鲁尔德原是法国西南角上比利牛斯山区的一座小城。相传当地有名少女，名叫白拉德特，她生于一八四四年，本是一个木匠的女儿。在十三岁时，她忽然声称在附近的一个山洞里，多次见到圣母玛利亚显灵的情景。据说，玛利亚身穿白衣，腰系蓝带，胸前挂着一串佛珠，四周充满圣洁的金光，并传说山洞喷出的泉水，原系圣母慈悲人类，供给世人治病的。一八五八年七月，达尔卜主教佯称经过调查，便以教谕确认其事，于是发起募捐，修建鲁尔德大教堂。一八六四年教堂落成后，朝圣者川流不息。特别是每年九月的朝圣期，从巴黎到鲁尔德之间专门开辟朝圣列车，朝拜者多达数十万人。
小说《鲁尔德》的情节，就是以描写朝圣者的列车为开端的。一八九一年八月十九日，一列满载病人的火车离开巴黎，向鲁尔德城驶去。在车厢里，人声嘈杂，空气污浊，病患者痛苦的呻吟声、啼哭声与车轮的滚动声连成一片，使车厢变成一座人间地狱。这众多的病人，身患不治之症，生命垂危，惟有鲁尔德城的神奇传说，给他们带来一线希望。相传病人一旦到达圣地，只要将病体放在山洞的泉水中浸上几分钟，病魔当即消除，哑巴就会说话，瞎子能重见光明，即使是垂危的病人，也会起死回生，康复如常。因此，自法国及欧洲各地慕名前来朝拜的信徒不计其数。
在这列开往鲁尔德的专列上，有一个中年的教士，名叫皮埃尔·佛洛芒。
他陪同一对父女，也像其他的信徒一样，前往圣地朝拜。皮埃尔的母亲是个虔诚的教徒，笃信宗教，他的父亲是个化学家，不幸在一次实验爆炸中丧生，其弟也研究化学，思想激进，在外地谋生，因此，皮埃尔从小就跟随母亲一道生活。其时，邻居有一女孩，名叫玛丽，自幼与佛洛芒青梅竹马，亲密无间。玛丽十四岁时，不幸从马上摔跌致伤，七年来一直瘫痪在床上，失去了做妻子和生儿育女的条件。这对皮埃尔来说，无疑也是沉重的打击。他出于对玛丽的忠诚，又为了满足母亲的愿望，决心舍弃世俗，做一个神父。他阅读了父亲遗留下来的各种科学书籍，并不真的相信神灵传说，但是考虑到玛丽的要求和母亲的劝导，他还是陪同玛丽父女二人来到鲁尔德城。
在鲁尔德城，关于“通神女”的传说，神奇莫测，家喻户晓。长期以来，牧师们就利用白拉德特编造奇迹，蒙骗群众。他们惟恐这个“通神女”露出精神病的真相，自一八六六年起，教会人士又借疗养为名，将她囚禁于奈佛修道院，致使她因抑郁于一八七九年去世。自此之后，牧师们霸占山洞，修建浴池，大分红利。尤其是每年国际组织集体朝拜的三天，人流潮涌，烛光通明，盛况空前，教会和牧师都借机渲染，大发横财。
皮埃尔是个既不甘于盲目迷信，而又欲以宗教救世的教士。他曾听当医生的表弟说过，玛丽的瘫痪症，主要是跌伤后由于精神痛苦造成的。如果她意志坚强，树立起战胜疾病的信仰，确信自己将来能够恢复健康，那么，在某种精神的鼓舞下，她是可能突然站起来的。
不出所料，虔诚的玛丽到达鲁尔德后，心情异常兴奋，她目见数万名信徒在山洞前朝拜圣母塑像的壮观。当夜，她又被信徒们的火炬游行的奇景所鼓舞，充满了对圣母会保佑自己的信心。到第二天祈祷时，她果真突然站立起来了。这情景被众人们视为奇迹，人们奔走相告，传为佳话，似乎圣母真的显灵，玛丽恢复健康了。
对此，皮埃尔既极度兴奋，又深感悲哀，因为他已经是一个神父。如果玛丽真的恢复健康，将来成婚，那么他将永远失去了她。聪颖的玛丽也看破皮埃尔的忧虑，向他发誓，今后永不嫁人。
然而，在成千上万来朝拜的病人中，玛丽的奇迹，实系沧海之一粟。多数的病患者在泉水里浸过多次，却未曾好转，有的反而恶化，有的当即死去。
皮埃尔亲眼目睹一个穷女工因失去孩子在向圣母哭诉：“圣母呀，你为什么要欺骗我？”人间无数的痛苦和眼泪，戳穿了圣母显灵的神话，皮埃尔渐渐确信，这不过是教会的一种骗局。从此，他不再相信基督教，他怜悯那些不幸的人们，梦想能建立一个既没有穷人，也没有病人的幸福社会，他要为此而奋斗。
小说《鲁尔德》虽以宗教为题材，但它的笔锋所向，在于反宗教。左拉在撰写这部小说时，曾亲自参加到朝圣者的行列，进行实地调查，搜集材料。
当时，有人看见他热心参加一切圣拜典礼，出入于圣迹洞间，就以为左拉已经皈依宗教，将用小说为宗教歌功颂德了；殊不知左拉只是佯装虔诚，目的乃是为了察访实情，揭露迷信。小说发表后，致使先前那些误以为左拉归附宗教的人大失所望，加之此书对宗教的欺骗行径和教会黑幕进行了无情的揭露，更使他们愤慨。当时，有一位主教曾用专书来驳斥左拉，白拉德特故乡的议员们也纷纷控告左拉，甚至要求罗马教皇发出教谕，禁止所有教徒阅读小说《鲁尔德》。所有这一切，不是正好从反面证明了左拉的文学创作的巨大威力和作用吗？
