对慢性细菌性前列腺炎采用抗菌药治疗，这是毋庸置疑的，问题在于抗菌药究竟应使用多长时间、怎样使用呢？对这些问题尚没有一个标准的答案。原则上讲，应根据病人的具体情况包括病情、服药后的效果、药物的副作用、病人的经济状况等灵活掌握，但一般说来，要经过耀个月时间的正规治疗才能停药。因为大多数慢性细菌性前列腺炎病人在有规律地系统用药个月左右，前列腺内的细菌虽然已被抑制住，但还不能有效地被杀灭，如此时停止服药，这些细菌就有可能“死灰复燃”或“卷土重来”，引起慢性前列腺炎的复发。此外，在使用抗菌药时，应采用联合用药（同时用两种或两种以上抗菌药）或交替用药（两种或两种以上抗菌药交替使用）。
因为，如果长时间使用同一种抗菌药，细菌容易产生耐药性，就是说细菌已经适应了某种抗菌药，可以抵御这种药物作用了。最近有些学者主张，在治疗的开始阶段采用“冲击”疗法，即选择两种或两种以上的有效抗菌药交替使用，或同时使用个月，等到病人的前列腺液检查趋于正常时，再做维持性治疗，方法是每隔天左右更换一种抗菌药，并逐渐减少用药剂量，维持数月。这种方法虽然比较麻烦，但疗效可能会更好些，副作用也会更小些，只是需要病人有耐心，积极配合治疗。
