人类耗散结构中国家的行为主要是由国家的主要领导核心决定的。这就意味着战争的决定在很多时候是由国家领导层主观的判断决定的。这与动物之间的战争，特别是群居动物之间的战争有很大的不同，但战争基本动机从来都没变，即牟取利益的掠夺。历史考证特洛伊战争确实存在，但不是为了美丽的海伦，而是为了争夺海上交通运输枢纽。
简单地说，战争目的就是生存与掠夺。从战争的起源可以看出，古代在贫瘠土地上的民族有天生对于战争的需求。他们发动的战争是国家与政府功能的体现之一。任何形式的战争都是以此为根本目的的。古代各部落之间的战争促进了耗散结构的融合。在古代由于人类出现的地域不同，同时科技水平不很发达，贸易也没有产生足够强的财富，致使人在贫瘠的土地中无法得到满足自身生存下去的财富和热量，这样就促使地区类民族的大型迁徙。大迁徙必定导致不同种族人群的战争。战争目的制约战争规模、时间、投入战争的力量和结局。战争双方为了实现各自的目的，投入兵力兵器，力求在战争过程中掌握战争的主动权，战争规模也就可能扩大；如果战争一方迅速达成战争目的，战争时间就缩短。但是战争目的是主观的，但它必须建立在客观财富与技术条件的基础之上。达成战争目的与政治、经济、军事力量、地理条件、国际环境、指挥员的素质等诸多因素密切相关。
战争目的具体表现为军事目的、政治目的和经济目的。一种情况下，战争的一方达到预定目的后战争即终止；近代战争往往是任何一方都不能完全达成战争的目的，所以通过契约方式停止战争。战争的军事目的就是两个字——胜利。战争的政治目的是进行战争的耗散体系在政治上所要达到的目标。战争的经济目的是为了追求一定的经济利益。战争的军事目的、政治目的、经济目的相互关联，融为一体。战争目的集中地表现为战争的政治目的，但达成战争的军事目的是达成政治目的的前提。政治是经济的集中表现。战争的经济目的往往潜在于战争的政治目的之中。不同战争的政治目的和经济目的可能是各异的，但军事目的都是相同的。一场战争，只有先达成军事目的，才能实现政治目的和经济目的。这就是所谓的“敢战方可言和”。由于战争表现的目的不同，也会产生不同类型的战争。
战争的军事目的是“胜利”，它是战争实施过程中的根本目标。这也是近代战争多个使用理论探求的目标。一般手段是“保存自己，消灭敌人”，是战术手段与将领的指挥艺术所在。但是“为了胜利不惜一切代价”也常常是战争进行过程中的手段。战争的军事目的是进行战争的耗散体系在军事上所要达到的预期结果。取得战争的胜利是一切战争行动的依据。从古到今，从技术到战术，从战役行动到战略行动，都贯彻战争“胜利”的军事目的，它普及于战争的全体，贯彻于战争的始终。在整个战争过程中，不论采取什么作战方式、作战部署和作战原则，运用何种武器装备，敌对双方的一切斗争都是围绕着如何取得战争的胜利。“不战而屈人之兵”只是达成战争军事目的的一种最高指挥艺术形式，它以强大的实力优势为条件，使战争另一方意识到，如果对抗就会被消灭。
战争的政治目的是进行战争的耗散体系在政治上所要达到的预期结果。战争是政治的延续，是达到政治目的的工具与手段。人类特有的耗散形式——国家体系产生后，社会不同耗散体系之间的斗争（武力与非武力都包括）都具有政治色彩，战争是政治的最高表现，同时战争的目的集中表现为战争的政治目的。
战争的经济目的是进行战争的耗散体系在经济上所要达到的预期结果。其实这一点比较接近战争的根本目的。战争目的实质是为了追求一定的经济利益。战争最终是为了达到某个团体、政党、民族、国家或国家集团的经济目的。
战争获胜一方其手段就是使失败一方的耗散结构达到无序的状态。这样的战争一般是较为彻底的一种战争。战争的很多智慧成为人类多种智慧中的其中一种。对于一个国家，其耗散体内部的进步，曾经也使用战争手段，这种战争往往是由于人们对社会经济进步所带来的新的意识形态和新的社会矛盾不理解，所采用的最原始的本能的一种方式，例如在中国，几乎每次改朝换代的时候都是通过战争进行的，这使每次社会进步的同时也有退步的危险。因为主动型经济危机在用被动型经济危机改变原有耗散结构的时候往往风险不容易控制，当人类认识到战争的危害性和杀戮性之后人们往往减少用战争的手段来推翻国家政权，特别是当大规模杀伤性武器被人类研制出来后，人类对战争也渐渐感到极端恐惧。
三、战争的直接原因
在本书“经济危机问题”那一章中提到现代战争是被动型经济危机最高形式，所以战争的直接原因是由于参战各国经济发展不平衡所导致的。如果把群居型生物的生理性战争分为一类，那么具有人类性质的战争是国家出现后，出现了人类意义上的规模战争。据考古资料证明，最早的规模性战争出现在中石器时代初期。这说明，人类从原始人群到现在，在大约二三百万年的历史长河中，规模性战争的历史只有一万年左右。这也与传说中国家出现的时间基本近似。原始的规模性战争是由氏族部落之间或部落联盟之间，为了争夺赖以生存的土地、河流、山林等天然财富，甚至为了抢婚、种族复仇而发生冲突，进而演变成原始状态的规模战争。这种战争与以后的规模性战争没有本质的区别。它具有政治目的，十分简单，手段单纯、直接与残酷，并带有寻找食物的性质。战争中的俘虏，被杀掉并且被吃掉。人类战争受到人类文明的影响，对待战俘越来越宽容，从吃掉到奴役，接着是可以做苦役的自由人，到现在对待战俘的人道处理说明人类社会的文明与财富不断积累。
