沙纳海虽然率大部逃遁，但匆忙之间为了尽可能的运走部队，粮秣兵械火炮之类大多遗弃在江南。因此其部退过长江之后，生怕郑军乘胜追击，于是便弃了黄州、汉口、孝感等地，匆匆退往安陆、德安整备兵马。
清军即退，黄州府上下便果断的弃暗投明，派人过江向郑军请降。不过，兴冲冲而来的使者们却找不到一个可以做主的人——吴淑病入膏肓，已经没有几日可活了；武昌守将崔平虽然死保武昌有功，但也与刘宁安谋逆有涉，正夹紧尾巴做人，自然不能大包大揽；至于王新化既非嫡系又是客军，甚至连武昌城都进不来，自然也不能做主——于是不得不困顿在武昌城内如没头苍蝇一样乱撞。
好在，这群联络的使者没有等待多久，能做主的人便自安庆而来。
九月十七日，沙纳海退出鄂东后的第三天，内阁元辅、文华殿大学士、太子少师、新昌伯洪磊以督师的身份进入武昌，随即接过了吴淑手中的兵权。
得闻，洪磊到达，崔平在犹豫了两天之后，轻骑简从赶到武昌县向洪磊负荆请罪。洪磊亲自迎出辕门，就此上演了一幕为国惜才、用人不疑的活话剧。随后，感激涕零的崔平亲自引导郑军主力进入武昌府城。
进入武昌之后，洪磊第一时间接见了王新化，由于其部在之前遭到沙纳海的沉重打击，所以此时的王新化在洪磊面前恭敬有加，并主动提议将岳阳一线的防务移交给郑军。对此，洪磊笑而接纳，对此王新化却哑巴吃黄连般有苦难言。
对于王新化的小心思，洪磊心知肚明，于是在接见了黄州府一众乞求归附的使者后，使用督师的权力，擢升王新化署理湖广总兵一职，并令其率两师之众北进，前进至黄陂、孝感一线，谨防沙纳海卷土重来。
王新化此时尚有三师部众，只让他领一万人北上，明显是为了削弱他的实力，但王新化也明白，这是郑克臧对自己占据岳阳后再无寸功的惩罚，因此不敢抗拒，乖乖的领兵北上了。而王部剩下的五千人，则与崔平部残兵二千合编为两个新师，由崔平带领北进。被任命为署理湖广副总兵的崔平，也不负洪磊所望，在水师长江舰队的支援下，先兵不血刃的收复了汉阳府，随后一路收复汉川、沔阳。
不过仗打到这个程度，清廷方面固然因为损兵失地、粮秣不济而无力再战，但郑方也面临着武昌府城内外残破、十余万罹难百姓嗷嗷待哺的境地而束手束脚。于是，双方各自****伤口，当年的湖广战事就此落幕。
正当洪磊以工代赈安抚武昌百姓的时候，油尽灯枯的吴淑终于撒手归西。消息传到正在领兵攻打安庆的郑克臧的耳里，郑克臧不由大恸，亲自主持遥祭，并赐这位反正后忠心耿耿效力郑藩矢志抗清的老将“武靖。”的第一等谥号，命其子吴铿袭怀远侯爵位，收为侍卫，以此为全军及新附众将的表率。
祭奠完吴淑，重新收拾心情的郑克臧改武昌县为鄂县，又命洪磊移附郭的江夏县、汉阳县于两府城南，其中在金口筑江夏县城、在汉南筑汉阳县城，两城夹江对峙，互为犄角。旋即，郑克臧又改汉阳县为华容县，并尽调长江舰队进驻鄂县、华容县、嘉鱼县、岳阳府，由是，鄂东的局面暂时得到了稳固。
九月二十二日，广西战报传来，何乾所部并龙骧军第一师先克柳州、后取南宁，广西各地相继降服，郑军前锋已经攻入贵州。郑克臧得闻捷报，当即改易广东总督陈梦炜为广东巡抚、江西巡抚顾同山为江西布政使并命湖南总督吕雪芳转任广西、吴淑之弟吴潜由都察院左都御史转任湖南总督西南战场多有捷报，可最关键的安庆战事却没有半分进展。安庆城北依龙山，东湖西河南临大江，整体地势与扬州一样较低，郑军无法采用掘进战术逼进城墙，因此不得不先用新附军填埋护城河道，然而抵近强攻的办法。可安庆城内的清军兵力丰厚，巡抚兼提督的王维珍也几度对安庆城墙进行加固整修，因此郑军虽然炮火密集，将士用命，驱赶新附军也不遗余力，但却迟迟不能拿下坚城。
