顺治七年（1650年）十二月，多尔衮病逝，顺治帝终于可以亲政了。以郑亲王济尔哈朗为首的豪格派在打击多尔衮派的斗争中，取得了胜利。鳌拜因屡受多尔衮打击，深得济尔哈朗的喜爱。
顺治九年（1652年），鳌拜因功晋爵为二等公，被赐世袭，免死两次。鳌拜和索尼、遏必隆、苏克萨哈被授领侍卫内大臣。
顺治十四年（1657年），鳌拜被授以少保，兼任太子太保，后升任少傅兼太子太傅。
顺治十八年（1661年）正月初七凌晨，顺治帝病逝。正月初九，玄烨在孝庄太皇太后的扶持下，即皇帝位。上三旗的索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣辅政。
鳌拜势力开始做大，对于稍不顺己意的大臣不是贬官就是杀害。鳌拜企图取得启奏权和批理奏疏大权，这引起了孝庄皇太后和康熙帝的担忧。鳌拜培植了大批党羽，其弟穆里玛担任靖西将军。秘书院大学士班布尔善、吏部尚书阿思哈、侍郎泰必图、兵部尚书噶褚哈、工部尚书济世、内秘书院学士吴格塞和鳌拜的子侄等都拥护鳌拜。
自从鳌拜专权以后，众大臣要求康熙帝亲政的呼声愈来愈高。刑科给事中张维赤在奏疏中说："伏念世祖章皇帝（即顺治帝）于顺治八年（1651年）亲政，年登十四岁。今皇上即位六年，年龄与世祖章皇帝亲政年龄相符，臣乞择吉亲政。"在众臣和索尼等人的支持下，康熙六年（1667年）七月初三，康熙定于七月初七日举行亲政大典。
鳌拜企图主持起草皇帝亲政大赦的诏书，借此来拉拢人心。康熙帝命他人密拟赦诏，临期颁行。鳌拜又以商议启奏应行事宜为名，想收买苏克萨哈，被苏克萨哈严词拒绝。
康熙六年（1667年）七月初七，康熙帝举行了亲政大典。辅政大臣仍然排在众王之上，掌握批理章疏大权。一大批身居高官的人想办法投靠鳌拜，镶黄旗听鳌拜指挥，正黄旗表示支持，正白旗受到严重的削弱。宫廷宿卫的任务由上三旗承担，对康熙帝构成了巨大的威胁。
鳌拜的亲信班布尔善给苏克萨哈编造了二十四项罪状，要求把苏克萨哈与其长子内大臣查克旦处以磔刑，其余家人处斩立决。正白旗白尔赫图、额尔德处斩立决。
康熙帝不答应鳌拜的奏请，鳌拜竟然强行奏请。康熙帝被迫准奏。
四大辅臣中只剩鳌拜和遏必隆，而遏必隆处处依附鳌拜。
鳌拜害死苏克萨哈以后，对于朝中政事先在家里议定，再上奏施行。若有人自行启奏，他便勃然大怒。鳌拜经常当着康熙帝的面，辱骂大臣，拦截章奏。
康熙帝赐鳌拜二等公外加一等公，赐其子那摩佛袭二等公爵位。康熙七年（1668年），拜鳌拜为太师，其子那摩佛为太子少师。鳌拜更加骄横，公然抗旨。
鳌拜的私党玛尔赛死后，鳌拜擅自赐玛尔赛溢号。大学士班布尔善公然怠慢康熙帝，奏事时，谕旨稍有不合意的地方，就出来质问。
