三年，江宁贼势蹙，分窜新城、南丰、建昌、抚州及德兴、乐平、玉山、弋阳等属；葆桢皆遣将击走之。六月，官军拔江宁，江军亦克崇仁、雩都，肃清广信府境。会江宁逸贼伪侍王李世贤、伪康王汪海洋等由湖州越广德，分道窜入江西；提督鲍超率所部来援，迭克金溪、南丰、新城。而伪佑王李远继、伪玕王洪仁玕、伪恤王洪仁政等拥伪幼主洪福瑱窜至广丰、铅山，迭为诸将所败；福瑱薙发潜逃，经席宝田追至石城之荒谷擒之。诏赏葆桢头品顶戴、一等轻车都尉；葆桢推功诸将，并以曾左二爵相济师协饷、始得转危为安，疏请收回成命，温谕不允。复以亲病求开缺，仍不允。四年，请假省亲；抵里，已丁母忧。抚江三载；虽处戈矛皇扰中，以谓乱源所导，由乎吏治不饬，故于严绳骄兵悍将外，惩猾吏尤力。中因筹饷事与曾国藩大有违言，至诏引廉蔺、寇贾故事和解之。初，国藩移军安庆时，与葆桢约厘捐均归大营，有事则分兵回救。既而江西寇四起，曾军益东；葆桢惧救不时至，上疏请留厘金养兵，诏许之。国藩滋怒，有与人书痛诋葆桢，存集中。
六年，在籍奉旨充总理船政大臣。船政之议发自宗棠，宗棠由闽督西征，谓非葆桢莫肩其任。疏辞不获，请俟服阕后出而任事；语在船政志中。居亡何，而有巡视台湾之役；语在外交志中。台地孤悬海外，旧设一府、三县、二厅，隶于台湾道；其台北生番，未入版图也。至是，葆桢乃请仿照江苏巡抚驻苏州例，令福建巡抚移驻台湾，兼理学政。疏陈十有二便；且云：『从前官吏所治祇滨海平原三分之二，余皆番社耳。今综前后山计之，可建府者三、建县者十。事之当创始、当变革者非数十年不为功，且化番为民，尤当行之以渐；必须巡抚主持大局，乃能纲举目张，为国家长久之利』。得旨允行，遂分南北两路开山。南路以同知袁闻柝、副将李光等任之，自昆仑坳至大石岩，直抵卑南；北路以都司陈光华、总兵戴德祥等任之，自新城至大清水溪、大浊水溪，直抵岐莱。统计二百里有奇，地极荒险，日光不到；古树惨碧，阴风怒号，各有凶番抗拒。经我军搜剿，互有伤亡；亦有良番叩营乞抚，愿为向导。因建碉堡十二、炮台六，屯兵以镇之。添建恒春县于琅峤。琅峤者，故相福文襄郡王征林爽文时驻兵处也，其地可为县治；葆桢亲往察勘，疏请筑城设官，以镇民番，杜窥伺。遂顺途按视淮军，凡阵亡及染瘴死者皆躬奠其槥，众为感奋。寻为前明延平郡王郑成功疏请予谥、建祠，以作台民忠义之气；许之。台湾郡城经风雨坍塌千余丈，疏请修筑，并建炮台于安平海口。又内地人民渡台及台民私入番界，向有厉禁；葆桢以台地后山急须开垦，疏请弛禁，以广招徕。台事粗定，船政急待报销，于是年十二月内渡。
