兼并了舟山队之后，新成立的舟山分舰队很快清除了房锡鹏旧部的影响，一众部将纷纷调往金兰、西渤泥及西归浦、虾夷地等南北海外都督府，只剩下极少数早就跟郑军眉来眼去的老人马留了下来。除了清除不安定分子以外，新成立的大衢山都督府还着重加强了对岛斗船场、万良及石子门炮台的建设，等新基地的建设逐渐走上正规了，一度沉寂的舟山分舰队也重新在东大洋及灰鳖洋、普陀洋上活跃了起来。
“蠢货，现在才发现，已经晚了。”听着清军水寨里越来越密集的金鼓声，站在“鹭江号。”上的颜道及露出一脸的不屑，随即用冷冰冰的语气命令道。“升信号旗，命令“花屿号。”、“淡水河号。”自由炮击。”
永历四十二年五月二十二日，经由册子水洋、横水洋而来的郑军炮船在绕过西蟹屿、大盘屿后出现在定海港外，又过了小半个时辰，清军定海水寨彻底化作了一片火海。期间定海镇仅存的几只战船试图冲出水寨靠近郑军炮船，结果在郑军并不算十分密集的炮火中相继被击毁击退。见到唯一的反击手段不能见效，残余的六百余名清军弃寨而逃，遁入明代遗留下来的昌国守御千户所城死守待援。
“通知尹统制下船。”颜道及的目光追着丢盔卸甲的清军身影，嘴里同时命令着，他所说的尹统制便是担任过童子营教习、童子军第二镇所属昆仑第二标长枪营营官的尹隆，从某种意义上说这位尹统制还是颜道及的老师之一，不过显然颜道及对其并没有太多的敬意。“告诉他，清军已经逃入昌国城，接下来就看他的了。”
右龙骧师第二团是舟山分舰队组成之后加强到舟山一线的，其主要目的就是循着房锡鹏、周云隆的思路用于浙苏两省沿海地区的袭扰作战，不过新来乍到还没有在其他地方开张就被颜道及全部拉到了舟山本岛，显然准备玩一票大的。
然而，作为标准配置的正规军，尹隆部只有一个炮哨计三门三寸炮和六门二寸半炮而已，这样的火力在千人级别的野外作战时尚属可观，但要用来对付由密实夯土和条砖垒砌而成的千户所城就有些困难了——须知道，明代构筑的昌国城是在宋代昌国县城的基础上构筑的，小则小矣，但却易守难攻。
正是由于事先了解过昌国城的特点，有着心理准备的尹隆在双足尚未真正踏足舟山岛之前便命令道：“通知梁义建率领第五哨及炮军哨控制旧三姑寨一带，等待团指及中垒、辎重两哨进驻。”
年轻的团参军转身而去，尹隆想了想接着又下达了一道命令：“着第一哨控制丰阜门，告诉各哨务必不要让城内之敌流窜各乡。”
事实上，由于郑军的推进速度并不是很快，其实确有部分机灵的清军并没跟着大队逃入昌国城中，反而借助郑军海兵兵力不足控制全岛、水师力量不足以控制横水洋、册子水洋、崎头洋、金塘水道、螺头水道等广阔海域的便利，或以小舟或仅靠竹排、木板逃往大陆，这些人显然是幸运的，要知道遁入昌国城中的清军很快就会因为事发突然未及储备粮秣、海禁撤民城内空虚无助等原因陷入了内无粮草外有重兵的窘境。
说起来清军缺粮不假，可需要通过东宁转运粮秣的郑军同样面临着不能持久的困境，为此在登陆后的第二天，尹隆所部就发动了一次试探性的进攻。但是直射的二寸半炮虽然打穿了包铁的城门，然而却无法阻止清军用砖石将其重新填补，至于在炮火掩护下的进攻又遭到清军用鸟铳和弓箭的顽强抵抗，不得不在丢下几具尸体后便半途而废了。
“如今只能比比谁家身边的粮食更多了。”听到尹隆这边的情况介绍，颜道及的脸色非常差，但他总算按捺住了心中的那点不快，跟尹隆商议着。“把中垒哨交给我，我带他们到岸上去抢些粮食回来。”
听话听音，尹隆当然明白对方意犹未尽的潜台词，于是他决定道：“我把第五哨也给你。”
