朱元璋建立明王朝后，“忧危积心，日勤不怠”，唯恐朝臣三心二意，重蹈元朝灭亡的覆辙，采取多种措施以巩固皇权。其方法之一，是将违忤旨意的官员，不论职位品爵高低，命令侍从将其拖出宫外，让锦衣卫的旗校用棍杖痛打屁股。此即朱元璋首创的“廷杖”，是典型的法外施刑。
廷杖的时候，受处罚的朝臣身穿囚服，被捆绑着押到午门御路的东侧，按倒俯卧在地。众官员要到午门外西墀下观刑，意在“打一儆百”。锦衣卫10余名旗校手执木棍站立在两旁。当监杖太监喝令“搁棍”时，一名旗校手便把木棍放在大臣的屁股上，听到喊“打”，挥起便是三棍。若听到喊“着实打”，则加倍用力。旗校手每打五下换一人。行杖时，监杖太监喊一声，10余名旗校手齐声呼应，真是“喊声动地，闻者股栗”。据载，行杖的时候，旗校们据监杖太监的暗示决定下手的轻重。当监杖太监喊“着实打”，而将两只靴尖摆成八字形，即要众旗校手下留情，不把人打死；如果监杖太监喊“用心打”，并将两只靴尖向里一敛，就是暗示狠狠打，大臣就别想活命了。大臣在挨打时，虽疼痛难忍，也不能喊“疼”，更不能喊“冤”，假若吃疼不住叫喊也只能喊“吾皇万岁”！
明朝初年，被廷杖的大臣是穿着衣服受刑。正德初年宦官刘瑾专权，改变廷杖的执行方法，规定受杖的大臣一律要当众剥去裤子，棍棒要着实打在屁股上，受刑之后，立刻上朝办事。这样，这些大臣不仅肉体上受到痛苦，心灵也蒙受奇耻大辱，增加了对廷杖的恐惧。锦衣卫的旗校也经常把大臣们受刑时的狼狈窘态当作日常笑料，甚至当面指点嘲笑。
明代施用廷杖最多的是正德、嘉靖两朝。明武宗喜好声色狗马，耽于游乐，置朝政于不顾。正德十四年（1519），他准备巡游江南，许多大臣苦苦劝谏。武宗大怒，命令把进谏的146位大臣都拉到午门外罚跪5天，5天后，又分别将这些朝臣处以杖刑，带头的打80或50棍，其余一律杖责30。其中有11人当即死于杖刑之下。明世宗由藩王登皇位，一心要把自己的生身父亲加上皇帝的称号。嘉靖三年（1524），朝廷内部为此展开激烈纷争。许多大臣认为此举违反皇家礼法，纷纷在皇宫左顺门前哭谏。结果，世宗大发雷霆，134人受杖，16人当场被杖死。这是明代历史上两起最大的廷杖案件。