会狮头社凶番滋事，狙杀游击王开俊，因而琅峤各社亦有异心；复于光绪元年十二月抵台。先是，提督唐定奎等已率铭武军渡台，葆桢乃檄令伐木开道，步步为营。四月，官军攻破竹坑、本武及内外狮头等社，悉赭其巢。于是胁从各社悔罪输诚，次第就抚；唐定奎示约七条，曰遵薙发、编户口、交凶犯、禁仇杀、立总目、垦番地、设番塾，皆稽首听命。而其分路开山者，北路已抵吴全城、中路已抵茅埔，各军鼓勇深入花莲港，南、北两路番社皆震慑就抚。计自苏澳起，开路至新城凡二百余里、至秀姑峦又百余里。乃奏设台北府，隶县三：曰淡水、曰新竹、曰宜兰；其噶玛兰通判则改为台北府分防通判，移驻鸡笼山。又请将原驻府城之南路理番同知移驻卑南、驻鹿港之北路理番同知移驻水沙连，各加抚民衔以资控驭。疏陈营伍积弊，请概归巡抚节制，以一事权。又以台北产煤，请购外洋开煤机器以兴长利，并请减煤税：诏皆如议行。七月，疏报凯撤淮军，而总督两江之命下。葆桢疏辞，不允。
是年十月莅任，下车即承审前任留交巨案。两造皆骄蹇宿将，轇轕变幻，各执一辞；葆桢反复究诘，乃弭首贴服，论如律。江南繁剧甲天下，地方兴革，则有修河堤、行海运、缓开关、筹积榖、拔罂粟、减赋则、禁民间厚殓、增书院餐钱诸政；整顿盐务，则有规引地、清老堆、浚盐河诸政；江海防务，则有请缓裁营之疏、合操兵轮之疏、议覆炮台之疏，归并旗昌洋行买断铁路之疏；而皖南宣城、宁国、广德诸教案，尤交涉之棘手者。终能力持公道，恢复群情。朝廷既雅重葆桢张弛所宜，疏上辄报可。会连岁旱蝗，至于寝食俱废；盛夏步祷烈日中，兼旬不少休息。于捕蝗尤三令五申，性命以之；许州县动用帑项作正开销，防营则筹款给之。入冬，辄下搜挖蝻子之令，不净尽不已。营县皆实力奉行，故莅任后无岁不蝗而从不为害。属吏有不称职者，劾去不贷。贤能着绩之员，则推心置腹，不少掣肘；人忘其劳。治军严而有恩，自统将迄士卒，咸乐尽力。淮、徐等属土瘠而彍悍，越人于货日数起，乱后尤甚；葆桢主治乱国用重典之义，利用武健，遇案外结不报，论杀者相枕籍。劫盗用一清，良懦恃以无恐。积劳成疾，两次疏吁开缺；不许。三载考绩，奉「任事精勤、不辞劳怨，交部从优议叙」之旨。四月，述职入都，面奉太后懿旨：『时事艰难，毋得遽萌退志』。而旧病之剧甚于往年，以五年十一月初六日薨于位，年六十。遗疏惓惓于铁甲船一事，病中至形诸呓语。
体不耐舟楫，台地风浪之险甲天下，两次东渡虽甚眩晕呻吟，而志不少馁。自凤山犒军归，黑夜乘舴艋登岸，几覆。读书不务淹博，经史名言约守一二语，终身用之无穷；故义有不可者，毅然见于词色。自奉极俭，居常衣食，大布、鲑菜而已。廉俸所入，随手散给族戚辄尽。所属吏有乞某巨公书系援者，巨公谢曰：『若人，虽政府诸王无以私浼者』。部民或觊意旨，请建林文忠公祠；曰：『公，予外舅也。建祠事，非所宜闻』。所亲以乏告，请商两淮；葆桢立奉千金曰：『既相与姻娅，谊当通财。若办盐，则俟我去官，其可』。被劾者或劫以鬼神之说，笑曰：『苟中冥罚，何所于辞』！豪家怙势，事琐不足上闻，则惩其奴，使鸣钲过市，自号所由；为屏息不敢肆。卒之日，不名一钱。遗疏入，谕称其『秉性沈毅，练达老成；实心实力整顿吏治，保惠民生』。追赠太子太保，入祀贤良祠，政绩宣付史馆；赐祭葬，予谥「文肃」，准在江西省城及立功各省分建立专祠。未几，徐州府士民请建专祠，允之。
