在魏忠贤的支持下，客氏也更加跋扈。客氏听说张贵妃怀孕了，就对张贵妃说：“听说你有身孕了，这真是陛下的福分，当然更是你的福分了。我这里有宫中秘传的保胎药，你吃吃看，肯定好使。”张妃年轻，哪里会料到客氏暗藏杀机，吃药不久，就腹痛难忍，流产了。
东林党人对于阉党对他们的迫害和为所欲为忍无可忍。都御史杨涟上疏熹宗，弹劾魏忠贤，给他罗列了二十四条罪状。因为这些罪状有根有据，并且都很严重，魏忠贤还真有点害怕。他到后宫，见到熹宗，扑通一声跪下，眼泪噼里啪啦就掉了下来。熹宗问道：“忠贤，你这是怎么啦？”
“陛下，你把我的东厂提督免了吧。”
“这是从何说起？莫非是朕亏待了你不成？”
“陛下待我恩重如山，我几辈子都忘不了，下辈子我还给陛下当牛作马。只是我当这东厂总督，得罪人太多。我都是为陛下做事，他们不敢把陛下怎么样，就拿我当箭靶子。这不，杨涟又捏造罪名弹劾我。我一个小小的太监，刑余之人，哪担当得起这个呀！陛下可得为小人做主啊！”
“你就为这个事啊？难道你还不相信朕吗？朕什么时候相信过他们的胡说？我根本就没把杨涟的奏疏当作一回事。”
魏忠贤听了皇帝这番话，心里的石头总算落了地。但他不肯放过进谗言的好机会，便说道：“陛下，他们用的还是那一套老办法，名义上是指责我，实际上是攻击陛下。比如，他们说，现在是生民凋敝，国运衰微。陛下听听，这哪里是说我呀，这不分明是说陛下治国无方吗？”
熹宗说：“是吗？我怎么没有见到？你不识字怎么反而记住了？”
魏忠贤一时有点语塞，停了一下，又立即说道：“这是他们给我念的时候，我听到的。我对他们攻击陛下的事总是特别留心，自然就记住了。”其实，这句话倒是真话，他让识字的太监给他念，然后断章取义，把人家本来是反问的话给记下来，作为攻击他们的把柄。“杨涟自己并不干净。去年熊廷弼理应论死，可是杨涟受了熊廷弼的贿赂，那些东林邪党就都替熊廷弼讲情。”
“确有此事？”熹宗惊奇地问。
“那还假得了？我们东厂不是白吃饭的。”
第二天上朝时，魏忠贤宣布熹宗的旨意说：“近日杨涟上疏弹劾忠贤。经查，其中多不实之词。自皇上登基以来，忠贤忠心耿耿，堪为楷模。虽屡受小人攻击，仍不改夙志，精神可嘉。皇上怎能因为有人攻击，就把忠贤赶走？皇上决意留忠贤于禁中。杨涟去年就接受熊廷弼贿赂，为熊廷弼开脱。现在又挟嫌诬告，实为不赦。今免官问罪。”
魏忠贤说罢，一下子就在熹宗面前跪下几个人，都想进言。魏忠贤一看势头不妙，就大声说道：“皇上疲倦，散朝。”熹宗巴不得赶快散朝好回后宫，听魏忠贤这么一说，果然站起来就走。但第二天就有七十多人联名上疏，指责魏忠贤不法。熹宗哪里听得进去！
杨涟被关进槛车，送往大狱。一路上有上万人挤在道路两边，他们边哭边喊：“杨大人无罪！”“杨大人为民请命！”还有人在路边立上佛龛，祈祷神佛保佑杨涟平安归来。杨涟见此情景，不觉泪流满面，坚信自己做得对。
审问杨涟的时候，判官徐大化是魏忠贤同党。魏忠贤在朝上替熹宗宣布的圣旨就是徐大化先写好了，然后一句一句教给魏忠贤的。为了讨好魏忠贤，他对杨涟狠下毒手。他问杨涟：“杨涟，你为什么罗织罪名，诬告魏总督？”
“我弹劾魏阉，所列二十四罪句句是实，绝无诬告。”
“你死到临头还嘴硬！大刑伺候。”接着，一顿大棒就向杨涟打去，直打得他昏死过去。
徐大化令人用凉水把他浇醒，又问他：“你挟嫌诬告，招也不招？”
“不招！”
“再打！”
就这样，杨涟在狱中被打得体无完肤，直到被活活打死。
没过几天，工部郎中万又上疏弹劾魏忠贤。魏忠贤当着熹宗的面就说：“皇上早已查明忠贤无罪，你又来诬告。这是抗旨！来人，给我打！”上来几个东厂的人，不由分说，把万按倒在地，抡起棒子就打，直打得万满地打滚，气绝身亡。
就这样，正直的大臣有的被迫害而死，有的被赶出朝廷。叶向高受不过他们的污辱和排挤，辞官归家。一时间，朝廷中的正人君子为之一空，而魏忠贤的爪牙却布满了重要的岗位。他们编写了《东林点将录》《缙绅便览》《东林同志录》等书，把东林党人或不肯依附于魏忠贤的人士都列在上面，寻找机会杀戮迫害或赶出朝廷。熊廷弼到底在天启五年（公元1625年）被他们杀害。而那些谄事魏忠贤的人，则被魏忠贤称为“义儿”，受到百般重用。
