《归化法》重新编订颁布后，规定只要外国军民在美国的土地上居住五年，便可以自动加入美国国籍。
军事方面，杰斐逊在宪法允许的范围内，以海陆军和民兵总司令的身份对陆军实行了“纯洁改编”，将军队人数从3500人缩编到了2500人；1802年成立西点军校，同时为了缩减军费开支，杰斐逊命令停止建造新的战舰，只保持原有的海军舰艇数量。
为了保持政策上的延续性，杰斐逊在改革初期沿用了前任总统的一些政策，并在法律上加以尊重，比如《杰伊条约》中关于遗留问题设立的几个混合委员会仍然有效，还有一些关于银行、工商业发展的政策也得到了保护和执行。
托马斯·杰斐逊被是一位伟大的思想家，政治家和教育家，在美国的独立和早期资本主义的发展中做出了非常重要的贡献。
英国对美国航运的破坏
19世纪初，英法战争陷入僵持阶段，两方的对抗从军事转移到以航海贸易为主的商业领域。英国与西班牙和法国舰队的海域争夺战中大获全胜，掌握了欧洲大陆大部分的海域，抵御了英国进攻的拿破仑掌控着欧洲大陆，双方势均力敌。为了能够打击对方，英法两国陷入了市场争夺战。
出于地缘优势，欧洲大陆一直是英国商品的大市场。但1806年“柏林法令”的颁布将优势从英国手中夺走。拿破仑提出的法令规定使欧洲大陆变得独立自给自足，孤立了英国。他希望这项举措迫使英国打开英国国内市场，将欧洲的商品倾销于日不落帝国。
如此不对等的贸易关系，英国不会就此妥协。针锋以对的英国颁布议会法令，封锁大陆港口，规定任何想要进入大陆的船只，必须向英国缴纳关税。这一法案明面上表示英国愿意与其他国家共享欧洲大陆市场，但实质上是利用海上霸权对贸易往来的国家进行敲诈。
为了改变现状，拿破仑开始推行“大陆体系”计划。1807年12月，拿破仑提出相应的“米兰法令”，该法令将遵守英国贸易规定的船只全部视为英国所有，法国便可以缴获。
愈演愈烈的英法之争让许多国家对欧洲市场望而生畏。夹杂在两者之间早已声明中立国立场的美国承担了英法双方殖民地间贸易的重担。但美国的行为当时并不合法，依照英国1756年颁布的战时规则，中立国也无法参与和平时期重商主义的禁令。
美国人几经思量找到了新的规避方法，他们将法国殖民地的原料等，先运送到本国，然后换成美国的船只再运送到法国，中立国的身份避免了美国商船被英军截获。这样的方法很快被美国活用，欧洲大陆的很多货物都经由美国港口运到法属西印度群岛上。这样的双向运输得到了美国政府免税政策的支持，并给美国带来了巨大的收益。英国人不会坐观美国从中攫取大量财富，随即明令禁止战时的转口贸易。
除了贸易上的打击，美国还深受英国征兵活动的骚扰。行驶在公共海域的美国船只常常被英军战舰强迫停泊，英军从船只上肆意掠夺财富还强令水手中的英国公民应征入伍。虽然英军的行为有英国法律作支撑，但在征兵过程中，英军大多数情况下根本不注意征募的是否确实为英国国民，只要长相贴近就强征入伍。
英国的种种劣行使得美英之间摩擦越来越剧烈。诚然，新成立的美国在移民法令政策上存在不健全之处，国籍界定存疑。但英军颐指气使的轻蔑态度损伤了美国人的自尊，更何况英军的行为只能用“欺人太甚”四个字形容。
据统计，在19世纪初期的几年里，英国人带走的从美国上船只上带走了至少5000名水手。在美政府提出抗议后，英军经调查释放了3800名被强征入伍的美国人。这样的数字对比足以证明英军的强势。
英国对美国的种种欺压行为并不是没挑起美国人的战火，只是国防力量薄弱的美国人根本无力还击，只能忍气吞声。出身于南方的杰斐逊还不能清晰地认识到海军力量对于北部港口对外贸易的重要性。时任美国总统的他罔顾英法及欧洲列强的海域争夺战，大量消减国防开支的做法，为美国的发展埋下隐患。
