土司制度
原来，云南、贵州、广西、四川及湖南，湖北等地，居住着苗、彝、壮、白、瑶等少数民族。这些地方交通闭塞、习俗固弊，经济、文化落后，直至清初仍实行着野蛮的土司统治制度。各处的大小土司如同部落主，广大土著居民皆是他们的奴隶和部卒，土地、山林、水源，包括土著居民人身全被土司占有，土司与土民成为世代不变的主仆关系。
野蛮的土司制度
土司所到之处，土著居民都要跪在膜拜。土司有权对其“子民”任意处置，任意占有、转让、出卖；吃酒游乐时，常以射杀土著居民为戏；祭祖敬神，也把土著居民杀死作为牲祭。稍不如意，便用割耳、断指、抽筋、剥皮、宫阉等酷刑。至于夺其财物、勒交赋税更是随心所欲了。土司都拥有军队，林立的大小土司，如同大小王国，对中央形成威胁；临近的官兵略加过问，马上刀兵相见。
雍正的难题
雍正即位，西南各省地方官纷纷上奏，要求解决这一重大问题。众臣认为，解决问题唯一办法是“改土归流”，即取消土司制度，改为一律由中央政府派官的流官制度。谁都知道这是好办法，但实行起来极难，因为土司们不会拱手让权。而要对他们用兵，官兵又难以与之抗衡。
鄂尔泰接手难题
雍正任命鄂尔泰为云贵总督，让他解决土司之患。鄂尔泰所部军队刚刚扎营，便遭土司甲兵骚扰，营房亦被焚烧。经过调查研究，他感到发兵出击，只能解决暂时的问题，若从长远计议，必须彻底根除土司统治制度，坚决实施“改土归流”方针大计。他在奏折中阐述“改土归流”的原则：以用兵为前锋治其标，以根本改制治其本。对敢于反抗的土司，剿抚并用，顽抗到底者坚决剿灭；只要改悔，对抗过官兵的土司也一律宽免。
打击顽抗者
雍正四年（1726年），鄂尔泰对向官兵挑衅的广顺长寨土司用兵，土司负隅顽抗，遭到毁灭性的打击。长塞土司被摧毁，鄂尔泰奏准派流官治理，在此设长塞厅（即今长塞县）。这是鄂尔泰进行大规模“改土归流”的胜利开端。
三省总督
长塞事定，雍正在批复派遣长塞厅的第一个流官的同时，破格升任鄂尔泰为云南、贵州、广西三省总督。因为这三省改流的任务最重，由鄂尔泰受命后，立即全面了解三省特点及三省土司情况，进一步制定了改流和用兵的计划。
战果辉煌
鄂尔泰对土司用兵，政策性极强，轻重缓急，把握得当。长塞地区改土之时，各处土司态度都很凶横，官兵所到，土司皆挟众反抗。鄂尔泰命总兵挥师挺进，攻陷一个个塞垒，坚决镇压敢于反抗的大小土司，很快便征服了永宁、永安、安顺等1398塞，广顺、定番、镇宁等680余塞。
活捉刀瀚、安于蕃
镇沅地区土司刀瀚、沾益土司安于蕃，是前朝被任命的土知府和土知州，他们以朝廷命官身份招募军队，既扩充了他们的势力，又毁坏了官府的形象。鄂尔泰发兵进击，活捉了刀瀚、安于蕃。在其地分设镇沅州（今镇沅县）、沾益州（今沾益县），以流官取代了土司。
击败二土司联军
鄂尔泰函劝乌蒙、镇雄二地土知府向官兵自动投献。两地土司禄万钟、陇庆侯不仅不降，反而联合对抗官兵，不待官兵行动即攻掠东川府清军营盘，气焰十分嚣张。鄂尔泰命游击哈元生率兵征讨，并咨文川军协助进剿，一举击败二土司联军，遂又对二地改流，设乌蒙府（后改称昭通府）和镇雄州（今镇雄县）。
招抚岑映宸
广西泗城士知府岑映宸有兵四千余，武器精良，鄂尔泰决心对其实行招抚。岑映宸经多番招抚，终于解甲乞降，鄂尔泰给了他优待条件，遂在此地设泗城府制（今凌云县）。“改土归流”在鄂尔泰的努力下，大张族鼓地展开，梧州，柳州、庆远等地的兄弟民族广大群众，积极拥护“改土归流”，主动向鄂尔泰献粮贡秣，组织自卫力量，配合官军打击劣司，有力地推动了广西地区“改土归流”的开展。
棘手苗疆
黔东苗岭山、清江、都江地区是贵州省著名的“苗疆”，周围三千余里，土塞1600余处，左有清江可达于楚，右有都江可达于粤，古州据中央群塞环于四周，地势险要。鄂尔泰深感对这一地区改流难度更大，便找熟悉此地地形的贵州安察使张广泗商量对策。张率兵击退前来抗击官兵的苗司军队，攻入古州城。然而，“苗疆”的土司屡败屡起，尽管张有勇有谋，也难以顺利进行“改土归流”。