魏忠贤还把那些在“梃击”、“红丸”、“移宫”三案中受处分的人，除了已被处死的，其余的全都请回宫中，委以重任。因为他和客氏才是这三案的真正后台。
天启六年，魏忠贤又让人写成《三朝要典》，名义上是记录万历、泰昌、天启，即神宗、光宗、熹宗三朝的大事，实际上是诬蔑迫害东林党人的大全。接着，他们捣毁各地的书院，立“东林党人碑”，极尽迫害东林党人之能事。
魏忠贤又授意他的爪牙，要求给魏忠贤立祠堂，用今天的话来说，就是纪念馆。于是，四处都给魏忠贤修祠堂。他们还以修祠堂为名，随意拆毁霸占民房，强占百姓的墓地。这些祠堂都修得非常华丽精巧，花去大量银两。
到了这时，朝廷的大权已经完全控制在魏忠贤的手中。宫内宫外，包括地方官吏，都由他的党羽把持重要岗位。这些人成群结伙，有的号称“五虎”，还有的叫作“五彪”、“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”等等。有些人想报复自己的仇人，就投靠阉党，然后就可以为所欲为。
魏忠贤还不断地示意熹宗给他记功奖赏，爪牙们更不断地称颂他的“功德”。不管是宫廷建设，还是守边战争，只要有了成绩，就都算是魏忠贤的功劳。而那些真正建功立业的人，有时反而要受到他们的迫害。有些人给魏忠贤颂功到了不知羞耻的地步，但魏忠贤还是给他们各种好处。这些人不敢直呼他的名字，把他叫作“厂臣”。就连熹宗也把他称作厂臣，在诏书中经常是“朕与厂臣”并列。他一直晋位到上公，有时一次就获赏赐庄田千顷，就连他的家人也接二连三地受赏受封，有的甚至刚刚出生，还在襁褓之中，也因为有“功”受了封赏。魏忠贤甚至还代替天子去祭天祭神祭祖，大有要夺取明朝天下的架势。他到哪里去，大臣官吏都要跪下喊他“九千岁”。
而熹宗这时却迷上了制作家具，整天在工房里玩斧弄刨。太监们向他禀事的时候，他正在刷油漆呢，就对太监说：“我都知道了，你们好好处理吧。”
天启七年（公元1627年）七月，二十三岁的熹宗得了一场急病，治不好，死了。由于他没有儿子，因为后妃中如有人怀孕，客氏就设法给打掉，这样，就由朱由校的五弟朱由检继位当皇帝，史称崇祯皇帝。
朱由检对魏忠贤的恶行了如指掌，对朝臣和百姓怎样痛恨他和以他为首的阉党也是知道得清清楚楚。所以，崇祯登基后，对魏忠贤和他的党羽分外小心，而魏忠贤的党羽们也觉得大势不妙。
朝臣们对朱由检的态度并不摸底，有人知道他对阉党不满，但谁敢保证他上台以后能不再依靠阉党？所以，朝廷里相对平静了一段时间。而后，有的大臣按捺不住了。有两个人，一个叫杨所修，一个叫杨维垣，试探着奏了魏忠贤爪牙崔呈秀一本，只是说他在宫内如何跋扈等等。崇祯听了，什么也没说，对双方都没怎么样。但双方也都摸不着头脑，既恐惧，又都抱着一线希望。
过了几天，崇祯上朝后，魏忠贤仍站在他的身旁，说道：“有事的奏事。”可是下边谁也不说话。朱由检说：“众卿为何沉默不语？”又经过一段长时间的沉默，主事陆澄原大着胆子对朱由检奏道：“禀陛下，天启朝以来，朝臣多惧厂臣擅权，言则获罪，故不敢言。”朱由检笑笑说：“忠贤就那样可怕？言过其实了吧。你说是不，忠贤？”朱由检转过身看着魏忠贤，脸上露出一种让人难以捉摸的笑。魏忠贤也只好点头说道：“是，是。”但话中也不敢带有任何色彩。
下边的朝臣当中，多数属于阉党，但也有几个杨所修、杨维垣、陆澄原这些心向东林的人。他们从朱由检的话中感觉到一点变化：他不再把魏忠贤称作“厂臣”，更不再把“厂臣”与“朕”并列。另一名主事也说：“魏忠贤十分霸道，望陛下圣察。”员外郎史躬盛也说：“禀陛下，只要魏忠贤在陛下身边，言路难开。”
崇祯皇帝说：“朕总得知道忠贤到底如何，才能决定取舍。难道众卿连朕也不信？”
