宋代，南中国海沿海地区由于白玉蟾影响，盛行道教南宗。宋灭后，全真派邱处机受元太祖器重，全真道盛极一时。但全真教不尚符箓、不事烧炼，对崇尚鬼神的岭南人影响有限。
至元十九年（1282年），元世祖下诏“焚毁道藏伪妄经文及版”，广州官员遵旨在光孝寺内焚毁除《道德经》外的道教诸经，全真道受到沉重打击。明代，而正一道在较为活跃，遂在岭南颇为盛行。
清代，朝廷保护全真道，使之呈中兴之势。康熙年间，龙门派第十一代道士曾一贯任罗浮五观（冲虚、九天、白鹤、黄龙、酥醪）住持。其徒杜阳栋后又主罗浮冲虚观、惠州西湖玄妙宫和广州三元宫，并于梅州创南天宫，被尊为杜祖。龙门派在岭南融合正一道，得以广泛传播。至清末，龙门派道士已兼行斋醮祈禳，正一道已无多大区别。这也是道教民间化和世俗化的体现。
番禺道士李明彻(1751～1832年)字大纲，又字飞云，号青来。自幼聪慧，过目成诵，通道家学说，精天文地理。不热衷功名，喜与僧道交往。十二岁时即隶罗浮山冲虚观道籍，为龙门派弟子。后闻许真君在南昌龙沙，便也去参谒，结果失望而归。回来后，终日研习道法及天文。其间，还攻读先秦诸子百家学说。及长，又对西学产生兴趣，赴澳门向外国传教士学习观察天象推算地理测绘法和三角几何学。
李明彻精通天文、地理，还擅长绘画，除国画之外，也擅西洋油画。为了糊口，他常出售其洋画。他三十岁那年，两广总督阮元要以洋画进贡朝廷，四处寻访油画家，想起市面上李明彻油画。李明彻受命，携带油画进京城向朝廷进贡，不负众望完成了使命。他随贡船来到京师，暇时到钦天监观摩天文历数，得到钦天监官员传授，天文学知识大大长进。
回广州后，李明彻隐居白云山，又在粤秀山(越秀山)龙王庙当司祝。因澳门为外国人士会集之处，通晓翻译的人多，李明彻又到澳门与欧洲人研究天文、地理，后据自己历年对天文现象的观察成果，揉合了中西方天文学的精华资料，根据自己长期的观测、收集和研究所积累的资料，执笔陆续写成《圜天图说》三卷、续编两卷，并于嘉庆二十四年（1819年）出版。
书中收录了他对地球、日月、星辰、雷雨、潮汐等天体及自然现象的论述。并附有顺天（北京）、江宁（南京）、苏州等16个府的日出、日落和一年二十四个节令时刻的测定记录。还有全国地图和华北、华中、华东、华南、西南、西北等分省地图。因此得到时任两广总督阮元的赏识，特准将《寰天图说》著录于《广东通志？艺文略》，并邀请他担任记叙全省地理形态的《广东通志？舆地略》主编，编绘全省详图。
某日，广东督粮道卢元伟的表亲江西贡生黄一桂来到广东，因好静寄居在龙王庙。月夜，黄一桂与一众人围坐殿廊纳凉，谈论星象，众人叹服。李明彻却不来谈论，黄一桂便到其居室，见桌上只一册《几何篇》。于是两人谈天说地，夜深不停。黄一桂很佩服李明彻知识渊博，他把《圜天图说》推荐给了卢元伟。当时两广总督阮元正主持编写《广东通志》，认为古人的方志不叫“志”，而叫“图经”，所以绘图特别重要，可惜没有合适的绘图人选。卢元伟便把《圜天图说》进呈给阮元。阮元看完后，认为李明彻是张宝、傅仁均之后唯一一位懂天文的出家人。他打破今人不入史的传统，将《圜天图说》破格收入《广东通志》艺文略，并请李明彻为《广东通志》绘图。
是年为编撰《舆地略》，他到漱珠岗（今广州市海珠区新港西路五凤村内）寻访东汉学者杨孚故宅。漱珠岗近览珠江，远眺云山，景色迷人，杨孚、崔与之等历史名人都曾在此设帐讲学。他决意在此建修建道观，撰修《广东通志》。得阮元支持，带头捐款，并发起募捐，一时各府州县商绅都热心资助，募得白银数万两购得整个漱珠岗山地。
