在军事上，清人虽然定都北京，但形势仍然相当严峻，西安有李自成的军队，虽然吃了败仗，但仍有几十万久经沙场、作战勇猛的将士。四川有张献忠的大军。在江淮以南，明朝的军事力量基本上未受损失，各镇总兵累计有几十万部众。以上还只是清人的最主要敌手，除此之外，各地反清义军、降而复叛者更是难以计数。在这种纷繁复杂的局面之下，作为摄政王的多尔衮在军事上必须作出正确决策，主要矛头对准哪里，先攻谁，后攻谁，至关重要。
在此关键时刻，多尔衮审时度势，终于根据柳寅东的建议，作出了正确的决策：先攻打李自成的军队。而为了攻打李自成，调蒙古兵入三边，举大兵攻晋豫，使李自成腹背受敌。为此又需先用计扼住蜀汉之路，以免张献忠与李自成联手。然后进攻江南，稳定江南局势。
多尔衮之所以首先把矛头对准李自成，一是因江南尚无能力北进，只是固守江南。二是把矛头对准起义军，理由是清人得天下于“流贼”，而不是得自于明，攻打起义军是为明报仇，师出有名，既可稳住明代官吏与将士，以便集中兵力，各个击破，而又无后顾之忧。多尔衮的这种决策无疑对清人十分有利。
在顺治元年（1644年）十月初一日，多尔衮在主持完顺治帝的登基大典后，立即开始调遣军队，兵分两路，向大顺军和南京福王弘光政权同时发起进攻。开始了入关后最大的武力征服。十月十九日，多尔衮命英亲王阿济格为靖远大将军，率清军经山西攻陕北，然后南下西安，征讨李自成。平西王吴三桂、智顺王尚可喜以所部随征。
李自成节节败退。顺治二年（1645年）五月初，李自成途经湖北通山县境内的九宫山，他先率二三十人前去观察地形，不料遭到当地山民袭击，由于大队遥远，救援不及，因此全部殉难。清政府曾派认识李自成的人去查验尸体，但尸已糜烂腐朽，无法辨认。关于李自成的结局，各种史籍记载分歧很大，亦有李自成隐遁为僧的说法。李自成死后，其余人马与从延安撤下来的李过、高一功部会师后，进入湖南。不久，与南明桂王政权的何腾蛟部结成抗清联军，大顺军的余部开启了一个新的阶段。
明末由张献忠领导的另一支农民起义军，于顺治元年（明崇祯十七年，1644年）正月沿江而上大举入川。六月克重庆，八月下成都，先后杀掉明朝的端王和蜀王。十月，张献忠定成都为西京，建立大西政权，改元大顺，改蜀王府正殿为承天殿。建立各级农民政权，铸币造历，开科取士。同时，张献忠派出孙可望、李定国、艾能奇等将领率兵四处攻略州县，使全川一时皆置于大西政权的统辖之下。
随着国内形势的发展和阶级矛盾的激化，故明势力在四川反对张献忠的活动愈演愈烈。顺治二年（1645年）以来，大西政权所面临的局势就逐渐恶化起来。为了镇压一切反抗和有可能反抗的势力，张献忠在四川实行了疯狂屠戮的报复措施。自顺治二年（1645年）七月，张献忠感到自己在四川很难立足，便在其女婿汪兆麟的怂恿和帮衬下，开始有计划地对蜀民进行残酷杀戮。
顺治二年（1645年）七月十三日至十八日，张献忠在成都指挥他的部队进行了一次大屠杀。先杀男子，后逼妇女跳江。“除投缳赴井者莫可查考，其膏锋刃者，男妇不下四五百万”。十一月九日，张献忠以举行“特科”为名，命令将各府县生员一律送至成都，到齐后全部杀光。十一月二十二日，张献忠下令将大西政权官员家属以外的成都“城内居民一律杀绝”。顺治三年正月十日至十五日，张献忠大杀川丁，将14岁以下者除外，“其余老弱成丁，不论男妇，尽杀”。并在顺治三年（1646年）上半年，派兵分剿成都府属32州县，以杀人多少论功。张献忠命令部队“俱要处处残灭，节节搜杀”；“无论男妇，尽杀”。被杀者“尸骸山积，臭闻百里外”，其情形惨不忍睹。张献忠最后干脆放弃成都，另寻出路。顺治三年（1646年）八月六日，张献忠在纵火焚烧成都后，向川北转移。后到达西充，驻扎在凤凰山金山铺一带。
