强调自学，以读书为主。书院大师虽然也给学生面授，但往往只是提纲挈领，由学生随其深浅自行领会。就像习语所说的：“师傅领进门，修行在个人。”书院教学的最主要内容不是老师讲解知识，而是指导学生读书的方法。书院强调学生自学并不是对学生不加任何鞭策或者过问，其管理的重要的措施就是“考课”，以督促学生把书读透读广。书院还十分强调学生读书要善于提出疑点、难点，鼓励学生要善于提出问题并进行论辩。比如吕祖谦在丽泽书院讲学时，提出求学贵在创造，要自己独立研究，各辟门径，要超过习俗的见解，而有新的创新观点，他说：“今之为学，自初至长，多随所习熟为主，皆不出窠臼外。惟出窠臼外，然后有功。”书院特别强调学生读书要做日记，就是把每日所读书籍的心里疑惑记在日记册中，然后加以整理、汇编。事实上，书院的学生在学习过程中，已经参加了一定的学术研究活动，这对于培养学生的学习兴趣和治学能力，有着重要的作用。
4、书院实行讲学，并建立了讲会制度
书院以讲学著称，其讲学有几样几等，大约可分为三种，其中有参考和借鉴意义的讲学又分为两种。其一是进行学术传授的讲学，这种讲学是在书院内进行的，目的在于阐发儒经义蕴或学派的要领，一般都由大师主讲，如朱熹在白鹿洞传授理学；陆九渊在象山讲学；吕祖谦在明招山、张在岳麓书院都亲自主讲。大师们讲授的要点或写成讲义，或录为语录，如吕祖谦的《丽泽讲义》、陈亮的《经书发题》、朱熹的《语类大全》、陆九渊的《象山语录》等，都属于讲授性讲学的内容。
其二是讲会式的讲学，目的在于不同学派相互探讨、争辩，以探析一个学派的精义，或者辩析不同学派之间的异同，这种讲学不一定都在书院内进行，但都属于学术性的。这是书院教学区别于当时一般学府的一个重要标志，有力地促进学术上出现百家争鸣的现象。南宋时期，朱熹和陆九渊是两个不同的学派，但在淳熙八年（1181年），朱熹邀请陆九渊到白鹿洞书院讲学，成为不同学派在不同书院讲学的典范，首开书院“讲会”制度的先河。以后各书院讲学都先标出自己的“话头”（即讲学宗旨），然后讲说，在讲学中，欢迎别人质疑问难，展开论辩，允许提问和探讨。值得一提的是，在讲会过程中，学生也被允许提自己的见解。明代书院“讲会”很盛，各派到处讲学，扩大自己学派的影响。
书院的讲会制度一直延续到清代。东林书院、紫阳书院、还古书院、姚江书院的讲会最盛，并且形成了一套完善的制度。各书院的讲会都有严密的组织、明确的宗旨、详细的规约、确定的日期、隆重的仪式和专门的经费开支等。讲会制度不仅是书院的一种教学方法，以后还逐渐超出书院范围，扩展为社会的学术聚会，将书院的教学活动同社会上的学术活动结合起来，使书院扩大了教学范围，丰富了教学内容，活跃了学术气氛，提高了教学水平，同时又扩大了书院的影响，提高了书院的社会地位，为地方的学术活动贡献了力量。特别是学生参加讲会活动，开阔了眼界，增强了学习兴趣，提高了学习的积极性，对于提高书院的学术水平和人才培养都有着重要的影响。
第三种讲学的方式是宣教式的讲学，听讲人不限于书院生徒，目的在于为统治者起训官化民的作用。用宣扬纲常礼教、教人“存天理灭人欲”来为封建统治服务的。随着清代汉学的兴起，这类讲学逐渐减少。现代大学应当充分重视讨论，重视各种学术讲座，比如有展望性的、有思想性的、有知识性的或者是文艺性的，要鼓励学生尽量多多利用大学讲座这种可贵的思想财富，它对于提高个人文化素质非常重要。
5、书院考课开卷，鼓励创新
考课是古代书院一种学业考核的制度。用考课来促进生徒努力钻研，写出论文，可以说是讲习的一种有效方法。书院注重大师的影响，提倡生徒自学，一般不用考课方法。但到明代一些私立乡邑小书院，开始实行每月会文考试。到了清代，考课的书院数量增加，不仅小书院考课，大书院也考课，诂经精舍和学海堂两书院的考课制度极为完善、严密。但书院的考课不都是考时文，也不全是铁定要接科场的办法，书院的考查是注重考查性的考课，即通过记日记（即用日记簿把质疑问难之语、读书的心得及疑义记在上面）等方式进行考课，含有督促检查生徒日积月累的意味。
