胡惟庸和蓝玉两案，史称“胡蓝之狱”，前后达14年之久，诛杀四万五千余人。除此之外，还有其他功臣也被以各种借口除去。如朱元璋的亲侄子朱文正，当年在与陈友谅大战中，曾坚守南昌85 日，立有大功，却被加以“亲近儒生，胸怀怨望”而被鞭死；开国第一功臣徐达，是朱元璋当年起义的患难与共的战友，洪武十八年时生背疽。据说这种病最忌吃蒸鹅，朱元璋却特赐蒸鹅给他，徐达流着泪当着使者的面吃下，没多久就病死了。这样，经过多次大小狱案，明朝的开国功臣宿将几被诛杀殆尽。能终老林下的开国功臣只有告老回乡的汤和一人。
明太祖屡兴大狱，并不是简单地处置几个不忠的大臣，目的是为了巩固皇权。胡蓝之狱是朱元璋加强专制中央集权，不断刷新机构的一种措施，这跟朱元璋统治集团的特点有很大关系。朱元璋是中国封建社会唯一贫民出身的皇帝，他和淮西集团的许多人一起出生入死，称帝前地位是平等的。但政体要求把朱元璋神圣化，而许多功臣大将从心理到行为都没有适应这种剧变。“起自闾巷而贵为天子”是他们所亲身经历的，昔日平起平坐的朋友，突然之间要匍匐称臣，这是起自民间的朱元璋与出身于统治阶级的皇帝建国后所面临的不同情况。如李世民等人，起兵之初跟他那些攀龙附凤的人之间的君臣关系就已确定下来，他们已习惯了这种上下等级，故君臣之间可以存在一定程度的信任。而明初的诸多功臣大将在平定天下后成为新贵，占有大量良田美宅，政治上和经济上的扩张都与皇室的统治集团的利益发生了尖锐的冲突。像胡惟庸的“擅权挠政”，蓝玉的“进退自恣”，都是专制皇帝所不能容忍的。
另一方面，朱元璋也是出于其后代能否稳坐江山的考虑。朱元璋称帝时已41岁，从明王朝建立到天下大定已60岁。他出身贫穷，以“起自田亩”的淮右布衣一跃而跻身帝王之列。他不像李世民那样有关陇集团作为政权的可靠屏障，也不像李世民那么年轻，18 岁起兵，24 岁定天下，诸功臣到他年老时亦皆衰老，对子孙即位无后顾之忧；他也没有像赵匡胤那样，33岁黄袍加身，身边还有其弟赵光义驾御功臣。而朱元璋当时所面临的子弱孙幼情况，使他对其子孙能否坐稳江山问题的考虑更多，也更迫切。当朱元璋大开杀戒的时候，文弱儒雅的太子朱标曾劝谏他不要滥杀无辜，以免伤了君臣和气。朱元璋当时没有声响，第二天，他拿着一根满是荆棘的棍杖丢在地下，让朱标去捡，朱标看到上面都是刺，面有难色。朱元璋拿起棘杖，用利剑削去上面的荆棘，交给太子说：
“你怕刺不敢拿，我替你把这些刺削掉，再交给你，岂不更好！我杀的都是奸恶之人，把内部整顿好了，你才能当这个家。”
正是上述这些复杂的因素，促使他做了许多在当时乃至以后看来都是很过火的事情。总体而言，“胡蓝之狱”是绝对皇权的产物，是朱元璋为建立绝对皇权势在必行的。
洪武科场“南北榜”
明朝会试重开于洪武四年（1371），洪武十七年（1384）正式颁布科举章程，会试在乡试的次年，即每逢辰、戌、丑、未年举行，因为考试时间在二月，所以又称“春闱”。洪武十八年（1385）定下考官人数，主考二人，同考官八人，其他又有会试提调官、收掌试卷官、弥封官、誊录官等等，体制十分完备。唐宋两代尤其是唐代科举看重人情请托，明代虽不能根本杜绝，但已趋于相对的公正。
明初政局安定不久，朱元璋十分重视科举考试，视之为网罗天下人才、稳定天下人心的一大措施，洪武年间发生的“南北榜”事件是朱元璋这一政治思想的一次集中体现。
