对拉丁教会本身而言，这种精神的复活也产生了极大的影响，教会四分五裂，就算是那些残存的部分，也在很大程度上改头换面了。
11、12世纪中，教会是怎样在基督教世界进行近乎独裁的专制统治，14、15世纪中，教会控制人们的思想行为又是怎样渐渐失去威严的，这些我们在前面已经讲过。我们也提及过，先前那些信仰宗教的民族，曾经那么支持宗教并给予教会力量，却因为教会的傲慢、迫害和中央集权，而成为教会的对立面；也讲述了弗里德里希二世诡异的宗教怀疑论在王侯与宗教独裁的争夺中是怎样坐收渔翁之利的。教会的大分裂对教会特权冲击很大，使教会在宗教上和政治上的权力迅速下降，反抗的力量也同时从这两个方面向教会发起进攻。
英国人威克利夫的传道思想在整个欧洲广泛传播。1398年，在布拉格大学，捷克学者约翰·胡斯对威克利夫学说作了一番演讲，不久，这个传道思想在普通百姓中传播开来，迅速激起了人们的极大的热情。1414年到1418年间，为了解决大分裂的问题，教廷在康士坦茨召开了大会。其中有一个叫胡斯的人被邀请参加大会，皇帝承诺会保证他的安全。即使如此，他还是被捕，审判的最终结果是他以异端邪说危害大众，1415年被活活地烧死。教会的行为并没有平息波希米亚人民的愤怒，胡斯派信徒爆发了起义，接下来引起了一连串的战争，这就是拉丁系基督教分裂的导火线。教皇马丁五世为了镇压这次起义，为了使基督教重新得到统一，颁布了组织十字军的训谕。
教皇一共组织五次十字军去征讨这个顽强不屈的小国家，但都没有成功。这与13世纪时进攻沃尔多派时的情形相同，15世纪整个欧洲的无业游民都投入战争，参与进攻波希米亚人行列。但波希米亚的捷克人与沃尔多派不同，1431年，在多马日利策战役中，十字军一听到胡斯派战争的隆隆、远处部队的圣歌，战争的枪声还没有打响，他们就从战场上纷纷逃离，如潮水一般溃退下来。教廷在1436年的巴塞尔召开了会议，这次新会议与胡斯派达成协议，承认了很多胡斯派的教义。
15世纪中，瘟疫蔓延到了整个欧洲，社会动荡不安。普通百姓处在水深火热之中，英格兰和法国屡次出现反抗地主和富人的农民起义。胡斯战争以后，德国农民起义的规模不断壮大，还蒙上了一层深厚的宗教色彩。印刷技术对此产生了很大的影响。15世纪中期，莱茵兰、荷兰纷纷涌现出使用活字的印刷工人，随后这种印刷技术传到了英格兰、意大利。卡克斯顿于1477年在威斯敏斯特创办了印刷厂。于是《圣经》得到大量的传播，人们有关《圣经》的争论也更为常见。有趣的是，欧洲成了一个《圣经》读者的世界。这种随时可以得到的信息和更为清晰的宗旨灌输到普通人民的头脑中，而此时的教会正面临分裂，无力自卫，此外，王侯们正在筹划抢夺教会在其领地所掌握巨大财富的计划。
在德意志，以马丁·路德（1483-1546年）为中心展开了一场反对教会的斗争。马丁·路德于1517年在维特根伯格对各种正统教义和礼节进行批判。一开始，他效仿经院哲学家的方式，用拉丁文论战。后来他用了一种新武器，即印刷术，并用德文向广大民众传授自己的思想。与当时胡斯的境况相同，也有很多人要置他于死地。但因为他在王侯中有很多公开或秘密的朋友，又由于印刷品的影响，他才免遭杀身之祸。
那是一个思想纷繁、信仰削弱的年代，为了自己的利益，很多统治者都切断了自己的属民与罗马的宗教关系。他们尝试着建立更民族化的宗教，让自己成为这种宗教的领袖。很多国家都脱离了罗马教廷，如英格兰、丹麦、德国北部、挪威以及波西米亚，到了现在，它们还保持着独立。
但是上面这些王国的王侯们对臣民的道德和理性自由并不关心。他们不过是在利用民众的暴动和民众对宗教的怀疑，并以此来增强自己的力量，与罗马抗衡。如果成功地挣脱了罗马的管制，有了自己控制下的国家教会，他们就立刻掌控民众运动。然而，基督的教诲往往具有一种奇特的生命力，这种生命力使得人们不管出于世俗的还是宗教的王权之下，仍然超越服从和忠诚，以追求自尊和正直为目标。所以，从罗马分裂出来的王权教会又分裂成若干教派，这些教派完全拒绝教皇或者王后介入上帝与人之间。比如，在苏格兰和英格兰，有许多教派只把《圣经》作为自己生活和信仰的指针，不承认国家教会的清规戒律。在英格兰，这些人被称为"不信奉国教者"。在17、18世纪中，这些人在国家政治中有着非常重要的作用。他们不同意王侯担任教会的头领，以致砍掉了国王查理一世的头（1649年）。英格兰在不信奉国教者的统治下，度过了欣欣向荣的11年。
所谓宗教改革运动，一般是指北欧各大派从拉丁基督世界中脱离的运动。宗教改革的压力与震动，也同样在罗马教廷内部引起了深刻的变化。教会进行重组，一种全新的理念开始焕发生机。在这种精神复苏过程中，有一位西班牙的年轻士兵起到了重要的作用，他就是伊尼戈·洛佩兹·德·雷卡尔，他被人们称为"圣依纳爵罗耀拉"。经过一番戏剧性的波折，1538年，他成为一名教士，担负建立耶稣会的使命，并尝试着让宗教机构注入军事传统中那种慷慨侠义的精神。后来，历史上最大规模的传教机构之一就有耶稣会，它将基督教引入了中国、印度、美洲。它不仅阻止了罗马教会的迅速分裂，还使天主教世界的智力水平和教育水平有所上升，使各处天主教徒良心的复活加快了脚步，同时还大大地刺激了欧洲新教在教育方面的具有竞争性的努力。我们当今所知的天主教，生机勃勃、富于进取，这主要是这种耶稣会复兴的功劳。