清军入关后，多尔衮最初对张献忠知道不多，当时把主要精力放在对付李自成上，后来为了实现其统一全国的目标，特别是在李自成被剿灭后，便开始着手解决张献忠割据四川的问题。
顺治二年（1645年）春，清陕西总督孟乔芳致书大西川北巡抚吴宇英，“令其说张献忠投降”。闰六月，多尔衮询问：“张献忠现在在什么地方？”大学士奏报道：“听说张献忠现仍占据四川，其地方险要而富庶，他在那里抗拒不降。”同年秋天，清湖广等地总督佟养和继续派人“持书与告示往四川招抚张献忠”。张献忠对此根本不予理睬。
于是，清朝在江南基本被平定后，便开始以武力征讨四川。顺治二年（1645年）十一月二十日，多尔衮任命驻防西安内大臣何洛会为定西大将军，加派左翼固山额真巴颜、右翼固山额真墨尔根、侍卫李国翰等率兵前往陕西，“会剿四川，征讨叛逆”。同一天，又颁布了招抚张献忠的诏书和告四川各官兵民人等的谕旨。诏书说：“张献忠前此扰乱，皆明朝之事。因远在一隅，未闻朕抚绥招徕之旨，是以归顺稽迟。朕洞见此情，故于遣发大军之前，特先遣官赍诏招谕……张献忠如审识天时，率众来归，自当优加擢叙，世世子孙永享富贵，所部将领头目兵丁人等，各照次第升赏，倘迟延观望，不早迎降，大军既至，悔之无及。”“凡文武官员兵民人等，无论原属流贼或为流贼逼勒投降者，若能归服我朝，仍准录用。倘抗拒不服，置之重典，妻子为奴。开城投顺者加升一级，恩及子孙……”
在政治招降无效的情况下，顺治三年（1646年）正月二十一日，清廷又命肃亲王豪格为靖远大将军，会同多罗郡王罗洛宏、多罗贝勒尼堪、固山贝子吞齐喀、满达海等，统率官兵前往四川征讨张献忠。豪格等人经陕西，着手准备入川。
就在这个关键时刻，大西军内部发生了刘进忠降清事件。刘进忠原是大西军骁骑营都督，其部下四川人较多，当时“营中纷纷传献忠欲杀川兵”，他的一些部将叛投了南明。刘进忠害怕自己受到张献忠的严惩，遂率部下叛逃，先至重庆投靠明将曾英，不久又率部下北移，同摇黄十三家中的袁韬部合营，自称新天王。大约在顺治三年（1646年）十月间，他又派部将吴之茂往陕西向豪格投降，接引清军入川。
十一月，清军准备就绪，迅速入川。二十六日，豪格从大西军俘虏口中，得悉张献忠的大营驻扎在西充县凤凰山下，遂密令章京鳌拜、固山额真准塔等率领精锐充为先锋，自己则带着满、蒙军队随后进发。清军一昼夜三百里急行军，于二十七日抵达西充凤凰山。当时天气“寒冰凛冽，朔风刮面，平地雾起，目不见形状”。张献忠拥众数十万，直到清军迫近，还是不相信。当有哨兵报告说：“听到山下有人马甲胄的声音，雾太大看不见有多少人。”张献忠听后大怒，将哨兵捆绑起来，说道：“我天王老子统领天兵在此，谁敢来捋老虎须？你为何胡说八道，惑乱军心？应当处斩！”话音未落，哨兵接二连三地向他报告与前者同样的情况。张献忠这才命令给第一个来报告的哨兵松绑。然后继续装着若无其事的样子说：“我的名字威震天下，四海皆知，哪人敢来送死？我一个人就能对付他。”于是自己拿着一张弓，挟上三根箭，未披任何甲胄，一人骑马驰出了御营。随从护卫立即备马追赶，但都未能跟上。张献忠策马飞驰率先来到山下，此时雾散日出，放眼望去已是漫山遍野的清兵，气势汹汹，如潮水一般围攻过来，清兵前锋与张献忠只有一溪之隔。