日本大名在制订那个针对亚洲大陆的冒险计划上犯下了一个重大的错误。控制海洋，似乎最多是事后才想到的，最坏的结果却是从未想过的。但对朝鲜人而言，这却是他们的长处。斯蒂芬·特恩布尔写道：
“日本入侵的一个显著的特点就是几乎没有计划海上的作战行动。对于丰臣秀吉，他从日本西部大名那里强征而来的舰队只是用来运送军队的。在从对马到釜山的航程中，除了船上搭载的武士们之外，船只本身并没有任何保护。关于朝鲜海军可能会袭击他们这一点，似乎从来没有任何人想到过，但是我们知道丰臣秀吉曾经试图获得两艘葡萄牙船来用于这次行动，却遭到了婉拒。但是，航行过程中没有遭到任何抵抗，这更坚定了他的乐观情绪。”
日本人在朝鲜半岛建立据点后的两周内，李舜臣就在海上与日本人展开了战斗。有关他早期进攻行动的记载众多，而这些记载也使我们能够从中看到他日后在与日本人交战的漫长历程中才表现出来的伟大之处。后来的事实将证明，李舜臣的领导才能和勇气将对壬辰战争的结果起到决定性作用。因为控制住日本人的运输和补给路线，对于最后的成败至关重要。
李舜臣的战争机器
壬辰战争爆发时，朝鲜海军中最常见的是一种叫作“板屋船”的船只。这种船最初是用来抵御劫掠的日本海盗的，作为一种传统朝鲜船只，它受到了中国造船技术的巨大影响。用西方的标准来衡量，这种船过于宽大，而且在行驶中有些笨拙。这种船载员125人，桨手和作战人员是被分开的，前者在下甲板，后者在上甲板。尽管曾经建造过33．5米或更长的“板屋船”，但船的标准长度在15～21米。这种船的最主要特征就是有升高的船舷为船员提供保护，还有一个包括指挥官使用的船桥或前甲板这样的上部建筑。“板屋船”还有一个特征，就是有木板构造的船顶，可以抵御敌箭或长枪投来的火器，并在近战时阻敌登船。过去的绘画作品描绘了船尾巨大的弯曲船体，以及船舷两侧绘制的装饰性龙的图案。帆在开阔水域提供动力，桨则让船在港口和内陆水域中有更好的操控性。
尽管“板屋船”非常流行，但是最广为人知的，却是龟船这种当时、实际上也是整个朝鲜历史上最著名的战船。最早的龟船是以一种叫“长矛船”的早期设计为基础的，出现于15世纪中叶，随后经过了不断的改进，到了李舜臣使用时，已经和早期的龟船完全不同了。尽管在李舜臣成名之前100多年里龟船就已经存在，但确实是他提出了大量的改进建议。
在日本入侵亚洲大陆之时，可以说，龟船是一种传统的宽大船体，有着特别的扁平龙骨、用来保护作战人员的高船舷，以及上面装有无数刺状物体以轻松地刺穿那些试图登船敌人的船顶，再加上铁甲加固的甲板和船侧，这种船看起来确实像一只巨龟。在船头，有一只装饰性的龙头面向前方，而在龙头里至少可以安置一门中型火炮。船侧有12个炮眼，可以架设大炮，也可以在近距离时由长矛兵用来与敌人交战。桅杆和帆是在开阔水域使用的，而当船在更狭窄的水域或是在战斗中由桨手来推动时，它们是可以收起来的。
由于龟船既可从较远距离开火，也可投入近战。因此，龟船确实是一种令对手感到可怕的战船。李舜臣的改进之处包括增加了一个全封闭的船顶，这样可以更容易地阻挡敌人的弹丸或箭，还架设了无数小型火炮，这样就具备了近距离在船舷射击的能力。虽然在壬辰战争中，朝鲜舰队中的这种船还很少，但这似乎并不能妨碍李将军的行动。他对朝鲜海岸线、浅水区域、浅滩的熟悉，以及他在指挥中的大胆创新非常重要，而龟船的出现只会更增强这些因素的效力。
朝鲜海军武器
在14～15世纪时，中国的火药技术很快就被朝鲜人引进过来。到了李舜臣的时代，朝鲜海军的战船上部署了5种主要火炮。按照尺寸从小到大的顺序依次是：从上层甲板上发射的小型“胜”字炮、“黄”字炮、“玄”字炮、“地”字炮，以及重达300千克、口径140毫米能把炮弹射出数百码之远的“天”字炮。这些大炮经常发射的弹丸中，包括霰弹式铁炮弹、石头，还有一种大型铅弹。