面对泼天一样消耗的粮秣物资、郑克臧甚为焦虑，郑军上下也因为攻城中的惨重伤亡而日渐士气低落。不得已郑克臧只能改强攻为围困，同时为了轰开安庆城墙，郑克臧还不顾搁浅的可能下令调来东洋舰队的大型战舰。
当七千料的“铜山岛号。”和七千五百料的“南澳岛号。”巨大的身形出现在安庆江面的时候，站在安庆城头的一众清军将校动摇了。尽管大型战舰无法驶入皖口，但是郑克臧必定攻克安庆的信念已经传递到了他们的脑海中，所有人都在暗自问自己，在外援断绝，苦撑危局的情况下，区区孤城能坚持多久，自己有没有必要为清廷一条道走到黑。
看到人心浮动，汉军镶蓝旗出身的王维珍焦虑成疾，终于在郑军日夜不停的炮击声中一病不起。因为明郑方面的清算汉奸的方针而对清廷忠心耿耿的王维珍既然无法视事，疑神疑鬼的藩台阿敏便想主持大局。但阿敏虽然是满洲正宗，可问题是城内地位比他高的人多了去了，光光拥有总兵头衔就有七八个之多，至于位列一品的随征都督也有两三人。
因此，阿敏自说自话署理巡抚兼提督的作法引起了极大的不满。可阿敏丝毫不加收敛，反而以意在通敌为名，扣押了两名反对他的总兵，这下就引起了众怒。原本没有心思跟郑军暗通曲款的绿旗兵高层，现在也为了自保而不得不遣使联络。
就这样，根据向郑方输诚的结果，武定三年十月十三日深夜，四名清军总兵、副将各率标兵、营兵联手叛乱，与依旧忠于清廷的部队在城内发生火并。在混乱中，也不知道谁打开了安庆各门，引郑军进城。郑军因为深夜不辨敌我，又深恐是清军诱敌深入之计，因此只是控制枞阳、镇海、康济、正观、集贤等五处城门及相连城墙后并未深入城区。
不过这样已经够了，等到天明之后，发现郑军已经控制各门的清军知道大势已去，纷纷弃兵乞降，城内满员则纷纷自尽，还卧倒在病榻上的王维珍被亲信家人献于郑克臧驾前。这位病得奄奄一息的巡抚兼提督大人，涕泪直流的向郑克臧请求饶命。鉴于其是第一个乞降的清廷封疆，郑克臧出于宣传目的予以特赦，随后将其送往应天医治。就此安庆之战以及郑方整个一期北伐宣告落幕。
郑克臧留下两师兵马归属淮南总兵席大平指挥、镇守安庆、宿松等地，又将俘获及投诚的清军编为工程部队以一师监管，驱使其在六合、滁州、江浦之间另建一座新城，以备为未来的国都、北伐的基地。
可惜郑克臧的这一设想随着第二年的黄淮大水灾化为泡影，最终他权衡再三并没有停下建设工程，只是缩减工程量，并将新城作为江北淮南行省首府，以滁州旧称新昌命名，并入滁州、和州旧地与原隶属应天府、泗州直隶州的江浦、六合、天长、盱眙四县。
当然，等到新昌府正式建立也已经是武定四年年末的时候了。
做完这些，郑克臧又派遣两师兵力替换湖广前线的龙骧军第三、第四师归还原防，剩余的十二个分别开往池州、太平休整，然后郑克臧亲自带着俘获的一众清军文武回转南京，献捷午门。迫不得已接受皇太侄之位的舒城王朱慈炴颤颤巍巍的在午门接受郑克臧的献俘，然后代替缠绵病榻的武定帝授予郑克臧太师、太傅的加衔，并因郑克臧之功追封朱成功、朱锦为越王，郑克臧生母陈昭娘为一品夫人、越王妃。
武定三年十月二十日，郑藩门下的文武百官上劝进表恭请郑克臧取代明室登基为皇，郑克臧以祖孙三代忠于明室为由不许。时隔两天，南京及江南百姓再度上表恳请郑克臧登临至尊之位，郑克臧又以尚未驱逐鞑虏为由再度拒绝。
郑藩诸臣便酝酿着第三次劝进，对此，郑克臧亲自召集百官，说明情况和想法，安抚群臣毋庸着急，并允诺内外稍安、体制健全之后自会代明而立，如此才使得意欲充当开国功臣的郑藩上下暂时按捺住沸腾的心思。
不过，代明的声势已经造出去了，整个中国乃至外藩都已经知道了明祚不永，在这种情况下，废太子朱慈烯因为酒色过度及伤寒入体未能有效医治而暴毙的消息传出，所有人都当作理所当然的事情。
