元朝后期，南戏流经昆山一带，与当地语音和音乐相结合，经昆山音乐家顾坚的歌唱和改进，推动了它的发展，至明初遂有昆山腔之称。明嘉靖十年至二十年间(1531—1541年)，居住在太仓的魏良辅借张野塘、谢林泉等民间艺术家的帮助，总结北曲演唱艺术的成就，吸取海盐、弋阳等腔的长处，对昆腔加以改革，总结出一系列唱曲理论，从而建立了委婉细腻、流利悠远，号称“水磨调”的昆腔歌唱体系（魏良辅《南词引正》《曲律》）。但这时的昆腔也仅仅是清唱。“清唱，俗语谓之‘冷板凳’，不比戏场藉锣鼓之势，全要闲雅整肃、清俊温润。”
后来，昆山人梁辰鱼，继承魏良辅的成就，与郑思笠、唐小虞等对昆腔作进一步的研究和改革。隆庆末，他编写了第一部昆腔传奇《浣纱记》。这部传奇的上演，扩大了昆腔的影响，文人学士，争用昆腔新声撰作传奇，习昆腔演唱者日益增多。由是昆腔遂与余姚腔、海盐腔、弋阳腔并称为明代四大声腔。到万历年间它的影响已从吴中扩展到江浙各地。万历末，已是“四方歌曲必宗吴门”，并且“声各小变，腔调略同”，形成了众多流派，一跃而居诸腔之首。昆腔传入北京，又迅速取代了继北曲之后盛行于北京的弋阳腔。它不仅为士大夫所喜爱，而且也深受群众欢迎，遂逐渐发展成全国性剧种，称为“官腔”。
从明朝天启初年到清朝康熙末年的100余年间，是昆剧蓬勃兴盛的时期。剧作家的新作不断涌现，戏班竞演新剧，蔚然成风。表演艺术日趋成熟，身段表情、说白念唱、服装道具等日益讲究，已有老生、小生、外、末、净、付、丑、旦、贴、老旦等角色，分工细致，有利于刻画人物。从演出形式看，折子戏逐渐盛行。
昆腔戏班初期多演出全本传奇，一本有四五十出，须两晚以上或更多时间才能演完。明代末叶，弋阳诸腔的传奇演出风行南北，以大量新编历史故事戏及生动的情节，热烈的场面吸引广大观众；倚重生、旦格局，讲究曲词典丽的昆山腔传奇难以匹敌。于是明末清初的艺人通过演出实践，删除了一些软散场子，紧缩凝练，删除枝节，节演整本名剧；同时，又从剧中选其特别精彩的一出或数出，加以充实、丰富，使之成为可供独立演出的短剧，这就是“折子戏”的诞生。加以清康熙时，大兴文字狱，在扬州设局修改词曲，加强对戏曲的控制，迫使剧作家的创作远离现实，造成《长生殿》《桃花扇》以后优秀剧作的寥落，这也是促成折子戏盛行的原因。乾隆三十五年(1770)由玩花主人编选、钱德苍续选的折子戏总集《缀白裘》(新集)的问世，标志着昆腔演出全本传奇时期过渡到演“折子戏”时期。
折子戏以其生动的内容，细致的表演，多样的艺术风格弥补了当时剧本创作冗长、拖沓、雷同的缺陷，给乾隆、嘉庆年间的昆剧活动带来了生动活泼的局面。通过艺人对戏剧人物的精雕细琢，出现了一批生、旦、净、丑等本行为主的应工戏，如生、旦的《琴挑》《断桥》《小宴》；旦角的《游园》《惊梦》《痴梦》；净脚的《山门》《嫁妹》；付、丑的《狗洞》《下山》等，它们都是观众百看不厌的精品。然而单演折子戏也带来了一些弊病，如造成大量整本传奇的湮没，使剧目锐减；表演凝滞，唱做过分吃重，束缚了创新；剧目陈旧，缺乏新鲜气息。加之格律过分谨严，文辞古奥典雅。这就使昆剧逐渐脱离群众，步入困境。乾隆末年，昆剧在南方虽仍占优势，但在北方却不得不让位给后来兴起的其他声腔剧种。道光以后，江南的昆剧虽曾在新兴的城市上海支撑一时，但到同治末，光绪初，徽班与京班相继南下，经过一段时期的竞争，终于被新鲜、通俗见长的徽班与京班压倒。