坚持改土归流
苗疆叛民攻占已归流的古州、台拱、黄平，包围都匀府的丹江、凯里、雍正调遣广、四川军队配合鄂尔泰镇压叛军，又派“抚苗大臣”张照自京师前来“会剿”。结果，张照却密告鄂尔泰的“改土归流”方略根本错误，不仅未能平服叛乱，反又添内乱。鄂尔泰上疏，只承认没能彻底搞好“改土归流”，但坚不认为改流方针的错误。直到罢免张照，再令张广泗镇压叛乱，才使此地流官制度得以落实。
轻易摆平两湖地区
两湖地区在云贵改流进展之时也开始实行。这里虽有土司，但土著居民与汉民杂居，土司也熟悉流官制度。“改土归流”的大势威慑两湖土司多有主动要求改流者，但也有少数负隅顽抗。湖北容美土司田如不听改流，雍正命鄂尔泰派兵进剿，田众叛亲离，吓得自缢身亡，所属地区改为流官制。
四川趁势行动
四川宁远、峨边、马边、雷波等地，山恋连绵，彝民祖辈在这里劳动生息。但土司制度使他们深受其害，生活极端悲惨。四川军政长官对彝民区的改流产生畏难情绪，迟迟不动。当云贵地区有所建树后，促使他们也派兵进入彝区，在沙马、雷波、吞都、黄螂、建昌等地较为顺利地进行了“改土归流”。
处理善后
“改土归流”之后，许多矛盾若处理不好，仍会激发。云贵数省，地处边疆，各民族习俗差别极大，一下子改派满汉流官，难以适应这里的复杂局面，对土官打击面也太大。鄂尔泰始终坚持设置的流官中，能用土官的仍然用之。那些自动缴印，主动要求改流的，鄂尔泰奏保举他们任守备、千总、把总等流官，并让其世袭不替。
严惩顽抗者
对那些罪大恶极、血债累累的土司，改流过程中又一直抵抗或反对者，则严历打击，从重治罪。如平日罪行昭著、民愤极大的云南镇沅土知府刀瀚、贵州康佐长官司长薛世乾，改流后便把他们处死或终身监禁，当地居民无不称快。
休养生息
鄂尔泰为让改流地区人民休养生息，一律实行地丁钱粮制度；困难多、收成少的地方，减轻、减免赋税或给予救济，使这些地区尽快地恢复生产。鄂尔泰在改流地区还重新调配了土地，并实行鼓励垦荒政策。土司霸占的农民土地，按土地清单让原主认领；荒芜无主的土地，招农民耕种；未开垦的土地，号召农民开垦，官府发给农具、种子。
兴修水利，发展交通
鄂尔泰在改流区大力兴修水利，仅云南昭通就兴修水利10项，可以灌溉土地两万多亩。云南全省改流后兴修水利工程70多项。为保护这些水利工程，鄂尔泰还奏设水利专官，专管这些水利项目。改流区的交通开发也是一项突出的事业。鄂尔泰修浚了1200里的清江，300余里的都江，使之浚后“邮递往返”，有“水道康庄”之美称。
治水专家
鄂尔泰夙有治水经验。督滇之前便长期注重水利事业。雍正元年，鄂尔泰任江苏布政史，其时，便“视察太湖，拟疏下游吴淞、白茆”。雍正二年，鄂尔泰在江南（江苏）大兴水利，如“浏河、镇江、丹阳各路，无不修举”。未满两年，因离任远赴西南，便在江南留下了许多治水遗憾。
预算治水
雍正九年，云贵总督鄂尔泰以“各路兴修水利，可为万世永赖之计，每年必须岁修，当保勿坏”，而设水利专项资金。其取之于需要治水之地的百姓，大体以收取土地升价交易之税及盐税，而一般不加大普通百姓之负担。并把资金交予清廉的官员来管理，按年报销，“造册存贮，以备永远兴修”。这样，水利资金每年皆可预算，与地方财政同为一体。
水利官
为了滇省治水能够更加高效稳妥，朝廷同意鄂尔泰所奏之设置，“全省有水利地方之同知、通判、州同、州判、经历、吏目、县丞、典史等官均加水利职衔”。此举虽没有专设水利官之职位，但以地方副职官员兼任各地最高水利行政长官的制度建设，大大提高了各地方官员对水利的重视，从而增强了地方官员的治水责任感和使命感。
用人观
鄂尔泰是一位政治家，也是雍正的知心大臣，常与雍正谈论用人之道，强调去庸重才，宁用有才而不肖，不用贤而无才之人。鄂尔泰在雍正4年8月6日的奏折中，强调用人要得当，云：“政有缓急难易，人有强柔短长，用违其才，虽能者亦难以自效，虽贤者亦或致误公；用当其可，即中人亦可以有为，即小人亦每能济事。
