二十二年六月，琅兴师，大书将弁姓名揭于桅竿，以别功罪。由桐山攻克花屿、猫屿、草屿，乘南风进泊八罩岛。国轩踞澎湖，凡缘岸可登处，筑短墙、置腰铳，环二十余里为壁垒。琅遣署游击蓝理以鸟船进攻八罩岛，水急石利不得住；海潮骤长，忽与岛平，飓风大作遽止，琅以手加额日：『天佑我也』！师遂进。流矢伤目，不为止；总兵吴英继之。斩三千余人，克虎井、桶盘二屿。旋以百船分别东西，遗总兵陈蟒、魏明、董义、康王率兵东指鸡笼屿、四角山，西指牛心湾，以分其势。琅自督五十六船，分八队，以八十船继后，扬帆直捣。郑氐悉众来拒，清师联络齐进，总兵林贤、朱天贵突入其阵；八队踊跃奋呼，东西两路夹攻，波涛腾沸。自辰至申，焚其船百余、毙其将及兵卒万余人，遂取澎湖。澎湖既定，乃以恩信结台人：迎降将领弁目凡百六十五人，赏以袍帽；士卒四千八百五十三人，给以银米；伤未及死者六百余人，医治之，送还台。降者相谓曰：『是真生死而肉骨也』！妇相传说，引领望王师矣。
国轩乘小船从吼门遁归台湾，与克塽及冯锡范等震慑无措，乃遣使乞降；琅为奏请，上许之。八月，琅统兵自澎湖人鹿耳门，至台湾；克塽率其属薙发，迎于水次，缴延平王金印。台湾平。人谓郑氏深仇，将快意焉。琅曰：『义不共戴，宁忍忘之！顾绝岛新附，有一诛残，恐上下疑阻，人情反侧。吾所以衔恤茹痛者为此也』。居数日，乃刑牲奉币，告于成功之庙曰：『自同安侯（成功父芝龙封同安侯）入台地，始有居民。迨赐姓启土，世为岩疆，莫可谁何！今某实赖天子威灵、将师之力，克有兹土，不辞灭国之愆，所以忠朝廷而报父兄之职分也。第某早岁，于赐姓有鱼水之欢；中间微嫌，酿成大戾。某于赐姓，剪为仇敌，情念畴昔；芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是则已』。语毕，涕下。
加授琅靖海将军，封为靖海侯，世袭罔替。遣侍郎苏拜往福建，与督抚及琅议善后事宜，时有议迁其人、弃其地者。十二月，琅疏言：『明季设澎水标于金门，出汛至澎湖而止；台湾原属化外，土番杂处，未入版图。然其时中国之民，潜往生聚于其间，已不下万人；郑芝龙为海寇时，以为巢穴。及崇祯元年，郑芝龙就抚，借与红毛为互市之所；红毛遂联结土番，招纳内地民，成一海外之国，渐作边患。至顺治十八年，郑成功攻破之，盘踞其地，纠集亡命、胁诱土番，荼毒海疆、窥伺南北，侵犯江浙。今其孙克塽纳土归命，若弃其地、迁其人，以有限之船渡无限之民，非阅数年难以报竣。倘渡载不尽，窜匿山谷，所谓藉寇兵而赍盗粮也。且此地原为红毛所有，时在垂涎，乘隙复踞，必窃窥内地；重以夹板船之精坚海外无敌，沿海诸省，断难晏然。至时复勤师远征，恐未易见效。如仅守澎湖，则孤悬汪洋之中，土地单薄，远隔金门、厦门，岂不受制于彼，而能一朝居哉？臣伏思海氛既靖，汰内地溢设之官兵，分防两处：台湾设总兵一员、水师副将一员、陆营参将二员、兵八千名，澎湖设水师副将一员、兵二千名。初无添兵增饷之费，巳足以固守。