洪武年间是朱元璋凭借着自己的刚猛手段在治理国家，通过高压政策维持制度的运转。在高压政策下，富户们没办法规避这种变相的盘剥。但随着朱元璋的去世，政治空气趋向缓和，富户们逃避这种不合理盘剥的本能也日益暴露出来，政府已不再能够通过这种程序上缺乏正义的方式，来筹措到足够的驿站运转经费。
洪武年间的县官们都不兼职做招待所所长，朱元璋的禁令固然是原因，但最重要的原因却是驿站经费充裕，不必求助于当地政府。富户们早已通过各种方式，将驿站躲得远远地，驿站经费的极端拮据，自然而然会促使那些来来往往的官员们，去责成地方政府给自己提供所需的马匹、人夫、饮食等等。到了海瑞所处的时代，朱元璋当初定下的“祖制”已经形同虚设，各地官员可以越过兵部，利用自己手中的职权，动用驿站的公共资源来达到以权谋私的目的。
根据明朝的相关制度，使用驿站的全部费用，都是由政府来买单。官员们不用掏一分钱，就可以享受到驿站所带来的诸多便利或者灰色利益。地方财政吃紧的官府衙门往往会将数额巨大的财政支出与驿站捆绑在一起，用驿站得来的国家专项经费填补官员大肆挥霍后留下的财政黑洞。海瑞到淳安作知县之前，当地每个成年男丁需要摊派驿站费用4到5两银子，邻近的建德县则高达9两之多。而经过海瑞的压缩之后，淳安每丁摊派到的驿站费用就只剩下2钱多银子了。前后对比之大，可以窥见腐败的严重程度。
如此一来，用于官家事务的驿站就这样成了官员私人化的加油站，他们搬家要用驿站，宴请宾客也将账单挂在驿站头上，总之国家的钱不花白不花。长此以往，驿站就成了一条输血管道，地方官员不光可以将权力管道插进民间来吸食民间油水，也同时可以将权力管道插进驿站来吸食国库的利益琼浆。如此以来，驿站的存在反而造成了明朝国库收入的大量流失。
朱元璋的这些规定，在正常环境下，显然不存在长期被严格执行的可能性。可是一个制度在运行了将近200年，还指望它保持当初的新鲜度是不可能的。海瑞在南直隶改革驿站制度，恢复祖制的战绩是：当地过往的官吏们陷入无人理睬的境地，既找不到轿夫，也找不到驿马，往往需要自己掏钱去雇请，可谓苦不堪言。官员们出差，本来应该经过南直隶，干脆绕道而行。
首先, 很多皇帝并不称职。嘉靖四十五年（1566年）二月，嘉靖皇帝收到了一份奏疏。奏疏内容用白话文表述如下：
——陛下您修道炼丹，不就是为了长生不老吗？但您听说过哪位古代圣贤说过这套东西？又有哪个道士没死？
——陛下您以为自己总是不会犯错吗？只是大臣们都阿谀奉承，刻意逢迎而已，不要以为没人说您错您就没错了，您犯过的错误，那是数不胜数！
——您奢侈淫逸，大兴土木，滥用民力，二十多年不上朝，也不办事，导致朝政懈怠，法纪松弛，民不聊生！
——您听信谗言不见自己的儿子，不顾父子的情分，您天天在西苑炼丹修道，不回后宫，不理夫妻的情谊，这样做是不对的。
——最画龙点睛的两句：其一，嘉者，家也，靖者，净也，嘉靖，家家净也。其二，盖天下之人，不值陛下久矣。
我们能够想象得到，嘉靖皇帝读罢奏疏，其震怒的情状。扭曲的面孔，颤抖的身躯，用力把奏折往地上一摔，再狠狠地踏上一脚，然后声嘶力竭叫道：“快抓住这个人，不要让他跑了！”
暴怒的声音冲出去，并没有撞在墙上反弹回来。一个叫黄锦的宦官马上出来跪奏：“万岁不必动怒，此人向来就是个疯子，他知道必死无疑，所以在递奏本之前就买好了一口棺材，跟家人做了诀别，仆从们也已经吓得统统逃散，他现在就在那里等死！”
这个将皇帝骂的狗血喷头的人，正是海瑞。海瑞之所以对嘉靖如此痛心疾首, 其中一个重要原因就是：他对皇帝寄望过高。在这份著名的《治安疏》里, 他充满信心地说：必世之仁, 博厚高明悠远之业, 不过在陛下一振作间尔。海瑞实在高估了嘉靖的力量。
嘉靖皇帝长叹一声，又从地上捡起奏本来读——身为一国之君，他应当冷静面对，切切实实想一些事情了。嘉靖起先没给海瑞任何惩罚，把奏章留了下来。他不能忘记奏疏中有那么多事实从来没有人敢在他面前提过，他很矛盾，他有时把海瑞比做古代的忠臣比干，有时又痛骂他为“那个咒骂我的畜生”。
嘉靖左思右想，始终咽不下这口恶气，还是将海瑞押到秦城监狱禁锢起来。可是当海瑞听到他舍身怒骂的昏君驾崩的时候，在监狱里双膝跪地，放声号哭，把吃进去的东西全部呕吐了出来。
海瑞对道德教条的死忠，虽然受部分同僚暗中讥笑，但却深深感召了一批像顾允成这样的有道德理想的士子。特别是嘉靖四十五年的冒死一疏，更使他“直声震天下”。纵不能说海瑞是精于计算之人，但那一次，他稳赚不赔，假如皇帝杀了他，他必然求仁得仁，名垂青史；如果皇帝不杀他，他的道德声名则将换来雄厚的政治资本。果然，嘉靖来不及决定如何处置这位既可恨又可敬的直臣就龙驭上宾了。隆庆皇帝即位后，海瑞立即官复原职，且步步高升，官至左右通政（相当于国务院办公厅副主任）。隆庆三年奉旨巡抚应天十府，从中央空降地方充当临时一把手。海瑞只是举人出身，却获此重任，堪称大明第一人。
