太平军水营建立后，转战在广阔的江河湖海。清军经制的八旗水师和绿营水师在太平军水营的痛击之下，溃不成军。长江中下游的大部分水面被太平军控制，水营战船“行则帆如迭雪，住则樯若丛芦，炮声遥震，沿江州邑，无兵无船，莫不望风披靡”。（《贼情汇纂》卷五）面对这种生死攸关的局面，清政府不得不下令兴办团练，协助经制部队作战。办团练最积极的是湖南的曾国藩。在他主持之下，一支新式地主武装——湘军诞生了。它既不同于业已腐败不堪的八旗和绿营部队，也不同于以往仅能辅助作战的团练。尽管初期它仍打着团练的旗号，但采取的却是一整套完全崭新的募兵选将、训练、筹饷制度和作战原则。经制军不顶用了，多数地方的团练也被太平军消灭了，而湘军却越战越强，成为攻占天京，扼杀太平天国的主要力量。水师是湘军的重要组成部分。湘军水师在训练、作战等方面有自己鲜明的特点，是—支战斗力很强的水上武装，其活动范围主要在长江中游地区。
淮军是李鸿章统领的一支地主武装。淮军创建初期的基干部队调自湘军，采用的军制也大部分参照湘军军制。淮军也是镇压太平天国运动的一支重要力量，在武器装备方面则超过了湘军。淮军水师本身成立时间短，体制也不完整，因此作战能力较低。但配属淮军指挥的淮扬水师和太湖水师却不同。它们的骨干都来自湘军水师，是完全按照湘军水师体制新建的水师部队，战斗力很强。淮军水师活动在长江下游地区。
湘军水师
湘军水师是湘军中的一支突击力量，机动性强是它的最大特长。作战时，湘军水师通常能够调动整建制的部队全力以赴，而不像八旗、绿营水师那样因担负许多地区的防务而分散了兵力。
1.湘军水师的沿革
咸丰三年（1853年），太平军西征作战时，水营发挥了很大作用，促使曾国藩下决心建立湘军水师。南昌战役之后，曾国藩到达衡州，开始设厂造船，招募水勇，选拔将领，开始筹建水师。
次年正月，已造成新船241艘，改造战船120艘，征用民船100余艘，自造和购买的火炮共570余门，招到官兵5000人，正式编成湘军水师10个营，以褚汝航为水师总统。在后来的作战中，湘军水师不仅有力地配合了陆师作战，运输粮草，转移兵力，还经常独当一面，对太平军的一些沿江要塞或军营实施突击，取得了丰硕战果。曾国藩对水师的作用极为赞赏。他说：“欲出奇制胜，若非从水军设法，则陆军更不能出奇矣”。他还命令陆师必须“与水师处处相依”，“不宜远离水师”，以收水陆配合之效。（《曾文正公全集·书扎》卷六）
由于曾国藩大力扶植，湘军水师规模不断发展，由初建时的10个营发展成外江、内湖、淮扬、太湖等4个水师集团（各辖水师营10个左右）。与此同时，水师官兵经过严格训练，提高了军事技能，船炮质量也有很大改进。因此，湘军水师经过长江上的几大规模水战之后，从太平军水营手中夺回了被八旗、绿营水师丢失的长江中下游流域的控制权，在战略上占据了主动地位。因此，战后“朝廷论平寇功，以国藩创立舟师为首”。（王定安：《湘军记》卷二十）
太平天国运动失败之后不久，湘军陆师几乎全被遣散，只留下湘军水师改编成为清军经制长江水师等部，这在清军历史上是仅有的。
2.湘军水师的战船和兵器
湘军水师十分重视改进战船和兵器。曾国藩说过：“水师事宜，以造船置炮二者为最要。”
湘军水师的新战船多由长沙、衡州的船厂制造，主要有长龙船和舢板2种，此外还有少量的快蟹船。
建军初期，由于新造战船一时不能满足需要，湘军水师曾购买了120艘钓钩船，稍加改造，成为战船的一种。待新战船大批峻工后，这些临时战船就逐渐被淘汰了。为了解决辎重水上运输问题，湘军水师还征集了不少民船，其船种繁多，经常更换，不列入水师正式编制之内。
下面着着重介绍湘军水师的主力战船——长龙和舢板：
长龙船长4丈1尺，底中宽5尺4寸。长龙船头装炮2门，炮重800～1000斤；船两侧共装炮4门，炮重700斤；船尾装炮1门，炮重700斤。长龙船同快蟹船一样，装有固定的窗木鬲，可供居住。
