回到巴黎后，拿破仑开始考虑制定宗教信仰法。在此之前，一派有势力的人曾向拿破仑倡议同教皇决裂，建立一个独立的法国天主教会，其首脑应住在法国。并指出这样做可以使第一执政的权力大大增强。可拿破仑却不以为然，他说：“我相信，法国一部分是要成为新教徒的，尤其是我要赞助那个倾向的话。我也确信，法国大部分仍将信仰天主教，他们会热情百倍地反对同胞分化。我只须恢复法国原来盛行的宗教，再给少数人以宗教信仰自由，就能使每个人满意了。”拿破仑本人并不信仰任何宗教，但却深通心理战略，他十分清楚地认识到教会仍能左右群众的情感。法国境内还有4万名僧侣，他们对人民的心理足以发挥强大的影响。为了使自己的政权获得强有力的支持，拿破仑决定与天主教合作。1801年7月15日，拿破仑关于重建天主教信仰一事同新教皇庇护七世达成了政教协议。一个月后，《箴言报》发表了一项告示，措词如下：“明天，热月27日，即8月15日（星期日）是圣母升天节，届时，巴黎圣母院教堂和各教区教堂都将举行感恩赞美诗歌诵会，以示广施恩德……”人们不敢相信自己的眼睛，这些曾被革命风暴扫除的历史垃圾如今重又出现在法兰西共和国的官方报纸上，人们不由得感叹革命早已成为往事。
胜利与和迫使拿破仑成为一位受到普遍颂扬的英雄。为了表彰拿破仑的业绩，1801年5月4日，法国议会通过了执政任起再次延长10年的决议。然而，拿破仑对此并不满意，他的目标是要成为终身执政。他向参议院提出了这一要求，可遭到参议院的否决。他没有因此对参议院大加责难，而是对议案作了不动声色的回避性答复，他说：“如果人民的愿望要求参议院授与这10年任期，我将服从这新的牺牲。”他希望能从人民那里获得更大权力。
这两项参议院法令公布之后，一些有利害关系的谋士纷纷聚集到第一执政的周围，提出应恢复古代的各种称号，说这比共和国的各种形式更能同人民托付给他的新权力相配。然而，老练的拿破仑认为心急吃不了热豆腐，一切得等待时机。他对布里昂说：“到时候一切自会来的。不过，布里昂，你要明白我必须首先采用尊号，这样，我要授给的其他称号就自然有了来源。最大的困难已经克服，无须再瞒骗什么人。人人都看得明明白白，终生执政同帝位之间只有一步之差。但是，我们必须多加小心，保民院有些爱找麻烦的家伙，但是我会提防他们的。”
拿破仑要当皇帝的念头引起了一个女人的严重不安，那就是波拿巴夫人。约瑟芬清楚地知道自己再也不能生儿育女了，一旦拿破仑成了法国的皇帝，皇帝难道不应赋予自己的臣民一个属于自己血统的继承人吗？为了有自己血统的继承人，皇帝难道不会同自己离婚吗？每想到这，约瑟芬便不寒而栗。不久前，拿破仑的弟弟吕西安曾向约瑟芬暗示，第一执政必须同别的女人有个孩子，以便有个继位的嗣子。约瑟芬为此抽岂不止，同时又气愤难忍，她认为这是吕西安给拿破仑出的馊主意。有一天，约瑟芬不待通报便径自走进丈夫的房间，她红光满面，温柔地坐在拿破仑的膝头，用手轻轻抚摸他的头发和脸庞，柔声对他说：“我恳求你，波拿巴，不要做国王！是吕西安怂恿你为王的吧？别听他的。”拿破仑和平地回答她：“你疯了，可怜的约瑟芬，是你们圣日尔曼郊区家庭的那些富贵老孀妇，还有你们那帮罗许富科①给你讲的海外奇谈吧！……好吧，现在别打搅我了，你去吧。”约瑟芬仍然放心不下，“离婚”两字始终像恶梦一样萦绕着她。她从拿破仑的沉默寡言和他所流露的表情中，感觉到大祸即将临头。拿破仑时而闷闷不乐，默默无语，似乎在疏远她；时而又像往昔那样激情漾溢，温柔体贴，把她紧紧地抱在怀里，对她说：“我可怜的约瑟芬，我永远也无法与你分离。”如今的约瑟芬就好像是被允许在屠刀下苟延残喘的囚犯，随时都会得到一张死刑判决书。
惠灵顿和布吕歇尔对法军的行军一无所知，拿破仑决定乘两军没有备战之机，将主力插入敌人两个军团之间，割裂它们的联系，不使它们相互支援，然后将其逐一消灭。6月14日，拿破仑将其大本营前移，设置在法比边境附近的博蒙特。他下令全军分成两路，在翌日拂晓前越过边界，向布吕歇尔军发起进攻，压迫布吕歇尔军团后退，再围歼孤立突出的惠灵顿军团。
