拉斐尔因其画中美艳的圣母得到其他画家从未有过的赞誉，《西斯廷圣母》中的庄严圣母的装饰画，在很长时间里都被很多家庭作为珍藏品，即使不信仰基督教的家庭也对这幅画青睐有加。历史上，画家们认为画中圣母应该有着规则且优雅的椭圆形的脸部轮廓、简单的发型、严肃而朴素的神情和年轻纯真的气质。
但拉斐尔后期作品中的圣母，与这种公认的形象大相径庭，这招致了很多人对拉斐尔的不满，因为传统的艺术家对画中女性多变的美感是嗤之以鼻的。拉斐尔的女性作品也一度被肯定，因为那两幅肖像画都是中规中矩的作品。这种虽偏离正轨但更现实而特别的绘画方式很快被世人接受，归功于拉斐尔最有名的学徒朱利奥·罗曼诺。拉斐尔诚然是绘画圣母的大师，但也不是总被允许绘制裸体女性。
尽管如此，拉斐尔的绘画流派还是以其理想的人物和古旧的质感在艺术史上留下很多不朽的作品，其画中的女性可与奥林匹斯山的女神媲美。位于法尔内西纳庄园（Farnesina）的灵神回廊（Psyche Loggia）的壁画就是经典之作。这幅壁画被清洗后以全新面貌展现在世人面前。我们可以发现拉斐尔亲手所绘的作品，比我们现在已知的多得多。将现实主义和裸体艺术结合在一起的画作《弗娜瑞娜》，经常被质疑是否为拉斐尔亲笔所绘，直到被再次清洗，人们的疑虑方消。但画中那种类型的圣母形象仍不被大多数学者接受。
拉斐尔会以不同寻常的方式改善画中女性的形象，对此不得不提的一幅作品，是他早期的作品之一《圣母子、圣耶罗梅和圣弗朗西斯》（Madonna andchild with St. Jerome and St. Francis ）。这幅作品展现了圣母抽象的椭圆形的脸部轮廓和协调的体型，在绘画技法上遵从了皮耶罗?佩鲁吉诺理想化的表达方式，这个特点也在小基督圆润的体型上体现出来。如果再观赏巴贝里尼宫（PalazzoBarberini）中1516年的作品《赫兹圣母》，就会发现画中体现的令人震惊的现实主义，这种现实主义尤其体现在小基督的活力、突出的肌肉和细嫩的皮肤上，还有圣母大大的眼睛、倒三角的脸型和复杂的发型上，因为这些美丽的细节，圣母的脸部和头部给人留下深刻印象。更令人惊奇的是，画中其他人物也被仔细地刻画了，那些人物被赋予古代的庄严感，他们的衣着也有着古时的风格，以此替代佩鲁吉诺风格中随便塑造身体的方法和普通的衣饰。
然而，仅仅在位于布雷西亚的托西奥?巴提内哥艺术博物馆（PinacotecaTosio Martinengo）的作品《柏林圣母》（约作于1504—1505年）完成后的两三年，人们就在《基督祈祷》（Christ Blessing ）中基督美丽的身体上发现，拉斐尔开始了一个新的创作方向—— 开始关注身体表面的美和在画中对生活波折的描绘。我们从他在汉堡的一幅圣塞巴斯蒂安的半身像画作看出，当时拉斐尔是用裸体模特儿来做黑粉笔画的，但他早期的裸体人物似乎都是从其他大师那里借鉴来的。拉斐尔在1504年至1505年之间，画的这些模特儿都穿着紧身衣，而佩鲁吉诺在早期和拉斐尔相似的画作中，也给人物穿上了紧身衣，来塑造人物类似几何形体的身材。拉斐尔的这种方法和他渲染人物的方法是一致的，在这一点上，他超过了其他所有翁布里亚的大师，就连贝纳多?平托里乔曾在设计复杂的人物姿势时都寻求过拉斐尔的帮助。从一开始，拉斐尔就尝试给画中人物一个假设的用来转身的垂直轴线，这一点在《基督祈祷》的画面中非常明显。但这种手法也运用在《柏林圣母》两旁的圣人身上—— 画中两旁的圣人在圣母的后方，显示他们的存在，圣母的形象神圣而端庄，但两个圣人看起来有些阿谀奉承。然而，在这幅作品中，画家没有给来自布雷西亚的圣塞巴斯蒂安的身边留有空位，还给了他一个极大的正面描绘。画面中，他的面部表情比拉斐尔早期作品中的任何人物都要严肃决绝，画家在画他的面部时，摒弃了拉斐尔常用的优雅的姿势和犹豫不定的神情，也没有使他的形象表露出很多的内心情感。《圣塞巴斯蒂安》是拉斐尔的老师皮耶罗?佩鲁吉诺的扛鼎之作，与《基督祈祷》相比，这幅作品的个人特色更加明显，所以画中人物的移动姿势、人物周围的空间、惊人的现实主义和对手部及皮肤细致的处理，都与圣塞巴斯蒂安既有的形象存在天壤之别。