值得注意的是，在这部小说中，左拉不仅能用大量的事实揭露宗教机构为争夺红利而角逐拼斗的内幕，而且，作者还能运用科学知识来武装人们的头脑。读过这部小说的人都会明白：所谓白拉德特少女目见圣母显灵的传说，实际上只是这个少女因长期经受贫穷和疾病的折磨，在祈求圣母时产生的一种幻觉，当时就业经调查，实无圣母显灵之事。而幻觉的产生，正是精神病患者的病理的反映。这与正常人会做梦一样，完全可以用心理学知识作出解释。至于泉水治病，那是因为山洞泉水含有硫磺等多种矿物质，这对某些皮肤病或神经性关节痉挛确有一定的疗效，这是普通的医学常识。在这里，左拉用科学反对迷信，把对宗教势力的抨击与宣传唯物主义的科学思想结合起来，因而使小说具有启迪蒙昧的特色。
一八九六年，左拉完成了《三名城》计划的第二部《罗马》。这部小说仍以神父皮埃尔·佛洛芒为主人公，作者把自己的笔锋直接指向欧洲宗教的圣地--罗马。
皮埃尔自鲁尔德归来后，这位苦于探索信仰问题和社会问题的教士，便决定立志改革宗教。在他看来，假如教会能和现代的民主运动相结合，福音就会进入穷人的心田。为此，他在菲利贝尔子爵的帮助下，撰写了一本宣传新宗教的著作，题为《新罗马》。在这部书里，皮埃尔回顾了基督教最初的宗旨，认为宗教问题当初只是一个经济问题。它起先是以替穷苦人说话，并以打倒富有者为天职的；自从罗马帝国实行政教合一之后，宗教便依附权势，与贫民作对了，全靠宣扬迷信来维持其政治统治。这就是宗教的演变过程。
同时，在这部著作中，他还研究了当前天主教社会的贫困状况，阐明新的宗教将会给人类带来和平与安宁。
其时，菲利贝尔子爵有一侄女侨居罗马，名叫贝纳黛达，她很爱读皮埃尔的著作《新罗马》，但是此书在那儿却遭到教会的查禁。皮埃尔得知后，愤愤不平，为了捍卫自己的学说，他决心亲自将书籍送到罗马，以求见教皇，诚望教皇开恩，支持他的改革宗教的思想。
到达罗马后，皮埃尔住在贝纳黛达家里，等待教皇的安排，历经数月，一无成效。教皇的亲信表面上假装热情，暗地里处处在监视他的行动。为了使皮埃尔放弃改革宗教的念头，特地让他参加了两次信徒们朝见教皇列昂八世的盛典。在那里，他亲眼看到无数教徒为表示忠诚，将随带的所有钱财都奉献于教皇脚下，而教皇则贪得无厌，还在世界各地搜刮民脂民膏。教皇的卑劣伎俩，信徒的盲从，都使皮埃尔深感厌恶。在信徒们狂呼“教皇万岁”
声中，他愤然离开了。
这时，贝纳黛达正和表兄达里奥相爱，但他们的婚姻久久不能如愿，由于这桩婚事涉及到梵蒂冈和意大利政府的利害关系，他们不得不用重金行贿。正当他们即将成婚之际，闻传教皇重病。贝纳黛达的叔父波纳格尔是最有希望继承教皇之职的红衣主教，他的敌手桑基内蒂为了争夺宝座，设下奸计，他遣人给波纳格尔送去一篮掺了毒药的无花果，欲想谋害波纳格尔，结果却使达里奥不幸中毒致死。贝纳黛达悲痛万状，遂拥抱着心爱的达里奥一同死去。
悲剧产生之后，皮埃尔设法求见教皇。他向教皇叙述了人民的苦难，但教皇无动于衷，反而训斥他离经叛道，要他将《新罗马》一书当众焚毁。三个月的生活体验和实地观察，使皮埃尔深感向教皇求情和抗议都已无济于事了。他不仅看到劳动大众的贫困和苦难，更看到罗马教会黑幕重重，他确信这样的教会必将崩溃。在参加了贝纳黛达和达里奥的葬礼后，他又回到了巴黎。
为了撰写这部小说，左拉特地到意大利作过一次长期的旅行。在那里，他受到意大利社会各界人士的殷勤接待，并得到意大利国王的接见，不过，他想同梵蒂冈教会商谈的愿望并没有实现。如果说，《鲁尔德》是通过一般宗教信徒的迷信活动来抨击宗教，那么，小说《罗马》则把矛头直接指向教皇本身，它是通过教会上层社会中的头面人物的种种罪恶，以达到抨击宗教之目的。在这部小说里，作者旨在说明，基督教长期承袭传统的束缚，欲以改革而不能，只有在腐败中崩溃垮台，否则不可能有益于人类。欲想解救世人的苦难，除了摒弃宗教，提倡科学之外，别无出路。这种见地，是颇能发人深思的。
同时，在这部作品中，作者还对罗马城的名胜古迹作了详尽而出色的描绘，对基督教最初的历史及其蜕变过程作了具体的分析，对教皇列昂八世的傲慢专横作出活灵活现的刻画，这都使小说《罗马》大为增色。
一八九八年，正是左拉为德莱菲斯伸张正义，遭到株连，被法庭传讯对质，身受迫害的患难时期。左拉又把创作的视线转移到国内，完成并出版了《三名城》的最末一部《巴黎》。
在这部小说里，作者描述主人公皮埃尔·佛洛芒对生活探索的最后阶段。
他完全舍弃以宗教救世的思想，决定还俗成婚，在美好的家庭生活和子女之爱中，去理解人生的真正意义。