舢板船底长2丈9尺，底中宽3尺2寸。督阵军官的大舢板尺寸略大。舢板船头装炮1门，炮重700～800斤；船尾装炮1门，炮重600～700斤；两侧共装炮2门（腰炮），炮重40～50斤。舢板露载无篷版，只在停泊时才支起夹帐，供水兵住宿，行船前拆除。
湘军水师战船上多用“洋炮”（当时称作“洋庄”）。这是当时从英、美、法等国商人那里购回的一种旧式前膛熟铁炮，比中国土制的铁炮、铜炮威力要大，并不易炸膛。湘军水师初建时，共装备了600门。3年后，扩充到2000门。湘军水师战船上还配有“洋枪”及鸟枪、喷筒、大刀、短剑、长矛等兵器，以备近战。
3.湘军水师军制
湘军水师初建时，每个水师营编制官兵445人，共计10个营。各营名称分别为：中正、前正、后正、左正、右正、中副、前副、后副、左副、右副。初设总统1人。后来，水师部队有了很大发展，但水师营仍是基本作战单位。几个到10多个水师营组成一个水师集团，担任一个战区或作战方向的作战，各设统领1人，直接向曾国藩一人负责。
每个水师营设快蟹船1艘，作为营官的指挥船，船上设舱长1人，桨手、槽工、头篙、舵手、炮手等共44人。每营还设长龙船和舢板船各10艘。每艘长龙船设管驾（即哨官）1人，水兵24人。每艘舢板船设管驾1人，水兵14人。
咸丰五年（1855年）以后，湘军水师根据实战经验，对营制作了一些变更：在江河行驶不便的快蟹船被裁去，每营的长龙船也减为8艘，而适于江河水战的舢板增加到22艘。这样，每营共有战船30艘，官兵530余人。后来，湘军水师营数增加，但营制却一直沿用到改编为长江水师为止。
湘军水师采用的这种编制，比绿营水师有较大的独立性，指挥统一，机动性强。遇有战事，倾巢出动，比较容易掌握水战中的主动权，而不像绿营水师那样，常常受制于陆师将领的外行指挥，坐失战机。
4.湘军水师的训练和战术
在同太平军的长期作战中，湘军水师逐步建立起了一整套较完整的训练制度，并形成了具有独特风格的水战战术。对于湘军水师的训练，曾国藩非常重视，他提出的总要求是：“技艺极熟，则一人可敌数十人；阵法极熟，则千万人可使如一人。”同时，曾国藩还在《水师得胜歌》中对湘军水师训练规定了具体作法：“第六水师要演操，兼习长矛并短刀；荡桨要快舵要稳，打炮总要习个准；斜斜排个一字阵，不慌不忙听号令；出队走得一线穿，收队排得一络连；慢的切莫丢在后，快的切莫走在前。”对此，每个水师官兵都必须背熟，并严格照办，也是各级考核的标准。
除了训练之外，湘军水师在宿营、维护战船兵器等方面也有明确的规定。
湘军水师宿营的原则是：“小船依洲，大舟横流，相距欲疏，以避暴风撞损。”（王定安；《湘军记》卷二十）水师官兵平时必须食宿在船上，每天只允许每船派一人上岸采购蔬菜等物品。违纪者“平时上岸打百板，临阵上岸就要斩”。（曾国藩：《水师得胜歌》）依靠严厉的纪律，使湘军水师始终保持战船满员，一遇情况就可以立即投入战斗。
湘军水师平时对战船和兵器注意保养，总的原则是：战船保持清洁，装备置放整齐，枪炮经常擦拭，弹药贮备得当。这些措施，有效地提高了湘军水师的战斗力。
在作战方面湘军水师有自己的一些特点，如接敌首取逆风逆水，次取顺水逆风，最忌顺风顺水。因为顺风顺水虽然省力，进则疾驰如飞，退就寸步难行了。
作战初期，湘军水师以快蟹进攻，以长龙作后备，派舢板搜索。结果战船受到太平军小划攻击，损失惨重。之后，便改变了战术，用舢板进攻，以近战为主，长龙担任火力掩护和指挥之责，取得了明显的效果。起初，战船为避免炮伤，复盖了渔网湿絮牛皮藤牌等物，但作用不大。湘军水师将领杨载福、彭玉麟干脆下令全部撤去，主张猛打快进，一直冲到太平军火炮射击死角以内，使太平军火炮失去作用。在水战中，作战官兵皆直立在船板上，“直前无所回避”。（《曾文正公杂著》卷二）有俯首避弹者，都“以为大耻”。（王闿运：《湘军志·水师篇》）因此，湘军水师的凶悍远胜过绿营、八旗水师，就是湘军陆师也难以与其相比，他们完全是一帮穷凶极恶的亡命之徒。