道光三年（1823年）《广东通志》成书出版，《舆地略》也备受称赞，次年纯阳观竣工建成。他以朝斗台作为天文，继续从事研究星际与修道养息。他的《寰天图说》、《圜天图说续编》均被《清史稿》和《广东通志》记载，全文收入《藏外道书》及《四库未收书辑刊》内。还著有《道德经注》2卷、《黄庭经注》1卷、《证道书》1卷、《修真诗歌》3卷。
李明彻主持筹建纯阳道观，道光六年(1826年)开始修建，道光九年(1829年)竣工。《南海百咏续编》记载了一件趣事：纯阳观在破土动工时，发现几棵百年茯苓，李明彻服用后，年八十神气不衰。
朝斗台率先竣工，为李明彻夜观天象之观测台，这是广州地区现存最古的观象台。
道光四年(1824年)，广东米贵。李明彻向总督阮元进言，洋米比当地米便宜一半，不如进口洋米。但是洋人以中国税重推辞。阮元于是上书奏请，免除了洋米进口之税。广东免除了米贵之苦，一时官民称道。道光六年(1826年)春，南方出现彗星，流言四起。阮元怀疑广东将有战争，李明彻推算此为天旱现象，将有旱灾。阮元打算找道士设坛祈雨，但身为道士的李明彻却认为“祈祷没有用，应当为旱灾做准备。”便向阮元建议大量进口洋米以备饥荒。当年秋天广东果然大旱，因为采纳其建议，准备充分、洋米大量进口，米价平稳，广东成功渡过旱灾。李明彻故负有“仁者之言”，“有道之士”美誉。李明彻生性淡远，不妄交，没有设坛讲授其天文之学。世人只知他善画，并不知其懂天文。道光十二年(1832年)李明彻卒，葬于三元里松柏岭。
全文收入《藏外道书》及《四库未收书辑刊》的李明彻著作，除《圜天图说》、《圜天图说续编》、《清史稿》和《广东通志》“艺文”外，还著有由阮元题名，刊于嘉庆二十四年(1819年)的《图说》三卷；刊于道光元年(1821年)《续编》二卷；《道德经注》二卷、《黄庭经注》一卷、《证道书》一卷、《修真诗歌》三卷。李明彻还为《广东通志》绘图，阮元尤以绘图为豪。
李明彻所绘地图，分布在《圜天图说》和《广东通志》中。《圜天图说》有地图21幅，包括地球正背两面全图、大清一统全图及盛京、直隶、江南、江西、浙江、福建、湖北、湖南、河南、山东、山西、陕西、甘肃、四川、广东、广西、云南、贵州18省地图。其中最有名的是地球正、背两面全图，也就是东、西两半球图。
李明彻懂得运用不同的比例尺来编制地图，用他自己的话叫“格眼大小不一”，采用梯形投影绘制中国分省图，在清朝当时绘制理论上是非常先进的。而所绘东、西半球图，采用投影方式，用虚线绘出航海路线，双直线绘出黄道并标明二十四节气，绘制达到较高的水准。
在《广东通志》中，李明彻绘制疆域图和海防图。疆域图共106幅，包括省图1幅，府、直隶州、厅图16幅，散州县图89幅。每介绍一个地方，先以文字介绍，再绘制地图，最后再以文字解释。
海防长图一幅非常清楚，在当时具有极高的军事实用价值，是了解鸦片战争前夕广东海防的重要史料。海防略后附有更为精确的澳门图一幅。李明彻修志，注重实地考察，漱珠岗就是他在考察中所得。明末利马窦将地球说传入中国，并在民间逐渐推广。直到乾隆、嘉庆年间，仍未被朝廷和士大夫阶层重视。《清朝文献通考》中仍称“大地东西七万二千里，南北如之。中土居大地之中，瀛海四环。其源边滨海而居者，是谓之裔，海外中国亦谓之裔。裔之为言边也。”
