明确了天子代臣理庶务、将大小权力全部揽到手中的态度。奏折制度取消中间环节，提高行政效率，成为雍正推行革新大政的有力工具。诸如“耗羡归公”、“摊丁入地”、“改土归流”等被雍正称为“机密紧要之事”，通过“无不立达”的奏折和朱批谕旨，往复讨论，迅速决定，雷厉风行地予以推行；并继续以“无不立达”的奏折和朱批谕旨指导和监督其实施。奏折制度令各级官员彼此监督、互相告密，成为雍正控制官员的有效手段。
一方面，奏折制度把官员秘密言事或者说充当特务，变为其本职工作的一部分，迫使他们彼此各存戒心，不敢放胆妄为，迫使他们对雍正更存畏惧之心，俯首为奴；另一方面，奏折制度使雍正可多方了解、掌握臣下的思想、心术乃至隐衷，由于密折具有高度机密性，其内容只有皇帝和上奏折之人知道，故雍正可以充分利用密折，或多方笼络、予以鼓励和教诲；或挑拨离间，予以孤立打击，从而在更大程度上操纵、控制各级官员。雍正通过密折朱批，对群臣极尽笼络之能事。
如对宠臣鄂尔泰朱批道：“默祝上苍厚土、圣祖神明，令我鄂尔泰多福多寿多男子，平安如意。”
“朕实含泪观之。卿实可为朕之知己，卿若见不透，信不及，亦不能如此行，亦不敢如此行页。朕实嘉悦而庆幸焉。”
对宠臣田文镜朱批道：“卿之是即朕之是，卿之非即朕之非，其间有何区别？”对其他官员也透着亲近。
如在湖广岳常道杨晏奏折上朱批：“是何言欤为？如何教朕料理起你家务来了，如此撒娇儿使不得，你弟兄们共商量速完结好，可惜你们功名与朕恩典。”在山东登州总兵官黄元骥奏折上朱批：“知道了，你去年来少觉有点老景，打起精神来做官，若以年老废弛，使不得。”
在宣化总兵官李如柏奏折上朱批：“朕安，闻你吃酒任性，若如此，大负朕恩，自暴自弃矣，当惜自身，可惜下半世功名人品。”雍正通过密折朱批，对群臣挑拨离间，分化瓦解。如他欲兴年、隆狱之初，雍正二年十一月，在湖南巡抚王朝恩奏折中朱批：“即隆科多、年羹尧亦不能致汝祸福也，二人就曾在朕前奏汝不可用。”
雍正二年十二月，在河道总督齐苏勒奏折中朱批：“隆科多止论尔操守平常，而年羹尧前岁数奏你不能料理河务。”雍正三年二月在云贵总督高其倬奏折中朱批：年羹尧曾“奏你不称云贵总督之职”，“若有与你作梗为难，只管密以奏闻”。雍正通过密折朱批，对群臣不称旨之举，冷嘲热讽，滥发天威，严责痛斥，不留余地。
如在广州左翼副都统吴如泽奏折上朱批：“胡说，看你有些疯癫。”在甘肃巡抚石文焯奏折上朱批：“无耻之极，难为你如何下笔书此一折。”
在陕西巡抚西琳奏折上朱批：“汝扪心自问，何为立于天地间也，满洲大臣官员之不廉无耻见小之愚风，再不能改革，朕实不解。朕闻此奏各处访问，你虽无大贪之处，小取挟私之事，不可枚举。总言福量浅薄，担荷不起朕恩，满洲为面着汝等畜类不如，良心丧尽之人坏尽矣！”雍正朱批御旨常常出现“混账”、“糊涂”、“狗彘”、“恶种”、“愚顽”、“卑鄙”、“滥小人”、“厚颜无耻”、“可笑之极”、“岂有此理”、“庸愚下流”、“草率孟浪”、“不是东西”、“禽兽木石”、“朽木粪土”等污言秽语。雍正常勉励大小官员：“为人只要清晨出门时抬头望天，至晚归寝时以手扪心，自得为人之道矣。”