美国颁布“封港令”
羸弱的海军无法维持美国的航运安全。随着英法战局的扩大，中立国被卷入到战争危机之中。美国不断遭到袭击，损失惨重。当时的美国有两条路比较可行：一是加强海军力量，在公共海域保留一支强大的舰队，以便对前来侵犯的国家起到震慑作用；二是美国人忍气吞声，接受屈辱，为取得航海贸易的利润而维持短暂的和平。但杰斐逊并没有选择两者中的任意一条。
1807年6月22日，美国驱逐舰“切萨匹克”号在前往地中海执行任务的途中遭遇到英国船舰“HMS美洲豹”号的袭击。当时，美国驱逐舰上的船员有一位是英国的逃兵，另外还有三位是非法应征后按照规定被释放的船员。英国人要求归还逃兵，却被美国人拒绝了。遭到拒绝后的英国人对美国船舰开火，“切萨匹克”号船长投降。
这次事件是对美国国家尊严的践踏，直接从本国的战船上抓走船员为其他国家服海军役的举动也侵犯了国际条例。英国政府只是口头承认其罪行，但并不予以任何实际赔偿。在国内舆论的压力下，无法继续忍气吞声的杰斐逊抛弃了两条切实可行的道路，选择颁布封港令。
杰斐逊的做法有其可行的原因。他试图以美国市场威胁继续拓展市场倾销货品的英国。以往的威胁屡试不爽，杰斐逊自认为缩小美国市场，甚至不允许英国船只的进入，必然会对英国贸易产生压力，到时候就可以跟英国人讲条件。而美国不准许自己国家的商船出海的行为，不会产生任何国家荣誉受损的问题。
杰斐逊对航运问题的判断构成了“封港令”的主要内容。“封港令”既是美国政府针对本国商船的禁止，也是对外国来美航船的禁止。这让远洋贸易占据主要地位美国面临巨大的经济损失。封港令的推行也遭遇了依托航海发家利益集团的激烈反抗。这些航海利益集团批评美国政府的做法不仅不能解决问题，还会适得其反，殃及自身。
事实上也的确如此，自封港令的出台和实施后，美国的出口总值一年之内下降到原来的1/3，进口总值更是远不及原先数额的一半。进出口贸易的不平衡导致美国大量货物挤压，原材料和一些工业制成品价格下降，直接影响到了农业和工业的发展；一时之间大量的航船闲置，造成大量船员失业。美国陷入了经济危机。
在与政府行为提出抗议的同时，美国人寻找封港令的漏洞，继续进行航海贸易。远洋贸易领域中，美国船只在执行机构插手之前就飞快地驶向公海，以种种借口驶向贸易国家。待法令解禁时，传真以上的物品早已经变成了好东西。加拿大和美国东北各州之间的贸易往来，则是无视法令，进行着种种走私货物的行为。对这一地区的人而言，政治国界没有任何实质意义，国会的法律如同一纸空文。
面对经济衰退、封港令无效的困境，杰斐逊不顾贸易上的巨大损失坚持封港令。他一方面加紧制定越来越严苛的条文，另一方面专门派人前往加拿大和美国东北部地带进行严查。但搜查并没有阻止人们穿过“封锁令“继续进行贸易，如同陪审团的父辈拒绝裁定违反《唐森德条例》人有罪一样，负责搜查的陪审团大多正义站闭一只眼。
杰弗逊总统的任期快结束时，国会颁布了“禁止贸易令”来代替原来的法案。新法令只是针对英法两国的贸易，并没有限制美国商人和世界其他国家进行贸易的权利。法令还规定，一旦英法两国停止对美国人民的侵害行为，总统可以下令恢复美国与两国之间的贸易行为。
任期结束后，杰斐逊回到蒙蒂塞洛。这时，他依然坚持自己的看法，不承认“封港令”是错误的。他给继任总统麦迪逊写信，劝诫他要用自己的判断来管理国家。诚然，杰斐逊颁布的“封港令”对美国的经济发展产生了不利的影响，但值得肯定的是，国防力量微弱的美国采取这样的手段确实对维护本国海上主权起到了积极的作用。