刘进忠连忙指着他，告诉清兵：“此人就是张献忠。”张献忠见此连忙张弓搭箭，但未等箭矢发出，其胸膈已连中两箭。张献忠急忙勒马回逃，刚一转身，后背又被对方射中两箭，当即从鞍背上滚落下来，气绝身亡。这时随从护卫相继赶到，当他们从张献忠身上拔出箭矢，仔细察看后，才知道对方是清兵。这些人正想扛起尸体赶回大营，只见清军大队人马已经冲杀上来，个个人强马壮，恍若天神。张献忠的随从们自知不是对手，于是丢下张献忠的尸体，一溃不可收拾。
大西政权就这样败了。后来李定国等将领率余部南撤，转入云南，与南明永历政权共同抗清，仍然发挥了作用。
清人攻入北京，崇祯帝吊死煤山后，明朝官僚们为了解决王朝继统的问题，先后建立了几个南明政权。顺治元年（1644年）五月，福王朱由崧被迎入南京，即位称帝，是为弘光政权。弘光政权派员北上，与清廷议和，未成。这年十月，多尔衮以豫亲王多铎为定国大将军，率清军征讨南明，恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明以所部随征，全军二万余骑，渡黄河南下。
三月初七日，清军分兵三路：一路由多铎自己统率，出虎牢关；一路由固山额真拜尹图指挥，出龙门关；一路由尚书韩岱统领，走南阳。三路殊途同归，直指归德（今河南商丘）。途中所经30县，皆望风迎降。二十二日清军克归德，多铎在归德期间，清军已进入安徽，占领了颍州（今阜阳）、太和（今安徽境内）。四月初五日，多铎军经过十几天的休整，再度出发南进，经亳州（今亳县）、泗州（今泗县），直抵淮河，南明将领烧断淮河桥后逃走，清军在泗州夜渡淮河后，从天长（今安徽天长市）、六合（今江苏六合县）一线逼进扬州。大军兵临城下，扬州已危在旦夕。
在清军铁蹄南下，矛锋直指南京之际，弘光政权虽然开始有些恐慌，但并未有所举措。由于三月份有个自称崇祯太子的人来到南京，各个党派为了自己的利益又跳出来争斗。远在武昌的左良玉也接连上疏，为“太子”争地位，甚至打出“清君侧”的旗号。三月二十五日，左良玉兵发武昌顺江而下，移檄远近，要入朝诛杀马士英。自汉口至蕲州，列舟300余里，向南京进发。马士英万分惊恐，急调黄得功率兵镇芜湖，进行江上堵截；又调刘良佐入卫；刘泽清的部队则以勤王为名，大掠而行；史可法也得到渡江入援的命令。
这时的清军已攻取归德，进逼淮南。史可法飞章告急，请求增援。昏庸的弘光皇帝竟对他说：“上游急，则赴上游；北兵急，则赴北兵，自是上策。”史可法气愤地说：“上游之意，不过欲除君侧之奸，原不敢与君父为难。若北兵一至，则宗社可虞。”一些文武臣僚也请求弘光派兵防御淮扬一线。但马士英却指着这些官员大骂：“你们这伙东林党，想借防江纵左军进犯！清兵到了还可以议和，左逆到了，你们是高官，我君臣却得死！我们宁可死在清兵手里，也不死在左兵手中。”由于黄得功、刘良佐等部已被马士英抽调去抵御左良玉，而防守江北的史可法实际上已无御清之兵。弘光小朝廷赖以生存的江北门户——扬州，已是内乏守兵，外无应援，毫无固守的可能。左军东犯失败后，史可法奉旨仍守泗阳。于是他急趋天长，并檄诸将救援处于清兵严重威胁之下的盱眙（今江苏盱眙县），不久，有报盱眙已降清军。史可法急返扬州，泣谕城中士民坚守到底。同时传檄各镇增援，结果，仅有总兵刘肇基以四千兵赶赴扬州助战。刘肇基请求趁清兵尚未集结，背城一战，史可法认为，野战不如凭城坚守，没有同意。