“北有三元宫，南有纯阳观”，可见纯阳观是广州市区两大道观之一。作为道士的李明彻有如此深厚的科学修养，取得如此大的科学成就，真是难能可贵。他是纯阳观的骄傲，他的人品受到世人的赞誉，他的著作和作品作为“镇观之宝”被珍藏。
六、广州蕃坊
1、蕃塔
由于宋元两代鼓励通商的政策，东南沿海港口城市广州、泉州、扬州，“胡客”就达数十万人。在这些“回回”中，又以珠宝富商居多。他们在当地建有伊斯兰教寺院，最早的是广州怀圣寺，世传建于唐代。时泉州有建于宋真宗时的圣友寺和南宋高宗时的清净寺，南宋末在扬州也建有礼拜寺。怀圣寺于广州老城厢中部偏西。于寺门之内建有看月楼、长廊、碑亭、经堂、水房、礼拜殿等建筑，光塔建于寺的西南角。光塔又称怀圣塔，以青砖砌筑而成，塔底的直径为7.5米，由下向上逐渐收分，塔的总高约为36.3米。外表以砚壳灰批覆，平面呈圆形，外观不分层级，犹如巨大的银笔直指云霄。上面未置避雷针等设备，饱经千余年的风摧雨荡，至今仍然保持完好。
宋太宗雍煕三年（986年），占城（今越南南方）的蒲罗遏率族人百口，徙居海南岛；端拱元年（988年），占城回回忽宣率族人301人移至广州。甚至还有130岁高龄的阿拉伯人无西忽卢华因“远慕皇化”而定居广州。此时，不少“富盛甲一时”的巨商豪贾，已有相当的社会经济地位，可自由地进行宗教活动。宋朝乃设“蕃坊”主持宗教，并设“蕃长”行使行政职权。规定“回回”可与汉人通婚，携眷移居。南宋岳飞之孙、岳霖之子岳珂（1183－1234年）所著《桯史》，记载了他在绍熙三年（1192年）自己十岁时在广州所见番商的寺院（怀圣寺）。
《桯史番禺海獠》条所记“番禺有海獠，尚龟而好洁，相与膜拜祈福。有堂焉以祀……中堂有四柱，皆沉水香，高贯于栋，曲房便榭不论也……后有一堵波（梵语为塔），高入云表。式度不比它塔，环以壁为大址，累而增之，外圜而加灰饰，望之如银笔，下有一门，拾级而上，圜转焉如旋螺，外不复见其梯磴每数十级启一窦……堂中有碑，高袤数丈，上皆刻异书，如篆籀，是为像主，拜者皆向之。”
南宋方信孺在《南海百咏》“番塔”条载：“始于唐时，曰怀圣塔。……历代沿革载怀圣将军所建，故今称怀圣塔”。建怀圣寺又建光塔，一为宣礼，二为导航。寺内要聚礼祈祷时，选弟子中高音声美者，登于塔顶，按照唤礼词呼唤，以让寺周围甚至船上的穆斯林都能听见；且可为灯塔，建于城西，濒临珠江。远航而来的的船舶远远就能眺望到耸立于城中高处的光塔，便了方向和目标感。宋代文献记录了每年的五、六月间，教徒们便登临塔顶、祈盼风讯，遥望阿拉伯商旅海船乘风而至。光塔“昼则悬旗，夜则举火”以起“导航归浦”的作用。
宋元祐年间。郭祥正任职端州，常来广州同岭南东路经略史蒋之奇游玩，有诗《同颖叔修撰登番塔》：
宝塔凝神运，擎天此柱雄。
势分吴越半，影插斗牛中。
拔地无层限，登霄有路通。
三城依作镇，一海自横空。
礼佛诸番异，焚香如汉同。
祝尧齐北极，望舶请南风。
瑞气凝仙露，灵光散玉虹。
铎音争响亮，春色正冲融。
耸笔添清逸，凭栏说困蒙。
更当高万丈，吾欲跨冥鸿。
其二为《广州越王台呈蒋帅待制》：
番禺城北越王台，登临下瞰何壮哉！
三城连环铁为瓮，睥睨百世无倾摧。
蕃坊翠塔卓椽笔，欲蘸河汉濡烟煤。
……
诗文所描述的蕃塔没有层限、高耸如笔。岳珂在《桯史》中也说：“式度不比它塔，环以甓、外圆而加灰饰，望之如银笔。拾级以上，由其中而圜转焉，如螺旋，外不复见。绝顶有金鸡甚巨，以代相轮”。
