对于切尼在外交与国防事务上的扩权作为，鲍威尔心中是不痛快的。因此，在选择国防部副部长人选时，他力荐他信赖的阿米塔吉担任此职。但切尼与拉姆斯菲尔德否定了鲍威尔的举荐，他们推荐“火神”小组的灵魂人物沃尔福威兹出任国防部副部长。沃尔福威兹被认为是一名冷战好战分子与极端鹰派，他对待国际冲突的看法与处理方式与鲍威尔所持的鸽派立场相反，而且他对切尼与拉姆斯菲尔德忠心耿耿。鲍威尔推荐阿米塔吉为国防部副部长不成后，提名他当上国务院副国务卿，作为对同是强硬的保守派切尼与拉姆斯菲尔德的一种抗衡。
由于切尼、拉姆斯菲尔德与鲍威尔之间明显的不和及他们在围绕美国外交与国防政策上的明争暗斗，使赖斯像“三明治”一样处在这几个人中间。
美国外交智囊库“外交关系委员会”的外交学者查尔斯·库柏康指出，小布什国家安全团队的这种不和与分歧，反映出共和党内部与小布什新政府中一种观念上的不同。“它体现了共和党内新保守主义与传统保守主义在外交政策上的明显分野。”
以切尼—拉姆斯菲尔德为代表的新保守主义要维护与延续美国在世界上一极独大的超强地位，为此，他们鼓吹要增强美国的军事力量，并不惜动用美国的军事力量在海外进行干预。令人值得注意的是，共和党的新保守主义派对中国的崛起保持警惕防范的态度，他们视中国的强大为对美国超强地位的最大威胁。在加强国防与保持强大的军事力量问题上，赖斯的理念基本上是靠近切尼帮的。
与新保守主义相反，以国务卿鲍威尔为代表的传统保守主义对使用美国军事力量在海外进行军事干预持谨慎的态度。传统保守主义派更强调要限制在海外使用美国的军事力量。鲍威尔的用兵原则是：只有当美国的根本国家利益受到威胁，而且在确保美国能在战争中取胜的情况下才对海外用兵。在对外用兵与在海外部署美国军队的问题上，赖斯与鲍威尔观点又是一致的。
在企图对美国的外交政策与国家安全问题有更大的发言权与影响力的权力争夺战中，切尼派暂时占了上风。《新共和》杂志在布什政府上台后发表文章说：“尽管国务卿鲍威尔有很高的威望，而且国家安全顾问赖斯与小布什总统有密切的关系，但大多数观察家认为，最终，切尼帮会成为布什政府所有重大战略问题的决策者。”有人甚至预言，鲍威尔的外交政策与国家安全主张将在小布什政府的外交事务中没有市场，因为他在小布什的外交团队中没有强有力的同盟者。国家安全顾问赖斯则将发现她会成为受切尼帮与鲍威尔不和争斗挤压的“三明治”。
美国政治学者达尔德等人指出，在布什新政府成立时，切尼盛气凌人地在国家安全政策事务中摆出主角的架势。他为自己成立了一个微型的国家安全事务班子，并通过自己的顾问班子去了解每一层次各个部门的决策程序，然后企图私下里去给小布什总统当顾问，影响他对美国国家安全的决策。
达尔德等指出，切尼还有一个企图，那就是将赖斯置于自己的指挥之下。他竭力想让自己被小布什指定为所谓“最高委员会”的主席。因为通常在总统不在的时候，由最高委员会召集国家安全委员会会议，就国家安全政策建议做出决定。按照惯例，主持最高委员会的职责应该由总统国家安全顾问承担，而且实际上，国家安全顾问是行使这一职位的法定人选。切尼这么做，再次表明他想在国家安全事务上有更大发言权与影响力的企图。但小布什最终否定了切尼的要求，确认继续按照惯例由赖斯承担此责。