四月十五日，清军逐渐逼近扬州，开始围城。十七日，多尔衮再次晓谕江南、南京、浙江、江西、湖广等处文武官员军民人等，历数南明诸臣对国破君亡不遣一兵；既无遗诏，擅立福王；扰害良民以起兵端三罪。告诫各地文武官员速以地方城池投顺，否则杀无赦。对南明发出了措辞严厉的檄文。同一日，清军距扬州10公里列营，多铎遣韩岱、伊尔德、阿济格、尼堪等率领清军进至扬州城北，又令顾纳岱、伊尔都齐、费扬古等领兵至扬州城南。清兵在扬州城北、城南共得船300余艘。
十八日，原南明徐州总兵、降将李成栋引导清军包围扬州，清军兵临扬州城下。多铎派降清的明将李遇春持豫王多铎的檄文到城下招降，史可法站在扬州城上，在众人面前俯视这位劝降使节，痛斥他的变节行为，并下令士兵用箭射他。
多铎又令一些乡民多次持书招降，不是这些信使被杀掉，就是信件未曾启封便被一烧了之。但清军的招降也并非全然无效、皆不应命。二十二日，总兵李栖凤、监军副使高岐凤在欲劫史可法出降不成后，遂拔营降清，给扬州的防御造成了新的困难，使守城兵马更加势单力弱了。
二十三日，清军对扬州尚未发动攻势，总兵刘肇基请求乘敌人不备，出城一战。史可法认为：“锐气不可轻试，且养全锋以待其毙。”结果坐失良机，清军从泗州调运来了攻城用的红衣大炮。
史可法面对险峻的形势，决心抵抗到底，与扬州城共存亡。他认为大清豫亲王多铎所领的兵数量较多，且承锐来攻，其势难当。明朝守扬州，虽有兵，能战者少，所以不能轻易出战。当时扬州有新旧二城，史可法与诸将分别把守，旧城西门最为险要，他就亲自领兵防守，说：“诸将以此地为险，吾自守之。”二十四日夜，多铎命令用巨炮轰城，并亲督劲兵，猛力攻城，“西北角忽崩如雷，城遂破”。守城者矢石如雨，攻城者前仆后继。顿时尸积如山，清兵借以爬上城墙。清军越攻越急，城墙修不胜修，新城先被攻破。旧城被攻危急时，史可法正盼望黄得功的兵来救，忽然听到报告：“黄爷兵到矣。”史可法望城外旗帜，信以为真了，忙门出迎。待入城之后，来者大肆杀掠，至此才知道上了清军的当。扬州终于被清军占领了。
史可法知大势已去，又不愿做清军俘虏，即拔剑自刎，被参将许瑾双手抱住，而未伤致命处。史可法血溅衣袍，不得死，便命义子史德威用刀砍自己，德威痛哭，犹豫再三不忍下手。德威与许瑾等数十人拥护着史可法下城，至东门，被清兵堵截。史可法大呼道：“史可法在此。”于是被活捉，送至新城南门楼上去见多铎。
多铎很礼貌地召见了他，说：“前书再三拜请，俱蒙叱回。今忠义既成，当畀重任，为我收拾江南，当不惜重任也。”史可法愤怒地回答：“我身为天朝重臣，岂肯苟且偷生，作万世罪人。头可断，身不可屈。”多铎问道：“君不见洪承畴乎，降则富贵。”史可法答道：“彼受先帝厚恩而不死，其不忠于尔国明矣。我岂肯效其所为。”多铎说：“既为忠臣，当杀之以全其名。”史可法随即郑重答道：“城亡与亡，我意已决，即劈尸万段，甘之如饴。但扬州百万生灵，既属于尔，当示宽大，万不可杀。”多铎遂下令将其斩首，史可法时年44岁。当时天气炎热，尸体很快腐烂不可辨识。第二年，他的家人将其衣冠葬于扬州梅花岭。乾隆时，曾有人以诗凭吊曰：“号令难安四镇强，甘为马革自沉湘。生无君相兴南国，死有衣冠葬北邙。碧血自封心更赤，梅花人拜土俱香。九原若遇左忠毅，相向留都哭战场。”