1504年左右，拉斐尔开始以更加自我的风格来诠释画中的女性人物面部。
不列颠博物馆收藏的于1502年至1503年所绘的一幅年轻女子的肖像画和他另一幅在乌菲兹的肖像画，画中人物那附有强烈感情的眼神说明，当时人物清晰的几何形象的重要性，还是胜过了个人风格的展现。然而，这位年轻的姑娘也是梵蒂冈《奥狄祭坛画》（Oddi Altarpiece ）中圣母的原型，即使是画在祭坛上，她也展现着利落的优雅、精致的容貌和她长长的脖颈。她算是拉斐尔画过的少女中最美丽的一个，那些少女的职责大概就是充当画作的模特儿和拉斐尔研究画作的对象。
研究牛津的《圣母的婚礼》中一位年轻女士的头部时，很多人一直怀疑她是否与后来画中的模特儿是同一个人。从那时起，他将一种更加优雅的温柔带进了作品中，显示出他意欲通过人物的表情甚至皮肤来表达情感的想法。在不列颠博物馆的一座圣人半身像的模特儿，似乎也是这位姑娘—— 她带着一脸疑惑的表情，身材丰满，不免让人联想到不久后拉斐尔在一张绿纸上为《蒙娜丽莎》画的一幅银尖笔素描。这些作品不仅与他初期在佛罗伦萨的旅居有关，还与他1505年在佩鲁贾圣塞维罗所绘的壁画有关。
《圣母的婚礼》中的女性人物在《美惠三女神》里再次展现了精致的面容，她也是拉斐尔所绘的第一个裸体女性。拉斐尔看起来不太可能在画前真正研究了女性的身体，但真实地表达出对女性身体的感觉，这一点在后方中央的女神身上体现得尤其明显。这个时候拉斐尔还以穿紧身装的年轻男人作为圣母像造型，但他能轻松地将女性特征在以男性为模特儿的画中表现出来。在佛罗伦萨时，拉斐尔很快改掉了三女神优雅但又有些抽象的身体形态，从女神的服装看出，这种绘画版本是他观察真实生活的结果。拉斐尔临摹过达·芬奇手稿中的丽达形象（现藏于温莎城堡）。达·芬奇似乎对拉斐尔非常大方，给了这位年轻画家使用他画室材料的便利。《丽达与天鹅》中孩童和天鹅的画法和他草图中的风格基本一样。画中圣母有着丰满的臀部、优雅的气质和自然的双腿曲线；画中对肩膀、手臂和胸部的描绘也更加接近实际，使整个形象看起来很协调。但拉斐尔还是简单地吸取了达·芬奇—— 这位博学的导师和大师的经验，就像拉斐尔五年后画署名室天花板上的《夏娃》时，虽已具备独立绘画裸体人物的能力，但还是在这幅作品中借用了丽达的下半身像。拉斐尔在佛罗伦萨用女性模特儿研究圣母像时，这位年轻姑娘还是穿着衣服的。没有任何一幅在乌菲兹时的作品能表明拉斐尔在绘画时用了模特儿，也不能证明这些作品在绘制时都需要模特儿，这种不确定性尤其体现在《庄严圣母》中。拉斐尔的其他作品，特别是《金翅雀圣母》，似乎暗示了有一位年轻姑娘偶尔会给拉斐尔当腿部模特儿。这位穿着花哨但不失优雅的姑娘，似乎在藏于卢浮宫早期版本的波各赛（Borghese）的《基督下葬》中为三名女性圣人做了模特儿，而在藏于伦敦国家博物馆的《亚历山大的圣凯瑟琳》中，也为拉斐尔做了模特儿。这幅画绘于1507年，展现了达·芬奇风格中优雅的女性理想形象，还显示了对画中人物自由的动态描绘及开放式的表达手法，这些元素在1504年以前的作品中从未被体现。然而，这幅画中人物的头部的姿势和向上观望的眼睛，不是出自于模特儿，而是拉斐尔临摹了藏于不列颠博物馆的米开朗基罗的《圣马修》后受启发所画。据藏于维也纳阿尔贝提纳博物馆（Albertina）的两幅画作显示，拉斐尔可能还为一幅圣母在十字架下祈祷的画作绘制了一部分男性裸体画。现在这些画已经失传了，也可能拉斐尔根本没有画过这些作品。在佛罗伦萨，拉斐尔可以轻而易举地临摹男性裸体作品，也抓住了机会与达·芬奇、米开朗基罗一较高下，尽管他来佛罗伦萨是为了学习这些大师的作品。
