在三江地区，对两江总督及苏、皖、赣抚的职位，双方之间亦有过程度不同的争夺。江、浙两省是清王朝的富庶之区和主要财源，非亲信大臣不肯倚任。咸丰十年清廷将两江总督一席授予曾国藩，亦属出于无奈，不过欲借湘军之力将太平天国革命镇压下去。故一旦目的达到，便开始打曾国藩的主意，不仅剪其羽翼，还要赶其出巢，一有机会就想将此要要之缺另委他人。同治四年曾国藩率军北上剿捻，江督一职由苏抚李鸿章署理，清政府即欲乘机将李鸿章调开，令其带兵赴豫西剿捻，而以漕运总督吴棠调署两江总督。其所遗江苏巡抚与漕运总督两缺，则分别由丁日昌、李宗羲署理，并令曾国藩同李鸿章、吴棠加紧函商，迅速复奏。表面看来，不过是一场官缺交易，实则清政府另有一番深意。在清王朝镇压太平军的战争中，吴棠曾长期驻扎安徽中部，因无漕可运而无所事事，虽拥有一支武装，但无功劳可言。其与曾国藩集团的关系，亦处之平淡，既无冲突也说不上亲密。据传，吴棠曾因一偶然机会，有恩于那拉氏。其时，那拉氏之父惠征死于安徽道任所，一路乘船北归，情景相当凄惨。吴棠怜其孤寡，多有帮助。那拉氏政变当权后，对之感恩图报，授以高官，引为心腹。此时则更进一步派上用场，既可厚报旧恩，又可借以夺回这一财富之区。然对曾国藩集团来说，则无异于釜底抽薪。因两江一失，饷源立断，湘淮两军转成客军虚悬之局，必然受制于人，昔日坐困江西的历史又会重演。曾国藩接到此旨，一眼就看透了清政府的用心，只是关系重大，不能不谨慎对待。他在家书中说：“顷奉寄谕，欲以李少荃视师河、洛，而吴仲仙署理两江，垂询当否，复奏颇难措辞。李不在两江，则余之饷无着也。”（《曾文正公家书》，同治四年九月十六日。）这就是说，他虽心里反对此举，面上却不能明说，只能找一个冠冕堂皇的借口，把它搪塞过去。所以，曾国藩在复奏中根本不提两江总督与吴棠如何，而专在李鸿章等人身上做文章，不仅以无兵无饷为由，对李鸿章出征的必要性提出重重疑难，还从用人经验的角度断然否定了丁日昌与李宗羲的任职资格。其理由有二：一是资历太浅，提拔太快；二是易遭弹劾，殃及荐主。因当时上海涉外事件较多，故曾国藩特以难当外交重任立言。奏折称，“谕旨饬李鸿章视师河洛，该处现无可剿之贼，淮勇亦别无可调之师。”至“谕旨垂询以李宗羲暂署漕运总督、丁日昌署理江苏巡抚”一事，似亦不妥。“李宗羲由安徽知府，甫于去年保奏以道员留江补用，本年奏署运司，叠擢安徽臬司、江宁藩司。一岁三迁已为非常之遭际”，况“该员廉正有余，才略稍短，权领封圻未免嫌其太骤。丁日昌以江西知县因案革职，三年之内开复原官荐保府、道，擢任两淮运司，虽称熟悉夷务，而资格太浅，物望未孚。洋人变诈多端，非勋名素著之大臣，不足以戢其诡谋而慑其骄气。”而最后的结论是，“该员实难胜此重任。”又说：“数年以来，皇上求才若渴，于疆臣保荐人员，往往破格超迁。外间因其不次之擢，疑为非常之才，责备之下加以吹求。于是，台谏弹劾生风，并归咎于原保之员。若使保升者循资渐进，少为回翔，多经磨炼，则该员不至见妒于同僚，而言路亦不至仇视疆吏，实于中外和衷之道大有裨益。”至于自己未能遵旨会商的理由，曾国藩则称：“历观前史明训，军事之进退缓急、战守屯驻统帅主之，朝廷之上不宜遥制；庙堂之黜陟将帅、赏罚百僚，天子与左右大臣主之，阃外之臣不宜干预。朝廷而遥制兵事其患犹浅，阃外而干预内政其害实深，从古统兵重臣遥执国命，未有能善其终者。”“今以要缺督抚令臣等往返函商，如臣愚见，密保尚且不敢，会商更觉非宜。因不俟李鸿章、吴棠商定，直抒管见，未审有当于万一否。”曾国藩此奏可谓天衣无缝，滴水不漏。既然李鸿章不应调赴豫西，李宗羲、丁日昌不应骤迁督抚，吴棠也就无法署理两江总督了。此事若与吴棠会商曾国藩必陷尴尬境地。大概清政府有意利用这一情势，诱使曾国藩在客气、迁就中就其范围。哪知曾国藩竟对吴棠不予理睬，且理由讲得冠冕堂皇：“宜防外重内轻之渐，兼杜植私树党之端。”（《曾文正公奏稿》，第23卷，第17—18页。）这样，清政府无话可说，只得另寻机会。