在史可法遇害时，刘肇基守北门，发炮反击，攻城的清军伤亡惨重。扬州城破后，他率部下四百人又进行了一场殊死的巷战，最后以寡不敌众，被源源不断涌入的清兵战败，刘肇基和他的这些部下全部牺牲。扬州知府任民育是史可法的好友，这位誓死保卫扬州的地方官，戎服守镇淮门，城破，乃换上绯衣端坐堂上，说“此吾土也，当死此。”清兵至，有人想让他躲避，他坚持不肯离开，于是遇难，妻子皆投井殉难。
随着城防的崩溃，中国历史上最为臭名昭著的大屠杀便开始了。
当时大雨倾盆，城中居民一面忙着烧香，一面隐藏他们的财宝。他们已无力抵抗凶猛的清兵，面对即将发生的一切，只有听天由命了。清兵先是要银子，后来就无所不要了。夜幕降临之后，清兵凶狠的砸门声，抽人的鞭子声和被打、被杀者发出的惨叫声，悚耳慑魄。城中燃起了大火，“赤光相映如雷电，辟卜声轰耳不绝”。清兵用绳子把人捆起来，然后就用长矛一阵猛刺，将他们杀死；有三个清兵将五六十人如同犬羊一般驱赶，“稍不前，即加捶挞或即杀之”；作为战利品，他们用一根长绳分别系住许多妇女的脖颈，如穿珠一般，这些人一步一跌，遍身泥土；许多被清兵从母亲怀中掷弃地上的婴儿，在街上爬来爬去，被马蹋人踩，“肝脑涂地，泣声盈野”；城中“处处皆有积尸”，一些沟池“堆尸贮积，手足相枕，血入水碧赭，化为五色，塘为之平”；一些人藏到垃圾堆里，积薪下面，乱尸丛中，希望以此逃避这场屠杀，但是清兵仍然不时地用长矛猛刺垃圾堆和柴草垛，直到有鲜血流出。
清兵逢人便杀，城中随处可听到数十人或百余人齐声乞命的哀求和清兵的追杀声。“遇一卒至，南人不论多寡，皆垂匍匐，引颈受刃，无一敢逃者。”一清兵“所掳一少妇、一幼女、一小儿，小儿呼母索食，卒怒一击，脑裂而死，复挟妇与女去”。有些藏在屋子里的人，虽有幸逃过清兵的屠刀，但其中一些人却又被清兵放的大火无情地吞噬。当清军接到多铎就此封刀的命令时，这座城市可能已有80多万人死于这场惨绝人寰的杀戮。这个数字据说还未包括那些被迫落井投河、闭门自焚，或惊愕而死、自缢而亡的人。
从四月二十五日至五月五日，清兵在扬州城内暴虐十日。无日不掠取，寸丝粒米搜刮殆尽；无日不杀人，数以万计的无辜百姓惨死在清兵野蛮的屠刀之下。清兵血洗后的扬州，积尸遍布街道，“经积雨暴涨，而青皮如蒙鼓，血肉内溃，秽臭逼人，复经日炙，其气愈甚，前后左右，处处焚灼，室中氤氲，结成如雾，腥闻百里。盖此百万生灵，一朝横死，虽天地鬼神，不能不为之愁惨也！”
清军攻下扬州，扫除了进取南京的一大障碍，南京的弘光小朝廷已濒临灭亡的绝境。面对虎视眈眈的清军，福王朱由崧只得寄希望于长江天堑。他命令总兵郑鸿逵、郑彩以水师守瓜洲，调杨文骢巡抚常、镇地区兼督沿江诸军，合二郑兵驻京口（今江苏丹徒县），在南岸与清军隔江对峙。
惯于长驱野战的清军为飞渡长江天堑，不能不改变策略。他们针锋相对，首先攻破弘光政权在瓜洲等地设防的水师，进驻瓜洲。然后拆掉瓜洲城内各家居民的门槛、桌椅，结成木筏。夜里点燃灯火，施放号炮，沿江而下。南岸明兵以为是清军铁骑渡江，炮石猛击，并向朝廷报捷。京口人民捧着酒肉去犒劳明军，载歌载舞，大肆庆祝。其实这是清军一种声东击西的迷魂阵，故意麻痹南明那些腐败无能的统治者。
五月五日，清军进抵长江，第二天陈兵北岸，相持三日。五月八日晚，清军开始了正式的渡江行动。他们乘着黑夜雾浓，由拜尹图、图赖、阿山等率领舟师，沿运河不声不响地潜至南岸。第二天，又命梅勒章京李率泰趁天还没有亮继率舟师登岸。黎明，击鼓吹螺，大批清军已渡江而来。等到明兵发觉，于甘露寺仓皇列阵，立即被八旗劲旅一冲全溃。弘光政权派在沿江而守的杨文骢逃到了苏州。二郑扬帆入海奔回福建。清军夺取了南京下游的镇江。