怀圣寺因火灾毁于至正癸未（1343年），唯光塔避过此劫，经历千百年沧桑风雨保存至今。郭嘉有《重修怀圣寺塔寺碑》文，有述：“白云之麓，坡山之限，有浮图焉，西制则西域，然石立，中州所未睹，世传李唐迄今。蜗旋蚁陟，左右九转，南北其局，其肤则混然若不可级而登也。其中为二道，出唯一户，古碑已漫，而莫之或记。”其中还记载元帅马合谟德所告怀圣寺的由来，据穆罕默德圣训：“学问虽远在中国，也应去寻求”。以赛义德？礼兹格？塔威勒所著，阿里？杨安译的《[古兰]与[圣训]中的科学奇迹》说法，穆圣可能派遣使者到中国传道，“怀圣”即为信众怀念伊斯兰教创始人“至圣”穆罕默德之意。
2、“蕃客回回”
这些来自中亚、阿拉伯、波斯、突厥等国家和地区，以及南海、占城等地的穆斯林，源源不断地来中国置产寓居或定居，与当地汉族和其他不同种族的人民和睦相处，婚亲交往，繁衍后代，成为了今天回族的一部分。
南宋方信孺的《南海百咏》中记载了广州的穆斯林后人：“蕃人家，在城西十里，累累数千，皆南首西向。”北宋大观、政和年间（1107—1117年），广州、泉州设蕃学，以对“蕃客”、“胡商”子弟进行文化教育的阿语学校。《桯史？番禺海獠》还载“番禺（广州）有海獠杂居，其最豪者蒲姓，号白番人，本占城之贵人也。既浮海而遇风涛，惮于复返，乃请于其主，愿留中国，以通往来之货。……岁益久，定居城中。……富甲盛一时。……余后北归。……言其富已不如曩日。……坐者皆置右手于褥下不用，曰此为浊手，唯以溷而已，群以左手攫取，泡而涤之，复入于堂以谢。”这里关于左右手的不同恐记载有误，穆斯林尚右，贵右手。宋时从南洋来中国的外国商人称海獠，又称舶獠，所以对阿拉伯商人也称海獠。南宋方信孺的《南海百咏》中记载了广州的穆斯林后人：“蕃人家，在城西十里，累累数千，皆南首西向”。广州郊外的“回回冢”以及泉州出土的阿拉伯文石刻，就是这些穆斯林后代已非短时间居住在中国，吸收的一些中国文化。
罗香林的《蒲寿庚研究》认为，阿拉伯(色目)商人蒲开宗，宋时为占城(越南)的西域(阿拉伯)海商，移居广州，经营商舶，总理诸番互市，统理外国贸易，富甲两广。南宋后期，泉州日盛，超逾广州。据《桯史》说蒲姓虽极豪华，而不久即败。其子蒲寿庚（1205-1290年），又称蒲受畊，号海云。宋元时期著名穆斯林海商、政治家、军事家。自广州移泉州后渚港，仍运贩大宗香料做海外贸易。蒲寿庚中国任泉州市舶司三十年，叛宋降元，元初兼任福建“安抚沿海都置使”，终生显赫。其兄蒲寿教著有《小心泉学诗稿》传世，成为中国式文人。
历史上不乏回族名人。除了经商、学习汉文化以外，有的穆斯林甚至还在内地作官，著书立传。宋代曾活动岭南的大书画家米芾，先世为西域人，独创“米家山水”画技，书法苍劲有力，影响深远。
据白寿彝《回回民族史》、邱树森主编《中国回族大词典》均有记载，西南地区回民人口最多的省是云南。有回族人口六十五万，是长江以南回族。历史上大名鼎鼎的郑和，就是云南昆阳人。元代是回回入云南的高峰期，元代云南最高长官是北宋神宗年间进入中国的西域回回布哈拉王后裔赛典赤？赡思丁。带了10万回回大军入云南。他的次子哈散任平安路同知、中奉大夫、广东宣慰使都元帅；孙子哈辛任宣慰司副使。整个元代，陆续进入云南的回回，代代皆有。宋元时，广西桂林及岭南皆有回人居住。在岭南做官的回人如南宋至元三年（1266年）进士伯笃鲁丁，字至道，任岭南广西道肃政廉访副使。后改姓白。有西域回回伯德那之子察罕，元仁宗赐白姓。
