袁世凯窃夺中华民国临时大总统职位后，在内政方面面临的最大困难是财政问题。为了“统一政令”、“统一军令”，铲除异己，镇压人民，维系北洋军阀独裁政权，迫切需要向帝国主义贷款。帝国主义也急需在中国物色贷款对象，以便通过贷款保持它们控制中国财政和操纵中国经济命脉的既得利权。1912年唐绍仪内阁时期，英、美、法、德四国银行团操纵对中国借款，不久俄、日两国又加入，变成六国银行团。六国银行团对袁世凯政府提出十分苛刻的贷款条件，唐绍仪和财长熊希龄未予承认。熊下台后，周学熙继任财长，周也不敢冒天下之大不韪，故与六国，银行团虽经多次谈判，却未能最后达成协议。1913年3月，美国由于与其他帝国主义发生矛盾声明退出六国银行团，故又变成五国银行团。美国打算靠其强大财力另外组成一个新银行团，以与五国银行团竞争，并鼓励该国银行向中国便宜投资，这使其它五国颇为恐慌。这本来是袁世凯政府冲破五国银行团封锁的一个良好机会，但恰在此时，“宋案”发生，袁世凯迫切需要筹集发动镇压国民党的反革命内战的经费，先于4月10日以扩充海军名义，向奥国秘密借款320万镑。又于4月26日，即江苏都督程德全、民政长应德阂公布宋案证据的同一天，指派国务总理赵秉钧、外交总长陆征祥、财政总长周学熙等，以“善后”为名，与英、法、德、日、俄五国银行团签订了《中国政府善后借款合同》21款。合同规定借款数目为2500万镑，年息5厘，九折售出债券，八四折实收，期限47年。借款的担保有三项：（1）中国盐务收入之全数；（2）关税中除应付款项（主指庚子赔款）外的余数；（3）直隶、山东、河南、江苏四省所指定之中央税款。对借款的用途也指定为仅能用于以下六项：（1）偿还已到期的各种债款，包括1912、1913年到期的庚子赔款、六国银行垫款、四国银行垫款、华比银行借款、五国银行团零星借款，共约570万镑。（2）赔偿各国因中国革命所受的损失200万镑。（3）赎回各省政府所欠五国旧债287万镑。（4）各省军队解散费300万镑。（5）1913年4～9月中央政府行政费及工事费550万镑。（6）全国盐务整顿费200余万镑。这次借款除了控制中国财政经济外，还附加政治性条件：（1）将来以盐税担保而借款，或与此款相同用途之借款，银行团有优先权。（2）在审计处设洋稽核员，凡关于借款款项之领款凭单须有洋稽核员会同签押，方能核准。（3）在盐务署内设稽核总所，由中国总办一员、洋员会办一员共同主管。各盐区设稽核分所，有华经理和洋协理各一人，共同担负征收存储盐务收入之责任。盐区之盐纳税后，须经华、洋经、协理会同签字后方能放行，盐务进款存于指定银行，非有稽核总所总、会办会同签字之凭据，不能提用。借款总数虽有2500万镑，但按八四折实收，只能收到2100万镑，其中又扣除赔款、借款和垫款及盐务整顿费共1270余万镑，实际到手的只有820万镑，不过是借款债面的40%。而47年利息即达42893597镑，本利共合67893597镑。帝国主义不仅通过这次借款获得巨大的经济利益，而且开了以政治借款操纵中国政局的先例。这次借款条件苛刻，使列强继海关之后，又控制了中国主要税收之一的盐税，中国政府提用盐税抵还外债后的余额都必须经过银行团的核准。帝国主义通过对盐税的管理、对善后借款用途的稽核、对审计工作的干预，而监督和控制中国的财政；又通过监督和控制中国财政而操纵中国政局，使北洋政府成为其得心应手的工具。