清军渡江的消息传到南京，朝野上下一片惊慌。弘光小朝廷所在的南京城，本无必要的防备，早在清军到来之前就已人心惶惶。但是对前方战事，马士英只许报喜，不许报忧。弘光帝嬉游如常，嗜戏而无暇上朝。时人有一副对联张贴在南京长安门柱上：“福人（指福王）沉醉未醒，全凭马上（指马士英）胡谄；幕府凯歌已休，犹听阮中（指阮大铖）曲变。”嘲讽当权者的昏庸腐败。
初七日，马士英召百官集议，16名与会者，或窃窃私语，或相对无言。其中有二人公开说出有可能投降清军。更多的人虽没有公开发表言论，却暗中计划请总督京营的忻城伯赵之龙向清军奉表投降了。
初九日，明朝江南之师皆溃，京口败兵逃到南京，城中大震。此时的弘光皇帝却还在彻夜观戏酣宴。到了十日午夜二鼓后，他也觉察形势不妙，带着后妃宦官共四五十人，骑马出通济门逃走。弘光帝出逃，城中文武官员全然不知。十一日黎明，马士英在四百名士兵保卫下，挟皇太后出走浙江。顿时南京城内一片混乱，内门不闭，宫女杂走。百姓拥入马士英、阮大铖家中，抢掠殆尽。文武百官各自逃命。
早已立马江南的大清军，在豫亲王多铎率领下，五月十四日从丹阳向句容进发，当日前队到达南京郊坛门。十五日，多铎身穿红锦箭衣，乘马自洪武门进入南京城。明总督京营忻城伯赵之龙率公侯驸马、内阁大学士、六部尚书侍郎、六科给事中及都督巡捕提督副将等55人并城中官民，冒雨淋漓褰裳跪道旁迎降。刘良佐也于沿途投降清军，沿途归降的还有各镇总兵23人，副将47人，参将、游击86人及监军道员86人，马步兵共238300人。
清军占领南京后，赵之龙命令南京城内百姓家家设香案，用黄纸写“大清皇帝万万岁！”又另写“顺民”二字，贴在门上。弘光政权文武百官纷纷投递职名，赴清营参谒。十七日，百官争先朝贺，职名红揭堆至五尺高者，多至十几处。这些昔日的达官显贵积极向新主子投靠，以求得个人的荣华富贵。朱由崧从南京逃出以后至太平（今安徽当涂县），又走芜湖投奔黄得功。此时黄得功屯兵芜湖，弘光帝潜入其营，黄得功见后，又惊又悲，说：“陛下死守京城，臣等犹可尽力。奈何听奸人之言，仓皇至此？”由崧说：“非卿无可仗者。”黄得功答道：“愿效死。”不久，刘良佐奉多铎令与清兵追至黄得功在芜湖的营地。黄得功督将迎战，并拒绝了刘良佐的招降。双方还未交战，黄得功被对方冷箭射中喉咙，“知不可为，掷刀拾所拔箭刺吭死”。刘良佐乘势劫营得朱由崧，挟之降清。
五月二十五日，弘光帝乘无幔小轿，首蒙包头，身穿蓝布衣，以油扇掩面被押至南京。沿街百姓夹道唾骂，甚至有投瓦砾击之者。弘光帝后被多铎押解到北京，第二年五月清廷将其斩于北京宣武门外的菜市口。
弘光政权就此灭亡，清军乘胜南进，攻打南方各省。
战争的一切灾难最终还是要老百姓去承担。在这场战争中，百姓被杀戮过半，财物被劫掠将尽，田园荒芜，同时还要承担军队的粮草供应，加上蝗灾又突然蔓延开来，真是“地方之残，再莫残于晋省；百姓之苦，更莫苦于晋民”。
多尔衮在平定叛乱的战争中，不仅造成了大量人口的死亡，经济恢复的缓慢甚至停滞，人民生活的极端痛苦，而且也给清朝的统治造成极大的不稳定。不能不说，多尔衮的功绩是以武力为后盾而建立在人民的累累白骨之上的。
顺治七年（1650年）年底，清军相继消灭了隆武政权和绍武政权，并给鲁王政权和永历政权以沉重的打击，尽管此时仍有农民军余部的抗清斗争，南方各省战事也时有反复，但是大半个中国已在清朝的统治之下，清朝问鼎中原已成定局。