天，即是天子，即是雍正，雍正极具威慑力地要求大小官员每一件事，都要抬头看天，扪心自问，是不是忠于雍正。在这样险境丛生、祸福莫卜的环境中，大小官员诚惶诚恐、人人自危，纷纷以谨慎自励、以雍正奴才自居，不敢错言一句话，错行一步路。雍正七年，在平定准噶尔策旺阿拉布坦之役中，雍正更设立了军机处（按：原名“军机房”，后改名“办理军机处”简称“军机处”）。
军机处设军机大臣（按：正式称呼是“军机处大臣上行走”，“军机大臣上学习行走”，统称“办理军机大臣”，简称“军机大臣”），无定员，由雍正从大学士、尚书、侍郎等官员中特旨选任。另设军机章京，无定员，由雍正从内阁、翰林院、六部、理藩院、议政处等衙门官员中拣任。军机处只有值房，没有正式衙门，因此人说军机处“无公署，无专官”。
军机处职掌机要，军机大臣常侍皇帝左右，以备顾问谘询、参与军国大政的议论、面聆并按皇帝旨意撰拟机要文书。清代皇帝的诏令有“旨”、“敕”、“明发上谕”、“寄信上谕”数种。其中“旨”是批答朝内外官员题本的文书，“敕”是颁发各地驻防将军、总督、巡抚、学政、提督、总兵官、榷税使的文书。这两种文书均由内阁草拟，经内阁发六科抄出，宣示有关衙门和人员。“明发上谕”是宣布皇帝巡幸、谒陵、经筵、庆典、蠲赈、战争以及官员黜陟调补诸事的谕旨，也由内阁传抄发送。
“寄信上谕”则是由军机处撰拟、抄写、密封发出“告诫臣工，指授兵略，查核政事，责问刑罚之不当者”的机要密旨，因它不是经由内阁，而是由朝廷直接寄出的，故又称“廷寄”。可以看出，内阁“明发”的前三种诏令，涉及的是一般性事务；军机处撰拟、“廷寄”的寄信上谕，涉及的则是核心机要的军国大事。“廷寄谕旨”凡给发经略大将军、钦差大臣、参赞大臣、都统副都统、领队办事大臣、总督巡抚学政的，称“军机大臣字寄”；凡给发盐政、关差、布政使、按察使的，称“军机大臣传谕”。
“廷寄谕旨”函封均写明“某处某官开拆”，封口处盖有军机处印信，交由兵部驿站递相传送，函封标有“马上飞递”字样的，日行三百里，紧急事另注明日行里数，如加紧四百里、五百里、六百里，甚至八百里。极其迅速、机密。军机处并负责文件存档，官员的奏折，皇帝览阅，朱批“该部议奏”，“该部知道”，或没有朱批的，均交军机处抄成副本即“军机处录副奏折”，加以保存。
今天北京位于故宫西华门的国家第一历史档案馆所保存的千万件档案，“军机处录副奏折”占据了相当大的比例，成为研究清史不可多得的珍贵史料。军机处是皇帝私人的秘书班子。乾隆时当过军机章京的赵翼说：雍正以来，军机大臣“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间”。
军机大臣只对皇帝负责，只是承旨办事，不能成为与皇帝抗衡的宰相；军机章京是兼职人员，很难与军机大臣结成死党，因此军机处不可能形成尾大不掉之势，只能绝对听命于皇帝。军机处与奏折制相辅相成，雍正亲自批答奏折，向军机大臣面授机宜。军国要务由雍正一人决定，且通过军机处，提高了行政效率，使空前强化的皇权能够真正充分地落到实处，这使雍正在人们的心目中成为最大、从而也最可怕的独裁者。其次是进行吏治的整顿。与推广奏折制度同时，雍正以极大的力度进行了吏治整顿。吏治整顿主要围绕经济问题进行。
