高澄首先理解了这话的意思，大笑着称赞这话说得妙。高澄又说：“刚才说的(魏收的短处)还是些细微的，应该再指斥(他大的短处)。”杨遵彦应声说：“魏收在并州作了篇诗，对众人宣读完后，他说：‘即使给我伯父季景六百斛米，他也不理解这首诗的意思。’这事远远近近都知道，我不敢瞎说。”高澄高兴地说：“我也早听到了。”众人都笑。魏收虽然自己加以申辩，但不再坚持抗拒，不过他终身都记恨此事。侯景叛乱后进入梁朝地界，高澄当时在晋阳，命令魏收写五十多张纸长的檄文，魏收不到一天就写完了。又写讨伐梁朝的檄文，命令送给侯景，魏收天黑后不久开始执笔，三更就写成了，檄文长超过了七张纸。高澄称赞他文章写得好。魏静帝曾在季秋举行大射，令大家都写诗，魏收写的诗末尾说：“尺书征建邺，折简召长安。”高澄认为写得很雄壮，环视众人说：“朝廷中现在有魏收，这便是国家的光采，他为文高雅易懂，通达纵横。我也让邢子才、温子升经常写些诗，(其中也有好的)至于词气，都赶不上魏收。我有时候想到些什么，忘记了没有说出来，或者说得不完全，意思有没有说到的，魏收呈上的草稿都加以完善，这也是难得的。”又下令魏收兼主客郎迎接梁朝使臣谢珽、徐陵。侯景陷落了梁朝以后，梁朝的鄱阳王萧范当时为合州刺史，高澄下敕书给魏收让他写信去晓喻萧范，就人据了萧范原占的城池。高澄对魏收说：“现在安定了一州，您出了力，我还恨‘尺书征建邺’这句诗没有成为现实。”
高澄驾崩后，文宣帝到了晋阳，令魏收与黄门郎崔季舒、高德正，以及吏部郎中尉瑾在北第掌管机密。后转秘书监，兼著作郎，又升他为定州大中正。当时北齐将接受禅让，杨遵彦奏请将魏收安置在一个专门的屋中，令他撰写有关禅让的诏书册命等文字，遣派徐之才守住房门不让魏收出来。天保元年，北齐文宣帝任命魏收为中书令，仍兼著作郎，封他为“富平县子”。
天保二年(公元551年)，下诏魏收撰写魏朝史。天保四年，升任魏郡尹，有意给他优厚的奉禄、更多的精力，让他一心放在史馆，不问郡中事务。当初，文宣帝令群臣各自陈说自己的志向，魏收说：“臣下我愿得以在史馆中直笔写史，早些完成魏书。”所以文宣帝让魏收专心他的任务。又下诏平原王高隆之总监修魏史，他只是署名罢了。文宣帝下令魏收说：“您尽管直笔写史，我终究不作魏太武帝诛杀史官那样的事。”开始的时候，北魏初年邓彦海撰写了《代记》十多卷，此后崔浩主管修史，游雅、高允、程骏、李彪、崔光、李琰等人继承这了一事业。崔浩采用编年体，李彪首先用它分别作了纪、表、志、传，这书还没有传出来。宣武帝时，命邢峦补写了《孝文起居注》，写到了太和十四年，又命崔鸿、王遵业补续它，写到了孝明帝，事情写得很详细。济阴王元晖业撰写了《辨宗室录》三十卷。魏收于是组织通直常侍房延佑、司空司马辛元植、国子博士刁柔、裴昂之、尚书郎高孝干一起广泛收集、斟酌以上的材料，用以完成《魏书》。于是分辨、拟定名称，随每条之后加以鉴别说明，又搜集采录流散(的材料)，续写补作孝明帝以后之事，使元魏一代的史书得以完整，魏收上表报告了此事：写成了一代大典，总计十二本纪，九十二列传，共一百一十卷。这事是在天保五年上奏的。这一年秋，任命魏收为梁州刺史。魏收因为《魏书》的志没有完成，上奏请求让他全部写完，得到了允许。这年的十一月，再奏上了十志：《天象》四卷，《地形》三卷，《律历》二卷，《礼乐》四卷，《食货》一卷，《刑罚》一卷，《灵征》二卷，《官氏》二卷，《释老》一卷，共二十卷，加上原写的纪传部分，共一百三十卷，分为十二帙。这部史书有凡例三十五条，二十五个序文，九十四段论说，魏收前后所上的两个表文和一封信。
魏收带领的史官，因为怕(用人不当而)欺凌威逼自己，就只选取原先依附自己的学人。房延佑、辛元植、眭仲让虽然一直在朝做官，并非史才；刁柔、裴昂之因为儒学知名，完全不能承担编辑史书的工作；高孝干用不正当手段求取进入了修史班子。参加修史的这些人的祖宗姻戚多被写入了《魏书》，并用好话美化也们。魏收性情很急，不怎么能公允写史，对与他一直有怨恨的人，多数都将他们的好事埋没(不写)。他经常说：“什么东西，敢与魏收作对?我魏收抬举他就会让他上天，按一下他就一定使他人地。”当初魏收在神武帝时为太常少卿修国史，得到过阳休之的帮助，所以魏收感谢他说：“没有什么感谢您的恩德，我当为先生您作一篇好的传记。”阳修之的父亲阳固，在元魏时任北平太守，因为贪虐被中尉李平弹劾而被治罪，记载在《魏起居注》中。魏收在《魏书》中却写道：“阳固为北平太守，惠政很多，因公事牵连被免去了官职。”又说：“李平(对阳固)深相敬重。”对于元魏来说尔朱荣是奸贼，魏收因为高氏是从尔朱荣那里出来的，而且接受了尔朱荣儿子送的金银，所以减少了尔朱荣的恶行而增写了他的善事，并议论说：“若说到培养德义的风气，那么豕韦、大彭、伊尹、霍光这些人那里谈得上呢?”