除此之外，“天”字炮还可以发射带有铁头的巨大木箭，能够对敌船造成巨大的破坏。这种箭有3米长，以高速被推向敌人战船的木质龙骨，经常可以把木板击成碎片。有时，这些箭上还点上火，以让敌船着火。
初期遭遇
在日本入侵的前一年，李舜臣被提升去指挥位于庆尚道西面的全罗道朝鲜水军舰队。这两个位于朝鲜最南端的地方被划分为两个水军管辖区。另一支舰队、庆尚道水军的统帅元均（1540～1597年），第一个在海上遭遇到日本人。
作为朝鲜舰队的第三指挥官，元均的指挥特点是犹豫不决，而这次战斗对朝鲜人来说就是灾难，朝鲜人几乎被消灭殆尽。
李舜臣并没有因为元均的失利而害怕，他勇敢地组织起了防御。1592年5月25日，日军已经在釜山登陆，而他们的补给船就在附近。勇敢的李舜臣将军向停泊在临近巨济岛玉浦港的日本船只用大炮和弓箭从两侧发起了袭击。火箭让数艘日本船只着火，一些日本水手惊慌不已，砍断缆绳，试图躲避朝鲜船的攻势，但只有少部分得以逃脱。
李舜臣取得了压倒性的胜利。26艘日本船或沉没或着火，而朝鲜方面只是一名水手的臂膀受了伤。就在同一天，朝鲜人继续搜索敌人，并在天色渐黑时消灭了一支日本小规模船队。
在接下来的数周时间里，李舜臣的战船继续击沉和摧毁着日本船只。就在取得初战胜利后的第二天，李舜臣航行到了对马岛和釜山之间的航道，并遭遇了数量庞大的日本补给船队和护航船。在这场持续数小时的追击战中，李舜臣船队击溃了敌人，并在没有损失一艘战船的情况下，击沉或俘获了超过40艘敌船。接下来，李舜臣把舰队西移到靠近朝鲜半岛南部海岸一个更加有利的位置。
陆上的战事每况愈下，朝鲜向邻国中国请求军事支援，李舜臣则在初夏发动了对日本人的第二次海上战役。日军正在泗川修建沿海防御阵地以护卫港口和保护停泊在港内的船只。李舜臣知道，由于港口的限制，加上退潮，他的舰队处于不利位置。因此，他下令舰队在日本人面前摆出了一副仓皇撤退的架势。在把日本人吸引到了开阔水域后，李舜臣掉头转向敌人并突击其中部。日本船队被迅速打败，但是李舜臣却刻意让少部分日军未受攻击，目的是希望他们能够放弃在海岸上修建的工事。而那些日本人害怕自己可能孤立无援，也确实这样做了。
到此为止，丰臣秀吉已经痛苦地认识到，自己在海上面临着与陆上相反的局面，并开始感受到了储备减少和补给线过分拉长的后果。与此同时，在李舜臣的指挥下，朝鲜海军继续让日本人承受着损失和难以避免的失败。据称，李将军向一支预定到达朝鲜海岸，有25艘补给船组成的日本船队展开进攻，并将其全部击沉。几天之后，他再次运用了佯装撤退的战术，对追击的日军两侧实施了进攻。只有一艘敌船得以逃脱，但它随后就受到追击，到第二天早晨也被击沉。
闲山岛战役（1592年）
在海上开展作战不到两个月的时间里，李舜臣给日本人造成了一连串的巨大损失，有超过100艘敌船被击沉或被俘，有数千人伤亡。而形成鲜明对比的是，朝鲜在这些战斗中仅仅是11人阵亡、26人受伤。自开战之初元均失利以来，还没有一艘朝鲜船只被击沉或是受到严重损伤。
为了改变目前的局势，丰臣秀吉决定进行疯狂的报复，并集结起了一支强大的舰队来控制黄海上的关键航道。丰臣秀吉命令将军胁坂安治（1554～1626年）先与另外两支舰队会合，然后开始远征。但是胁坂安治失去了耐心，决定只带领自己的73艘船出发。在这些船中，估计有36艘是称为“安宅船”的大型船，船上有多层甲板，有口径可能比朝鲜重型火炮要小的无数火炮。另外有24艘“关船”是中型战船，还有13艘被称为“小甲船”的侦察船。