其总、副、参、游等官，定以三年或二年转升内地，谁不勉力竭忠？其地正赋杂粮，暂行蠲免。见在一万之兵，仍给全饷三年、后开征济用，即不尽资内地转输。盖筹天下之形势，必期万全。台湾虽在外岛，实关四省要害。无论彼中耕种犹少资兵食，固当议留；即不为红毛荒壤，必藉内地挽运，亦断断乎其不可弃。臣亲历其地，备见野沃土腴、物产利溥，耕桑并盛、鱼盐充足，满山茂树、遍处修竹，硫磺、水藤、糖、蔗、鹿皮一切日用之需，无所不有，实肥饶之区、险阻之域』。并绘台湾地图呈览。疏入，下议政王大臣等会议；大学士李蔚奏，应如琅请。寻苏拜与姚启圣等亦从琅议，上允行。部议征赋，略准郑氐故额。琅言故额太重不可准，且其地士著者少，被掠人民多归故籍，人去业荒，税将安出；乃灭十分之四。琅又疏言：『郑克塽应携族属，刘国轩、冯锡范应携家口，同明裔朱恒等俱令赴京。伪武职一千六百有奇、伪文职四百有奇，应候部议；降兵四万余人，或入伍、或归农，各听其便』。
二十四年三月，琅疏言：『虑事必计其久远，防患在图于未然。迩者，海禁既开，设关差定税额。沿海商民，增造多船，飘洋贸易，捕采纷纷；水师汛防，无从稽察。据中军参将张旺报称：刘仕明缯船出口，给有官票往吕宋经纪，载货无多，附搭人数一百三十三名。一船如此，余概可知。弗为设法立规，节次搭载而往，恐内地贫乏人民俱为引去。以台湾难民，尚荷皇上德意，移入内地安插；今内地之人，反听其相引而之外国，殊非善固邦本之法。即观外国进贡之船，人数有限，岂肯遗留一人在我中土？更考历代以来，备防外国，甚为严密。今虽许其贸易，亦须有制，不可过纵。况新造贸易之船，皆轻快牢固、炮械全备，倍于水师战舰。倘或奸徒窃发，借其舟楫、攘其资本，恐致蔓延。盖天下东南之形势在海而不在陆，陆地之为患也有形，海外之藏奸也莫测。且台湾、澎湖新辟，远隔汪洋，虽有汛守官兵，一遭阻截，声息难通。将东南环海地方，不又仰廑宸虑？臣在闽言闽，当此未然，深知情弊；伏乞敕部行令督、抚，各将通省之内凡可兴贩外国各港门，议定船数，每船酌定人数；其采捕渔船，亦设法使互相稽察，以杜泛逸海外：则祸患不萌，疆隅永以宁谧矣』。是年，琅疏请恤赏进剿澎湖伤亡及受伤兵丁。
二十七年七月，琅入觐。时福建陆路提督万正色与琅阳为和好，阴相嫉妒；内阁学士锡住奏琅善用兵，但行事微觉好胜。上戒勉之。琅在镇十余年，以闽人罹海患久，闾阎元气未复、一意休养生息；其大旨在宽以莅众、严以束兵。濒海数千里，桑麻被野、烟火相接，琅之力也。
三十五年，卒于官，年七十有六。赠太子少傅，赐祭葬如典礼，谥「襄壮」。
琅谙于韬略，尝与大学士李光地夜语及顺治己亥年事。光地曰：『令贼不顿兵城下，驱而径前者，是诚可危』！琅笑曰：『宜何向』？光地曰：『循山而东，奈何』？琅曰：『南北步马，不相若久矣；众寡劳逸又悬。所在虽响应作声势，实观望不能为之助也。纔涉北地，与官军交，贼立尽耳』。徐又曰：『向彼舍短用长者，委坚城溯江而上，所过不留、直趣荆襄，呼召滇粤三逆藩与之连结，摇动江以南以挠官军，则祸甚于今日矣。