公元581年隋朝的建立，结束了持续二百七十多年的南北分裂对峙的局面，重新统一了中国。为加强中央集权，隋文帝建立了以三省六部为核心的中央政府新体制。中央政府的组织系统为三师（太师、太傅、太保）、三公（太尉、司徒、司空）、五省（尚书、门下、内史、秘书、内侍）、二台（御史、都水）、十一寺（太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府、国子、将作）。其中三师三公为训导论道之官，不置僚属，其位多缺。最重要的是尚书、门下、内史三省，三省长官并为宰相，共理国政，其职权划分不很明确。尚书省以下分设吏、民、礼、兵、刑、工六部，六部分辖二十四司，组成管理行政、经济、文化等各项政务的中央政行机关体系。炀帝即位后，多所改革，中央政府变为三公（太尉、司徒、司空）、五省（尚书、门下、内史、秘书、殿内）、三台（御史、司隶、谒者）、九寺（光禄、太常、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府）、五监（国子、将作、少府、都水、长秋）的新体制。
唐初，沿袭隋制，中央官制为三师（太师、太傅、太保）、三公（太尉、司徒、司空）、三省（尚书、门下、中书）、一台（御史）、五监（国子、少府、将作、军器、都水）、九寺（同隋）。内官最重者为三省。唐改内史为中书，尚书、中书、门下三省机关为相府，“以三省之长中书令、侍中、尚书令共议国政，此宰相职也”。唐前期，担任宰相职务的通常为四五人，多时十几人，为集体宰相制。宰相议事地点称为“政事堂”。睿宗以后，尚书省变成纯粹执行中央政令的国家行政管理部门。三省的职权划分是：中书出令，门下封驳，尚书执行。中书省为受命于皇帝的最高决策与出令机关，负责审理章奏公文，并根据皇帝的旨意起草诏令及下行文书，送交门下省审核、副署，付诸施行。中书省长官为中书令与中书侍郎，中书舍人为属。凡有政事，先由中书根据皇帝的旨意草拟诏令，呈皇帝画一“敕”
字，尔后下达门下省。门下省是朝廷政令的审议机构，主封驳审核。如觉不妥，有权封还中书省。如无不妥，即行副署，经皇帝批准后下尚书执行。门下省长官为侍中与门下侍郎，给事中为属。尚书省为最高执行机关，负责施行中书起草、门下审核、最后经皇帝批准颁布的各项诏令。尚书省长官为尚书令与左、右仆射，尚书为属。
尚书、门下、中书三省分权，互相牵制，目的是为了便于皇帝控制。不久，中书出令，门下封驳，“日有争论，纷纭不决”，直接影响到皇帝诏令的贯彻，于是唐太宗提高了政事堂的地位，使中书、门下两省先于政事堂议定，然后奏闻。政事堂日渐成了宰相议决政务的最高会议。政事堂原在门下省，高宗时，裴炎由侍中改任中书令，政事堂随之迁到中书省。唐玄宗开元年间，将政事堂改称“中书门下”，列五房（吏房、枢机房、兵房、户房、刑礼房）于其后，分曹以主政务，并将政事印改为“中书门下之印”。至此，“中书门下政事堂”作为一项重要的政治制度已发展完备，成为唐代中央最高权力机关，最终建立起“皇权专制——三省分权——政事堂集议”三者结合的中央集权新体制。
唐代，在中央三省制下，尚书省为全国行政的总枢纽，最终形成三省六部二十四司的中央管理体制。尚书省共分六部：吏、户、礼、兵、刑、工。每部下设四司，共二十四司。吏部，掌全国文官的选拔、勋封、考课之政令，下设吏部、司封、司勋、考功四司；户部，掌国家田、户、钱、谷、税收之政令，下设户部、度支、金部、仓部四司；礼部，掌国家礼仪、科举及学校之政令，下设礼部、祠部、膳部、主客四司；兵部，掌武官任免与军事行政，下设兵部、职方、驾部、库部四司；刑部，掌全国司法行政及审判，下设刑部、都官、比部、司门四司；工部，掌全国农田水利、工程营造及工匠管理之政令，下设工部、屯田、虞部、水部四司。
唐代，在中央组织机构中，除了三省六部外，还设有九寺五监。九寺为：太常寺，掌礼乐郊庙社稷之事；光禄寺，总理邦国酒醴膳馐之事；卫尉寺，掌国家武库器械文物，总武库、武器、守官三属之官属；宗正寺，掌皇族事务；太仆寺，掌厩牧车舆之事；大理寺，掌邦国折狱详刑之事；鸿胪寺，掌宾客及凶仪之事；司农寺，掌国家仓储委积之事；太府寺，掌邦国财货之事。五监为：国子监，主管教育；少府监，掌管百工技巧之事；军器监，掌缮造甲弩之事；将作监，掌国家重大工程修建营造之事；都水监，掌川泽津梁之事。九寺来源于秦汉时的九卿，北齐时改卿为寺，南梁北齐置太府寺，唐沿置，而改少府为监。