拉斐尔有很多关于绘画男性的习作，但大部分没有派上用场，因为拉斐尔在佩鲁贾受托绘制的神话史诗题材的壁画工作，不知何因被取消。而之前拉斐尔为此临摹很多画作后，作的一位手捧大量水果的圣母（画中有一位静止的圣母，画面空间广大且描绘精致）的草稿，也被闲置一旁。《庄严圣母》完成的三年后，拉斐尔就绘制了《圣母子》，这幅画显示出富有动感的人物和亲密的圣母子二人，表明拉斐尔在这期间不断研究男性和女性的身体语言。如果我们拿《庄严圣母》与这幅画作比较，那么庄严圣母的形象明显过于安静和拘束。拉斐尔在佛罗伦萨的作品中主要将女性的美感体现在脸上。他仔细地突出人物特点，设计或重塑人物的头型，改变圣母头部的位置，传神地绘画圣母的面貌，表现出圣母对那位活泼的小救世主—— 小基督的温柔关爱。不过对画面中人物的主要特点的描绘，似乎都遵循一个模式。拉斐尔于1505年在佩鲁贾《安西帝圣母》中画的圣母优雅而苗条，而同年作品《圣母子与天使》《庄严圣母》和《圣母子》中，圣母的体型变得圆润，虽然这种画法当时还未真正成为一种新的风格。1506年的作品《草地上的圣母》中的圣母，明显有了丰满的胸部、更加精细的发型和更加独特的圆形的脸型。这都是上面提及的那位模特儿的身体特点，拉斐尔在佛罗伦萨的很多圣母像都以这个形象为基础。当然，拉斐尔还是以自己的风格修饰了圣母的相貌。拉斐尔也研究了她的腿部，这在《金翅雀圣母》、一幅藏于阿尔贝提纳的圣母半身像、卢浮宫的《美丽的女园丁》中都可以体现出来。拉斐尔有很多不同类型的（老的或年轻的）男性裸体模特儿，但这个女性模特儿是唯一穿着得体的模特儿。拉斐尔一度在神话作品中画了两个裸体男人和一个穿着简单的女人，还有一次画了两个裸体女神和一个男人。这两幅画都在牛津，看起来都不是参照模特儿绘制的。
拉斐尔在佛罗伦萨时为他的模特儿画了许多肖像画。波各赛《基督下葬》中的玛格德琳，就运用了对藏于乌菲兹的作品的习作。这幅作品与佛罗伦萨的一幅草稿很相似，尽管那个草稿不是为这幅画所作。这让我们更好地认识了那位姑娘修长的脖颈、圆圆的头部、高高的额头、挺立而精致的鼻子和她那稍稍忧郁的情绪，虽然无法知晓拉斐尔是否真的想为这位模特儿作肖像画。无论如何，这种风格遵从了上面提及的风格——画在不列颠博物馆那张纸上，翁布里亚时期的风格，但这种绘画方式的速度更快，在画作处理上也更加完整。
在佛罗伦萨时，拉斐尔对女性气质的了解，实际上已在他很多肖像画中有所体现。最初能体现这一特点的画作，是拉斐尔于1505年绘制的《玛塔莲娜》。这幅作品充满浓厚的佩鲁吉诺风格，虽然仍然缺少拉斐尔为她丈夫画的肖像画中的佛兰德式的现实主义。不同的是，画中的人物已有逼真的手和独特的相貌和皮肤了。后来《蒙娜丽莎》中大大的鼻子被画得更小了。然而，一年以后在维拉?波各赛的《抱独角兽的女子》中出现了神奇的变化：拉斐尔不再创造，而是开始描述真正的人物。这位年轻的金发姑娘的形象，是拉斐尔很多圣母画作中的蓝本，这尤其体现在卢浮宫那些完成的作品的绘画风格中。我们发现在波各赛的这幅作品中的姑娘，与其他画作中的不同。这位姑娘椭圆形的脸的位置更高，而且身体也不是很圆润。更值得注意的是，她瘦削的肩膀与拉斐尔所有其他女性模特儿、其他作品中的圣母都不同。这幅作品显然受《蒙娜丽莎》启发，特别是达·芬奇在画作中曾用的在画面左右各安置一根柱子的画面结构。但我们可以感觉到，拉斐尔作品中的人物更加突出，更有威严，人物双手中贞洁的象征，让我们对这位人物有了更广阔的想象空间。
拉斐尔的人物（不论男性或女性）身上，体现了一种独立性，这是老一辈意大利画家从未做到的。拉斐尔以很自由的方法来体现这种独立性，比如人物直立的姿势和画面鲜艳的颜色等。虽然他早期的肖像画都模仿达·芬奇和梅姆灵用风景做背景，但后来的作品如《怀孕的女人》（La Gravida ）和《少妇》（La Muta ）都是按照传统意大利的画法用单一的深色做背景，画中人物在深色背景的衬托下显得更突出、独特了。这给了我们一个了解那些不知名女人的社会地位和职责的绝佳机会。更令人惊奇的是，拉斐尔虽然在画人物姿势和形体上都遵循固定规则，但他能通过对人物脸部、胸部和手部的独特描绘，表现不同的人物形态、年龄和个性。在拉斐尔的作品中，没有一个男性人物能显示出那些女性流露出的力量，非要挑出几幅作品，也只有他后期在佛罗伦萨绘制的藏于盖蒂博物馆的《男性肖像画》（Male Portrait ）和在布达佩斯的《一个年轻男子的画像》（Portrait ofa Young Man ）了。事实上，这两幅作品算是拉斐尔在罗马初期的作品，算是当时教皇宫廷那些年轻的人文主义者请求拉斐尔作的迎合他们喜好的作品。
