日法协定擅自确定各自在华“势力范围”。本年3月，日本获得法国五厘借款三万万法郎，日法同盟遂有水到渠成之势。本日，日法协定及附属宣言在巴黎签订，声明“尊重中国独立与完整”，维持日法在东亚领土之安全。另有关于中国之换文“确定”，广东、广西、云南为法国在中国之“势力范围”，日本在华“势力范围”则为福建及满蒙。8月17日，清外务部以日法协定有碍中国主权，照会日法两国提出抗议。
两广总督岑春煊奏请规划全国铁路。统筹全局，以京师为轨枢，分东西南北四大干线，并派员勘明缓急，次第兴修。
军机大臣、法部、大理院会同奏请增改大理院官制。拟改推官为推事，改总司直为总检察厅丞，改司直为检察官，三等主机为主簿，又拟分刑事为四庭，民事仍为两庭，各庭设推事五人，并增设看守所。
6月上旬。广东南雄县白顺司地方“三点会”千余人暴动。
6月11日。革命党人刘思复谋刺广东水师提督李准未成。刘思复1904年赴日本留学。次年秋，在东京加入中国同盟会。1906年夏秋间，同盟会决议在广东举行起义，他回国从事革命运动。起初，在香港主持东方报笔政。本年春，汪精卫由日本至香港，与冯自由、李纪堂等在香港普庆坊设立机关，刘思复也移居其内。当时，广东水师提督李准大肆捕拿革命党人，刘思复与张谷山等便密谋刺杀李准，遂移居风翔书院（广州城内旧仓巷）设立长乐留学公所，作为运动学生与军队的枢纽。刘思复探悉李准予每月朔望清晨赴总督衙门，决定在途中炸死他。乃由香港机关部预为策划，刘思复所用炸药及铁弹，均在香港制成，分别携至广州。本日晨，刘思复起草遗书给驻香港的冯自由、胡汉民、汪兆铭、李纪堂等。写完后，取出弹药，配置药粉，先装成一枚，及配置第二枚时，药粉散落铁壳上，因受摩擦，弹忽自爆，伤手足及面部，鲜血狼藉。张谷山闻声而至，急赴邻近图强医院，求医生伍汉持速来诊视。伍汉持见刘思复伤状，初以为被人枪伤，并未疑及炸弹爆裂。图强医学校学生陈逸川等察看伤势时，见藤篮内有铁弹两枚，知为革命党人所为；又见席下露出书信数件，陈逸川即收入袋内。此时警察已至，发现铁弹，渐起疑窦，张谷山知事严重，遂托词往警局带人来验查，密怀革命文件逃去，到好贤街朱执信宅报讯。次日，张谷山、朱执信到香港《中国日报》社告变，冯自由、胡汉民、李纪堂共商挽救之策。时刘思复已由巡警道龚心湛令移至医院治疗，以备伤愈后究办。伍汉持也被牵连逮捕。李准初欲大兴党狱，后由法政学校员工联名禀保，刘思复始获开释，不久解回香山原籍监禁。1909年，因同志陈景华营救获释。
俄国干涉中国黑龙江航行权。《朴次茅斯和约》签订后，辽河、渤海等处航行权和旅大港为日本所占，沙俄转而致力于垄断黑龙江、松花江水系的水上运输。结果，凡吉、黑两省可通行轮船之地，无不为路局轮船所到之处。俄国的东省铁路公司窃取了松花江水路管理权，并以保护航运为名，向中国的通航船只敛收通过税。中国东北地方当局为挽回主权，减少损失，于1907年创设松花江官轮总局，购置小轮，开辟航线。5月29日，黑龙江副都统照会俄国，拟将齐齐哈尔前购小火轮船运至黑龙江行驶，俄廓米萨尔来照刁难称：黑龙江行驶火船之事，“须得彼此妥议后方许可”。本日，俄方指责中国齐齐哈尔号轮航行说：“该管带不谙驶行该江之章程，恐不免有失事之虞”，要求该轮“参照俄国所驶各章”航行，并望转告中国地方官计议拟定暂行航行章程。