“南海风涛壮，西江瘴疠多。”当时，每次洪水过后，端州还会出现“春瘴”，瘴疠横行，而当时岭南风气未开化，迷信风俗浓厚，加上严重缺医少药，因此巫医盛行，人们生病之后，往往把救灾避难的希望寄托在神灵身上，多去求神问卜，而不是用药物治疗。巫婆这时就会四处活动，到西江取“仙水”给人治病，这所谓的“仙水”其实就是上游泄洪下来的浊水，百姓喝了身体只会更差。比包拯早四十多年担任端州知州的陈尧叟，就曾在端州推广中医中药，而禁止巫医蛊惑害人，但巫医一道实在难以禁绝，收效甚微。
包拯便去与梁燮商议治瘴疠的办法。这梁燮二十岁便中了进士，做过雄州的通判，中年时举家迁居端州，是个饱学之士，包拯很是敬重他。包拯在征询他的意见商定了治瘴疠的药方之后，便大力倡导、推广医药，同时批驳，揭露巫医的欺诈行为，取缔巫医在民间的一切活动。经过包拯大张旗鼓的宣传和批驳，看到中医的疗效之显著后，越来越多的端州百姓便不再相信巫医，而愿意接受中医治疗，许多人因此得救了。
之后，包拯又受到梅庵惠能井的启示，按照北斗七星的形状排列在端州城内开凿了七口井。分别在府治内、西岳庙旁、学前街内、分司巷口、丰济仓右、城北门左、主帅堂前。井水水质清冽、甘甜可口，取水又方便，改变了端州百姓历年来饮用西江河水或沥湖积水的习惯，减少了疾病发生。百姓的饮水问题解决了，西江瘴疠之患制止了，居民饮水思源，将这七口水井称为“包拯井”。
根据清代张渠《粤东闻见录》卷“井水”条中所说：“肇庆（古端州）当初有七口井，是包拯担任知府时开凿的。城内五口，城外两口，排列成北斗七星的形状。”张渠还记载说：“当时的人每天都要到岭峡泉取水，只能雇用民夫用小船来运，要耗费一天的时间在往返上。而小溪深涧里的水，喝了对人身体也不好，不如城内的井水，好喝而且方便。”不少史籍中对于“包拯井水”的“泉清滑甘”、“食无患害”、“端州之人咸受其福”都有记载。
而关于这“包公井”还有着这样的神话传说：关于当时府治内的那口井，相传是包拯锁妖井，相传每当洪涝来时，都会有蛟龙精出没，端州百姓为此所扰，不得安宁。包拯就任端州后，巧施巧计，将蛟龙精锁于井中，使百姓终于得以安居乐业。端州百姓便将锁蛟龙精的水井称为“锁妖井”。传说井上的铁链锁着蛟龙精，若有人能将铁链子一口气拉尽，就能听到蛟龙精翻腾挣扎的声音，井水也会漫涌起来。
也有传说称这口井是包拯“夜审阴间”时对“有罪之鬼”的关押之地，俗语称为“包收卢放马成湖”。更有传言说，如果有姓卢或者姓马的来此做官，鬼怪就会出来害人。有一次，朝廷上要派一个姓卢的来此做官，端州府的士绅都为之大骇，联名上书朝廷，请求将这姓卢的官员调离。衙门里还有一个四面用砖石封死的“乌台”，传说这便是包拯当年“审鬼”的地方。凡是新任的端州知府都要对这些“神迹”进行礼拜，否则便会遭殃。这些传说在《留仙外史》、《子不语》等清人笔记中都有所记载。其实，这些传说都是端州百姓为感激包拯解决了端州水患，能够安居乐业而缅怀创作而成的故事，以使包拯可以通过口口相传被一代代端州百姓记住。
在根治了瘴疠后，包拯还曾教端州百姓用井水发芽菜，来渡过春瘴后的“菜荒”。为了大力发展端州的农业，包拯还专门叫人从北方带来了菜种，在麦仔园推广种植黄芽白（北方称大白菜）。
隋唐时期和宋初，端州的州城设在今天的黄岗镇渡头村一带，处在两条水道之间，地域狭窄。包拯加筑了堤围，开通了沥渠，大大扩充了陆地面积，使这里得以安置下更多的百姓，而密集的民居也使这里形成了新的街市，包拯将其命名为“富民坊”，取祝愿居民发财致富之意。
当时，很多小孩都患有疳积。这疳积多是因为饮食不规律，气血不足或者喝了浑浊的江水而引起的脾胃损伤。患者面色萎黄或苍白，毛发枯黄稀疏，骨瘦如柴。包拯便教富民坊居民制麦芽糖、山楂饼，健脾开胃，帮助小孩治疗疳积。并在富民坊东设厢军巡逻营，维持治安。
庆历二年（1042），广南东路提点刑狱周湛、同提点刑狱钱聿前来端州视察民情，见这里百业兴旺，民风淳朴，向当地百姓询问调查时，众人都对包拯勤政为民与清正廉明啧啧称赞，有口皆碑，周湛、钱聿大悦。三月九日，两人心情愉快地与包拯一起同游了七星岩石洞。这座石洞是一个天然的洞府，被誉为“石室洞天”，壁上刻有历代文人墨客游览时留下的题记、诗词。包拯便也在壁上留下了题记：“提点刑狱周湛同提点刑狱钱聿知郡事包拯同至庆历二年三月初九日题。”包拯在石室东壁上的小幅题字，字体清癯，端劲峭拔，朴实无华。字如其人，折射出包拯廉逊俭朴的高贵品质。这处石刻是包拯留存世间至今的罕见真迹。
周湛向皇上奏折，赞包拯政绩彪炳，是栋梁之材。
庆历三年（1043），包拯在端州终于任满三年，正当包拯计划开两条大小渠，把七星岩一带的沥湖水排干，将沼泽地改成良田的时候，仁宗皇帝下旨升调包拯到开封府，升任监察御史里行。
包拯就任端州知府三年以来，作为港口城市的端州的官衙、仓储、码头、堤围水利设施以至书院都得以大规模构建。包拯虽然来不及开始建造学宫、城墙和城壕，但端州宋城的基本格局从这时便确定了下来。开渠排沥水，使现在七星岩景区的山水布局，都已在当时显露出了雏形。
