由于要封锁巽他海峡保护通往爪哇本岛的海上交通线，因此东天竺水师实际上是处于分兵状态，前往萨武海护航的分遣队只有六个巡洋舰分队、四个巡航船分队总计二十八条战舰和二十四艘信报船，可谓力量有限。
幸好荷军爪哇舰队的实力也不强，算上接收苏拉威西海海战幸存的两艘四十门炮战舰及三艘武装商船在内，荷军主力战舰也不过与夏军一样只有二十八艘，只是武装商船的数量多达三十四艘，比夏军信报船多出十艘，略占优势，但关键的战列线炮船的数目却不足夏军巡洋舰的三分之二，因此双方实际上是势均力敌。
既然是势均力敌，战斗就相当的激励。荷军固然是没有退路，夏军也不想让同僚专美于前，双方都打出了自己现阶段最佳的水平，到处都是冲天的水柱和浓烈的硝烟，整个大海仿佛印度神话中被天神和阿修罗搅翻的乳海一样，充满了致命的威胁。
从苏拉威西海海战幸存者口中得知夏军战术的兰德生中将很快将整个舰队分成战舰队和辅助舰队两部，分别迎战夏军，希望能在己方主力牵制夏军主力的同时，先利用优势的辅助舰队获得胜利。然而兰德生中将显然没有想到，尽管荷军武装商船一度以数量压制了夏军信报船，但夏军依旧凭着远较荷军武装商船坚固的船体及较快的船速与荷军周旋。因此，荷军武装商船一时无法占到真正的上风。
战到当日未时三刻，荷军三十四艘武装商船中沉没了七艘、焚毁了六艘，另有四艘重创，船上水手伤亡更是超过千人；夏军方面也有十四艘信报船损毁沉没、近九百余名水手伤亡；可以说，双方都是血流成河。
双方轻型船只不分高低还在继续缠斗，主力战船队的交手却有了结果。
截止到当天酉时初刻，夏军主力舰队共损失四等巡洋舰一艘、巡航船六艘，另有一艘三等巡洋舰和四艘巡航船重创，二千一百余名官兵伤亡；荷军方面则损失二艘战列线炮船和四艘小型战舰，另有一艘战列线炮船和七艘小型战舰重创，伤亡水手二千四百余名。
就交换比来看，双方也只能说不分胜负，然而荷军战列线炮船数目有限，损失三艘等于损失了三分之一强的战力，而夏军损失两艘巡洋舰后依旧还有十艘可战，因此于大局无损；而且在巴达维亚、泗水等重要港口或失陷或被封锁后，荷军受创船只无法大修，损失几乎无法弥补；因此，从战略上来看，荷军已经彻底失败。
好在此时太阳已经落于海平面以下，双方无法继续交战，兰德生中将这才借着夜色，得以脱身。至于损失同样严重的夏军一时也无力继续追击，只是派出一艘状况尚且可以的巡航船向巽他海峡一线的水师主力报告状况，其余能就地修理的就地修理，不能就地修理的，只好蹒跚的带着伤员直接开往葡属帝汶岛休整。想来，墙头草的葡萄牙人绝不敢向拒绝荷兰人一样，拒绝夏军水师的进驻。
说实在的，仗打到这个份上，联合东印度公司距离彻底失败已经只有一步之遥了。只是荷兰人不敢服输，因为一旦服输，整个联合东印度公司就必然遭到破产的灭顶之灾，所以只能咬牙坚持下去，寻求一丝可能翻盘的机会。
可惜，翻盘的机会没有出现，致命一击却接踵而来——得知萨武海海战结果的常天远在恼羞成怒之余果断率领西线护航舰队越过巽他海峡直扑芝拉扎，一举将刚刚进港的荷兰爪哇舰队堵在港内。虽然兰德生海军中将几次冒险组织舰队突围，但始终被夏军堵在港内，反而因此损失了两艘战列线炮船和六艘武装商船。
无法突围的荷军舰队只好借助有限的岸防炮火来挡住夏军，希图藉此保住港内船只，如果，出于保存军舰的考虑，常天远并没有直接炮击港口。但荷兰人拖延的战术很快随着夏军火箭船的到来变成了泡影——夏军火箭虽然很难对付纯石质建筑，但对付木头船却是极大的杀伤力——在一场畅快淋漓的焰火表演后，荷军剩余舰船全部爆炸起火，连带芝拉扎港的码头及港口设施一起化为了灰烬。
