1189年，铁木真被推举为蒙古部汗后，遣使通报他，希望恢复原来的友谊。可是，他认为铁木真有恶意，发动了“十三翼战役”。这次战役中，铁木真蒙受损失。
十三翼之战是铁木真统一蒙古各部时的战役之一。12世纪末，在铁木真的领导下，蒙古乞颜部迅速发展壮大，引起札答兰部首领札木合的不满。金明昌元年（1190年），札木合借口部人劫掠铁木真马群被射杀，联合泰赤乌等十三部共三万人进攻铁木真。铁木真得到札木合部下亦乞列思人的报告后，将自己所属三万人分为十三翼（营），铁木真和母诃额伦各分统一翼军，其余各翼多由乞颜部贵族统领。双方大战于答阑巴勒主惕。铁木真失利，退避于斡难河（今鄂嫩河）上源狭地，札木合也领军还本部，但他却将俘虏分七十大锅煮杀，引起了各部的不满，纷纷归心于铁木真。他这个心血来潮的“杰作”非但没有吓住蒙古部的军队，反而激起了全体守军的愤怒，大家同仇敌忾，反而抵抗得更加卖力了。而且，他也没有注意到，那些被他强令吃下俘虏煮成的肉酱的各部首领们对这种残暴行径都心怀不满，许多人甚至公开在脸上露出厌恶的表情，而这种厌恶情绪在此后不久对他造成的恶果以及为铁木真带来的意外收获，却令双方都始料不及的。
随着强攻、辱骂和恐吓等一系列战术的失败，札木合的耐心也达到了极限。他觉得自己狠命的一拳打进了棉花套，根本无处着力。满心希望凭此战一举吞掉铁木真的计划最终宣告流产，虽然不甘心，但是也只能下令退兵了。于是，这场大战最终以一种温吞水式的方式结束了，而最后上演的残酷杀俘事件又为这场战争笼罩了一层莫名的诡异与深深的惨痛。此战铁木真败而得众，使其军力得以迅速恢复和壮大。
在铁木真努力下，其部族再次强大。塔塔儿部首领蔑兀真笑里徒反抗金朝，金朝大将军完颜襄约克烈部王罕和铁木真联合出兵进攻塔塔儿，塔塔儿部大败，蔑兀真笑里徒被杀。铁木真遂被金朝封为“札兀忽里”，即部落官。1201年，铁木真联合王罕，击败札木合部。并于次年全歼残余的塔塔儿人，忆起少年时几遭塔塔儿所害，遂将多名塔塔儿士兵下锅油炸，手法残忍震惊蒙古诸部族。
1203年，王罕将铁木真收为长子，导致桑昆跟铁木真仇恨，桑昆自幼时即刁钻任性，札木合鼓动桑昆联合王罕夹击铁木真。这是铁木真经历的最为惨烈的一仗，他的军队只剩下4千6百余人。他逃到贝尔湖以东才避过一劫。并在当年秋天突袭王罕驻地，三天后完全消灭克烈部。王罕逃到鄂尔浑河畔之后被乃蛮人杀死。而其子桑昆则逃到库车，被当地人杀死。1206年，札木合被叛变的将领送到铁木真之手，札木合请死，铁木真杀了他。尔后，铁木真统一蒙古草原的众部族。在斡难河（今鄂嫩河）源头召开大会，并得到了“成吉思汗”（蒙古语意为宇宙的大汗）的封号，这是蒙古帝国的开始。成吉思汗遂颁布了《成吉思汗法典》，是世界上第一套应用范围最广泛的成文法典，建立了一套以贵族民主为基础的蒙古贵族共和政体制度。
1201年，哈答斤、塔塔尔等十部会于犍河（今根河），共立札木合为古尔汗（大汗），并举兵攻打铁木真。两军会战于海剌儿河（今海拉尔河）支流帖尼火鲁罕，札木合失败，脱走，投奔王汗。1203年，王汗被铁木真打败，他投奔乃蛮部太阳汗。
1204年，太阳汗又被铁木真打败，札木合无奈之下又过上了流亡的生活，他想去西夏避难，不幸的是被自己的奴隶出卖，五花大绑被带到了铁木真的营帐前。他逃窜到倘鲁山（今唐努山）中，被部下捕送铁木真。铁木真劝他重新结好，不从。按他的请求，赐不流血的死。 有关他的死法，有两种说法：其一是断背而死，其二是被包裹在毛毡里然后被马蹄踏死。
此后，蒙古人开始扩张版图，三次入侵西夏，逼使西夏向蒙古求和，然后进攻金国，在1211年的野狐岭会战大破四十万金军，1214年金迁都汴京，蒙古军在次年攻陷中都，金国在黄河以北之地陆续失守。正当金国危在旦夕时，中亚的花剌子模与蒙古结怨，成吉思汗急于报仇，在1219年亲率蒙古主力西征，金得以苟安一时。成吉思汗在西征时，先后消灭了西辽、花剌子模及许多国家，又派速不台率领蒙古军向钦察草原扩张。