第二天，嘉兴贡生钱嘉征要求面见皇帝。崇祯想，靠这些朝臣打开言路是太不容易了。一是他们几年来受的压制和迫害太深，心有余悸。再一个是朝中正直之士所剩无几，阉党充斥各个要害岗位，盘根错节，互通消息，想说话的人难免顾虑重重。现在有朝外之人要来进言，不知他想说些什么，不妨听一听。便下令道：把钱嘉征请到朝上来。
那钱嘉征是个年轻后生，到殿上后，给皇帝跪下。朱由检问他：“钱贡生，你求见朕，有什么要事吗？”
钱嘉征不认得魏忠贤，他也不知道魏忠贤这时是否在场。其实，魏忠贤这时还真没在，因为上朝之前，崇祯特意对他说：“忠贤，今天朝上可能有人提到你，你不要在意。我看你就回避一下吧。”魏忠贤无奈，只好不上殿了。钱嘉征也顾不得这些，他拜过皇帝后，说：“陛下，自天启朝以来，魏阉当道，陷害忠良，国家已经被他搞得危机四伏。如果陛下再不解决魏忠贤的问题，社稷不保，江山堪忧！”
“钱生，你这样笼统地说，让朕怎样信你？总得有点什么根据吧？”
“陛下，小民钱嘉征有条陈呈上。”说着，他把一本奏折交给身边的太监，太监只好给皇帝送上去。
崇祯说：“你择其要者，说给朕听听。”
“魏忠贤有十大罪，小民在条陈中已有详述。第一，他竟敢与皇帝平起平坐，欺君罔上。第二，蔑视皇后，欺凌后宫。第三，玩弄兵权，以致防务屡败。第四，到处建生祠，把自己凌驾于当朝列祖列宗之上。第五，任意侵夺各地封藩。第六，不敬历代圣人。第七，任人唯亲，搞乱国家的官制。第八，贪天之功，把熊廷弼、袁崇焕等人的边功记到自己的账上求封赏。第九，欺压百姓。第十，利用各种关节，打通关系，借以营私。魏忠贤这十大罪状句句是实，根据全写在条陈上，望陛下过目。”
钱嘉征下去后，崇祯让人把魏忠贤叫来，并让一个识字的太监把钱嘉征的条陈读给他听。这时正是伏天，魏忠贤跪在陛阶旁边听人家读他的十大罪状，不但满脸的汗滴滴答答地往地下直掉，衣服也都湿透了。听罢，他叩头如捣蒜，说道：“陛下，奴才确实有罪，但奴才所为都是奉先帝旨意。请陛下恕罪。”
“先帝在时，如在你魏忠贤股掌之中。现在你反说受他的指使，良心何在？”崇祯看也没看魏忠贤一眼，就说，“你先下去吧。”
第二天，有一个太监特意凑到崇祯皇帝身边，为魏忠贤说情。朱由检问他：“你叫什么名字啊？”那人说：“奴才姓徐，名应元，伺候先帝多年，颇得先帝爱护。”崇祯说道：“你不就是那个总同魏忠贤在一起赌钱的徐应元吗？我知道你。你是他的好朋友吧？你来替他说情，收了他多少钱？”徐应元听话头不对，就没再敢往下说，因为魏忠贤确实派人给他送来许多贵重的礼物。
四个月后，就是崇祯元年（公元1627年）的十一月，魏忠贤的罪行基本查清，崇祯皇帝下诏，命人把魏忠贤先送到凤阳（即今安徽省凤阳县）看管起来。
魏忠贤被押走后，朝臣们敢说话了。有一些过去投靠魏忠贤的人，这时看魏忠贤大势已去，也开始揭发他的罪行。崇祯皇帝一听，远比他原来知道的还要严重得多，便下诏，正式逮捕魏忠贤治他的罪，觉得只有这样，才能得人心。
再说魏忠贤离开北京后，一路上，人们听说押送魏忠贤的车路过这里，几十里内的人都纷纷围上来。如果不是押送的人阻挡，他早就被人打死了。人们打不到他，就大声地骂。骂些什么，也听不清。看到这情形，魏忠贤知道自己的名声太臭，无地可容了。当走到阜城（即今河北省阜城县）住宿的时候，乘人不备，上吊自杀了。
崇祯皇帝接到魏忠贤自缢身亡的消息，下诏磔（ｚｈé）其尸。“磔尸”就是陈尸示众的意思。并下令各地拆毁魏忠贤的生祠。
接着，崇祯皇帝又下诏笞杀客氏。在抄没她的家财时，发现她的儿子养了八名宫女。原来他们母子想学吕不韦，如果这些宫女中有人怀孕，就送回宫中，冒充皇帝的儿子。
魏忠贤的亲信也大多被捕被杀。第二年，凡是原来属于阉党的人全部被逐出皇宫，重新起用东林党人。可惜，这时的东林党人已经丧失了顾宪成时代那种要求改革朝政的志气。他们重新执掌朝廷大权后，一心只图报复，又形成了一股新的误国势力。崇祯皇帝虽然一心想使明朝复兴，但他这个人刚愎自用，治国无方，又身处末世，回天无力，眼巴巴地看着明朝在农民大起义的烈火中灭亡了。他自己也自缢身亡。这是后话。