尽管夏军没有进一步派遣水兵登陆，但在盛大的烟火秀之后，兰德生将军及荷军上下的抵抗意志悉数瓦解。在夏军劝降使节同意保证不对投降者进行杀戮的条件下，兰德生将军以下残余的九百余名荷军水手和八百多荷军港塞守备部队毫不犹豫的向常天远投降。随后被俘的兰德生中将被运回巴达维亚，代表华夏再次向城内评议会、总督劝降。
香料群岛舰队和爪哇舰队相继灭亡的消息如晴天霹雳一样震惊了整个巴达维亚，这可是整整一百二十条船呢，整个联合东印度公司不过两百艘而已，如今百分之六十化为乌有了，即便能保住东印度群岛，联合东印度公司的破产也就在眼前了，更何况，丢了舰队以后，外援中断，各地要塞已经不可能坚持下去了。
有了这样的明悟，在如丧考妣的同时，上层人物不得不考虑自己的将来了。破产当然是可怕的，但那是公司的财产，也就是十七人委员会的财产，并非是自己的，丢了自然不可惜。而且破产也不是最可怕的，可怕的是破产后没有东山再起的机会，那就是彻底沉沦了。既然有了这样的想法，众人考虑的更多的是如何保全自己的生命，以便日后能卷土重来。
保全性命自然只能投降了，于是华夏武成十六年六月初七，巴达维亚总督和评议会以保全个人财产为由，向华夏提出投降的先决条件。对此，已经从凌牙门赶到巴达维亚的大都护林耕断然拒绝，只允许每个荷兰人保留三百荷兰盾的财产，其余一律作为华夏军费的赔偿，同时要求巴达维亚评议会答应将细兰全岛和东印度普利卡特、萨德拉斯的商业据点以及荷属澳大利亚全部交出。
巴达维亚评议会认为丢了东印度群岛之后，斯里兰卡和普利卡特、萨德拉斯以及荷属澳大利亚一样保不住，可以将上述四地交给华夏作为赔偿的一部分，但是华夏不能在随后彻底中断了夏荷贸易，同时还希望提高每人保留财产的份额。
对于朝廷希望在夺取领土后继续保持贸易的心理，林耕是有所了解的，因此爽快的答应了荷兰人的讨价还价，只是对于荷兰人希图保留更多个人财产的要求做了坚定的抵制。此时，攻克各地荷军堡塞的夏军逐步返回巴达维亚，胜券在握的林耕便向荷兰人下达了最后通牒，要求其在六月十五日中午前开城，逾期将视作拒绝投降。
在林耕的逼迫下，巴达维亚方面最终无奈的接受了通牒。
六月十五日上午，巴达维亚守军开出城外，正式向刘文来投降。双方随后签订《椰城条约》，正式将荷属东印度及荷属斯里兰卡、荷属澳大利亚、荷属印度商站全部割让给华夏。而华夏方面则予以保证，一旦接收了细兰等地之后，将派船运送东印度群岛各地的荷兰人前往细兰，随后由细兰等地的荷兰船只运输其归国，并允许荷兰方面今后继续在科伦坡、马塔拉等通商港口与华夏贸易。
此后，在华夏武成十六年六月至八月间，荷兰在东印度群岛各地尚在坚持的要塞在得到巴达维亚的命令后相继投降；八月初，普利卡特和萨德拉斯两地商栈迫于洋面上出现的夏军舰船的威慑，宣布接受巴达维亚的命令将除商船以外的全部资产交予华夏。
九月初，夏军大举登陆细兰，贾夫纳方面最终也不得不同意将整个细兰交予华夏，至此夏荷战争宣告结束，华夏不但将荷兰联合东印度公司驱逐出东印度群岛和东部印度，更打开了前往南方方丈大陆的门户。
夏荷战争的结局大大震惊了欧洲各国东印度公司，使得他们对露出獠牙的华夏帝国充满了忌惮，然而华夏的开拓重点很快转向方丈大陆及太平洋上诸多岛屿，并没有进一步垄断印度贸易，这使得葡萄牙、法国、丹麦、瑞典等与华夏相对友好的欧洲国家松了一口气。
不过英国人就没那么轻松了，生怕华夏彻底中断中英贸易并对加尔各答、马德拉斯等地发动进攻的不列颠东印度公司急忙撤换了丹佛等人，并从孟买管区派遣资深董事前往华夏道歉。为了不让法国在中欧贸易中一枝独秀获取超额利益，华夏朝廷最终接受了英国人的认错，并开出一张四万英镑的巨额罚单。
在东方实力有限的英国人不得不忍气吞声的接受了罚单，并暗中誓言复仇，只是迫于如日中天的华夏国势只能暂且隐忍，但中英之战就此埋伏了伏笔。