唐代九寺五监的法律地位，按照唐《六典》的规定，为中央政府的办事机关，即在中央机构中，尚书六部为政务机关，九寺五监为事务机关。
此外，在唐代还设有一些专为皇帝和皇室服务的机构，如殿中省、内侍省、学士院和枢密使等，负责管理皇帝及皇室的衣食等杂务或为皇帝起草特别文件，传达诏旨等。
（四）宋元时期的中央政权组织
宋朝是在经过五代十国大动乱之后重新建立起来的全国统一的封建政权。为了防止割据势力的再起，宋朝实行高度的中央集权。中央政府将地方军权、政权、财权、司法权全部收归中央，中央集权此时达到了巅峰状态。
宋代，中央行政机构的设置大体沿袭唐制。北宋仍置三师与三公，徽宗政和以后，改三师（太师、太傅、太保）为三公，废原三公（太尉、司徒、司空）称号，另设三孤（少师、少傅、少保）。三师、三公仅为对贵族宗室加官、赠官称号，不预政事，无实权。尚书、中书、门下三省的机构亦仍设置，但三省长官仅为序进之位，亦无实权。宋代中央行政机构中最大的变化是实行“二府三司”制。“二府”是指政事堂和枢密院；“三司”
是指盐铁司、度支司和户部司。在唐代，中书门下政事堂是宰相集体议决军国大政的机构。经过唐末五代至宋初，“中书门下”之名虽存，而体制已发生变化。宋代三省长官已不是宰相，不预朝政。中书省但掌册文、覆奏考账，门下省只主乗舆八宝，朝会位版，流外考较，诸司附奏挟名而已。而“又别置中书于禁中，是谓政事堂，与枢密院对掌大政”。可见，宋代政事堂只是宰相集体处理政事的国家最高行政机构，是“与枢密院对掌大政”，至于国家财政大权则属于三司，中书门下政事堂无权过问。因此，宋代政事堂虽是脱离三省的独立机构，但却不能行使独立的大权，宰相大权已被一分为三。
在中唐代宗时，曾设置内枢密使，由宦官担任，执掌承受章奏。德宗以后，随着宦官当国，典领禁军，枢密使逐渐发展成枢密院。枢密院在五代十国时期权力进一步扩张，到北宋时成为中央最高军事行政领导机关。枢密院“掌军国机务，兵防边备戎马之政令，出纳密令以佐邦治。凡侍卫诸班直内外禁兵，招募阅试迁补屯戍赏罚之事，皆掌之”。枢密院设枢密使、副使、知枢密院事（或简称“知院”）等官，其品级相当于宰相。“军机”既掌于枢密院，则中书惟主“政事”而已。所以，《宋史·职官志》说：“宋置枢密院，与中书对持文武二柄，号为‘二府’。”
“三司”——盐铁司、度支司、户部司，是宋代国家最高财政管理机关。三司的具体职掌是：盐铁司，掌山泽之货，关市、河渠、军器之事；度支司，掌国家财税之数，每岁均其有无，制其出入，以计邦国之用；户部司，掌国家户口税赋之籍，榷酒工作衣储之事，以供国家之用。
宋代六部与九寺五监机构之名虽存，然“官无定员，无专职”，或“虽有其官，不举其职”。神宗时元丰改制，恢复三省制，但仍置二府，对掌文武。废三司使而归于户部，历元、明、清未变。
总的看，宋代中央政权组织机构的特点是：皇权过分集中，行政权力分散；政府组织混乱，机构臃肿重叠。由于政事属于中书，军事属于枢密，财政属于三司，事权分割，各不相知，故财已匮而枢密院益兵不已，民已困而三司取财不已，中书视民之困而不知使枢密院减兵，在此情况下，必然使国家走向衰落。
元朝是以蒙古贵族为主体的蒙汉等各族地主阶级的联合政权，是我国历史上规模空前的统一大帝国。元朝的中央政权组织，在皇帝之下设有三公：太师、太傅、太保。中枢行政机构为一省制，即只设中书省，代替沿行已久的三省制。其主要目的在于加强封建国家的统治效能。尚书省虽曾三次设置，但不久便被撤销。中书省设中书令，典领百官，会决庶务。此职为虚崇之位，多不设置，如设置则常以皇太子兼领。以左右丞相、平章政事为宰相，左右承、参知政事为副相。元代尚右，故右丞相地位高于左丞相。《元史·百官志》说：“右丞相左丞相总省事，佐天子理万机。”中书省下政务部门仍设六部。从属于六部的行政管理机关院、寺、监、府等，基本上沿袭唐朝的九寺五监，略有增损而已。
中央最高军事机关沿袭宋制，继续设置枢密院掌管军事。
枢密使例由皇太子兼领，实际事务由知院掌管，副长官为枢密副使或同知院。与宋制不同的是，元朝枢密院与中书省不再是并列的二府，枢密院的地位较中书省低。
（五）明清时期的中央政权组织