于是载上两哨海兵的颜道及部由象山港而黄墩港，在桥头胡登陆宁海北，一路鸣铳防炮作出直扑宁海县城的架势，但却在溯彦公河南下一段之后忽而转向西北梅林，一举攻占这个几乎不设防的小镇，掠走粮店及大户存粮近百石并人口男女近百人。等到宁海守军匆匆问询赶到，郑军已经带着收获回到了海上。
其实早在五月二十三日，清宁绍台道便向杭州总督衙门及绍兴陆师提督衙门请援。但浙江水师在攻台覆灭后并未得以立刻恢复，此后该部残余又累次遭到郑军的打击，侥幸保存下来的单位也多残破不堪，因此根本没有力量解救被围的定海镇。
五月二十六日，率领五千援军抵达宁波的浙江陆师提督指挥部队进入镇海境内，然而望洋兴叹的清军根本找不到船来载渡，被迫滞留在镇海境内坐视定海镇在煎熬中覆亡。
昌国城内的定海镇残部虽然也几度试图突出重围，然而郑军虽攻城无力，但却能用新式的火铳死死封锁清军的逃生之路。清军左突由闯，却屡战屡败，虽然因此节约了不少口粮，但到了五月二十九日，只剩下四百余人的昌国城内清军还是陷入了粮尽待哺的境地。
“几位大人，下面的弟兄们已经开始吃阵亡袍泽的腐肉了，再不想个出路，就算郑军不攻城，咱们都要活活饿死在这里。”走到眼下这一步，困守在昌国城中的清军们对于大清朝廷的那点忠心已经荡然无存了。“或是大人们开恩把藏起来的那点米也分给弟兄们，这或许还能再坚持两天。”
“反了天了，你个陈秃子，你想干什么。”听说要动自己的奶酪，右营参将当即就跳了起来。“想投海逆的话，老子现在就成全你，来人，摘了他的顶戴，拉出去斩首示众。”参将嚎叫了半天，却没有如愿的看到亲兵们冲击来，当即有些慌了神。“人呢？来人呢。”
“大人别叫了，都来不了。”匪号陈秃子的千总陈觅望着内荏外厉的参将大人冷冷一笑随即把大门一推，只见屋外都是持刀拿枪的士兵，一个个用赤红的眼睛看着屋内的众人。“我们只想活命，还请大人做主啊。”
屋内的绿营将官们面面相觑，好一会守备江昌文站了起来，走到陈觅的身边，扭头对着还坐在那的同侪们说道：“我知道几位顾及在绍杭的家人，我不一样，我那口子背着我偷人，这样的家不要也罢。”
“好死不如赖活着。”有人带头，接下来自然有人效仿，这不，这边一位把总也跟着站了起来。“朝廷顾不上你我的死活了，我自己总归要想办法的，这个时候家人也就顾不上了。”
“千古艰难唯一死。”又是一名都司站了出来。“我也是不想死啊。”
看着一个个同侪慢慢走到了自己的对立面，定海镇如今地位最高的副将如泄了气的猪尿泡一样倒坐在地上，好半天之后，他解下自己的佩刀丢在地上：“降就降了吧，就怕郑军这边不肯罢手。”
“我出城去跟郑军交涉。”陈觅一口打断了副将的话。“要是我未时之前回不来，大家伙就冲出去拼上最后一把吧。”身边的几百名清军默然无语的看着自告奋勇的陈觅，就听陈觅用如炬的目光扫了扫面前这些贪生怕死的官长们。“不过之前，把剩下的米都交出来，让大家伙都能吃上最后一顿。”
六月初一，断粮四天的舟山清军被迫投降，随即被驱使南下进攻昌石水师营。当这些连衣服都没有换的新附军出现在昌石清军面前时，引发的震动可想而知。
六月初三，郑军又拔除了昌石水师营。受到这一连串失败的影响，为了不造成更多的损失，浙省总督石琳命令原水师各镇协弃海登陆，并再度重申严格执行封海迁界的指令。
可是浙江素有八山一水一分田之说，这极少数的平原又多在沿海地区，执行迁界令不但让浙江损失了近三成以上的税赋，更造成了人心动荡、物价腾贵、被迁百姓与接收地百姓为了土地和水源发生械斗冲突等各种各样的矛盾，后世有人对此评价到“民疲也。”
在这种情况下，不少百姓甚至主动逃亡海岛，以等待郑军的收容。而且更让浙省方面吃不消的是，郑军得寸进尺，又连续驱使新附军抄掠海盐、乍浦、平湖、金山、川沙、慈城、上虞，打着郑军旗号的探马更是多次越过雁荡山、天台上向浙省内陆渗透。
