研究的过程是漫长而辛苦的，在雷管和硝化甘油的生产尚未取得决定性的成功之前，阿尔弗雷德就接到大哥的来信，劝说他放弃对硝化甘油的痴迷。在大哥看来，硝化甘油太危险了，迟早会出事；搞发明也远远不如做生意来得实在。
罗伯特的信中说道：
赶快停止吧，不要再搞这种发明了，否则你迟早会失望的。你有广博的知识和非凡的才能，应该把精力转到更为严肃和现实的领域上去。说实话，如果我有你一半的知识和才能，即使在这倒霉的芬兰我也能飞黄腾达了。
的确，硝化甘油是种危险的物质，说不准哪天就会引发灾难。虽说在接到来信不久以后，阿尔弗雷德发明的雷管就能够精确且安全地引爆硝化甘油了，但问题是，这所谓的“安全”是建立在硝化甘油被稳妥地保存的前提下的。也就是说，硝化甘油稍微受热，或者在运输途中剧烈震荡，就很容易爆炸。雷管只能确保硝化甘油在使用的时候是可以控制的，但无法确保生产和运输过程中的安全可靠。打个比方，雷管就像水龙头，能够灵活精确地控制水流以便于人们使用，但是却无法阻止洪水的发生。
但是，要工厂化大量生产硝化甘油，要用火车和马车把它运输到需要它的地方去，这种意外爆炸的危险无处不在。因此，这个难题一天得不到解决，硝化甘油和雷管就一天得不到实际应用，只能在实验室里由专业人士小规模地使用，无法拿到矿山和筑路工地上交给对这种危险物质一无所知的工人去开山辟路。
如何稳定硝化甘油的性质，使它在有需要的时候、被雷管触发的时候才会爆炸，便成了摆在阿尔弗雷德面前的下一个课题了。他绞尽脑汁地思索着，不停地做着实验。
与他一起做实验的，还有他唯一的弟弟埃米尔。埃米尔是父母在俄国生活期间所生的3个孩子中唯一活下来的一个，打小备受疼爱。他出生的时候家里的境况已经非常富裕了，不用说，他受到了比3个哥哥都良好得多的教育。现在他已经21岁了，刚刚进入大学。这个年轻的大学生思维敏锐，头脑清楚，对哥哥从事的科学实验非常感兴趣。他常常到实验室来帮忙，并且已经初步表现出一名优秀的化学家的潜质了。他们所做的实验的基本思路是借鉴自父亲的，即用颗粒状的物质吸收硝化甘油，使液态的硝化甘油变成固态，这样可以避免震荡带来的危险。但是，黑色火药显然不是最好的吸收材料，而且如何确保硝化甘油被吸收得均匀、吸收之后性质不会发生太大改变，最好爆炸威力还能提高，都需要慢慢摸索。
在实验的过程中，灾难降临了。
1864年9月3日，一切平静如常。一大早，伊曼纽尔夫妇正在房间里准备早餐，突然一声巨响，一道火光冲天而起。“完了！”伊曼纽尔顿时瘫倒在地。他非常清楚，这一声爆炸意味着什么。他用贷款购置建造的实验室就在自己家附近，这个时候小儿子正在实验室里制造硝化甘油。那一声巨响还会是从别的地方发出的吗？
匆匆赶到现场的伊曼纽尔夫妇被眼前的一幕惊呆了，上帝没有给他们任何奇迹。实验室被夷为平地，一共炸死了5个人，除了最疼爱的小儿子埃米尔，还有化学师、打杂工、女工和一名路人。伊曼纽尔几乎崩溃，他被众人送回家后，不久就得了一场中风。在此后的几年里，他一直处于一种卧床不起的状态。
阿尔弗雷德因有事外出，那天没有在实验室里，得以幸免于难。但是这场灾难也给他造成了巨大的痛苦。亲爱的弟弟死了，而且与自己从事的事业不无关系，他心里自责不已。母亲悲痛欲绝，父亲一言不发，两位哥哥都从国外赶了回来，家里气氛阴郁悲伤。
而且，事业刚刚出现希望的苗头，就这样一下子遭遇了重大挫折，这真是一件让人绝望的事情，俄国的企业破产只不过是几年前的事情，难道现在又要遭遇一次破产吗？看上去很可能，因为事故不仅在斯德哥尔摩，而且在瑞典全国引起了震动，政府当局找上门来了。
警方调查之后，司法机关的传讯很快也来了。阿尔弗雷德代替父亲出庭，声明实验室拥有合法的制造爆炸物的执照，他本人也拥有硝化甘油的生产专利。对于实验和生产中造成的损失他会予以赔偿。
