不可调和的南北矛盾让美国再一次陷入到了战争当中，武力对抗的结果让人们看到了南北经济形式差异的弊端。战争初期，虽然有很多人出于对黑人的同情，加入到北方军当中。但是由于北方军队鱼目混珠，没有统一的组织领导，缺乏作战经验，北方军节节败退。
后来北方军队团结一心，形成了一股强大的力量，在安提塔姆河战役中取得胜利。战争期间，林肯发表了伟大的《解放黑人奴隶宣言》，为北方取得战争最后的胜利注入了一针强心剂，同时也意味着黑人长久以来失去尊严和自由的日子将一去不复返，许多黑人大获鼓舞，纷纷加入到北方的部队中，与南方进行作战。在士气上获得优势的北方最后终于战胜了南方的种植园主，在保证了黑人地位的同时，也避免了美国的分裂，可以说林肯是维护国家统一的有功之臣。
萨姆特堡打响了第一枪
1861年，林肯在他的就职演说中说道：“一个丈夫与妻子也许可以离婚，但是我们国家的不同部分却不能……无论是友善的还是敌对的交流都必须进行。”他的演说虽充满和解意味，但其坚定的语气表明了他认为南方脱离联邦是“非法的”，而联邦是“永久的”。
尽管如此，林肯仍试图用温和的方式来对待脱离联邦的行为。他承认不会试图夺回邦联所夺取的西南地区绝大多数财产。不过，位于佛罗里达州彭沙科拉城的皮肯斯堡和查尔斯顿港一个小岛上的萨姆特堡仍然归属于联邦军所有，大多数共和党人都不愿意就此放弃抵抗，乖乖交出这两个要塞。“如果投降的话，美国就会从一只雄鹰变成轻易投降的‘怯懦的小鸟’”，有人这样写道。
早在林肯宣誓就职的当天，萨姆特要塞的联邦驻军总司令罗伯特·安德森少校就向林肯政府紧急报告，叛军已经把他们层层包围，当地粮食储备不足，因此他们急需政府的支援，否则萨姆特要塞将被攻占。虽然萨姆特的战略价值不高，但如果就此被南部叛军所占据，联邦原则势必会受到严重损害。
针对这一问题，3月9日，林肯召开了第一次会议，商讨对付叛军的策略。会上，反对的声音很大，与会的7人中竟然有5人反对支援要塞。3月末，林肯就此又连续召开两次会议，然而还是未能达成统一意见。
但林肯此时仍不愿意为此造成流血冲突。他在思索了几个星期之后，决定先派出一支海军先遣队，给正处于被围攻状态的萨姆特堡送去食物。林肯这样做是想先进行一番试探。然而4月12日，强硬的邦联在海军到达之前就提前一步派遣军队对萨姆特堡发动了进攻。12日上午4时30分，邦联军向萨姆特堡射出了内战的第一颗炮弹。在持续猛烈的炮击下，海军少校罗伯特·安德森和他所带领的部队在抵抗了34个小时之后，终于不得不缴械投降。历时四年的美国内战由此拉开序幕。
遭到邦联军这一先发制人的攻击后，北方军的怒火一触即发，为此林肯不得不选择放弃妥协的立场，转而诉诸武力。1861年4月15日，他下令征召志愿兵75000名，然而命令下达之后，弗吉尼亚州、阿肯色州、北卡罗来纳州和田纳西州相继宣布退出联邦。南方人把林肯这一举动看作北方准备发起武力攻击的开始。
4月中旬，第一支联邦军在试图经过巴尔的摩时遭到邦联支持者的袭击，亲南方军的警察局局长立即通知马里兰州检察长，要求他马上派兵，警察局局长还声称“新的进攻明天就要开始”。随后，警察局局长与市长一同命令破坏连接北方与巴尔的摩的铁路桥。这场暴乱直到联邦军前往市中心控制了局面之后才平息下来。
南方人认为，既然南方各州多数人口愿意脱离联邦，北方就无权干涉，他们只是在执行被后来人称为“自决权”的权力。南方人认为脱离联邦是他们的自由，也是民主的表现，林肯则坚信南方人的做法恰恰违背了民主精神，他认为“脱离联邦的核心思想是无政府的本质”，南方这种拒绝遵守自由参加的选举结果的行为，反而为当初反对共和的其他保守主义者和君主主义者宣称这种国家形式缺乏稳定性提供了理由。