子七人：长玮庆，附贡生，钦赏举人，袭一等轻车都尉世职，后公一年以毁卒。次莹庆，附生，赏主事，官湖南候补知府。次璘庆，光绪戊子科副举人，官江苏知府。次瑜庆，光绪乙酉科顺天举人，赏主事，官至贵州巡抚。次璇庆，特用光禄寺署正。次瑶庆，附生，特用主事。次琬庆，附生，官江苏道员。孙十三人，长翊清（李元度撰事略、盋山文录、瞑庵杂识）。
吴仲翔
吴仲翔字维允，侯官人。咸丰己卯举人，报捐训导。办理团练出力，选授兴化府学训导，改授南平县学、莆田县学。同治六年，由船政大臣沈葆桢调赴船政局办理文案、提调等差，最称得力。十三年，报捐选用道员。嗣历经奏奖，于光绪元年船工告成案内以道员尽先选用并加三品衔，剿服台湾番社案内赏加二品衔，五年台湾后山三次剿平番社案内以道员分发省分补用。五年三月，代理船政大臣事务。七年四月，直隶总督李鸿章以天津开办学堂事关紧要，奏调在津差遣；总办水师学堂练船事宜，办有成效。十一年，署船政大臣裴荫森奏委船政提调差。十三年，两广总督张之洞调粤，奏委总办水陆师学堂事务。十七年，补授肇阳罗道，署按察使。未几卒（谕折汇存）。
梁鸣谦
梁鸣谦字礼堂，闽县人。咸丰己未成进士，用主事分吏部考功司。母老，假归授徒，佐船政大臣沈葆桢幕。时鸠工伊始，机器来自西洋，皆见所未见，无由得其主名；营缮虽各有图，译者莫能言其意。鸣谦晨夕周历各厂，温颜霁色拊循洋匠，伺其暇使举所司机器，缕晰而条分之。既又一一斗合之，俾了然胸中。其译所不能通者，以其义名之。由是，章奏乃得所藉手。甲戌，葆桢奉命巡台，引鸣谦偕，草檄批答赖焉。乙亥，偕至两江督署，内外事令悉综之。僮仆荡检踰闲者，绳之不少贷；子弟废学以嬉，训谕之。葆桢为入赀叙道员，以船政劳晋三品衔、以抚番劳晋二品衔。或指其头衔曰：『可以出矣』！鸣谦曰：『吾以此冠服坐三椽老屋中受童蒙拜，示之曰：「此稽古力也」，是以豪矣；经世非吾任也』。已而掌教鳌峰书院，着静远堂诗丈集八卷、笔记二卷、词存一卷。季弟济谦，以举人为陕西知县，作知县说以贻之；丁宁反复，有味乎其言之也。居恒襘袺不全，时或以绳续带。一日自指其衣，耀于众曰：『此新出刀尺者』。即而视之，两袖墨痕狼籍矣。卒年五十有二。子孝熊，光绪辛卯举人，官江苏海门同知（沈葆桢撰墓志）。
林文察
林文察字密卿，台湾彰化人。咸丰八年，由军功随剿台湾淡水厅及斗六罔等匪，奖六品顶翎。寻捐银助饷，以游击分发福建补用。九年，闽浙总督王懿德檄带台勇会剿建阳土匪，先登陷阵。十年，九垄山股匪郭淙万等出掠建宁、邵武各乡，汀州龙岩股匪胡熊等扰宁洋、永安，文察随军力剿，擒伪军师等一百八十六人。淙万遁，麇集邵武之上山防；文察合军蹙之，遂降。熊窜踞东坂土寨，文察随大军破擒之，伏诛。闽浙总督庆端疏言：『文察涉险穷追，勇冠全军』；得旨擢参将、换花翎，赏固勇巴图鲁名号。寻捐助饷银五万串，加副将衔。十一年正月，檄调援浙。