同治七年六月西捻军失败，中原战事基本结束，清政府遂再谋夺回两江之策。事隔不足一月，清政府即下令将曾国藩调任直隶总督，其遗缺由升任不久的闽浙总督马新贻调补。马新贻与李鸿章、郭嵩焘等人是同年，同治元年曾奉旨暂统临淮军，既无出色才能也无著名战功。若与一般清朝官员相比，也许还算能干人才，倘与湘淮人物相比，则尚在三等之外，根本就没有资格与能力顶替曾国藩。他的较快提升，可能主要是清政府的平衡政策所致，因湘淮人物身任要职者太多，须有支流旁系参杂其中。如今又将两江总督的重任放在他的肩上，这就不能不引起世人的惊疑。故在其任满二年即遭刺杀后，世间流言四起，几乎众口一词，多认为罪有应得，甚有“编造戏文讥讽马帅者”（《曾文正公手书日记》，同治十年三月初五日。）。从此，两江总督成为曾国藩集团的专席，清政府再也无力夺回了。
如果说两江总督的权位略有争夺的话，而巡抚的情况则更为曲折。一般而言，江苏的情况还算稳定。自同治元年李鸿章接替薛焕以来，江苏巡抚的人选虽屡有更替，但十余年间大致未出湘淮集团及其盟友的范围。江西的情况亦与之相似。虽然咸丰五、六、七年曾国藩一再劾罢江西巡抚，却不能以统兵将帅兼任封圻，致客军虚悬，受制于人。但自咸丰八年再出，赣抚耆龄“严事国藩”（《湘军志》，合刊本，第51页。），毓科亦与之密切配合，以江西之所出供湘军粮饷，曾国藩集团实际上已控制了江西的大权。迨及咸丰十一年沈葆桢补授江西巡抚以后，十几年间更无外人插足之地，后继数任皆湘淮将领。然转观安徽则情形显然不同，真可谓一波三折、错综复杂，前面所说的曲折云云，亦主要指该省而言。虽早在咸丰三年江忠源即补授安徽巡抚，为曾国藩集团谋得第一个省级地方政权，曾国藩为之大受鼓舞，致有练兵万人概交岷樵之说。然时隔三月战死庐州，倏如昙花一现。而此后六七年间，则皖抚人选迄与曾国藩集团无缘。咸丰十年曾国藩带兵进入皖南，占有安徽的一席之地，但在该省所能掌握的权力，大约只有定分之一。因当时安徽巡抚驻皖北，漕运总督驻皖中，一时形成三分天下的格局。惟自咸丰十一年初曾国藩劾罢皖抚翁同书后，虽然清政府先后任命的安徽巡抚李续宜、彭玉麟始终没有赴任，但皖抚的实权却一时落入曾国藩集团手中。同治元年李续宜丁忧回籍，安徽巡抚一职暂由唐训方署理，同治二年四月实授。然在此期间，由于僧格林沁的插手，安徽的情况发生了很大变化。
咸丰十年十一月僧格林沁奉命赴山东剿捻，次年又奉命督办山东、河南军务。这年春天胜保也奉命赴直隶、山东剿捻。这两股势力皆及于皖北，遂与湘军及曾国藩代管的李昭寿部屡次发生磨擦。僧格林沁是满蒙贵族的典型人物，虚妄自大，不悉时势，对湘淮勇营与曾国藩集团的新贵，极为仇视和藐视，攻击排斥不遗余力。他曾公开扬言，湘军最不能战，若论战斗力，皖军第一，豫军次之，湘军最差。而胜保更是狂妄无能之辈，但于排斥湘军却与僧格林沁有异曲同工之妙。于是二人联手，不断制造磨擦。他先是奏劾曾国藩等人的好友袁甲三，随后又排斥李续宜。曾国藩在给李续宜的信中称，“渠参劾袁帅，中伤甚深”，复“以遗大投艰自处，而以畏难取巧处君，已露排挤之意。其实不过挟苗以自重，谓他人皆不敢触手耳。”（《曾国藩未刊往来函稿》，第121—122页。）胜保调赴陕西后，僧格林沁仍借苗沛霖排斥湘军，明谓“驭苗之道宜赦其罪而资其力”，而骨子里却是“亲苗党而疏楚师”（《曾国藩未刊往来函稿》，第128页。）。于是，在他的暗中怂恿和煽动下，苗练不断向湘军挑衅，屡有湘勇被杀之事。曾国藩迫于无奈，只好将蒋凝学、毛有铭、萧庆衍三军陆续调离皖北，以避苗练，而实际上主要还是为了防止同僧格林沁发生冲突。及至苗沛霖公开叛乱，清政府下令讨苗之后，僧格林沁又唆使富明阿以调度乖方劾罢唐训方。不仅逃避自己的养痈遗患之咎，将责任推给别人，还从曾国藩集团手中夺去安徽一省的大权。曾国藩对此极为不平。他在家书中说：“义渠交部议处，竟以皖藩降补，继芳之力甚大，而亦未甚公允。”（《曾文正公家书），同治二年十二月十八日。）继芳之说出于何典尚不得知，但据曾国藩三封家书的内容，毫无疑问是指僧格林沁（《曾文正公家书》，同治二年十二月十八日、十二月除日巳刻、同治三年正月初四日。）。唐训方降职后，安徽巡抚一职由乔松军补授，乔松年调赴陕西后由英翰接任，英翰位迁两广总督则由裕录接任。曾国藩等人大概无论如何也不会想到，作为湘军决战决胜之地和淮军故乡的安徽，其巡抚一职竟有二十多年间与他们无缘。为什么竟会出现此等怪事呢？皆因苗沛霖和李昭寿的问题解决之后，安徽再没有什么大麻烦，清政府也就无须依赖湘淮军了。正如王闿运说的那样，“淮甸无事，无所用湘军矣。”（《湘军志》，合刊本，第108页。）