南方人的观点与林肯的立场如此相悖，那么，这场内战发动的根本原因到底是什么？
林肯强调，发动战争是为了整个国家的人民对联邦的承诺，为了国家主义原因，而不是单纯为了解放奴隶。大部分北方人都不会支持反奴隶制的战争，也不会因为奴隶制而反对脱离联邦的行为。当霍勒斯·格里利发表文章主张立即解放奴隶时，林肯回应道：“如果我能通过不解放一个奴隶就可以拯救联邦，我会去做的；如果我能通过解放所有奴隶来拯救联邦，我也会去做的；如果我能通过释放一部分人但无法顾及其他人来拯救联邦，我还是会去做的。”不过他依然希望“所有地方的所有人都应该自由。”
初期北方的失败
虽然内战是由南北双方利益冲突引发的，但双方都宣称是为了正义而战。北部资产阶级宣称战争的目的是为了恢复联邦的统一；南部奴隶主则宣称为了扞卫州权，并扬言要把美利坚建立成一个“大奴隶制共和国”。就其性质而言，南部奴隶主所进行的战争已经偏离了正义的轨道，因此许多有识之士为了维护联邦统一，纷纷加入北部阵营，为拯救联邦而战。
1861年4月15日，林肯下令募集志愿兵，北部人民群情激昂，积极响应，纷纷要求参军。仅用了两个多月，政府便募集到三十万多人的志愿军，远远超过了原先的人数要求。这一喜人结果为后面的战争储备了大量的后方支援。
战争初期，相对于南部，北部在实力上具有压倒性的优势。北部占据了全国四分之三的领土，全国34个州中它就拥有了23个州。北部不仅人口众多，超过南方人口总数的两倍，而且集中了美国的军火、钢铁和绝大多数的纺织、皮革等工业。更重要的是联邦政府设立在北部，一旦遇到危机情况，北部可利用政府力量来解决战时财政等问题。
尽管北部拥有如此多的优势力量，但在战争初期，它所取得的优势却落后于南部。
1861年6月29日，在林肯召开讨论作战问题的内阁会议上，北部将军欧文·麦克道尔提议由他带领一支约三万人的军队，去攻击驻守在马纳萨斯联轨站上由博雷加德所带的22000名同盟军。7月18日，麦克道尔带领军队抵达森特维尔，但是他并没有下令迅速出击敌人，而是派出一支侦查部队去探查状况，结果不仅撞上了同盟军，还暴露了进攻方向。更为糟糕的是，同盟军得到了南军约瑟夫﹒约翰斯顿的率部增援，麦克道尔因此不得不与他们火力相拼。
联邦军队虽然在数量上占有优势，但士兵素质不高，缺乏训练和战斗经验，再加上指挥不力，因此在与敌人战斗时一片混乱。7月21日，麦克道尔命令一部分军队在石桥假装受挫，然后暗中指挥部队前往西北部给敌人沉重的打击。但是经验丰富的南军将领托马斯·杰克逊早就洞察了麦克道尔的这一举动，他指挥同盟军顽强地阻击了联邦的攻势，并同前来支援的柯比·史密斯部队共同击退了联邦军队。战争形势的变化，迫使麦克道尔不得不下令撤退。
很快，华盛顿上下都得知了马纳萨斯战役失败的消息。往日自信满满的将军和政府要员，开始陷入了沉思。他们不得不重新审视南部盟军的力量，并制定严格的军事计划，而林肯也从这场失利中吸取教训，命令部队做好长期战斗的准备。
虽说南部盟军取得这次胜利带有一定的偶然性，但这与它们拥有的优势也分不开。南部人好战，作战经验丰富，且聚集着美国大量的军事人才，加之南部对于这次叛乱可谓蓄谋已久，早已备好了大量的军事装备；而北部直到战斗打响，才急急忙忙聚集军队，募集物资，所以在一开始就丧失了时机。更重要的是，南部占据有利地形，广阔的海岸线可以帮助他们时刻封锁北部经济。
因此与北部阴霾的气氛相比，盟军胜利的消息使南部上下欢欣鼓舞，士气大振。在交战胜利的鼓舞下，南部盟军开始先发制人，乘胜追击，企图速战速决，这也就为后来南部盟军的失败埋下了伏笔。