小布什让赖斯主持最高委员会的决定，提高了赖斯在新政府中的身份，消除了她没有进入内阁而可能产生的失落感。不过，由于赖斯过去仅有两年多时间在华府外交圈工作的经历，华府内外的许多人都在公开质疑顶着首位出任总统国家安全顾问的非洲裔黑人女性光环的赖斯，是否能够与切尼、鲍威尔、拉姆斯菲尔德这些老谋深算的人物并驾齐驱。事实上，如何在这几个强势人物中间搞好平衡，摆平他们之间的不和与分歧，平稳而有效率地推动国家安全委员会的工作，对没有多少华府政治经验的赖斯而言，的确是一个很大的挑战。但熟悉赖斯的人认为，赖斯是非常聪明的人，她了解华府官场上明争暗斗的伎俩。更重要的是，在白宫工作，关键不在履历的长短，而是在于与白宫主人的亲密关系。赖斯显然与小布什关系密切，她能够让总统听从她的意见与主张。
二忽视恐怖主义威胁
在接手总统国家安全顾问期间，克林顿政府的国家安全顾问伯格在交接过程中曾告诉赖斯，美国正日益面临全球恐怖主义的威胁，他特别提到位于阿富汗的“基地”恐怖主义组织。伯格告诉赖斯：“在未来4年的任期里，你在处理恐怖主义活动、特别是‘基地’组织上面所耗费的时间，将要远远超过处理其它问题的时间。”克林顿政府的其他有关人员也多次明确地表达了对恐怖主义威胁的担忧。在小布什正式就职总统前一周，中央情报局长特尼特在会见小布什、切尼，与赖斯时告诉他们，以阿富汗为基地的本·拉登与他领导的“基地”组织是美国面临的三大威胁之一（其它两大威胁分别是大规模杀伤武器的扩散与中国的崛起），而且该组织的恐怖主义威胁是巨大的。他认为本·拉登肯定会以某种方式对美国的利益进行恐怖袭击。特尼特说，克林顿总统曾向中央情报局发出5个不同的情报指示，要求加强对本·拉登与“基地”组织的情报工作。他希望新政府上台后马上考虑这个问题。即将离任的五角大楼负责特别行动与低密度冲突的副国防部长布莱恩·谢里顿也告诉赖斯，说“恐怖主义是一件很严重的情况，那些家伙并没有离去”。但谢里顿后来说，“我只记得她在听，但她并没有提出什么问题。”克林顿总统的国家安全事务副顾问唐·克利克中将在卸职离任之前，给赖斯的新班子就“你们需要注意的事项”发过一份备忘录，强调“基地”组织对美国的恐怖主义威胁，并警告说：“我们将会再次遭受攻击。”在小布什就任总统的第一周，在布什政府中留任、由克林顿亲自任命的国家安全委员会反恐协调员理查德·克拉克在向赖斯汇报时，也特别强调了“基地”恐怖主义组织是对美国的最大威胁。
“基地”组织是在20世纪80年代反抗苏联军队入侵阿富汗的斗争中成立的，其领导人是位名叫奥萨马·本·拉登的沙特阿拉伯富商。“基地”组织以在阿富汗反抗苏联侵略为掩护，起初由美国的中央情报局支援武器与金钱，并由沙特阿拉伯提供经济资助，以及巴基斯坦进行道义与物资支持，一步步发展壮大。在反抗苏联军队入侵阿富汗的斗争取得胜利后，“基地”组织前往苏联周边地区进行新的活动，而后又打入中东和其它地区。该组织严密，不受阶级斗争、反殖反帝甚至反犹太复国主义的鼓动，以在全球传播伊斯兰原教旨主义的教条为使命。“基地”组织一度以非洲的穆斯林国家苏丹为基地，招募人员，发展组织。后来，阿富汗的塔利班政权建立后，本·拉登跑到更为安全的阿富汗，与那里的塔利班政权结成联盟。他们以金钱与信仰联姻巩固其合作关系，建立了一个以伊斯兰原教旨主义为宗旨的庞大的全球恐怖主义网络中心。“基地”组织从一开始就是超越国家界限的，它从许多渠道得到资助与支持。历史上，“基地”组织的基地建在沿阿富汗─巴基斯坦边界地区的山区，美国中央情报局曾帮助他们建立这些基地，并资助他们在该地区活动。当“基地”组织羽翼丰满之后，他们开始将美国视为他们的头号敌人，因为美国支持以色列与阿拉伯国家的独裁政权，并在伊斯兰世界驻有大批军队。