6月27日，又向清外务部提出无理要求：在航行章程制定以前，“中国船由松花江赴黑龙江应领船牌，并由俄国驻满洲里领事官自行发给执照，或中国地方发给执照，由俄领事签字盖印”，“以便俄员查验放行”。7月19日，黑龙江巡抚程德全就俄使来函干预华轮行驶黑龙江事咨复东三省总督徐世昌称：“黑龙江本中俄两国公共之江，彼此皆互有航权。从前俄轮行驶黑龙江等处，均未由华官发给牌照，亦并未由俄领事发照请华官签字盖印。现在华船行驶，自应比照办理，以昭平允。”现行驶黑龙江之轮仅有齐齐哈尔商船一支，“无难查核，不至别生枝节”，应俟中俄黑龙江航行章程议妥后两国轮船一律照办。1908年夏，东三省总督派员就松花江水路管理权问题与东省铁路公司交涉，指出事关中国主权，不容他国插手。但俄国船只不仅照常在松花江任意航行，而且东省铁路公司于次年七月公然派船闯入嫩江，直至墨尔根。1909年6月，清廷决定容许各国汽船在松花江航行和贸易，以打破沙俄独占松花江航行权的局面，沙俄公使竟然指责清廷蔑视瑷珲条约，是“违法”举动。双方随即进行交涉，结果于1910年8月8日在北京签订了《松花江行船章程》，确认东省铁路公司轮船和其他俄国船只可以行驶松花江。从此，俄国轮船鳞集，畅行无阻，松花江俨然与东省铁路公司的领水无异，而清廷关于向各国“开放”松花江的决定终未实行。
6月12日。滦州煤矿有限公司成立。官督商办，资本300万两。11月，改名北洋滦州煤矿公司。
6月13日。俄国与日本签订《俄日满洲铁路条约》。使得俄国人修建的中东铁路与日本人修建的南满铁路连接起来，方便了两国对中国东三省的瓜分和掠夺。
6月14日。山东济宁州官吏收粮苛索铜元折价，农民万余人起而反抗。
绥芬站交涉分局报告“胡匪”、“俄匪”抢劫杀人情形 。五月初一日（农历）夜12时，突有“胡匪”、“俄匪”四五十名，持枪闯进洋街，围攻俄巴厘司，抢去华犯孙德、吴克乔二人，砍伤俄巴厘司总管依万诺夫，旋即殒命，并打死打伤守狱俄兵三人。
6月15日。清政府派使团参加在海牙召开的第二次保和会。第二次保和会共有45个国家参加，亚洲有中国、日本、土耳其、波斯等；欧洲有德国、法国、俄国、英国等；美洲有美国、巴西、古巴等国。会议由美国发起，俄国主持。各国代表纷纷发言，力求国际和平，不用武力解决国际争端。在改良和撤销旧约、改良陆战旧约、增订海战新约、增修日来弗条约等四方面达成一致意见，但在封锁港口、战时禁运、保护战争国海上私产等方面未达成共识。
6月16日。滇黔苗民起义。云南、贵州交界处苗民数万人起事，广西庆远、柳州汉、僮等族农民予以支援。
6月17日。端方电瑞严防革命党购运军械。告以孙中山在外洋私购军械，拟欲偷运回国，意图五六月起事，要求严密搜查到沪各轮，发现形迹可疑者，立即捕获，从严惩办。并密电公共租界会审公堂谳员至宁，会商查拿革命党。
6月19日。清廷实授吏部尚书鹿传霖为军机大臣，以陆润庠为吏部尚书；庆亲王奕请开去军机大臣要差，着毋庸议。
6月中旬。河南陕州“大刀会”数百人抢劫运往新疆伊犁之军装、枪弹等军用物资200余车。
6月21日。民政部奏准修订民律。清廷批准民政部奏，拟由修律大臣斟酌中土人情，参照各国法政，厘定民律，颁布施行。由于“中国律例，民刑不分，而民法之称，见于尚书，历代律文，户婚诸务，实近民法，然皆缺焉不完”，故需要重新修改民律。
