尘》杂志2卷11号（1909年11月1日出版），文章说：
佛兰西东方考古学校教授伯希和氏获得藏在甘肃省境敦煌县石室中的经卷古书。得知归国途中在北京停留，立即赴八宝胡同旅舍通名片求见。未曾有过什么交往的伯氏把我让进了客厅。伯氏系三十岁左右的青年绅士，颇有学者风度。虽然是西方人，却能讲一口流利的北京话。
伯氏怀研究中国西陲地理古迹的目的，一年前从本国出发，经俄属中亚细亚进入新疆省，在库车停留八个月，在乌鲁木齐停留二个月，在吐鲁番又停留数周，连续地考察。在乌鲁木齐会见了长将军，得知敦煌石室的消息，随即取道巴里坤、哈密，出安西，在安西知州某人以一卷古写本相赠，立即可以确定这是唐写本。去年冬天离开敦煌县三个多月，弄到了藏在当地三危山下石室之中的写经和别的文物。
虽说大部分已被送往本国，还是出示了随身携带的几十件。全是炫人眼目的珍品，如唐写本、唐写经、唐刻及五代刻的经文、唐拓本等，纸质有黄麻、白麻、楮纸三种。其中《老子化胡经》不次于最好的《太平经》，《尚书·顾命》残片文字雄健，的确是唐人书法……听说伯氏带来奇书，不但北京士大夫中的学者，就连对古书怀有兴趣的入也都相继往访他的寓所，见到带来的珍品，无不惊讶。
九月四日，北京学者主办的伯氏欢迎会在豪华的大饭店举行了。当天出席者有：宝侍郎（宝熙）、刘少卿、徐祭酒（徐枋）、柯经科监督（柯劭态）、恽学士、江参事（江翰）、吴寅臣、蒋伯斧、董比部（董康）等十余人，成了名流齐集的盛会，遗憾的是罗叔言氏因感冒而缺席。……伯氏把摄影誊写的要求一一允承下来。伯氏与北京士大夫应酬之后，于九月十一日晚，乘坐前门开出的列车经西伯利亚归国。约定以后发表各种整理报告。
罗振玉在伯希和处见到敦煌遗书后，大为惊奇，如获至宝。立即就伯氏所带的部分卷子写了一份提要——《鸣沙山石室秘录》，刊入《国粹学报》。又约其他同志一道影照残卷10余种，编为《敦煌石室遗书》一书，由武进董康诵芬室刊行。
当与伯希和会晤时，伯希和说敦煌石室中尚有卷轴8000余卷，其中以佛经为多，可早日购归，以免再为人夺去。罗振玉得到这一消息后非常高兴，立即请学部发电报致护陕甘总督毛实君（庆蕃），托其将劫余敦煌卷子购送学部，并拟好电文上呈堂官，电文中说明购买卷子的经费先请垫付，由学部偿还。堂官允许发电，独把“还款”语删掉。这样，8月20日学部致电甘肃：“行陕甘总督，请饬查检齐千佛洞书籍，解部。并造像古碑，勿令外人购买。”电报发出一月后，甘肃省就复电学部和大学，说已购妥，共8000卷，3000元。
这里还有一个小插曲，由于学部发给甘肃的电报没有“还款”二字，罗振玉考虑到甘肃比较贫穷，未必能予垫款。于是提议大学出款，大学总监督刘幼云（廷琛）也推说无款。罗振玉说，大学如无款，可由农科节省经费来购，不然，可将我个人俸给全部捐出。罗当时任京师大学堂的农科大学总监督，由于他下了最大的决心，一再坚持，堂官才没有再明确反对。这一点罗振玉《鸣沙石室遗书序》中也有反映：“往者伯君告余，石室卷轴取携之余，尚有存者，予亟言之学部，移牍甘陇，乃当道惜金，濡滞未决，予时备官大学，护陕总督者适为毛实君方伯（庆蕃），予之姻旧，总监督刘幼云京卿（廷琛），与同乡里，与议购存大学。既有成说，学部争之。”当时学部“惜金”恐怕价格昂贵，不肯购买。及知仅3000元时，“学部争之”，决定留部，不给大学。
