1895年的战争与和平，终结了清王朝对朝鲜的宗主国地位，并割让了台湾与澎湖列岛。此外，她还同意分八期支付二百万两银子的赔款，实际上将她的海关降格为日本的债款征收所。她还允许日本，并通过适用最惠国待遇条款，允许其他许多国家，在她的国土上建设工厂，于是开启了一个索尔斯伯里爵士（Lord Salisbury）称之为“特许权战争”的时期。不过，这场战争更深层的影响，是在中国人心中挥之不去的恐慌感，是历史学家们所谓的“自强运动”或“同治中兴”的彻底破产。
在中国人眼里，日本的文明起源于中国。日本是一个很小的国家，日本人虽被认为和中国人同种同源，但其身材较矮。日本的现代政策是与其大陆邻国的计划同时起步的，而中国竟然在其手上吃了这个难以置信的败仗。在此之前，中国从未遭到亚洲国家的欺侮。这种耻辱犹如泰山压顶，令人惊愕，而中国的政治家们却完全陷入绝望之中。
在同治中兴时期（约从1865年至1985年），中国训练了新式军队，组建了海军，建设了兵工厂和其他工厂。有了这份保险，中国享受了近三十年的和平与秩序。只要淮军与北洋水师占有优势，这个朝代就是安全的，因为帝国的疆域及其邻近的地区都处在其保护之下。这就是李鸿章极不情愿接受日本挑战的原因。对这些作战部队的真实力量缺乏具体了解的那些人，谴责他，迫使他改变自己的对日策略，还在他声望扫地之后，将他送往海外去做漫长的旅行。他空缺出来的总督和北洋大臣之职，由王文韶接任，但实权落入了荣禄——军队的满人统帅之手。此人当前的任务，就是跟其他决策者一起，设法恢复帝国京城的安全。在政府内部，讨论的问题集中于募练一支新军；朝廷之外，学者们大声地批评“自强”政策，主张激烈的政治变革。在许多可用的材料中，我们只需摘录两段话，就足以证明这一点：
李鸿章壮年受国防之重寄，而甲午之耻之失，令其落为夷人之笑柄。其后侈谈洋务者，无不遭人耻笑。[胡思敬：《戊戌履霜录》，载《戊戌变法》第一卷，第399页。]
以及
不见李鸿章训练之海军洋操、所设之水师学堂、医学堂乎？不见张之洞所设之实学馆、自强学堂、铁政局、自强军乎？李以三十年之所变者如此，张以十五年所变者若此，然则再假以五十年，使如李、张者，出其温和之手段，以从容布置，到光绪四十年，亦不过多得此等学堂、洋操数个而已，一旦有事，则亦不过如甲午之役，望风而溃，于国之亡能稍有救乎？[梁启超：《戊戌政变记》，1954年版，p第83—84页。]
这时出现了两种思想流派。一派盛行于政府圈内，继续认为传统的社会与政治体制是完美的，但是承认中国的军事弱点。他们说，中国所需的只是一支现代的更有效率的作战部队。在19世纪60年代，自强运动得到新组建并已扩张的海关机构的财政支持，后者每年为政府提供三分之一以上的财政收入。如今这些财政来源一一抵押给外债了，所收的税款用于支付给日本的赔款。没有了这些来源，新的作战部队不可能比老的更大，而且只能局限于正规军内。这就导致了驻扎在北京附近小站的“新建陆军”的兴起。另一个思想流派激进得多，因为它主张采用立宪制和彻底的政治改革。持这种想法的人们拒绝相信腐朽过时的行政机器会有什么新的措施。这最终在1898年的戊戌变法中达到顶峰。无论是在新军还是在变法中，袁世凯都发挥了他的作用。
让我们先来看看那支新建陆军。
1884年以前，中国拥有一支相当规模的海军，分为两个水师，即南洋水师和北洋水师。南洋水师在1884年的抗法战争中遭到重创，北洋水师则在十年后为日本所灭。如今财政拮据，中国发现自己无法唤醒成为海上强国的梦想。另一方面，现存的军队包括数量庞大的弓箭手和长矛手，装备了一些过时的毛瑟枪，再加上甲午战争后留下的淮军残余部队。中国事实上已经养不起这些军队，同时也无法训练一支新军。但是，国内的形势要求保留前者，而外国的压力则需要后者。