湘军水师在作战中有一定的阵法，特别注意保持较疏散的队形，曾国藩在《水师得胜歌》中告诫水师：“切莫拥挤吃大亏”。湘军水师遇到难以对付的暴风时，原则是弃舢板保大船。而战败时，则弃大船乘小舟归。
上述战法，有效地提高水师的作战能力。
5.湘军水师的军饷
湘军水师官兵的待遇很高，营官每月薪水银50两，办公银150两，亻夫价银60两，共计260两；哨官每月饷银18两；头篙、舵工6两；舱长4两8钱。（《曾文正公奏稿》卷二三）水师统领凡3000人以上的，每月加银100两，5000人以上的加200两，万人以上的加300两。1个水师营每月支银1911两2钱。（王闿运：《湘军志》篇十五）
湘军水师的薪饷靠就地自筹，主要是靠办捐输、运饷盐、兴厘金、拨丁漕、请协济、提关税、收杂捐7种办法。后来，湘军水师由于控制了长江中、下游水面，不仅粮草供应有了保障，而且饷源也更多了，这也是湘军击败太平军的一个重要因素。
6.长江水师
同治四年（1865年），在太平天国运动失败之后，湘军水师主力奉命改编成清军经制长江水师。
新成立的长江水师基本上按照绿营水师军制进行整编。长江水师的最高将领为水师提督，归两江总督和湖广总督节制。首任长江水师提督为黄翼升。
长江水师共有官兵1.2万余人，战船774艘，分编为24个水师营。其中，提标5个营、岳州镇4个营、汉阳镇4个营、瓜洲镇4个营、湖口镇5个营及狼山镇2个营（兼辖）。长江水师的营可以分成3种：即副将营、参将营、游击营。各种营的官兵人数、战船数量都有一定的规定。比起原来的绿营水师，长江水师营官的级别要高得多。水师副将营，共有6个，每营官兵770多人，督阵大舢板1艘、长龙2艘、舢板40艘；参将营，共有7个，每营官兵520多人，督阵大舢板1艘、长龙2艘、舢板30艘；游击营，共有11个，每营官兵370多人，督阵大舢板1艘、长龙2艘、舢板20艘（岳州和汉阳镇标中营营官虽为游击，但战船编制却仿照参将营）；提督、各镇总兵配有督阵大舢板2艘。
督阵大舢板每船设哨官1人（外委），水兵20人（舵手1人、头兵1人、炮手2人、桨手16人）。长龙每船设哨官1人（都司或守备）、水兵25人（舵手1人、舱兵1人、头兵1人、炮兵4人、桨手18人）。舢板每船设哨官1人（千总、把总或外委）、水兵14人（舵手1人、头兵1人、炮手2人、桨手10人）。
总兵以下至游击，可在战船收泊处岸上建立一办公地点。但必须“以船为家，不得在署常居。都司、守备各官以至兵丁，不得陆居”。（《清史稿》卷一三五）总兵配有座船3艘、副将、参将、游击各2艘，守备以下军官1艘。
长江水师提督在安徽太平府设立衙门，在湖南岳州设立行署，各驻半年。提标水师辖有中营（副将营，驻太平）、金陵营（参将营）、裕溪营（参将营）、大通营（参将营）、芜湖营（游击营）。
水师岳州镇标辖有：中营（游击营，驻岳州）、荆州营（副将营）、沅江营（参将营）、陆溪营（游击营）。
水师汉阳镇标辖有：中营（游击营，驻汉阳）、田镇营（副将营）、簰州营（参将营）、巴河营（游击营）。
水师湖口镇标辖有：中营（游击营，驻湖口）、安庆营（副将营）、吴城营（参将营）、饶州营（参将营）、华阳营（游击营）。
水师瓜洲镇标辖有：中营（游击营，驻瓜洲）、孟河营（游击营）、江阴营（副将营）、三江营（游击营）。
狼山水陆镇标总兵兼受两江总督、江南水陆提督和长江水师提督管辖，该镇中归长江水师提督指挥的有：绥海营（副将营，驻海门）和绥通营（游击营，驻通州，即今南通）。
长江水师每月兵饷、杂费共需银5万余两，主要来自在岳州、汉口、湖口、大通、瓜洲五口设卡抽税。长江水师在汉阳、吴城、金陵草鞋峡设立船局；在安庆、武昌设立火药局；在长沙设立子弹局。此外，还不时地向外商购买一些枪炮弹药。
长江水师担负从荆州到长江口的水面巡防任务，以哨官为专汛，以营官为本辖，各负其责。遇有作战或会操时，各地的总督、巡抚有权调动驻所辖地区的长江水师部队，而日常训练和营务等事宜则统由长江水师提督负责。