从甘肃敦煌押解经卷至北京，学部委托新疆巡抚何秋辇（彦昇）担任接受和押解，押解差官是江西人傅某。当载经大车到北京打磨巷时，何彦昇之子何震彝（鬯威）先将大车接至其家，约同其岳父李盛铎（木斋）及刘廷琛、方尔谦等，就其家偷选，将残卷中之精好者悉行窃取。而后又把卷子中较长者，破坏截割为二三，甚至五六段，以充8000之数。
为什么由新疆巡抚何彦昇担任押解任务呢？对此问题一直不得其解，有关论著或避而不谈，或云不知什么原因。最近我有幸拜读了敦煌学大家饶宗颐先生50年代写的一篇文章《京都藤井氏有邻馆藏敦煌残卷纪略》一文，从中得知：“何彦昇于宣统二年（1910年）官甘肃藩司，代理巡抚，当其任内，适学部咨陕甘总督调取敦煌经卷，着何氏收购到京。抵京后何氏先交其子鬯威。时官中册数，报有卷数而无名称及行款字数，故一卷得分为二三，以符报清册之卷数。何鬯威为李木斋’盛铎之婿，故菁英多归李氏及何氏。”
愧庵云：“刘（廷琛）、李（盛铎）、何（彦昇）三人所得敦煌残卷，何早卒，除其生前赠友者外，闻亦归李氏。佥知李、刘二氏多佛经以外之典籍，偶露鳞爪，难窥其秘也。近年李、刘皆去世，所藏始分别散出。”现日本京都藤井有邻馆所藏敦煌遗书，绝大部分为何氏旧藏，其目录首题即为：“何彦异秋辇中丞藏敦煌石室唐人秘笈六十六种”。其中还有一块原用来夹存文书册的木夹版版面，上有：“新疆布政使何彦异旧藏：敦煌石室唐人秘笈（五拾九种）目录、歌曲册”。这批文书上有许多收藏家印，多者为三方，即“何彦昇家藏唐人秘笈”、“合肥孔氏珍藏”、“德化李氏凡将阁珍藏”。“从所记目录及文书印记看，知是经何氏、孔氏之手才转归李氏所藏”。由此可知，“何氏之物，后归于李氏凡将阁，藤井氏所藏，非迳得于何，乃得自李氏者。有邻馆所藏此批敦煌残卷，虽为数不多，惟其为何彦昇旧藏，正可据以考查当时经卷遗失之情形”。从何彦昇所获敦煌遗书及其散失情况，就可见当时敦煌残卷流散的一般情况。
罗振玉《姚秦写本僧肇维摩诘经残卷序》亦记其事曰：“江西李君与某同乡，乃先截留于其寓斋，以三日夕之力邀其友刘君、其婿何君及扬州方君，拨其尤者二三百卷，而以其余归部。李君者富藏书，故选择尤精，半以贻其婿，秘不示人；方君则选唐经生书迹之精者，时时截去数十行鬻诸市。”当时移藏部立京师图书馆的卷子是8697号，民国18年（1929年）移交北平图书馆时增为9871号。
官僚世宦窃取敦煌遗书之事，当时社会上就有了一些传闻。罗振玉《鸣沙石室遗书序》所说：“比至运京，复经盗窃”即指此而言。此事也“为学部侍郎满人宝熙所悉，谋上章参奏，会武昌起义，事遂寝”。宝熙上奏，因辛亥革命爆发而没有查问。但这毕竟是一桩大案，学部为掩人耳目，只把押解员傅某扣留，最后还是经人说情而释放。吴昌绶《松邻书札》中致张祖廉一札云：“顷鬯威（何震彝）同年来，谓访公未值，有信托为代致，甘省解经之傅委员，淹留已久，其事既无佐证，又系风流罪过，今穷不得归，日乞鬯威为道地。弟闻前事已了，堂宪本不深求，可否仰仗鼎言，转恳主掌诸君，给札放行，其札即由公交鬯威亦可，渠既相嘱，特为奉致，望径复之。”将这样大的盗窃公案，以“风流罪过”，巧于开脱。最后以“事出有因，查无实据”结案。
被窃卷子当时就流到了市场上，罗振玉说：“遗书窃取，颇留都市，然或行剪字析，以易升斗；其佳者或挟持以要高价，或藏匿不以示人。”如方尔谦所盗窃的遗书，当时就拿到市场上出售，“故予箧中所储，方所售外，无有也”。李盛铎所窃，1935年一次就卖给了日本人400多卷。