1993年，与“基地”组织有联系的伊斯兰极端主义分子袭击了美国纽约的世界贸易中心，使美国政府开始注意“基地”组织的恐怖主义威胁。美国人意识到，在越来越敌视美国的国际恐怖主义组织中，“基地”组织是其中之一。1996年，“基地”组织在沙特阿拉伯的美军霍巴塔营地策划了恐怖爆炸事件，有19名美国人死亡，克林顿政府进一步认识到，“基地”组织将是美国国家安全面临的一个主要威胁。
1998年2月，本·拉登对美国发起了伊斯兰判决，号召在全球对美国发起伊斯兰圣战，宣称每个美国人都是一个合法目标。1998年8月，“基地”组织的汽车炸弹摧毁了美国驻坦桑尼亚与肯尼亚的大使馆，有许多无辜的人丧生。
在美国驻坦桑尼亚与肯尼亚的大使馆遭受恐怖袭击之后，克林顿政府对本·拉登指挥的“基地”组织实施了报复打击，向“基地”组织在阿富汗的营地发射了巡航导弹。导弹击中了目标，但本·拉登却逃过了打击。美国还向苏丹的一个制药厂发射了巡航导弹，据说这个制药厂支持了大规模杀伤武器活动并且可能部分为本·拉登所有。制药厂被炸毁了，但后来发现的证据却难以证明该工厂与大规模杀伤武器或者本·拉登有任何联系。
美国驻坦桑尼亚与肯尼亚的大使馆被炸，使克林顿政府对“基地”组织的恐怖威胁有了更明确的认识。这一年，1998年，克林顿专门在国家安全委员会成立了对付恐怖主义的协调办事机构，由国家安全委员会中的反恐专家克拉克担任协调员，协调中央情报局、联邦调查局，以及军方等，一起应付美国面临的恐怖主义威胁。到20世纪90年代后期，克林顿政府已对“基地”组织有了比较详尽的了解，包括该组织的总体目标、世界各地的分布情况与各种财政援助渠道等。这个时期，美国中央情报局加强了针对“基地”组织的情报收集工作，并策划了逮捕本·拉登的行动，但并未成功。随后，2000年10月，“基地”组织对停泊在也门亚丁港口的美军“科尔号”驱逐舰发动了恐怖攻击，给该舰造成重大伤亡。克林顿政府没有对这次恐怖袭击马上采取报复行动。据知情人士透露，克林顿政府已决定，不再轻易用巡航导弹袭击“基地”组织在阿富汗的营地，因为那样做是徒劳的。克林顿政府要准备详细周密的计划，在全球范围对付本·拉登的恐怖组织网络。但当这些计划基本准备完毕时，克林顿政府也下台了。
克拉克在向小布什政府的国家安全团队包括赖斯、赖斯的副手哈德利、副总统切尼，以及国务卿鲍威尔等人汇报时，详细说明介绍了本·拉登领导的“基地”组织对美国国家安全的恐怖威胁，并介绍了克林顿政府过去几年来在这方面的工作。克拉克传递的信息非常明确：“基地”组织已对美国宣战，这是一个高度严密控制、具有效率的恐怖组织；该组织可能已在美国布下潜伏的恐怖主义小组，并正在计划一系列针对美国的重大恐怖主义攻击；美国必须迅速而坚定地采取行动，特别是在“科尔号”遭受攻击后，美国必须准备对恐怖主义分子采取进攻行动。