但是第二次世界大战后直至现在（2012年），全球经历了半个多世纪的和平时期，世界中各个耗散体积累大量的不同类型的意识熵值，如果没有足够财富去平衡就会导致多极化与单极化的矛盾激化。有人认为巴以冲突是宗教文化、民族冲突升华引发的战争。其实巴以冲突不是什么特例，只是人们把赤裸的争夺生存空间与资源的战争美化。巴以冲突的根源有政治、社会、文化等多种因素，但是经济与资源的冲突还是那场持久战争的基本根源。人们不愿意这么认为是因为为了有限空间与资源的战争是没有正义与非正义的评判的。但是人类社会中，这种只有利益为了生存而战争的方式是所有人都不想看到的无奈的选择。对于有限资源的生存战役也可能是悬在人类生存头上的利剑，导致未来战争的发生的重要原因之一。
四、战争的种类与代价
历史上有各种类型的战争，但是从经济热力学角度来说包括侵略战争和自卫战争，局部战争和世界战争。至于战争是不是正义，往往看叙述战争的人所处的耗散机构与战争的交战各耗散机构的关系。正义与否带有极大的主观判断性。
战争是人类社会的高热表现。因为一个耗散体系要摧毁另一个耗散体系是十分不容易的。每个耗散体系都有自我保护的功能，而耗散体的生物属性就表象为对于熵值无限扩大导致毁灭的抗拒，所以打破耗散体一般需要高热量才能实现。
据统计，第一次世界大战花了1863亿美元，第二次世界大战花了40000亿美元，朝鲜战争3400亿美元，越南战争7200亿美元，波斯湾战争1020亿美元，第四次阿以战争210亿美元，阿富汗战争1160亿美元，两伊战争1500亿美元，美国对南斯拉夫科索沃空袭费用是250亿美元。财富的能量属性也在战争中显露无遗。
但是又要看到，战争是两个体系的碰撞，这个举动输入的能量一般对于对方的耗散体系是要产生无序的表象，也就是说在战争中输入大量能量导致的更多是无序现象，这一点对于战争的各个体系结果相同——都是系统无序地上升。第一次世界大战：有30多个国家和地区，15亿人口卷入战乱，战场上双方伤亡人数达3000多万。第二次世界大战：有61个国家和地区，20多亿人口被卷入其中，参战兵力超过1亿人，大约9000万士兵和平民伤亡，3000多万人流离失所。
当今人类经历多次技术革命以后，每次技术革命的最尖端成果都反映在人类的武器系统上，特别是21世纪以后处于新技术革命的信息时代，科学技术的飞跃发展，全球社会交往的不断加深和扩大，对战争的发生、发展都具有重大影响作用。不仅使热兵器发展到大规模杀伤性武器，也使战争的影响范围由局部扩展到全球。
不过我要在这里提出两个问题。
第一，战争未来的发展会只限于人类么？
人类由于科技的发展会不会创造出高于人类的耗散体（生命体）而对全人类发起战争呢？这个听起来像是美国好莱坞电影《终结者》，但是从经济热力学的角度来说不是不可能，而且可能性很大。
第二，对于人类耗散体系的破坏，随着科技与经济的发展有没有很轻易的方法呢？
某部小说中写道：一个国家研制出一种有毒马蜂，男性被蜇以后会造成阳痿从而丧失生育能力。这样使用微小物种造成一个国家的毁灭是不是比战争还要可怕呢？这一点在经济热力学的研究中也是很有可能的，地球的考古发现也出现过类似的例子。
五、战争的军事体系
从冷兵器时代起到原子弹发明之前，其中最优路径是取得战场上的主动权，这是作战的必备条件之一。从经济热力学来讲，即把两个军队看做两个耗散机构，进攻一方在各种综合条件有利的条件下打击另一方的某一点不利的条件，进而取得战场上的胜利，这是同样的道理。
军事机构也是耗散结构，跟世界上其他的耗散体系从结构上看没什么区别，也是由四个环节组成的。只不过他的转换环节是军需物品供给。这个环节往往依托于国家和相应的利益集团作为背景。分配环节在相对小的战争中并不重要，例如小型游击战。但大集团作战中必须要合理调配所有军需物资，并且利用所知道的信息来安排自己的军事部署与分配物资，以应对敌方的军事部署，可以说越大的战争分配环节就越重要。军事消耗、交换环节与商业消耗、交换环节极为不同，特别是交换环节，战争交换的目的是摧毁对方。摧毁对方一般采取两种方式：第一种是高热打击，用所拥有的各种武器产生高热破坏对方的耗散机构，其破坏方式也是对耗散结构各个环节进行整体破坏。第二种方式，是针对对方转化环节进行打击。因为军队也是耗散体系，需要输入能量来平衡内部意识熵值以维持整体体系的平衡与稳定。所以切断对方补给线，使对方一段时间后意识熵值自发增加来破坏对方耗散机构，这样逐渐赢得战争的胜利。一切军事理论都是按这两种形式依据不同的条件产生和达到其军事目的的，取得战场的胜利。
但是军事胜利并不局限在战场上，军事胜利往往是政治角逐中的砝码。这就涉及军事的威慑力，比如：第二次世界大战时期，美国对日本的军事胜利，并不完全依靠军事打击的方式，最后阶段美国是采取核威慑的手段达到战争目的的。近代战争由于消耗过大，对于整个人类的毁灭性十分严重，所以使用军事机器的威慑力来达到政治目的手段更多一些。