在得到了一个当地农夫关于日本海军正向他驶来的警告后，李舜臣知道了敌人暂时停泊在靠近闲山岛的见乃梁海峡北部。和前几次一样，李将军展开了进攻，并制订了诱敌进入对他自己更为有利的开阔水域作战的计划。在与另外两支由元均将军和李亿祺指挥的、规模要小一些的水军会合后，朝鲜水军的总战船达到了54艘，而其中只有少部分（有些人说只有2艘或3艘）是著名的龟船。
就如同公元前480年希腊人和波斯人之间著名的萨拉米斯海战决定了西方文明的未来一样，闲山岛海战也可以说是东亚战争史上的一个分水岭。1592年8月14日早晨，李将军把作战计划付诸行动。李芳对闲山岛战役的描绘简洁且多少有些传奇色彩，但是却展示出了李将军是如何完美地实施整体进攻计划的。李舜臣再次运用佯装撤退的战术诱惑敌人。他派出了6艘板屋船进入到巨济岛和朝鲜大陆之间的狭窄水道，用这种方式让胁坂安治认为可以轻易取胜。很快，日本人就开始对看起来惊慌失措、处于劣势的朝鲜船展开了猛烈追击。
鹤翼阵与西方的“T”形包围战术阵形更为相似，阵形也形成了一个巨大的“U”形，让敌军钻入到包围之中。朝鲜船用大规模的火力从正面和两侧对敌造成巨大杀伤。李将军在以前曾经使用过线式或车轮战术在开阔水域与日军交战，但是这一次，事实证明鹤翼阵是对佯装退却最好的补充。
战斗阵形
李舜臣把更重型的战船部署在阵形中央，而把相对较轻和速度更快的船只部署在侧翼。在阵形的后方部署的是机动力量，以在战斗混乱、烟火弥漫而阵形出现空隙时进行补充。胁坂安治想要运用日本人最喜爱的战术，那就是快速靠近、格斗、登船并在肉搏战中打败敌人。但他有意所做的，却正是这位朝鲜将军所期望的。
结果，日本人追击着逃跑的板屋船，进入了鹤翼阵的虎口中。射程更远和火力更猛的朝鲜箭支和大炮立刻开始发威。朝鲜的舷侧炮火猛烈，而日本武器只能作出象征性的回应。胁坂安治的数艘船只立刻起火。朝鲜炮火从各个不同方向同时集中打击敌人，而日军则无疑成了网中之鱼。
战斗持续到傍晚，胁坂的冲动让他付出了惨重代价。他的两名部下在战斗中阵亡，而另一名部下则切腹自杀。他自己在战斗中也身中数箭，只是因为有盔甲他才没受致命伤。到了日落时分，有59艘日船要么沉没，要么就被朝鲜士兵登船而俘获。最后，胁坂把自己的将旗转移到了一艘更小的船上，带着不到原先20％的船只逃跑了。
李将军保留了一份关于他战时成就的详细日记，并定期向朝廷报告。关于闲山岛的伟大胜利，他这样写道：
“开始，我派出了5或6艘板屋船为先锋去追击，造成要进行突然袭击的假象。当敌船全速来追击我船时，诱其追到开阔水域。我立刻命令我方船队摆鹤翼阵，以半圆形来包围敌船。接着，我大喊：‘冲锋！’我们的船向前冲去，‘地’、‘玄’和‘胜’字号炮怒吼，把2或3艘敌船击成了碎片。其他的敌船被打得魂飞魄散，向各个方向四散逃窜，完全混乱。我们的官兵，还有地方官员们大叫：‘胜利！’争先恐后，以箭一般的速度奔跑，向着敌船发射暴雨般的利箭和炮弹，烧着了敌船，彻底杀光了上面的敌军。”
李舜臣以一种大将风度把幸存的敌人聚集起来，移交给了地方官员，命令他们给予必要帮助，并在和平一旦到来时把这些人送回日本。总之，日本的伤亡人数估计达到了惊人的9000人，而朝鲜只有19人阵亡，114人受伤。
闲山岛战役的尾声
作为闲山岛大胜的余波，很明显，平壤成为日本人在陆地上北进的终点。此时，得到补给和增援的唯一一条来自海上的线路，是一条之后还要通过陆路运输、耗力的路线。即便如此，后勤保障也难以维持长期的进攻。丰臣秀吉不得不下令让自己的海军避免和朝鲜海军正面交锋，而后者则控制了朝鲜沿海海域。丰臣秀吉的那个包括中国、菲律宾以及整个东南亚在内的、宏大的征服幻想已难以实现，很大程度上是因为他没有领会控制海洋的战略重要性。