经过战败后的一番审视，林肯决定由乔治·麦克莱伦来指挥华盛顿军区，并让他重建强有力的波托马克军团，来对抗南部盟军。接到任命后，麦克莱伦便扩充波托马克军团的人数至16万人，并不断补充军需物品。依麦克莱伦之见，北部拥有着压倒性的优势，只要战斗之前做足准备，定能给南部致命地打击，因此，他积极操练士兵，制定攻略计划，企图一鼓作气击垮同盟军。
但是麦克莱伦生性傲慢，听不进别人的意见，而且他只是空有满腹理论，缺乏实战经验，并不了解影响战局的相关因素，加上他长时间地静观其变，引起了很多人的不满，甚至有人攻击他惧战。
迫于外界的压力，麦克莱伦不得不采取行动。为了了解敌人的状况，他随即派查尔斯﹒斯通带领一支小部队越过波托马克河进行侦查。由于斯通的叛变，爱德华﹒贝克上校在10月21日率队执行任务时，遭到南军的伏击，伤亡惨重。
联邦部队遭遇接二连三的打击，更加助长了南部盟军的气焰，同时也使联邦政府和北部人民焦头烂额，林肯政府不得不重新考虑军事指挥的合适人选。然而思前想后，始终都找不到合适的指挥官，联邦政府只好继续任用麦克莱伦。
战争初期，北部的失利来自于对敌人错误地估计。在政府要员眼中，北部经济发达，掌控军火制造等工业，人员广阔，击败南部是轻而易举的事，但是他们忽略了南部的地形及军事人才的比例。南部早在战斗打响之前，就已做足了充分的准备，首次战争便在萨姆特给联邦军队来了个下马威。而且南部军事人才丰富，指挥有力，与北部相比具有很大的优势。
然而面对南方强劲的战斗力量，联邦政府不仅没有认真分析敌人的优势，反而还继续任用一个只会纸上谈兵的麦克莱伦。在麦克莱伦毫无根据的指挥下，联邦军队接二连三受到重创，致使北部初期在战场上处于失利的状态。
载入史册的宣言
美国南北战争爆发后，奴隶制的存废问题就一直困扰着联邦政府。一部分人认为应当废除奴隶制，让美利坚健康自由地发展；可是对于一部分厌恶了战争的保守派而言，与其让国家陷入一片战乱，不如同南部达成协议，要求南部奴隶主放宽政策，善待黑奴，南北双方达成友好合作。
而如何处置及安顿获得解放的黑奴，对于联邦政府来说也是一个急需解决的难题。少部分的执法党认为，应当将这些逃亡的黑奴遣送回南部；但自由主义者却认为，应当给予这些人自由，给他们设立专门的收容场所。
解放黑奴的提议得到林肯的赞许。为了号召人民加入解放黑奴的运动中，他曾多次发表演讲，宣称自己一定会为解放黑奴运动竭尽所能，甚至不惜付出自己的生命。
就政治利益而言，解放黑奴其实带有一定的风险。因为战争最初的目的并非是为了解放黑奴，而是平息南部叛乱，维护联邦的统一与完整，而且目前仍有部分畜奴州效力于联邦政府，它们也是北部战斗力的重要组成部分，所以一旦完全解放黑奴，势必会影响南北双方战斗的格局。
其实早在林肯竞选总统时，南部奴隶主与北方的摩擦已冲突不断。面对当时分裂的局面，林肯认为应当团结各种力量，维护联邦统一，然后有步骤地提出并实现解放黑奴的方针。虽然林肯希望尽量通过和平的方式来解决黑奴问题，但由于这个方针触犯了南方奴隶主的利益，因而引起了他们的强烈反对。
1862年7月，林肯开始与内阁讨论解放黑奴宣言的相关事宜。为了保证宣言的顺利发布，从战局角度出发，林肯认为联邦需要一次胜利的战斗作为铺垫。
在取得安提塔姆战役的胜利后，林肯觉得发布宣言的时机终于来临了。1862年9月22日，林肯发布了一份准备宣言，并公之于众。1863年1月1日，林肯政府正式发表了《解放奴隶宣言》，北方人因此受到极大鼓舞。南方黑奴得知北部解放宣言的发表后，纷纷逃往北方，争取自由。虽然解放奴隶宣言赢得了反对奴隶制的领袖和工人阶级们的一片赞可，但是却引发了南方奴隶主的强烈不满，甚至连欧洲列强也在嘲笑“美国的政治错误”。