拿破仑万万没有想到此时的内伊也处境困难。由于内伊在前一天的犹豫不决和行动迟缓，致使惠灵顿以一部分兵力抢先占领了卡特尔布拉斯。现在他的第二军已被惠灵顿军团的2万人死死缠住，困在卡特尔布拉斯以南地区不能脱身。第一军仍在行进途中，没有投入战斗。拿破仑见内伊军迟迟不到，非常焦急，他再一次给内伊下令，叫他留下第二军和一个骑兵师去对付英荷军团，抽出戴尔隆的第一军迅速攻击普军右翼。同时，他还命令作为总预备队的第六军立即从沙勒罗瓦赶到利尼前线。
战况在急剧发展，拿破仑不能坐等援军的到达，他亲自督促法军发起一次又一次冲锋，普军8万余人被拖得精疲力竭。下午5时左右，布吕歇尔的预备队已全部投入战斗。拿破仑估计从内伊那里抽调来的第一军最迟也能在6点之前到达，他决定出动近卫军进行最后的冲击，与即将到来的第一军共同歼灭利尼的普军。
正当近卫军一切准备完毕，即将发起攻击时，拿破仑突然接到旺达姆一个惊人的报告，说在后方约3公里的地方，发现一个敌军纵队，人数可能有二三万，此纵队正在向法军背后接近。这一情况立刻引起混乱，旺达姆军的许多士兵开始逃命，师长们不得不将炮口对准逃兵，迫使他们安定下来。鉴于情况的突变，拿破仑只好命令近卫军暂不发起攻击，以对付突然出现的威胁。同时，派出一个参谋前去弄清该路敌军的情况。
半个小时以后，参谋返回，报告说那不是敌军，而是奉命前来增援的第一军。一场虚惊过去了。不过，拿破仑仍感到奇怪，按照自己的命令，前来增援的第一军应该出现在利尼村的西北方，怎么会从南面己方的侧后出现，但不管怎样，总算有援军来了。就在拿破仑庆幸该军来得及时的时候，这个突然而至的援军，在距离前线不足3公里的地方，又莫名其妙地掉头朝内伊所在方向返回了。拿破仑大惑不解，想派一名参谋去追它回来，但时间已来不及了。这时已是下午7时30分，离天黑不到一小时，拿破仑决定不再等待。于是，在重新收拢惊慌失措的部队以后，随即发起了进攻。
天气变得又闷又热，落日不时被巨大的乌云遮蔽。不一会，倾盆大雨从天而降，近卫军冒着如注的大雨发起冲击，犹同一道倾泻而下的钢铁洪流，很快占领了利尼村。风息了，雨停了，骤然响起的雷暴也消失了，落日的余辉透过零乱的乌云散射在战场上。布吕歇尔亲自率领32个骑兵中队，向近卫军发起了反冲击，企图夺回利尼村。混战之中，布吕歇尔的坐其中弹倒毙，老元帅掉在地上，摔得满身青肿。这时，法军已从四面紧逼上来，布吕歇尔的副官急忙将元帅藏起来，然后在一些胸甲骑兵的掩护下，连拉带扯地把这位72岁的老人救出包围圈。由于防线已被切断，元帅也已负伤，普军在夜幕的掩护下开始全线撤退。经过两天连续战斗的法军也无力进行追击。这时拿破仑因患了感冒，自己先返回大本营去了。
利尼一战以法国的胜利而告终，普军死伤2万余人。但是，拿破仑对这一仗非常不满意，他认为如果不是内伊军的行动迟缓，他一定会在利尼将普军全部消灭。现在的普军只是被击败，并没有被消灭。
就在利尼会战的同时，内伊和惠灵顿也展开了一场激战。内伊的第二军多次向卡特尔布拉斯发起进攻，由于兵力不占优势，均告失败。内伊不断催促随后跟进的戴尔隆第一军迅速前来增援。就在第一军快要接近战场时，苏尔特的传令官送来了拿破仑那个抽调第一军前去增援法军右翼的命令。传令官在半路上直接把这命令传达给第一军军长戴尔隆。由于该命令是拿破仑用铅笔草书的，字迹潦草难认，以致传令官在宣读时，把地名华格里尼错读成汪格尼斯。前者位于利尼西北5公里处，后者则是利尼以南5公里的一个小村子。由于地名的错传，致使第一军出现在右翼法军的后方，引起了旺达姆军的一场虚惊。
戴尔隆一面指挥军队掉头东向汪格尼斯，一面派参谋长向内伊报告备案。内伊对第一军早已望眼欲穿，忽然听到第一军前去增援右翼，不禁火从胸起，大为恼怒。正在这时，他又接到苏尔特下午3时左右发出的那封信，催促他速向法军的右翼转用兵力。信刚看完，当面的英军再次从卡特尔布拉斯发起反击了。