战后残余的淮军包括聂士成将军的武毅军，宋庆将军的毅军，加上董福祥将军实际上只是一群乌合之众的甘军，构成了帝国京城和华北的不足以胜任的防御力量。这些部队总计不超过七万人，虽有一定程度的嗜血之勇，却未经训练，纪律松散，装备有各种牌子和口径的毛瑟枪与来复枪。显然，中国迫切需要一支新军。1894年末，在战争的一个关键阶段，冯·汉纳根向军机处和总理衙门呈交了一份计划书，他在其中提议使用赫德爵士所控制的资金，训练一支十万人的现代军队。大学士翁同龢赞成这个想法，认为中国“舍此无以自立矣”。[《翁文恭公日记》，1894年10月28日，见《中日战争》第四卷，第505页。]英国公使欧格纳提出了同样的建议。此外，他认为赫德爵士是总揽全责的最合适人选。根据翁同龢的指令，在军机处尤其是荣禄的赞同下，胡燏棻制订了一份详细的方案，强调训练要在外国教官指导下进行，武器和组织机制要统一。他还提议，华北应该负责训练五千名士兵，华南负责训练三万名，湖北与湖南负责训练两万名，估计总开销为一千四百万两白银。
盛宣怀，李鸿章在商业和经济事务中的副手，也提交了一份训练新军的计划。他把新军所需的人数定为三十万人，但坚持裁撤八十万人的传统军队。根据他的计划，一名军人应该服役十四年，三年在常备军中，拿全饷；三年在后备军中；三年作为侍从兵；五年在团勇部队。在第一个三年之后，他有复员当平民的自由，只要参加每年的演习；在整个十四年当中，他可以免除其他形式的徭役。其他就此事上疏的大臣包括一些著名人物，如湖广总督张之洞，以及新任直隶总督王文韶。
军机处也有自己的方案，但野心没有那么大，而是将前四个月的人数指标定为仅四五千人，并选择小站为训练地点。此地位于北京与天津之间，正是李鸿章二十多年来将之用作淮军兵营的所在地。胡燏棻，而不是袁世凯，被任命为督练官，而冯·汉纳根担任总教习。胡燏棻是一名能干的开明官员，但他跟那位德国人相处不好，因为，如他所说，汉纳根贪婪而自负。不久之后，他放弃了对此军的管理，宁愿去修铁路，袁世凯被任命为他的继任者。
除了那些已经名誉扫地的淮军将领们以外，袁世凯在其同侪当中，是唯一一个具备这个任务所需经验与知识的人。此外，他的名声没有污点，且对这份工作表示了相当大的兴趣。在战争结束之前，他于1895年5月17日致函军机大臣李鸿藻，其中写道：
至此次军务，非患兵少，而患在不精；非患兵弱，而患在无术。其尤足患者，在于军制冗杂，事权纷歧，纪律废弛，无论如何激励，亦不能当人节制之师。……为今之计，宜力惩前非，汰冗兵，节靡费，退庸将，以肃整励。并延募西人，分配各营，按中西营制律令参配改革，著为成宪。必须使统将以下均习解器械之用法，战阵之指挥，敌人之伎俩，冀渐能自保。仍一面广设学堂，精选生徒，延西人著名习武备者为之师，严加督课，明定升阶。数年成业，即检派夙将中年力尚富者分带出洋，游历学习，归来份殿最予以兵柄，庶将弁得力，而军政可望起色。[袁世凯禀李鸿藻，1895年5月17日，见《中日战争》第五卷，第219页。]
这份信函带来的结果是，袁世凯于6月份被召至京城议事。他和胡燏棻，还有另外许多人，完全明白这项任务的意义，这个意义不仅是对整个国家而言，也是对被选来担负这份工作的个人而言。袁世凯与胡燏棻之间的竞争不可避免。胡燏棻写信给李鸿藻，称袁世凯“英气逼人”。[1875年7月8日，载《中日战争》第五卷，第221页。]张佩纶，李鸿章的另一位地位很高的副手，在给同一位军机大臣[即李鸿藻。]的私信中，写了下面这段文字批评袁世凯：
（我）与之深谈数次，大言不惭，全无实际；而究其所为，骄奢淫逸，阴贼险狠，无一不备。公以通家子弟畜之则可，以天下奇才目之则万万不可。所以不能已于言者，既已误合肥矣，更恐误国，更恐误公！[写于下关条约签署几个星期后，见《中日战争》第五卷，第231页。]
尽管有这些对袁世凯的攻击，李鸿藻仍然对袁世凯形成了很好的印象，荣禄与翁同龢也是如此。但有件事对他非常不利，而有利于胡燏棻，那就是，在此次任命之前，袁世凯参加了梁启超的强学会，那是一个维新团体。由于胡燏棻因与汉纳根不和而离开了岗位，荣禄指示袁世凯提交一份军事训练的报告。袁世凯写了洋洋数千言，主张采用德国技术。于是，李鸿藻得到荣禄的支持，奏荐他有能力训练一支有效率的军队。臭名昭著但权势赫赫的庆亲王[ 即奕劻，晚清宗室重臣，袁世凯的政治盟友，时任总理海军事务大臣。]和大太监李莲英都支持任命袁世凯。于是军机处于1895年12月8日上疏给皇帝，请求任命袁世凯指挥并监督新建陆军的训练。