弃舟楫之便而敝攻围，故知贼无能为也』。光地以是知琅能。及光地家居，适琅出师，邂逅小店中。光地曰：『众皆言南风不利，公必犯之，何也』？琅曰：『贾竖之言也！夫北风日夜猛，夜则更甚。自此至澎湖，舟戴星行，就能鱼贯相尾，幸而不散。然岛屿悉贼据，到彼未能一战夺之，舟无泊处。坐与行殊，风浪飘拍，军不能合也，将何以战？夏至前后二十余日风微夜静，海水平如练，可以抛舟泊洋，聚而观衅。不过七日，举之必矣。用北风者徒幸万一，南风则十全之算也。然节候月离，旬日间当有飓风，亦偶间岁不起。此则天意，非人虑所及。又贼将刘者，为彼魁杰。设以他将守澎湖，虽败未服也，必用再战。如守澎者刘，或死或败，则势尽胆丧矣。台湾可不战而下』。光地喜曰：『寇平矣』！琅笑曰：『何相信也』？光地曰：『闻为将者必识天时利害、地理向背。较将之智力，公兼之矣，能无平乎』！琅以六月十四日舟发铜山、十六日至澎湖、二十二日克胜，果在七日中。战之日，东南角微云起，刘方调遣拒敌，望见喜甚。须臾，雷声殷殷动，刘推翻食案，叹曰：『天命矣』！海行占风者以云起为风兆、闻雷则散云。先是，郑芝龙妇诚后，尝过龙虎山，有异人为决未来事，语甚隐然，意若跨土称孤、争衡南面者。未云：『金鸡唱，龙种消』。琅辛酉生，其专征又以辛酉年；龙种者，芝龙子孙也。后二十余年而验。
雍正十年，人祀贤良祠。子八人：次世纶，漕运总督；六世骠；水师提督；世骥、世騋、世骅。从子世骅（国史本传、陈万策撰家传、台湾志略、榕村全集、王熙撰墓志、测海集、陶元藻撰传、郎潜纪闻）。
世纶字文贤，一字浔江。以荫授江南泰州知州，廉而强，治案牍甚勤。康熙二十七年，淮安下河被水，诏遣两大臣莅州督堤工，从者数十辈，驿骚闾里。世纶曰：『其不法者治之』！是年，湖广兵变，援剿官兵过境，沿途侵夺；世纶具刍粮以应，而令人各持一梃列而待，有犯者立擒治之，兵皆敛手去。二十八年，以承修京口沙船迟缓，部议降调；督臣传拉塔以世纶清廉公直题留。寻擢扬州知府；圣祖南巡，召对良久，顾左右曰：『此天下第一清官也』！寻改江宁府。所至民咸怀之。以父忧去官，乞留者万人；不得请，乃人投一文钱，建双亭于府衙前，名「一文亭」。岁余，起苏州知府，以服未除，辞不赴。
三十九年，起淮徐道副使。时湖南按察使员缺，廷臣以世纶请。圣祖曰：『施世纶，朕深知之。其操守果廉，但遇事偏执。百姓与生员讼，彼必护庇百姓；生员与搢绅讼，彼必护庇生员。如施世纶者，委以钱榖之事，则相宜耳』。遂迁湖南布政使。
先是，议迁五开卫署于平屯，俾黎平府专城而治。世纶以五开卫界黔、粤，控蛮夷，实为辰、沅、靖之藩篱。平屯僻处一隅，不惟建造无资，且孤立堪虞。若官军两迁，必致流离失所；若仅迁卫署，贡赋出纳，遥制为难。矧自明迄今，府卫同城，军民相安无事。请仍旧便。又以衡州府之安仁、桂阳州之嘉禾、临武、永州府之江华、宝庆府之城步及郴州之桂阳、靖州之通道，请添设教谕；永定、铜鼓二卫、绥宁、会同二邑，请添设训导。皆奉旨允行。