当时的议论已经说魏收写史书不公平，文宣帝就下诏魏收让他在尚书省与各家的子孙共同讨论，前后来投诉的有一百多人，有的说遗漏了他家的世系职位，有的说他家没有被写入史书，有的说对他家妄加非议攻击。魏收都在状纸上一一作了回答。范阳卢斐的父亲卢同附在他所出之族祖卢玄传记的后面，顿丘李庶家的传记说他家本是梁国蒙县人，卢斐、李庶就讥讽说：“这是史官没有据实记载。”魏收性急，抑制不住愤怒，写信给皇上诬告说卢、李等人想加害他。皇上大怒，亲自追究责任。卢斐说：“臣下的父亲在元魏做官，职位到了仪同三司，功业显著，名闻天下，但与魏收没有亲戚关系，于是他不给我父亲立传。博陵的崔绰，官位只到了本郡的功曹，更没有事迹，只是他是魏收的外亲，就把他安排到了传记的最前面。”魏收说：“崔绰虽然没有高位，名义可嘉，所以应该写传。”皇上说：“您根据什么知道他是好人?”魏收说：“高允曾经当过崔绰的助理，他说他有道德。”皇上说：“司空是才士，当人的助理，当然要称赞他助理的人。这也如您为别人作文章，您说他好的难道都符合事实?”魏收无话对答，只有恐惧颤抖。但皇上原先就看重魏收的才干，不想加罪于他。当时太原的王松年也攻击《魏书》，和卢斐、李庶一起被判了罪，各自被鞭打后发配到工场，有的因此而致死，卢思道也被判了相应的罪。但是皇上还是因为众人议论纷纷，下令《魏书》姑且不要公开，让百官进行广泛的讨论；昕任有家事(与《魏书》相关的人)进官署(申说)，认为记载不符合事实的写信陈述。这样一来众口喧然，称《魏书》为“秽史”，投书的人一个接一个，魏收无法抵抗。当时左仆射杨倍、右仆射高德正两人势倾朝野，与魏收都是亲戚，魏收都为他们家作了传记。这两人不想说《魏书》不实，就压制唐塞诉辞，终文宣帝之世也没有重新提出来议论。又有尚书陆操曾经对杨愔说：“魏收的《魏书》可以说是见识广博的大才手笔，对元魏立了大功。”杨惜对魏收说：“这是说《魏书》是无须修改的书，会流传万古，只是遗憾其中说到各家后裔、婚姻过于繁顼细碎，与过去史书的体例不同罢了。”魏收说：“过去因为中原丧乱，各家的谱牒资料，大略都遗失流散完了，所以《魏书》把各家的支系全写出来。希望大人从缺点中体知我的好心，以免更多地责备我。”
天保八年夏季，任命魏收为太子少傅、监修国史，恢复了参议律令。(铜雀、金兽、冰井)三台建成后，文宣帝说：“三台落成须有赋。”杨愔先将这话告诉了魏收，魏收就上了《皇居新殿台赋》，文章写得十分壮丽。当时有写这一题目的作者，自邢邵以下都赶不上魏收。魏收在呈上自己的赋以前就将此事告诉了邢邵。邢邵后来告诉人说：“魏收实在可恶，不早些说这事。”皇上曾游东山，下令魏收作诏书，(魏收在诏书中)宣扬威德，以关西为譬喻，不一会儿就完成了，词宏理壮。皇上当着百官大大地赞叹了一番，让魏收继续担任太子詹事。