时粤匪陷江山，肆掠大溪滩一带；文察冒雨搏战，胜之。即督队攻城，毁城外贼垒，移营双塔底及鸟木山，击败西山援贼，攀城而登。贼惊，夺门出，伏发歼焉；遂克江山。捷闻，以副将尽先补用，赏换鸟讷思齐巴图鲁名号。四月，福建汀州府及连城陷，文察奉调回闽。五月，破贼金鸡岭。声言由亨子堡攻连城，自率小队伏江防一带，令勇首廖得全赴堡诱敌。贼倾巢迎战，连城贼出助之，得全且战且走。贼追之，伏兵猝起。骇窜，多自践死者，立拔连城。乘胜攻汀州，克之。庆端上其功，命以总兵记名简放。六月，沙县土匪起；七月，文察驰至，再战平之。时粤匪自皖南窜浙江，分陷金、衢、严各郡县，众数十万；杭州将军瑞昌疏调文察入浙。文察所统台勇仅存五百余，派员赴台添募，未能速进。十二月，杭州陷；有旨令文察与前皖南道李元度分道援杭州。未几，杭州贼自去。
同治元年正月，庆端檄文察率所部由处州一路进，兼顾处、衢。适衢州被围，文察星夜驰援，围解。进拔常山；方进兵，闻讣丁忧。庆端以文察有谋勇，疏请留营带兵；允之。二月，杭州复陷，龙游、遂安、寿昌聚贼愈多，处州、松阳、遂昌踞匪偪闽省西路之浦城、松溪、政和及北路寿宁各州县；文察与参将林文明进军龙泉，署浙江按察使张铨庆出松溪，为文察后路策应。四月，处州贼分股聚松阳之大港头；文察派队袭其后，别遣兵由云和之五都夜劫贼营，贼弃垒遁碧湖。军还龙泉，会民团克遂昌，贼并聚松阳；其蔓延云和、景宁者，复击走之。文察以一军当三面剧贼，庆端恐其有失，令步步为营，妥筹战守；文察与总兵曾玉明合军进规处州郡县。是时两江总督曾国藩以查办闽浙总督庆端各款，疏称闽中健将，文察为最，克复邵武、汀州皆独力打仗，不避艰险；上嘉文察勇敢善战，着庆端妥为调遣。六月，松阳贼络绎于汤溪、武义间，文察与副将曾元福等三路进剿，毁二十余垒、斩馘千余。既又设伏，令曾元福假作民团诱贼出，殪之。七月，补四川建昌镇总兵。时处州贼势巳衰，大股屯金华；上命文察规复处州、直捣金华，联络衢郡楚军声势，以为恢复全浙计。寻攻松阳七十余日未下，远道转运饷不时至，文察勉以忠义，饥卒皆奋。适碧湖贼数千运军实以济松阳，文察驰扼南坑，出不意击败之，随拔附近各垒；进攻旧市，设左右伏破之。乘胜与松阳、遂昌民团夜袭松阳，复其城。闰八月，自松阳历碧湖、苏埠、白口、大坪、兰埠抵处州，五战皆捷。与各军合攻郡城，贼坚守，炮石雨下；文察与总兵秦如虎攻愈急。贼穷，乘间由东北二门遁，追斩无算；并克缙云。得旨：加提督衔。十一月，移军武义之李村，前军小挫；文察驰至，贼始退。十二月，贼分股距王村、徐村、岭下阳街，来扑李村；文察横陈其师于贼中，贼溃而复至。文察戒各营，俟贼近濠乃击，如是者十余次。最后乃伺其归，开壁逐之，平岭下阳贼垒，王村、徐村贼遁入城。是月，调福建福宁镇总兵。二年二月，克武义；由是，浦江、义鸟贼悉奔渡江。既而绍兴及萧山各匪俱窜徽州，浙东肃清，文察仍军武义。六月，闽浙总督左宗棠以文察廉扑勇敢，奏署福建陆路提督。