移安徽布政使，除太仆寺卿，以失察湖南兵劫掠夺官。旋授顺天府尹，总督仓场。五十四年，出为漕运总督。五十九年秋，陕西旱，大饥。廷议挽河南粟二十万石给关中，诏世纶赴河南勘河南府至西安黄河运道。乃自孟津历砥硅、上龙门，由陕州达西安，量地险易，纤路通阻，酌舟运多寡有差。遂抵西安，会总督鄂海协理军饷。时州县积贮多虚耗，而西安、凤翔为甚；遂拜疏劾二知府，下吏杂治。时世纶有子知会宁，鄂海以是要之。世纶笑曰：『吾自入官以来，身且不顾，何有于子』？鄂海竟以失察罢。其年冬，诏发帑金五十万，合陕属常平仓粟一百三十六万余石赈饥民；遣部曹十二人往，而世纶总其事。因历陕境，分十二路遣曹官及郡县能吏十二人按口分给，远近悉遍。明年夏乃归，淮安民间老幼泣送数十里，建生祠祀之。督运至通州，适黄河决荥泽北岸，东灌张秋；命往视。乃自青县复折而南，至张秋，造浮桥以利牵挽。日夕河干，未尝休憩。素羸弱，由是得疾。具疏乞休，上慰留之，令其子廷祥驰驿省视。竟卒，年六十有四。着有南堂诗钞。
初，世纶为清官，善听断。茅檐妇孺之口传述其事。于是院曲盲词有演唱其政绩加以妆点者成小说施公案一书，比诸宋之包孝肃、明之海忠介，流传百十年不绝（测海集、熙朝雅颂、雪桥诗话、郎潜纪闻、道光通志）。
世骠字文秉，一字怡园。幼而沈静，有大志。年十五、六时，父琅征澎湖，练舟师，世骠侍舟中，尽以其法传授，耳闻目睹；备得窾要。澎湖之战，即能轻舰直前，冲冒烟火，血斗不休。观者感叹曰：『真将种也』！策勋，授左都督。始仕为济南城守参将，以家传阵法治军。琅朝觐，过济南，世骠率部伍列道左。琅熟视，笑曰：『果得吾法矣』！
康熙三十四年，仁皇帝亲征朔漠，请从军。涉瀚海，随大军逐北至四十三台乃回。未几，升临清副将。三年，为定海总兵官。时海氛已靖二十年，世骠曰：『太平不忘备豫，古之制也。况此地为浙海北门，大洋中保无窜伏耶』？乃帅弁兵至沈家门，以水操法，先用小舟亲教之进退攻击之方，然后用大舟至外洋分行而进，鸣鼓吹螺，以旗色为号令、炮声为威武，将士皆习熟勇敢。越数岁，果有海贼江仑剽于洋。世骠曰：『此积年巨盗，非我亲往不可得』。遂扬帆而出。遇之北洋，贼死命拒战。自晨至暮，家将奋力持火叉一跃而过，众军毕登，斩江仑于舟中，擒其徒党无遗。又遣施大英乘商舶以饵贼；贼追至，则旗揭鼓鸣，贼惊愕失措，尽举而俘之。自此，贼兵莫敢犯其界。闻江南洋面有贼舟出没，曰：『江浙，邻也；不可以疆界为辞』。复遣施大英往歼其魁党，焚其舟而返。
旋升广东提督。先是，南澳守备潘成龙追贼被害；世骠至，则广张逻缉，果获二贼于潮阳。讯之具服，因得其党辈姓名、居址，掩捕之无漏网。时海丰亦获两盗，所供攀悉以行第绰号，捕捉风影，株累平人。世骠移文告督、抚曰：『正盗已得矣，此诬也』。尽释之。粤之山海俱为盗薮，曲江、英德以剽掠闻，常亲率骑步巡察山峒。时总督赵宏灿方遣参将李世邦捕贼于英德，贼据险力拒；世骠访其出入径路，遣游击徐进才从后蹑之，贼进退苍黄，歼于阵。搜于山，靖其根株；韶人以宁。