查补亏空钱粮
康熙晚年贪官横行，钱粮亏空的现象十分严重。雍正即位后一个月，即下令全面清查亏空钱粮，矛头明确指向各级贪官。雍正的态度十分强硬，表示“朕今不能如皇考宽容”、“断断不能姑容”，要求各省督抚必须将所载钱粮严行稽查，“凡有亏空，三年之内务期如数补足，毋得苛派民间，毋得藉端遮饰，如限满不完，定行从重治罪。三年补完之后，若再有亏空，决不宽贷。”亏空的钱粮，除被上司勒索及因公挪移分别处分外，其实在贪污者，一经查明，“即行正法”。若“循私容隐”，“将督抚一并从重治罪”。
雍正将清理亏空、惩办贪官的任务交给怡亲王允祥等人办理，并严厉声言：“尔若不能清查，朕必另遣大臣。若大臣再不能清查，朕必亲自查出！”户部库银经允祥查出亏空二百五十万两，雍正除令户部逐年弥补一百万两外，另一百五十万两责命全由户部历任堂官、司官及部吏赔偿。清查中涉及到皇族高官亦决不宽贷，曾管内务府事务的履郡王允礻为示威式地将家用器皿当街叫卖，声称是用于赔补。敦郡王允礻我赔补了数万金，尚未足数，终被抄家。
从中央到地方，因贪污、冒支、挪移正项钱粮各级官员被严惩、抄家的比比皆是。
如内务府权贵李英贵伙同张鼎鼐等人，冒支正项钱粮百余万两；丁忧家居（按：父死在家服丧）的山西巡抚苏克济，被人告发勒索各府州县银四百五十万两；原大红大紫的康熙亲信兼耳目苏州织造李煦，亏空三十八万两等，均被抄家以偿亏空。
雍正元年当年被革职查封家产的，还有河道总督赵世显、江苏巡抚吴存礼、江苏布政使李世仁、湖广布政使张圣弼、湖南按察使张安世、广西按察使李继谟、江安粮储道王舜、湖广粮储道许大完、前直隶巡道宋师曾、前江南粮道李玉堂等。当时舆论指责厉行清补的允祥“过于苛刻”、“过于搜求”，雍正则一副好汉做事好汉当的“铁腕儿”架势，极具威慑力地指出，厘清“弊窦”的一应饬令全部出自圣谟，不关允祥的事。
精明的雍正并出“赶尽杀绝”之辣手：第一，两地抄家。抄家，不只在犯官官衙抄，而且在其原籍老家同时抄，以防被抄之人将财产“隐匿寄顿”。雍正道：听任这些贪官“以贪婪横取之资财，肥身家以长子孙，则国法何在？而人心何以示儆”？“朕将奇贪极酷之吏，抄没其家资，以备公事赏赉之用”。第二，不但抄家而且罢官。以往官员亏空经常是革职留任，弥补亏空。雍正尖锐指出：
“亏空钱粮各官若革职留任以催追”，“不取于民，将从何出”？“必致贻累百姓”，严谕不准复留原任。若果为官尚好，彻底清还完毕后，可再由大吏题请复任。第三，亏空钱粮不准代赔。以往官员亏空有当地官民代为清偿之例，雍正五年，新任直隶巡抚李维钧奏请该省官员，欲助前任总督赵弘燮清补亏空，雍正不准。他认为合州县之力代为赔补，其中必有隐情。
不是不肖官绅上下勾结、希图将来犯官“题留复任”后相互利用，便是不法吏胥企图藉端科敛百姓。他不无揶揄道：“你州县官若富裕有钱，准为地方兴利，然不准为他人补漏。”第四，亏空钱粮却着落犯官宗亲戚友连带赔补。雍正以犯官宗亲戚友平时分用赃银赃物、又有窝赃可能，故在相当长的一段时间——雍正四年以前，均连带抄没犯官宗亲戚友的家产。