克拉克后来在他发表的回忆录《反对所有的敌人》中说，当他向布什政府的国家安全团队通报了“基地”组织的情况与克林顿政府的反恐计划之后，听了汇报的每个人的反应都不一样。克拉克说，当我向赖斯简报“基地”组织的情况时，她面部的表情给我的印象是，她以前从未听说过“基地”组织这个词，因此，我进一步补充说：“大多数人认为‘基地’组织只是奥萨姆·本·拉登的组织，但实际上不仅仅如此。‘基地’组织是一个恐怖主义组织网络。它在全球50多个国家都有恐怖主义小组，包括美国。”
赖斯看起来对克拉克的话不相信。她觉得克拉克的反恐办公室的规模按照国家安全委员会的标准来说太大了（有12名人员），而且做的都是一些操作层面、包括国内安全方面的工作。因此，赖斯对克拉克说：“国家安全委员会看起来跟我几年前在这里工作时的情况差不多，除了你的办公室的工作之外。这是个全新的办公室。这个办公室参与有关国内的工作，而且它不进行政策方面的工作。它似乎担心操作方面的问题。我不确定，我们是否要继续在国家安全委员会中保留这个办公室。”
克拉克觉得，赖斯仍按传统观点将国家安全委员会看做是一个外交政策协调机构，而没有根据新的形势同时将其用来处理美国正在面临的恐怖主义威胁。克拉克意识到，赖斯与她的副手哈德利，仍停留在冷战时期对国家安全委员会的了解与认识，他们对后冷战时代美国面临的新的国家安全问题并不熟悉，这让他颇为忧虑。
克拉克向赖斯解释说：“你是对的，这个反恐办公室是新的。它主要处理后冷战时代的国家安全问题，而不仅仅是应付国家对国家之间的威胁。今天，国内与国外之间的界限已经没有了。现在，美国面临的威胁不是来自苏联的弹道导弹，而是恐怖主义分子的炸弹。另外，在1947年建立国家安全委员会的法律也关注对国内的安全威胁。”
尽管克拉克向赖斯反复强调要加强反恐的措施，但赖斯似乎听不进去，她决定，国家安全委员会中反恐协调员的作用要降级。反恐协调员从此不再参加国家安全委员会中最高委员会的会议，反恐安全小组也不再直接向最高委员会报告有关恐怖主义的情况，而是向一个副部长级别的委员会进行报告。赖斯虽然让克拉克与他的反恐安全小组暂时保留不动，但要求他拿出一个重组计划，准备将其负责的国内安全问题从国家安全委员会中转移出去，交由其它机构去处理。
克拉克多年来一直主持国家安全委员会中处理恐怖主义的工作，对美国面临的恐怖主义威胁，尤其是以本·拉登及其领导的“基地”组织对美国国家安全的危险性有充分的认识与了解，他对新上任的总统国家安全顾问赖斯忽视美国正面临的恐怖主义威胁感到十分忧虑。1月25日，克拉克给写了一份紧急备忘录——“给康朵莉扎·赖斯的备忘录”，克拉克写道：“康迪，史蒂夫（赖斯在国家安全委员会的副手哈德利）今天要求我们提交一个重要的总统政策评估或介绍。我们急迫地需要像最高委员会这样的层次来评估‘基地’网络组织。正如我们在向你的简报中所指出的，‘基地’组织不是某种狭小的需要被安排在更广泛的地区政策中的恐怖主义问题。相反，我们几个地区性的政策需要集中强调对美国转变中的挑战以及我们的利益正受到‘基地’网络组织的威胁。如果只是孤立地评估中亚、GCC、北非等地区的政策，我们将不能合适地实现形成一个全面地多地区合作地对付‘基地’组织政策的需要。”