淮军水师
同治元年（1862年）初，在太平军的凌厉攻势下，江苏巡抚薛焕的绿营战败，上海陷于一片混乱。曾国藩为保住上海，令李鸿章带领由部分湘军和新招的兵丁共13个营，6500名官兵驰援。这支援军到达上海及苏南地区后，迅速膨胀，后来竟扩充到200多个营，10多万人，这就是著名的淮军。淮军由于在上海等地作战，比较容易获得外国制造的包括后膛枪炮在内的新式武器，成为当时清军装备最精良的部队。太平天国失败后，湘军陆师截撤，而淮军则多数被保存下来，驻防直隶和江淮沿海地区，演变成防军。
淮军也有一支水师，这是在李鸿章到达上海后逐渐组建的。其军制几乎完全沿袭湘军水师，但也有自己的特点，这就是没有水师统领，而是各自立营，为陆师作战充当配角。由于装备了较多的“洋枪”、“洋炮”，淮军水师是当时中国水师中火力最强的。
水师善字营，这是淮军组建最早的一支水师部队。它的前身是安徽无为外委孙善成指挥的5艘炮船。孙善成出身于湘军外江水师，很有水上作战经验。李鸿章原想将该部编入淮扬水师之内，但因故未成。于是，就单独成立了水师善字营，随淮军主力东援上海。
水师师船营，这是李鸿章到上海以后，将原驻守该地的水师曾秉忠部接收改编的。当时，曾秉忠部拥有船只360艘，是由广东水勇组成。人员和船只虽多，但战斗力不强。李鸿章大刀阔斧，拦腰砍去一半人员和破旧船只，留下的编成师船3个营，分别由曾守忠、蔡谓川、曾敏行统带。
水师魁字营，该部原为郑国魁、郑国榜所率领的枪船，水兵成分大多数是皖北一带贩运私盐的团伙成员，十分凶悍。枪船编人淮军后，改编成水师魁字左、右营，郑国魁、郑国榜分任2个营的营官。在淮军水师中，该部战斗力最强。
水师铭字营，这是淮军将领刘铭传部所辖的，共有2个水师营，营官是冯席珍、靳春和。
水师鼎字营，这是淮军将领潘鼎新部所辖的，营官是徐道奎。
此外，还有张遇春部所辖的水师春字营，李正佩统带的水师亲兵营等。
以上淮军水师各部合计有10多个营，战船和人员不算少。但各营均配属给陆师将领指挥，形不成合力，无法象湘军水师那样进行独立作战。因此，在击败了太平军和捻军后，就大部分被裁撤了。
淮军除辖本建制水师外，还有两支配属的水师，一支是淮扬水师，一支是太湖水师。
淮扬水师是曾国藩于咸丰十年（1860年）开始组建的一支新水师，统领为原湘军外江水师将领黄翼升。次年四月，淮扬水师仿照湘军水师军制建立了9个营，以欧阳利见、蔡东祥、王东华、陈东友、张元龙、张光泰、杨宏胜、成俞卿、赖荣光分任营官。这9名营官全是从湘军水师中调来的。
李鸿章援救上海时，淮扬水师奉命随同前往，接受李鸿章指挥。当时，淮扬水师约5000人，是李鸿章手下的一支重要兵力。到上海后，淮扬水师又扩充了3个营，营官分别为张学仕、龙玉麟、李才喜。淮扬水师的水兵募自湖南，战船在湘、鄂等地建造，火炮是从广东购的旧“洋炮”，最初的军饷是曾国藩从华阳镇厘金中支用的。
同治元年（1862年）五月，黄翼升带领淮扬水师冲过天京江面，分驻浦口、三江营和上海。六月，到上海的战船共有82艘。
在太湖水师到达苏南之后，淮扬水师曾与之协同作战，攻击当地的太平军。不久，淮扬水师奉命调往淮河地区，脱离李鸿章指挥。长江水师成立时，该水师大部编入长江水师建制。
太湖水师是曾国藩于同治元年（1862年）八月在安徽创建的。该部战船均为铜陵建造。官兵大多来自湘军外江水师，统领也由外江水师的李朝斌担任，湘军内江水师也抽出了部分兵力和战船予以加强。太湖水师共编成10个营，编制也与湘军水师相同。
同治二年（1863年）七月，应李鸿章的要求，曾国藩命令李朝斌带领太湖水师赶赴苏南地区作战，击败了太平军水营最后一批有生力量，太平军水营最高统帅——航王唐正财也不幸阵亡。
太平天国运动失败后，太湖水师减为7个营，改成清军经制部队，仍称太湖水师，隶属于江南水陆兼辖提督。同治八年（1869年），太湖水师又奉命缩编成江苏里河水师5个营。