三个情况加在一起，内伊极不冷静，他不顾拿破仑的命令，急召第一军折转回来。同时，不惜孤注一掷，亲自率领仅有的1万余人向敌军发起冲击。由于英荷守军兵力已经增至3万余人，其后续部队还在源源不断开来，再加上惠灵顿的亲自指挥，内伊的进攻又一次失败了。戴尔隆在接近利尼时收到了内伊要他返回的命令，他未加考虑，便机械地照章执行了。这就造成了拿破仑所看到的援军莫名片妙掉头回去的情况。夜幕低垂时，第一军赶回了卡特尔布拉斯附近，不过，这时战斗已经结束，双方各自损失了约5000人。这样，一支约有2万人的军队，在左右两路法军同时吃紧的情况下，只是在两路军队之间来回运动，根本没有发挥任何作用。拿破仑对此十分恼火，他认为当时不管把它用到哪一方，都可能导致决定性的结果。
此时的拿破仑对撤退中的普军意图还不甚明了，普军是和英军分开，还是联合在一起？是掩护布鲁塞尔还是它的补给地列日？普军是否还想在另一次会战中试试他们的运气？于是，他命格鲁希在追击普军的过程中，随时向他报告普军的运动方向。
内伊接到拿破仑要他拖住英荷联军的命令后，因没有发现英荷联军有撤退迹象，故只派小股部队出击，以此缠住敌人。中午时分，他又收到苏尔特的书面命令，苏尔特告诉他皇帝正率军向马尔拜斯进发，这支军队可支援他作战，要他立即进攻防守卡特尔布拉斯的敌军。可这命令仍没引起内伊的足够重视，他依然从容不平地命令他的部队按时吃午饭。
拿破仑企图利用敌人仓促占领阵地的时机，一举突破其防御阵地。他立即下令把4个炮兵连从后面调上来，以火力压制敌军，同时，也命令第四骑兵师发起冲击。但在英军居高临下的炮火打击下，法军很快败下阵来。这时拿破仑深深意识到，由于内伊的掉以轻心，行动迟缓，他已经失去了一个良好战机，今天不可能再发起进攻了。他无限感慨地说：若有神力，能使敌人行军延迟两个小时就好了。
17日晚上，拿破仑在李客劳农庄过夜。午夜刚过，他就从床上爬了起来，他特别担心惠灵顿会趁夜溜走。18日凌晨1时，他就在司令部坐立不住了，在贝特朗将军的陪同下，踏着泥水，穿过一排排躺在地上宿营的士兵，走近到敌人的前沿。在淅淅沥沥的雨声中侧耳倾听，判断敌人有没有撤走的动静。他这样倾听着，直到东方发白，才返回司令部。
一回到司令部，他就看到了格鲁希发来的报告，报告中说一部分普军已向华费里方向撤退，其企图可能是要与惠灵顿军会合；布吕歇尔率领的主力正向列日方向撤退。拿破仑综合分析了所有情报，最后断定：普军主力正向华费里集中，企图与惠灵顿军会合。上午10时，苏尔特奉命给格鲁希写信：“皇帝已经接到你从耿布劳斯送来的第一次报告。你只告诉陛下有两支普军纵队，但我们从另外的报告中得知还有第三支也向华费里方向行动。皇帝命令我告诉你，他正准备进攻滑铁卢的英军，陛下希望你也进到华费里，以便与我们保持接触，并驱逐在你前方的普军。”
这位天才的活动家身陷囹圄，毫无作为，他只有在这被人遗忘的海岛上默默等死。为了打发孤寂无聊的时光，他和小女孩一起做游戏，和园丁们一起修剪花木；他大量地读书、骑马，与人交谈，口述自己的历史。他的才智在衰退，意志在消沉，精神受到压抑。心理上的毁灭加上胃部的病变使他的健康每况愈下。1820年末，他的病情加剧，精神越来越差。他往往几个小时沉默不语，忍受着来自胃部的剧烈疼痛。1821年1月，他试图用体操来制服疾病，可他发现自己力不从心，体力在迅速下降。3月，病痛发作越来越频繁，发烧、呕吐、胃部及肩部疼痛使他苦不堪言。他开始意识到自己活不多久了，他对身边的人说：“在过去的那些日子里，我是拿破仑。但是，现在我一无所有，我的体力、我的智力都离开了我。我不能再活下去了。”他拒绝服用英国医生给他开的药，他大叫着：“我不吃药，既然英国要我的尸体，我不愿让它久等，我现在用不着毒药就可以死去。”
19年后，法国旗月王朝的路易·菲力气派军舰到圣赫勒拿岛接回了拿破仑的遗骨。1840年12月15日，巴黎人民满腔热情地举行了隆重的接灵仪式。数不尽的人群冒着严寒、迎着风雪，护送着灵柩前往塞纳河畔的荣军院。从此，拿破仑的遗愿得到了实现，他以一个老兵的身份安息在塞纳河畔，安息在他热爱的法国人民中间。