洪武三十年（1397）三月初五，是三年一次会试放榜的日期。参加会试的举子们经过层层选拔，会试高中后，必须参加皇帝亲自主持的殿试，殿试分三甲，一甲三人，二甲赐进士出身，三甲赐同进士出身，殿试的象征意义重于实际意义。殿试结束，按照科甲排名，新进士获得在京或在地方上做官的权利。
举子们早早来到张榜的地方，秦淮河北岸的贡院门前。辰已时分，监场官员手捧黄榜，在鞭炮声中高悬于辕门之前，上有五十二名贡士的名字。落榜者心中不平，一位举子发现上榜之人全部为南方人，他的发现引起了北方举子的愤怒，人群大哗，他们向黄榜投掷泥团石块，认为考官偏袒同乡。落第举子成群结队，从贡院来到主管科举的礼部，要求与考官对质。礼部官员请来“皇家警察”锦衣卫弹压，但面对群情激奋的大批士子束手无策。很快，南京的街头巷尾贴满了匿名传单，指责主考官员只选拔南方人，其中必有隐情。考场骚乱发展成一场南北对抗的政治运动。事件越演越烈，礼部官员不敢隐瞒，向皇帝上奏本，陈述此事。
会试主考、翰林学士刘三吾为学界泰斗，他负责制订明初科举章程，修订《寰宇通志》、《礼制集要》等书籍，为人清正。本科考试取士都经过再三挑选，没有接受人情请托。他在朱元璋召见时详述经过，认为由于北方一直处于元朝政府的直接统治之下，民不聊生，与经济繁荣、文化昌盛的南方相比，举子在文化素养上确实有所不如，才会造成一榜尽是南人的局面。朱元璋虽然同意这一解释，但要求特选几位北方举子以安定人心。刘三吾拒绝了这一要求。结果刘三吾被赶出宫城，副主考白信蹈被停职。朱元璋命令翰林院侍讲张信主持考卷复审。北方举子在礼部衙门前三呼万岁，表达对皇帝的感激之情。张信领受朱元璋旨意，组织一些人重新阅卷，二十余日与阅卷诸人关在贡院，不得回家，不与任何人接触。会试复审成为京城人人关注的头等大事。
四月十三日，皇帝亲临奉天殿，听取复试结果，六部九卿官员与原主考人一起进宫听旨。张信当众评点几位北方举子的试卷，认为颇有可取之处，但是，他突然掉转语气，将南方卷与北方卷相比，承认北方卷确实不如南方卷，一榜尽取南人事出有因。此论出于所有人的意料，也出乎朱元璋的预料。
朱元璋大怒，指责官员官官相护，互相包庇，张信受刘三吾的指使，有意将水平不高的北方卷子送交皇帝审阅。他宣布自己将亲自覆卷，以前结果一概无效。张信、刘三吾、白信蹈等人被缉拿下狱，严加追问。刑部无法从这些官员身上得到所需要的口供，便转而施酷刑于他们的家人，罗织张信的罪名是“为胡惟庸鸣冤，反叛朝廷”，刘三吾、白信蹈等人变成蓝玉余党。此时上距胡惟庸之死已十七年，蓝玉之死五年，朱元璋明知罪名为罗织所致，但为了打击廷臣的反对势力，安抚北方人心，仍将在案人士处以极刑。四月底，张信、白信蹈、司宪、王侈华等被凌迟处死，刘三吾年老免死，发往边疆充军。高中的陈安有行贿嫌疑，被同日处斩。
五月初，朝廷宣布复审结果，新选六十一名贡士全部为北方人，河北韩克忠居首，第二名山东任伯安，南方举子无一人入选。史称“南北榜”或“春秋榜”。
事实上，由于各地区存在着经济及文化发展上的不平衡，若纯粹从文章好坏录取士子，势必造成地区间极大的差异，一些落后地区的士子永无出头之日，会影响落后地区的发展及政局安定。朱元璋正是从政治大局着眼，采取极端措施，来平息北方知识分子的不平。应该指出的是，元代政治中心在北方，明代的军事要地一直在北方。明初，北方士人一直观望徘徊，迟迟不愿依附明朝，用科举收服北方士人之心是当务之急，张信等人不能体会朱元璋的用心，因此受到极刑处置。
