由于苏格拉底不断地向人们发问，迫使一个个自以为是的人承认自己无知，最终给自己带来了厄运。他的敌人们共同密谋反对他，控告他传播错误的学说、不敬神和腐化青年。他们把他送上来法庭，希望迫使他卑躬屈膝承认自己犯了错。
但苏格拉底却并没有屈服，在法庭上，他为自己做了辩护。在他看来，他的错误不是传播了错误的学说，而是不够厚颜去迎合他人，因此得罪了许多人。他坚持自己的立场，不肯承认自己有德行上的错误，相反他认为雅典应当给与他各种便利帮助他研究哲学。这些言论激怒了陪审团，他被以280票对200票判处死刑。
苏格拉底的朋友们试图救走他。他们买通了狱卒，为他制定了周密的逃走计划，只要他愿意，他就可以带着家眷远走他乡。但是令所有人都吃惊的是，苏格拉底选择了拒绝。他说：“我一生都致力于城邦的法律维护，如果我现在选择违背法律的方式逃亡，岂不是对自己一生的嘲弄吗？”
死前，他还在与朋友进行哲学讨论。他是饮毒酒死去的，当他端起酒杯一饮而尽之前，他对他的朋友说：“分手的时候到了，我将死，你们活下来，哪一条路更好，惟有神知道。”说完，一口喝干了毒酒。毒酒的作用渐渐发挥，他躺了下来，神志开始混乱，对身边的朋友留下的最后一句话是，“克力同，我欠了阿斯克勒庇俄斯一只鸡，记得替我还上这笔债。”
苏格拉底的死被人们看做为了真理而进行的殉难，而对他的判决也被视为民主制的悲哀。