明清时期昆曲的清唱活动与昆剧演唱的发展，有一定关系。明代爱好昆腔的士大夫，除蓄家班搬演传奇外，偶尔也亲自串演；但更多的则是以清唱自娱。清唱活动，在民间也很流行，特别是苏州一带，明末清初中秋之夜在虎丘例有清唱聚会，人数众多，情绪热烈。清唱活动不仅有助于昆腔的普及，而且也推动了唱腔的演进，丰富了演唱的流派。乾隆时，扬州有刘鲁瞻、蒋铁琴和沈笤湄三派，在苏州则有名曲家叶堂和他的弟子钮时玉。叶堂整理校订的《纳书楹曲谱》盛行于世，所创叶派唱法也成为后代清唱曲家习曲的标准。
虽然在晚清昆剧日趋凋敝，清曲家结社习曲之风习仍在苏、沪和北京等地流行。曲社往往聘请昆剧演员或著名笛师为“拍先”(拍曲子先生)。如邱炳兰、殷溎深、关松、沈月泉等都是晚清以来的著名曲师。曲社聚会时除坐唱不化妆外，其他唱白谐诨、鼓点锣段均与登台演出无甚区别。其中谨守叶堂一派唱法的正统清曲家仍代有传人，如道光、咸丰年间有韩华卿，其弟子俞粟庐师承叶派而又精益求精，对昆腔的流传，有一定的贡献。这些清曲家还不时登台演出，时称“清客串”。如徐凌云、俞振飞等都能登台演出，成为著名的昆剧艺术家。
昆曲剧目共计保留了来源于南戏、传奇作品和少量元杂剧的400多出折子戏。《琵琶记》《荆钗记》《拜月亭记》《牡丹亭》《长生殿》等，都有全谱或接近全本的工尺谱。
现存辑录折子戏的曲谱有《纳书楹曲谱》《遏云阁曲谱》《六也曲谱》《昆曲大全》《集成曲谱》《与众曲谱》《粟庐曲谱》等。《审音鉴古录》是较早的身段谱。演出较多的剧目约有100出，如《南西厢记》中的《跳墙着棋》《寄柬》《佳期》《拷红》，《宝剑记》中的《夜奔》，《浣纱记》中的《寄子》《采莲》，《鸣凤记》中的《吃茶》《写本》，《牡丹亭》中的《游园》《惊梦》《拾画》《叫画》，《狮吼记》中的《梳妆》《跪池》，《玉簪记》中的《琴挑》《秋江》，《燕子笺》中的《狗洞》，《渔家乐》中的《藏舟》《刺梁》，《天下乐》中的《嫁妹》，《长生殿》中的《定情》《絮阁》《惊变》《哭像》《闻铃》，《目连救母》中的《思凡》《下山》，《烂柯山》中的《痴梦》，《白蛇传》中的《盗草》《水斗》《断桥》，以及来自北杂剧《单刀会》中的《训子》《刀会》，《东窗事犯》中的《扫秦》，《四声猿》中的《骂曹》，《西游记》中的《借扇》等。
昆剧的音乐、表演艺术，在继承前代戏曲艺术成就的基础上，推陈出新，流布南北，对现代全国大部分声腔剧种都有过深刻的影响，为其他声腔剧种借鉴提供了极为丰富的内容。例如越剧的表演就受昆剧很大的影响；京剧各类角色的性格唱法，也是在昆剧奠定的基础上发展起来的。此外，昆剧的曲调乃至成出的戏都大量被吸收入京剧和不少地方剧种中。很多演员如当代著名的戏剧艺术家梅兰芳、程砚秋就把昆剧的唱、演技巧作为加强基础训练、提高演唱水平的一个重要方法。所以昆剧作为一种独立的剧种固然衰微已久，而其艺术生命实际上远远没有终结。此外，川剧、湘剧、婺剧、祁剧、赣剧、桂剧、柳子戏和广东正字戏等剧种中都仍然保留着昆剧的部分剧目、声腔和曲牌。
新中国成立后，老一辈的著名演员得以发挥其才艺，浙江、江苏、北京、上海、湖南先后成立昆剧院（团）；多次举办昆曲会演交流经验，扶植其恢复发展；还采取戏校开班、剧团培养、举办学馆等方式培育新人，如江苏的张继青、林继凡，上海的华文猗、计镇华、岳美缇、蔡正仁，北京的李淑君、侯少奎、洪雪飞，浙江的汪世瑜、沈世华，湖南湘昆的雷子文等都是出色的演员。其中浙江省于1956年改编演出的《十五贯》，取得显著成绩，为昆剧艺术的革新发展作出了一定的贡献。
此外，昆剧还尝试编演了现代戏《红霞》《琼花》《活捉罗根元》等，探寻新的发展道路。《十五贯》《西园记》已摄制成影片。
早在20世纪20年代，梅兰芳、韩世昌先后访问日本，30年代梅兰芳访问美国、前苏联，演出昆剧《思凡》《游园》《惊梦》《断桥》等剧目，获得各国观众的好评。至今，昆腔清唱在一些海外华侨聚居区仍有爱好者歌唱传习。