广东《农工商报》创刊。广东农工商总局创办了《商工旬报》，一个月以后，从第四期开始改称《农工商报》。由江猷等主编，以“劝导实业，开通民智”为宗旨，内容设论说、新闻、新法、学理、政治等栏目，提倡发展农工商业，主张组织农会、工会、商会，传播农业商业新知新法。当时，广东农工商总局曾晓谕所属商民人等一体购阅。共发行54期，于1908年12月改名为《广东劝业报》。
6月22日。清廷命商约大臣盛宣怀在沪与各国续议商约。
奉天辽阳农民抗捐暴动。该州苛征捐税，农民运动会众2000人起而反抗，入城拆毁衙署，商店罢市。
吴敬恒等在巴黎创办《新世纪》。吴敬恒、张人杰、李煜瀛主办的《新世纪》在巴黎创刊。留法学生李煜瀛（石曾）、张人杰（静江）与留英学生吴敬恒（稚晖），为合作鼓吹革命，共同筹备《新世纪》周报。本日，《新世纪》创刊号在巴黎正式发行，以新世纪七年为其纪年，即1907年之意，意指20世纪为新世纪，七年即新世纪之第七年，并采用阳历月日，表示不再承认清王朝。每星期六发行一次，由吴敬恒负责编排，发行所在巴黎侣仆街4号，附有华文印刷所。出版品有《世界大事》、《世界六十名人》、《鸣不平》、《夜不央》、《新世纪丛书》诸种，均属开发民智提倡人道之作。《新世纪》发刊宗旨是“本报议论，皆凭公理与良心发挥。冀为一种刻刻进化，日日更新之革命报”。吴敬恒与李煜瀛两人在《新世纪》上所作的文章很多，尤以吴敬恒为最。他们用50多种笔名发表言论。蔡元培（子民）、褚民谊等也为该报撰文。《新世纪》发行到1910年5月21日，因亏损过多停刊，共计121号。该报提倡无政府主义，宣传排满思想，反对帝国主义，介绍世界各国革命风潮，主张革命与提供政治主张。该报还主张扩充军备，用以诛除人类之敌；反对军国主义，主张以工人罢工对抗资本家；提倡大同主义，发动互助，崇尚人道博爱与自由平等；提倡科学真理；提倡男女平等，主张改革家庭制度，反对迷信祖宗。
6月23日。学部奏准考验游学毕业生。上两年考试游学毕业生，阅卷无专才，考试又不严谨，将学业考试与入官考验混为一事，对考试及第的均给予进士、举人出身并加任用。当时，日本专门以上学校，常为中国学生特设班次，其程度很浅，有些参加考试的是滥竽充数。于是，学部奏请考试对象应是在外国大学或高等专门毕业者为限。本日，清廷从之。
6月25日。农工商部咨文各省，严禁奸商招华工往智利国。
6月26日。学部派张謇、王先谦等为江苏、湖南等省学务公所议长。
外务部拟将东三省七处开放。本日，电直隶总督北满洲之宁古塔、珲春、三姓、海拉尔、瑷珲，俄使称兵已退，任凭中国自办，而南满洲之凤凰城、辽阳，日使催促开埠，拟及该七处宣布开放。
6月29日。京奉铁路全线通车。该路修筑历时20余年，全线长656公里，支线长108公里。本日，北京至奉天（沈阳）全路通车。
6月30日。法驻华公使巴思德要求广西浔州西江通航权，遭到清外务部的拒绝。
本月。章太炎在日本东京掀起“倒孙”风波。章太炎等在东京就潮、惠起义失败及孙中山离日前分配馈款事，大加抨击，逼迫当时主持同盟会会务的代理庶务长刘揆一召开同盟会大会，以罢免孙中山的总理职务，改选黄兴继任。刘揆一坚决不同意，黄兴在香港获悉后，立即复函表示反对。不久，刘师培又提议改组同盟会本部，主张以会员日人北辉次郎、和田三郎为本部干事。此项主张亦遭刘揆一等反对而未实现。为平息内部纠纷，刘揆一通过在香港的胡汉民、冯自由函请孙中山回东京引咎检讨。孙中山针对要他引咎检讨的意见，致函同盟会总部称：党内纠纷，唯事实足以解决，无引咎之理可言。“倒孙”风波以孙中山的胜利而告终。