浙江、福建的情况也同三江地区有某些相似。浙江巡抚王有龄原来只是个库大使，全靠何桂清大力提携，方得升居高位。据说，何桂清之父，是王有龄祖父的家奴，其任浙江巡抚期间，为报旧恩而力荐王有龄。加以王有龄颇善敛财，而战争期间军饷供应又是头等大事，故得频频升迁，遂至巡抚之位。然亦终因不懂军事，又不肯向曾国藩集团输财纳贡，遂成为他们观望政策的牺牲品。王有龄死后，左宗棠顺利地登上浙江巡抚的宝座。同治二年左宗棠升任闽浙总督之后，浙抚一职由曾国荃补授，因其不能赴任，暂由左宗棠兼署。同治三年曾国荃被迫辞职，转由马新贻接任，直到同治六年晋升闽浙总督。从此之后，继任此职者即为李瀚章、杨昌浚，十数年间再无外人插足。即使光绪三年杨昌浚因杨乃武案革职，浙抚大权也未落到圈子之外，继任者梅启照原本是曾国藩的幕僚。但福建的情况与此有很大不同。其闽浙总督一职，自咸丰四年至光绪二年的二十三年间，除左宗棠任职不足四年外，其余人选前后达八人之多，皆与曾国藩集团无干。而福建巡抚一职，则自咸丰四年至同治八年的十六年间，除罗遵殿任职不足半年外，曾国藩集团中无一人担任过是职。惟自同治九年以来，何璟、王凯泰、丁日昌长期占据此席，与战争时期恰成鲜明对照。
两广的情况与福建有些类似。咸丰十年刘长佑出任广西巡抚，同治元年升任两广总督，旋改直隶总督。自此失去桂抚一席，直到同治十年方有革职起用人员刘长佑、严树森连任该职。然失之东隅，收之桑榆。同治二年，曾国藩的好友晏端书、黄赞汤分别出任两广总督和广东巡抚，为他抽取粤厘筹饷，同治二年又以毛鸿宾、郭嵩焘取代晏、黄二人，以保障军饷的供应。但自湘军攻占天京后，清政府即开始更换广东的督抚人选。同治四年春两广总督毛鸿宾降调，以满人瑞麟接任其职，终同治一朝，曾国藩集团与该缺无缘。惟自光绪元年起直至十九世纪末，二十六年间又成为湘淮人物的天下，从无外人插足。而广东巡抚的人选情况似乎又降一等。同治五年郭嵩焘降调，由湘将蒋益澧接替，次年蒋又降调，复由闽抚李福泰调补。从此之后直到光绪八年，十五年间再无一名湘淮人物担任是职。
由于直隶地处畿辅，故清政府对直隶总督的人选甚为看重，其地位仅次于两江总督。同治元年底刘长佑由两广总督调任直隶总督，次年春抵任，奉旨镇压直鲁一带盐枭与饥民起事。同治六年冬清政府无端将刘长佑革职，以官文代之。同治七年为收回江督一席，复将曾国藩调督直隶，同治九年又因办理津案不善将曾国藩赶回江南，以李鸿章接任是职。从此，直隶总督兼北洋大臣几乎成为他们的专席。
由于种种原因，曾国藩集团在云贵地区掌管督抚之权较晚，直到同治七年方有刘岳昭晋升云贵总督，随后又由刘长佑接任是职，直到光绪九年病免。然云、贵两省的巡抚之任，则很少与他们有缘。虽然湘军曾长期在这里作战，但统兵将领位不过藩臬，自咸丰四年至同治十年，近二十年间仅刘岳昭一人担任过云南巡抚，时间不及三年。至于田兴恕、江忠义署理贵州巡抚，则时间更短。
因战事晚于东南，西北地区的情况与云贵有些相似。由于回民起义军日趋活跃，钦差大臣多隆阿死于周至，清政府遂于向治三年夏调杨载福任陕甘总督。同治五年又以杨载福作战不力，改调左宗棠移督陕甘。从此之后二十年间，陕甘总督一职亦成为湘军人物的专席。其时，甘肃、宁夏尚未建省，新疆自建省以来直到光绪末年，巡抚一职几乎全由湘淮人物担任。至于陕西巡抚，则由湘淮人物与其他人员间相任职。
综上所述可知，曾国藩集团可以牢固控制的主要是三江、两湖及浙江等省，其他省份则此长彼消、时进时退，大致与清政府平分秋色。