因为无人幸存，对于当时实验室里发生了什么无人知晓。伊曼纽尔为阿尔弗雷德做出了书面辩护：
因为没有人幸存，我只能根据亡儿在遇难前几天对我所说的话进行判断。这次爆炸很可能是他简化制造炸药的办法而造成的。他采用的实验过程使得溶液在很短的时间内上升到了180摄氏度左右，硝化甘油在这个温度下，在封闭的环境里就会爆炸……制造炸药发生爆炸是在所难免的，但是发生了后果如此严重的事故，必须要有人承担责任。实验室的执照是登记在伊曼纽尔名下的，按照法律条文，应由伊曼纽尔承担法律责任。所幸的是司法机关认为有一个儿子丧生，对于一个老人来说已经是够重的惩罚了，因此只判处对死难家属给予经济赔偿，并禁止他以后在居民区制造和储存硝化甘油。
如果说俄国工厂的破产结束了伊曼纽尔的商业生涯，那么这一次事故则几乎完全结束了他的科学实验生涯。这个可怜的老人再也无法冒险了，他的精神和体力都大大衰退了，无法继续动手做实验。但是即便如此，长期卧床的他还是在自己的房间里，凭着自己丰富的想象力和坚忍不拔的毅力，做成了两件了结心愿的大事。
第一件是他写出了3部配有精彩插图的著作，以总结自己的火雷发明及其在防御系统中的应用，正如他自己所述，它们包含着“一种在现在和未来，保卫我们亲爱的祖国免受强敌蹂躏的思想与办法，而这种办法又不需要代价高昂的防御工事和人力物力的巨大牺牲”。
第二件是他完成了几项很有远见的设计，并且提出了一些异想天开的东西。这其中最重要的是三合板的原始构想。这一想法在1870年提出时被认为是纯粹的空想。但是事实证明，今天在全世界的建筑业和家具业里，三合板得到了非常广泛的应用。伊曼纽尔曾经预言，通过蒸汽压力把废木材压成薄板，再用胶水粘合在一起，可以做成替代原木的材料。这种材料不仅便宜，而且轻便，适合于搭建简易的房屋。随着人类足迹在世界范围的扩张，这种材料将会受到全世界的重视。他详细描述了他认为可以大规模制造的几百种商品。从摇篮到各种家庭用具和手工制品，再到各种工业产品，直至说到棺材为止。他以详细的草图说明怎样用它来盖房和造船；用它制造一种木制管道系统，以便从尼罗河引水灌溉撒哈拉大沙漠；以及为地震区及世界各地新开发的地区，建造一种轻便的活动房子。他对这些建议逐个加以解释，并且说明怎样在技术、商业和社会组织方面加以实现。实际上，在不久以后，他的这些设想都逐一地被实现了。今天我们不得不赞叹这位老人的智慧和勇气。
现在只剩阿尔弗雷德独自一人了，他要承担起继续研发硝化甘油制品的重任。现在自己手头掌握的技术已经能生产较大量的硝化甘油了，只是如何把硝化甘油做成性质稳定的固体爆炸物还一时没有头绪。按理说，这个难题不解决，硝化甘油就无法应用到实践中来。但当时欧洲各地正在忙碌地修筑新的运输线，对能够快速炸开岩石的炸药的需求实在太强烈了，人们不惜以身冒险，硝化甘油炸药的市场逐渐繁荣起来。因此虽然暂时没有好办法，但人们还是迫不及待地把它运用到实践中来了。
阿尔弗雷德深信硝化甘油是一种取得进步的源泉。它的市场前景，在他看来也是乐观的。研究上的停滞不前和家里刚刚发生的灾难以及因此引起的诉讼、赔偿和别人的指责都不能使他丧失勇气或者束缚他的手脚。
1864年10月，在赫伦尼堡实验室爆炸事故之后仅仅1个月，阿尔弗雷德就重新进行了几起大胆的爆炸展示，一方面是为了证明只要小心谨慎、方法得当，硝化甘油的爆炸是可以控制的；另一方面，他也想获得铁路建设部门对硝化甘油的认可。这一行为表明了阿尔弗雷德的大胆果断和不屈不挠。
幸运的是，展示很成功，瑞典当局的铁路建设部门表示信任，认为它在爆炸力方面，远远超过了普通的黑色火药。硝化甘油被正式批准应用，并且在当时正在斯德哥尔摩进行的隧道爆炸工程中使用了它。