而若犯官畏罪自杀，则“跑了和尚跑不了庙”，加重处罚其家属，向其家属追赔。雍正四年，广东道员李滨、福建道员陶范被参亏空钱粮，未及审理便自杀身亡。
雍正尖刻地说：这些犯官以为“官职家财既不能保，不若以一死抵赖，留赀财产子孙之计”，狡计难逞！他严令广东巡抚杨文乾、闽浙总督高其倬、福建巡抚毛文铨等，将犯官“嫡亲子弟并家人等”严加审讯，“所有赃款着落追赔”。雍正严厉查补以往亏空钱粮的同时，遇有新的贪赃，更加严惩不贷。
雍正五年、六年，退职回原籍吴江的原礼科给事中、山西学政陈沂震，丁忧回原籍华亭的原翰林院侍讲、江西乡试主考官、山西学政廖赓谟，被人告发放考时贪赃受贿，雍正命前者出银一二十万两助修吴淞江；命后者出银八万两疏浚苏淞河道，另出银二万两送直隶正定府助修城墙。雍正十年，河南学政俞鸿图被人告发“纳贿营私”，资财累万，雍正断然将其处以斩刑。雍正抽紧了绳索，大小贪官（清朝几乎无官不贪）战战兢兢、朝不保夕、积怨蓄恨，对雍正暗结阴毒惨刻之仇的大有人在。
实行“耗羡归公”和“养廉银”制度
清代赋税中的“地丁钱粮”征收银两，银两形状大小不同、成色不同，需统一熔销铸造为大小形状一致、成色相同的银锭上缴户部，熔销过程中的损耗称为“火耗”；清代赋税中的“漕粮”征收粮食，粮食晾晒、簸扬及长途运输中遭雀吃鼠啃的损耗叫做“鼠雀耗”；解送搬运钱粮入库所需费用叫做“脚耗”，这些统称为“耗羡”。清朝实行低俸禄制度，一品大员总督年俸仅一百八十两，二品的巡抚、布政使仅一百五十两，以下递减，七品县令只得四十五两，吏役钱粮更加微薄，一年只有六到八两。这一点薪俸，不但要养家活口，还要聘请不可缺少的幕府师爷，应时打点孝敬各级上司的礼金，日常送往迎来、交际应酬的费用，直如杯水车薪，绝不足以维持官员正常的家庭生活、幕府的费用支出及庞大的礼金、招待、交际费用。
于是康熙时许州县官取一分为限的火耗，“意在养廉”；而地方官则将耗羡的私征、私派、私用视为约定俗成、合理合法的地方权利。耗羡征收的实际数量难于限制。火耗率从江西、浙江占正额钱粮的百分之五至十，一直到山东、河南占正额钱粮的百分之八十。耗羡的滥征、滥派，雍正心知肚明，雍正元年元旦谕地方官文告中即提出：“今钱粮火耗，日渐加增，重者每两加至四五钱，民脂民膏，朘削何堪。”五月，湖广总督杨宗仁奏请，将原属地方官私派、私用的耗羡提出二成，以充地方“一切公事之用”；山西巡抚诺岷则奏请，将每年收取五十五万两左右的火耗银全部归公，以其中二十万两，为垫赔实无可追的亏空及地方其他公用、以余下二十三万五千余两，为各官养廉，受到了雍正的嘉许，得以首先实行。其后，山东巡抚黄炳、河南巡抚石文焯，也先后奏请并在其属地实行提取耗羡之举。
但多数官员认为耗羡乃州县之私，若耗羡归公成为国家正税，一有加赋之嫌，二有纵贪之害，表示反对，直到引发了激烈的廷议。雍正二年八月，山西布政使高成龄具折全面批驳了反对意见，指出：“耗羡是百姓之钱粮、朝廷之财赋，非州县一己之资。正赋以供国有，耗羡以养廉员，治人食人，相维相系。