明、清是中国封建社会的最后两个王朝。直到鸦片战争中国社会性质仍然是封建制社会，中央政权组织采取的仍然是高度集权的君主专制政体。不过，随着形势的发展，君主专制政体的具体形式发生了新的变化，其中最大的变化是废除宰相制，设立内阁制。
明朝初期，仍沿元朝旧制。以中书省总政务，以枢密院主军务。中书省设左、右丞相，下设六部。各部设尚书、侍郎为之长贰。为防止丞相专权，朱元璋逐步削弱中书省和丞相的职权。洪武十三年借口左丞相胡惟庸谋反，乘机罢中书省，废除丞相。六部升格独立，直接隶属于皇帝。并下令，永远不得再设丞相这一官职。枢密院后改为大都督府。罢相以后，中央政府的府、部、院、寺分理庶务，各不统属。这样，皇帝就在事实上兼任了宰相，皇权和相权合二为一，从制度上集君权与相权于一身，保证了皇帝的专制独断。
太祖罢中书省、废宰相后，实行极端专制。但政府一切政务都由皇帝亲自处理，是难以为继的。于是，洪武十五年，又仿宋制从翰林院等文翰机关中选调官员加殿阁大学士衔，辅助皇帝阅看奏章，处理文书，并根据皇帝意图草拟诏谕，同时备皇帝顾问，但“不得平章国事”。至成祖时，命翰林院侍读、编修、检讨等侍从官员入值文渊阁，正式称为“内阁”，并参预机务，“内阁予机务自此始”。仁宗以后，随着阁臣职位渐崇重，又复兼职六部，于是“阁权之重，偃然汉、唐宰辅”，内阁遂成为明代全国行政中枢机构。
明朝中央政权组织的另一个重大变化是特务机构的设置。封建时代的特务政治，是封建专制制度的产物，远在明朝之前早已有之。但将特务组织明确规定为国家政权机构的组成部分，并且建立由皇帝直接领导的庞大的组织体系，则是始于明朝。明朝的特务机构有两个系统：一是锦衣卫；二是东西厂，合称为“厂卫”。据历史记载，洪武十五年设置锦衣卫，原为京卫之一种，掌管皇帝出入仪仗和警卫。其后太祖加强专制统治，遂令锦衣卫兼管刑狱，侦察所谓“不轨妖言”，并可自行逮扑拷讯官民。锦衣卫下设南北镇抚司。镇抚司虽非正式的司法机关，但它所管辖的案件，刑部和大理寺都无权改变其决定。
与锦衣卫并列而由宦官控制的另一特务组织系统，是东厂和西厂。永乐十八年，明成祖设置东厂，其职责是“缉访谋逆、妖言、大奸恶”。“东厂”受司礼监指挥，命亲信太监做东厂的提督，称为督主。此后太监提督东厂，遂成定制。东厂权力在锦衣卫之上，有事可直达皇帝，连锦衣卫的活动也在东厂侦察范围之内。宪宗时，又设立西厂，以太监汪直为提督。
西厂的权力和人数都超过东厂。武宗时，宦官刘瑾专权，又建立“内行厂”特务组织，其权力更大，连东、西厂也被其列入监视之列。明代宦官专权与特务统治的紧密结合，是极端君主专制制度的产物，是明朝国家政治制度中的一个显著特点。
清朝是中国封建社会的末代王朝。清代中央政权组织的突出变化是非正式机关——军机处的设立。清在入关前八年已正式建立皇帝的称号，初步形成了中央集权的封建专制主义的政治体制。清初，沿袭明制，废除宰相，用内阁大学士辅政。顺治十五年改内三院（内国史院、内秘书院、内弘文院）为内阁。仿明制设中和殿、保和殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁大学士。乾隆十三年去中和殿增体仁阁，遂以三殿三阁为定制。内阁职掌“钧国政，赞诏命，厘宪典，议大礼、大政，裁酌可否入告”。
清初，“章疏票拟，主之内阁；军国机要，主之议政处”。
雍正七年因用兵西北，设立军机房，雍正十年正式改称“办理军机处”，简称军机处。军机处起初只限于军事范围，后来渐渐发展成为参预机事、商决大政的国家决策机构。如《清史·军机大臣年表序》所说：“军机处名不师古，而丝纶出纳，职居密勿。初祗秉庙漠，商戎略而已，厥后军国大计，罔不总揽，自雍、乾后，百八十年，威命所寄，不于内阁，而于军机处，盖隐然执政之府矣。”军机处虽然成为清朝中央政权的中枢机关，但在法律制度上一直不是正式的国家机构，也没有独立的衙门。军机处的特殊地位和权势，恰恰说明了它是皇权高度发展的产物。
清代的中央行政管理机关沿袭明制，仍设有吏、户、礼、兵、刑、工六部，但六部的职权比起明代要小得多。清代的寺、监机构，经过裁并，九寺只剩下大理、太常、光禄、太仆、鸿胪五寺；五监只剩下国子监一监。清代的中央行政部门还有三院（理藩院、翰林院、太医院）、二监（国子监、钦天监）、二府（宗人府、詹事府）。其中，理藩院为清入关前太宗所创设的机构，是清王朝管理西藏、蒙古、新疆、青海等少数民族地区事务的中央最高机关。