为避免此类情况再次发生，洪熙元年（1425）设立南北卷制，南卷取十之六，北卷取十之四，宣德、正统年间，南北各让出五个名额给中部地区，以取得地区间的平衡。以后虽然名额有所变更，但按地取士的制度相沿不变。
建文帝失踪
建文帝朱允炆是明朝开国皇帝朱元璋之孙，他的父亲是朱元璋的长子、太子朱标。洪武二十五年（1392），太子朱标病死，明太祖为避免出现兄弟争位、自相残杀的惨剧，立朱标长子朱允炆为皇太孙。同时为巩固朱姓天下，明太祖学习汉高祖的做法，大封同姓王。洪武三年（1370），分封第一批皇子九人；洪武十一年（1378），分封第二批皇子五人；洪武二十四年（1391），分封第三批皇子十人为王，至此，朱元璋诸子全部被封为王。这些诸侯王驻守各地军事、经济重镇，其中九位分别镇守西起甘肃东到辽东的广阔区域，称为九边，实力不俗，其中尤其以驻守北京的燕王朱棣最有权势。他于洪武三年（1370）被封于军事要冲古燕国之地，招兵买马，铸钱养民，手握强大的军事武装。
皇太孙的叔叔们对他很不服气，但因父皇在上，隐忍不发。洪武三十一年（1398），明太祖无疾而终，他在遗嘱中称赞皇太孙处世聪敏，讲究孝道，叮嘱诸位大臣尽心辅佐，在封地的诸王驻守原地，不用赴京会葬。同年闰五月十八日，朱允炆继承皇位，改元建文元年，史称建文帝。
建文帝以太祖遗诏为由，禁止诸位王叔入京，燕王朱棣已到淮安，闻令只能转回北京。传言有人想挑拨皇帝与诸位王叔的关系，诸王议论纷纷，惶恐不安，开始操练兵马，准备兴师问罪。建文帝求教于心腹大臣兵部尚书齐泰和侍读黄子澄，决定逐步削除诸王武装，翦除燕王羽翼，最后集中力量消灭燕王。
洪武三十一年（1398）六月，建文帝实行削藩，他首先废除燕王同母弟周王的王位，贬为平民，发配到遥远的云南。一年之内，建文帝相继废除周王、代王、岷王、湘王、齐王，燕王不安于位，私下积极备战。
燕王确实有取皇侄之天下而代之的野心，他手下兵多将广，武器精良，更有个足智多谋的高僧兼能臣的姚广孝，为他出谋划策。明太祖周年祭，燕王派三个儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧到南京参加典礼，尚未返回北京，考虑到儿子的安危，燕王不敢轻举妄动。他写信给建文帝，以自己生病为由，请求放还儿子。建文帝的智囊之一黄子澄认为放还燕王三子，可以消除燕王的疑心，而后出其不意一举擒之。燕王没想到儿子能如此顺利地返回北京，喜出望外，认为是上天庇佑。建文帝的错误决定彻底消除了燕王的后顾之忧。
洪武三十一年（1398）十一月，建文帝派工部侍郎张昺任北平布政使司，谢贵、张信掌管都指挥使司，控制燕地兵权，监督燕王行动。建文元年（1399）三月，燕王府小官倪谅告发燕王府将领于谅、周铎，两人被押到南京正法，建文帝下旨斥责燕王不法。燕王为掩人耳目，假装得了疯病，在大庭广众屡屡出丑，但这一招没有取得预期的效果，由于燕王府长史葛诚告密，张昺等人了解了全部内幕。建文帝决定抢在燕王之前动手。在这关键时刻，张信投向燕王，泄露了朝廷的全部计划。七月四日，燕王借口身体康复，摆下“鸿门宴”大宴宾客，就在酒席间擒杀张昺、谢贵以及告密的卢振、葛诚，燕王花三天时间平定了北京城，以清除皇帝身边的奸臣齐泰、黄子澄为由，打出靖难的旗帜，废除建文帝的年号，续称洪武三十二年，设立完备的中央机构，靖难之役正式开始。二十四日，建文帝以“伐燕”诏告天下，他把军务全权委托黄子澄、齐泰。由于明太祖大肆杀戮功臣，中央军事力量已大为削弱，战争伊始就节节败退。
