关于印第安人来自何处这一历史疑问，在20世纪末，科学家通过基因研究提出了新的假说。据美国记者托马斯·莫夫1990年10月在《洛杉矾时报》所发表的报道——《基因研究表明，南北美洲的印第安人同出一源》一文中披露，科学家们的这一发现的确是激动人心的。
托马斯·莫夫在报道中说，对美洲印第安人的遗传基因进行的新研究表明，南北美洲所有的印第安人中，95％以上的人都是一小群勇敢的拓荒者的后代，其中可能只有4名妇女。他们是在1．5万年到3万年以前从亚洲越过白令海峡来到美洲大陆的。
199O年7月27日，埃默里大学的遗传学家道格拉斯·华莱士接受记者采访时说，他们的后代在美洲分散开来，最后变成了一些完全不同的部落，例如，美国东北部的阿尔公金族，中美洲的玛雅人，以及南美洲的蒂库纳人。新的证据有力地支持了少数陷入激烈辩论的语言学家，他们一直认为，现存的600种印第安语言可能基本上同出一源。华莱士是通过研究线粒体遗传而得出他的结论的。线粒体是存在于人体每一个细胞中的一种很小的能够产生能量的组织，这种组织有一种独特的不同于细胞核中所包含的遗传信息。
实际上，所有的研究人员都认为，美洲的印第安人是亚洲人的后裔，是越过白令陆地桥从今天属于俄罗斯的亚洲东北部移居到北美的阿拉斯加的。历史上，当海洋的水位在地球气温变冷、大量海水被极地冰块阻隔不能外泄而下降时，白令陆地桥就暴露出水面。
学者们普遍认为，在6000年到4000年以前曾经发生过另外两次移民浪潮。这两次移民浪潮使说两种不同语言的印第安人来到了美洲。一种是纳德内语，另一种是爱斯基摩-阿留申语。说纳德内语的主要是加拿大西北部的土着，阿帕查人和纳瓦霍人也说这种语言；说爱斯基摩-阿留申语的主要是阿拉斯加和加拿大北部边陲的居民。
华莱士通过对线粒体的研究所得到的结果，有助于支持格林伯格和他的同事的观点。他的研究基于这样一个事实：线粒体基因是直接从母亲而不是从父亲传给孩子的，因此，线粒体要经过很长的时期才发生偶然的突变。
华莱士研究了8个相距遥远的美洲印第安人部落的血样。它们是亚利桑那州的皮马帕帕戈人，尤卡坦半岛上的玛雅人和巴西亚马逊河上游地区的蒂库纳人。他得出结论说，这3个印第安人部落都是一群为数不多的——也许是4个妇女的后代。
由于那4名同时代的妇女来自同一个部落，并且大概也说同一种语言，因此那种语言必定是今天美洲印第安人所说的所有语言的原型。