《大同报》创刊。本刊为月刊，编辑兼发行人为叔达、恒钧、乌泽声、穆都哩等旗人宗室留日学生为主要撰稿人。次年3月改名《大同日报》。
文艺团体春柳社在日本东京成立。主要成员有李叔同、曾孝谷、欧阳予倩等，主要以演出戏剧为主，同时兼设有音乐、诗歌和绘画等部门。本年6月初，该社成员欧阳予倩在日本东京公演《黑奴吁天录》轰动一时。另外该社还在日本演出过《茶花女》和《热血》等剧。辛亥革命后，春柳社改称“新剧同志会”、“春柳剧场”，并曾在上海、无锡、长沙等地上演过《社会钟》、《家庭恩怨记》等新剧节目，1915年解散。
浙江会党起义。绍兴会党裘文高召台州义军由东阳至嵊州，扎营西乡二十八都村，树革命军旗帜，与清军交战，杀死清军哨官数人，士兵数十人。
设立五洲大药房股份有限公司。此公司由项世澄、鲍咸昌等在上海等地开办，资本银100万两。
清廷在北京设立满蒙高等学堂。
7月
7月1日。光复会会员叶仰高在上海被捕。供出该会部分会员别名或暗号。
清廷将镇压广东钦廉起义不力的官员革职。钦廉道王秉恩、北海道总兵何长清贻误军机，未能迅速扑灭，均着即行革职，钦州知州顾永懋着革职永不叙用。
大连关及安东关正式开埠。外务部近日咨税务处，大连湾税关及安东关均定于五月二十一日（7月1日）正式开办，请照知各国驻京公使。
7月2日。湖广总督张之洞在武昌与德华银行总办柯达士面议《津镇铁路借款自办大纲》。张之洞当场出示其手书的章程大略15条，说明不能逾此范围。
日本驻台湾总督佐久间为弹压台东厅太鲁阁山胞，率众烧毁威利二社六部落。佐久间向日本华南舰队求援，开来军舰两艘，配合台东厅警察队，以猛烈的炮火，进攻威利社山胞。山胞不敌，退匿山中，日警察队沿岸阻击。本日，日警察强迫南势七社阿眉族山胞500余人，将威利二社六部落全部烧毁。
7月4日 。浙江定海厅民众反对加征粮耗举行暴动 。4000余人进城捣毁厅署、学堂及教堂，全城罢市。
革命党浙江武义起义失败。本日，赵洪富奉秋瑾之命，赴武义一带运动，发布起义的命令。事泄，知县急报浙江巡抚求援，清兵搜出会党名册，牵连大通学堂及金华等地会党，革命党人聂李唐等死难。
7月6日。徐锡麟等在安庆起义。为准备安庆起义，6月22日，光复会会员陈伯平偕马宗汉由安庆抵上海购买武器。不几日，秋瑾从杭州抵沪，告知陈伯平浙江会党有败露迹象，约定7月6日同时起事。7月5日光复会会员陈伯平、马宗汉由上海抵安庆，与安徽巡警学堂会办、革命党人徐锡麟密议，言秋瑾定于7月6日起事，请践约同举，遂决定于翌日安庆巡警学堂举行毕业典礼时起义。当夜，徐锡麟、陈伯平分别草拟起义文告，陈伯平草拟《光复军告示》，以“光复汉族，翦灭满夷”相号召。本日清晨，巡警学堂学生200余人提前集合。9时，恩铭率省、府、县各级官员30多人巡视。阅操毕，徐锡麟呈上学生名册，并大喊：“回大帅，今日有革命党起事！”恩铭愕然询问：“徐会办从何得此信？”语未毕，陈伯平向恩铭抛炸弹一枚，未爆，恩铭等惊起。徐锡麟拿出手枪直击恩铭，马宗汉、陈伯平也持枪射击，恩铭身中七弹，回抚署即死。徐锡麟率学生进攻抚署，遭抵抗，继而占领军械所，与清军激战四小时，终因寡不敌众，陈伯平中弹牺牲，徐锡麟等人弹尽被俘遭杀害，时年25岁。8月24日马宗汉，就义于安庆狱前。