虽然战场上硝烟弥漫，建文帝却醉心于在深宫和老师方孝孺探讨周代礼制，按《周礼》更改官制，搞得朝廷上下不宁。
经过四年战争，燕王获得全胜，建文四年（1402）六月十三日，燕王统领大军浩浩荡荡开进南京金川门。当燕王来到皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝也不知去向。同时，建文帝所使用的宝玺也一起消失。正史记载建文帝在宫中起火时自焚而死。以后成为明成祖的燕王朱棣在给朝鲜国王的诏书中说：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自焚。”但是，太监在火后余烬中反复搜检，只找到马皇后与太子朱文奎的遗骸，无法验证建文帝的生死。若建文已死，必定有陵，燕王也曾做过祭奠的表面文章。但后人不知陵在何处，连明代皇帝也搞不清楚，明末崇祯帝就曾说过：“建文无陵，从何处祭？”
另一种说法认为在南京城破之时，建文帝曾想自杀，但在其亲信劝说下，剃掉长发，穿上僧衣，从地道逃出了皇宫，浪迹江湖。明成祖死后，他回到京城，被迎入西内，死后葬于京郊西山。朱棣登位后，也感到建文帝的存在对他的皇位是一种威胁，因此多次派心腹大臣，四处查访。永乐年间的郑和下西洋的随行使团官员中，就有锦衣卫的人员，这显然有暗中察访建文帝的用意。一个事实是，明成祖曾向天下寺院颁布《僧道度牒疏》，将所有僧人重新造册登记，对僧人进行了一个总调查。从永乐五年（1407）起，还派人以寻访仙人张邋遢为名四处出巡，足迹遍及大江南北，前后二十余年。民间传说中，在许多地方留下了建文帝的踪迹与故事。有说建文帝逃到云贵地区，甚至辗转到南洋地区，直到现代，云南大理民间仍有人以惠帝（建文帝）为鼻祖。也有现代学者考证，当年建文帝出逃后，曾藏于江苏吴县鼋山普济寺内，后隐匿于穹窿山皇驾庵，于永乐二十一年（1423）病死于此，葬庵后小山坡上。至此，建文帝的最终下落一直成为历史之谜。
野史与民间传说倾向于建文帝出逃说，反映了百姓对建文帝的同情。
燕王取得政权后，实施残酷的“瓜蔓抄”大肆杀伐，把忠于建文帝的大臣一网打尽，受刑最惨的是被株连十族的方孝孺，全家九族包括师友被杀得一个不留。建文帝的三个弟弟，两个囚死于关押皇族罪犯的凤阳监狱，另一个因住宅失火而死。建文帝的次子被俘时还是婴孩，他被幽禁深宫五十五年，称“建庶人”，英宗天顺元年（1457）重获自由时已是六十老翁，不知世事，不辨牛马，状如白痴。
为了从历史上抹去建文朝，明成祖大规模地删改史书，废建文年号，改回明太祖洪武年号，即位后改元“永乐”，明太祖似乎回到人间重新执政了四年。清乾隆年间，建文帝被追封为恭闵惠皇帝。
郑和下西洋
郑和是明成祖的亲信内监。郑和本姓马，远祖是中亚回教徒，随忽必烈征战云南定居于此。郑和从小当了明朝的俘虏，送入宫中成为宦官，分派到燕王朱棣府邸，因聪明乖巧，受到赏识。燕王推翻建文帝取得政权后，郑和因随同燕王“靖难”有功，赐姓郑，官居正四品的“内官监太监”。永乐元年（1403），郑和师从成祖的谋臣、道衍和尚姚广孝，皈依佛教，别名三宝（三保），也被称为“三宝太监”（三保太监）。
明成祖即位后，派了蒋宾兴、王枢等人到东南亚一带宣谕这一重大政治事件，希望加强与这些国家的联系，也借此炫耀大明帝国的国威。
随后，成祖以郑和为使节，开始了一连串大规模的海上活动，有七次，前后延续28年，因主要活动区域在今天的加里曼丹岛以西海域，旧称西洋，因此这些航海活动总称“郑和下西洋”。