袁世凯在1895年中旬接管了这支军队，当时他三十六岁。小站有十营军队，包括三千名骑兵、一千名炮兵和二百五十名骑兵，以及五百名工兵。步兵分为两个团，包括速射炮和重炮，以及后备部队。工兵分为六队：建桥队、筑垒队、辎重队、修理队、勘测队、布雷队、电报队。武器装备远非标准配备。根据袁世凯对军机处的报告，西式训练将要继续，外国教官的人数要从两名增加到五名，而现有的两名，一个是德国人，另一个是挪威人。他还提议将此军从五千人扩大到七千人，其薪酬要按袁世凯提出的标准并在其亲自监督下支付。每月的总薪酬多达七万两白银，加上其费用，都由户部拨给。
他的行营有一名参谋长，由他的老朋友徐世昌担任；还设了一名秘书，就是他从前在朝鲜时的助理唐绍仪。大营还设立了四个部门——供应、辎重、运输和外务（情报），有两名军官负责军法与操练。德国留学归来的满人将军荫昌，时任天津武备学堂的总办，他向袁世凯推荐了自己最得意的四名弟子——冯国璋、段祺瑞、王世珍和梁华殿（最后这个人后来在一次夜间演习中淹死了）。冯国璋与王世珍是直隶人，而段祺瑞是安徽人。他们后来成为北洋军阀的三巨头，以及两大权力派系的首领。冯国璋当上了袁世凯的副官，兼任步兵学堂总办。段祺瑞任炮队指挥，兼任炮队官兵学堂监督。王士珍任工程营管带，兼任德文学堂监督。
一年后，1896年12月10日，袁世凯向朝廷报告，已经建成了一个全编制团，包括步兵和炮兵两个兵种，以及四个骑兵连。他采取了特殊措施防止官兵吸食鸦片和贪污公款。士兵们的薪饷是在他亲自监督下发到个人手中的，而不是像过去那样发放给指挥官。部队纪律森严，只用两种办法约束部下，要么提拔，要么斩首。然而，1897年4月，一名御史给皇帝上疏，指控袁世凯嗜杀与腐败。为了回应此疏，荣禄前往小站调查。他回京以后，对袁世凯的成就给予毫无保留的赞扬。两年后，当袁世凯和那位御史在山东会面时，他遗忘并原谅了一切，让他进了自己的营务处。
当贝思福少将[查尔斯·贝思福男爵（Rear-Admiral Lord Charles Beresford，1846—1919年），1859—1916年任英国海军舰队司令和下议院议员。]于1896年10月访问小站时，袁世凯事业生涯中的一个重大时刻到来了。这位将军对这里的七千四百名山东人留下了深刻印象。步兵装备了标准化的毛瑟来复枪，骑兵既有毛瑟、来复枪，又持长矛，炮兵拥有一至六磅的六响排炮，还有马克西姆式机关枪。他评论道：“按照西方标准，袁世凯的部队是中国唯一装备完善的武装力量。”[《中国的解冻》（The Break-up of China），1899，第4—5页。]袁世凯由于在小站成绩斐然，于1897年7月被提升为直隶按察使，引得世人瞩目。大学者吴汝纶在1896年1月17日写信给他说：“闻雄部专以西法教练，此最目前要务。”[《中日战争》第五卷，第303页。]最重要的是，荣禄与翁同龢都对袁世凯维持着良好的印象。前者是皇太后的忠实拥趸，而后者是皇帝的老师。
新建陆军继续成长壮大，与此同时，张之洞的自强军在汉口与武昌成立，而聂士成将军的武卫军也在组建之中。聂士成的部队多达近万人，但在操练和装备上无法与袁世凯的部队匹敌。然而，由于各个方面的努力，帝国的防御正在逐步地巩固。1898年初，京城周边驻扎了五支部队。聂士成将军守卫天津的入口；宋庆将军守卫北京的东北关；荣禄自己的部队拱卫京郊；董福祥将军在冀州附近，而袁世凯本人在小站。尽管小站的部队号称最强，但他们尚未经过战斗检验。何况，他们的指挥官是个精明的男人，非常清楚这支部队对其地位的重要性。新建陆军对于袁世凯，如同淮军之于李鸿章，湘军之于曾国藩侯爵，或浙军之于左宗棠。他很清楚，淮军的失败与李鸿章的垮台同时发生，绝非巧合。另一方面，他呆在朝鲜的日子，使他能够近在咫尺地观察到，两个国家由于固执坚守传统的方法，拒绝根据时代的需要采用新的政治与经济措施，因而走向了衰落。因此他也充分知晓彻底变法维新的必要性。
的确，自从1895年之后，这种改革的必要性在日益增加。康有为，当年进京参加会试的一名“公车”[汉代以公家车辆递送应举之人，后世遂以“公车”代指举人入京应试，此处意指应试举人。]，和另外一千多名考生一起，向皇帝上书，要求立即变法。他和他的同志，包括梁启超与谭嗣同，还在全国组织了许多学会，以促进这项事业。袁世凯加入了其中的一家，以此表达他的支持。但是他明白，有一道底线他是不能逾越的。他不会将他的军队与变法者的命运融为一体，从而危及他的地位与前途。