再从诂经精舍等书院考课的实际情况看，书院的考课已有很多新意，有日课、月课、季课、师课等多种，清代诂经精舍和学海堂还宽限考试时间，不考时文、八股，考的是经史词章、天文、地理、算法等，而且又可以专精一艺，考时可以允许考生互相借阅书籍，互相传递条对以便参考，其实这种考课等于开卷考试。或者书院通过作论文来进行考课，作文课非常类似于现代教育中的“公共课”，提倡写出自己的心得体会，敢于发表观点不同的见解，而不以死记经籍文字为能，鼓励生徒创立新说。考课的课艺连同所记载的内容，经院长、学长批改，成为学术性的文章，然后刊印成论文集，相当于出学报，使学术公开并得以交流。凡此等考课的方法不仅注重生徒深造自得的学习方法，而又收到了督促推动的效果，不仅无可厚非，就是对现在而言，也还可以从中吸取有益的经验。
（四）关于中国现代大学的思考
中国近代大学实自西洋移植而来，自然深受近代西方大学重实用、轻思辩的过于功利化价值观念的影响。1901年，书院被视作历史负累而被舍弃，中国建立近现代高等教育体制，使中国传统教育出现断层。
西方大学“输出”自己的理念及体制体系，而中国是被动的接受，中国近代的教育大家力求汲取国外的大学模式为我所用，正如北京大学的校长蔡元培先生主张“兼容并蓄”的理念，取得了辉煌卓著的成就，将我国大学的发展改革推向一个新纪元。
可是中国文化的博大精深、根深蒂固，一系列思维与方案深深根植于中国的大学精神之中，造就中国现代大学的现状不能仅仅局限于将国外的体制照搬，或是亦步亦趋，追随所谓的“潮流模式”，我们依旧需要“民族精神”、“民族心灵”，以风姿绰约、昂首俊秀的中国气派来征服世界。我们依旧需要秉承中国文化精粹的精神气质，挖掘深藏的古代高等教育的特色与魅力，铸就新时代中国大学的精神，使我们再重温中国古代大学的时代氛围与思想之林。中国古代大学精神的核心其实就是“书院精神”。书院精神是复杂多元的，其精神要旨对我国现当代大学的建制与改革有着重要的意义，它是本土的民族的，不单单是中国的一种传统教育制度。
书院情怀已被纳入21世纪特色人文文化体系中去，同时成为我国高等教育的人文渊薮。今天，市场经济的社会化使得如今的大学与社会走得越来越近。学校成为灌输现成知识的机关与简单技能的训练场，完全成为工商业社会的产物，批量生产“人才”，失却高贵超然的道德品质与独立自主的价值判断。大学与时代和社会的功利精神趋近，灯塔角色、象牙之塔已被社会的物质腐气侵蚀。大学固守的薪火相传的理想主义受到干扰，开始从内部崩溃。“贩卖文凭”、“诚信危机”、“博士辍学”等等现象让我们惊诧、震慑。
从总体上来讲，中国大学很少继承中国书院的传统。拜物主义被奉为价值圭臬，充斥着大学的方方面面。大学的价值变得平庸。曾经高尚的书院追求知识与价值关怀的精神渐行渐远。于是改革者亟呼价值的回归，书院精神的复归、在温暖的新世纪，我们应当以人文精神的苏醒来实现大学价值的重现。爱因斯坦曾经说过：用专业知识教育人是不够的，通过专业教育，他可能成为有用的机器，但是不能成为一个和谐发展的人。要使学生对价值（即社会伦理准则）有所理解并产生热烈的情感，那是最基本的。因此，大学应该着重培养学生高尚的道德品质，在知识理性的基础上彰显人文精神，培养学生积极的人生态度，高度的创造精神和能力，坚韧不拔的坚强意志，明确的社会责任感，人际交往中的容忍、宽容与合作精神，富有人类的同情心和人道主义精神等等。人文精神的重建实质就是以书院精神的宏旨与弘扬追求大学理想主义的良性发展为主，将知识积累与价值关怀统一起来，使现代大学呈现出更明显的中国气派。