这次借款不但丧失利权，而且违法。自民国成立以来，政府所有对外借款均须经参议院审议通过方能生效，而这次借款却未经国会正式通过而径行签字，仅在签字后“咨国会请备案”，故此引起国民党议员大哗。参议院议长、国民党人张继，副议长、国民党人王正廷在签约之前一日得到消息，即以议长资格赴总统府求见袁世凯，意欲阻止大借款签字，袁托故不见。26日，黄兴发表通电，指出未经国会承认而擅行借款是违法行径，并警告袁世凯，“非得人民代表之画诺”而径行签字，“则人心瓦解，大局动摇，乃意计中事”。与此同时，孙中山、胡汉民分别到上海、香港汇丰银行，要求电阻银行团签字。孙中山并通电各国银行团，表示反对违法的善后借款。但这一切努力均未能阻止住善后大借款之成立。袁世凯政府采取欺骗手段，于26日深夜至27日凌晨秘密进入北京汇丰银行完成签字仪式。借款成立后，张继、王正廷又以议长名义通电全国，愤怒谴责袁政府违法借款的行径。通电指出：“政府如此专横，前之参议院既屡被摧残，今之国会又遭其蹂躏，不有国会，何言共和？继等惟有抵死力争，誓不承认。”在国会中也展开激烈斗争，国民党占优势的参议院情绪沸腾，由汤漪领衔就借款问题提出质问。29日，袁政府仅以一纸咨文答复参议院，说是此项借款大纲曾于去年12月为参议院所通过，故以借款合同全文咨请查照备案，不须交付国会讨论。实则是1912年9月17日和12月27日财长周学熙曾向临时参议院报告大借款的条件及接洽的大致情形，当时参议院未表示不同意见，但彼时周学熙所作报告仅出以“说帖”形式，并非政府的正式咨文，参议院也未形成任何形式的正式决议，大借款签字更非参议院所知。故参议院接到袁政府答复咨文后愤慨异常，当即作出议决：“对于政府所定中国政府善后借款合同，认为未经临时参议院议决，违法签字，当然无效。”5月5日，众议院讨论大借款案，当日代理总理段祺瑞出席议会，答复议员质问。段在议员据理诘责之下，也不得不承认“政府对于此次借款案手续实欠妥协”，但又声称，政府“宁愿担错误之责任，不愿陷国家于破产之地位”，要求议员“曲为原谅”。
国民党议员谷钟秀发表演说，愤怒谴责袁政府违法行径，并动议：“政府违法签约借款，咨谓查照备案，本院决不承认。”这一动议获得众议院通过。但事后共和党议员又企图翻案，以致在5月7日的众议院会议上发生国民党和共和党议员的激烈争执，会场大乱，几乎酿成武斗。8日，袁世凯政府又向参、众两院发出咨文，以列强逼债相威胁，要求两院承认大借款。正在商谈合并的共和、民主、统一三党联合起来与国民党作对，致使善后借款案在国会被搁浅。在社会上，革命党人和舆论界也纷纷口诛笔伐，谴责袁政府违法借款。黄兴和南方国民党掌握的安徽、江西、湖南、广东四省都督柏文蔚、李烈钧、谭延堃、胡汉民以及各省议会也纷纷联电抗争，指斥袁政府“私借巨款”，“弁髦议会”，“以前清专暴所未敢出者，竟见诸民国之政府”。“凡有血气，孰不发指毗裂！”孙中山在借款成立以后，再次与汇丰银行交涉，要求停止向袁政府交款，同时向欧洲各国政府、议会发出呼吁：“（袁政府）一旦巨款到手，势必促成悲惨之战争……奉恳各国政府人民设法禁阻银行团，俾不得以巨款借给北京政府”，要求其取消对袁政府的借款合同。6月，国民党党部发表反对借款的宣言，驳斥了袁世凯所谓大借款已于去年12月获参议院通过的谰言，表示“但使共和制度一日尚存，则一日不能承认此违法签约之借款”。一时借款案成为激荡南、北风潮的重大事件之一。袁世凯因有重兵在握，又有列强撑腰打气，已决心发动内战消灭国民党，故对这次事件态度极为强硬，一方面亲自出马发表通电进行弹压，指斥国民党反对借款是“包藏祸心，思借端煽惑，倾陷我四万万人民共有之民国”；并对反对借款的皖、赣、湘、粤四省都督下令严加申斥，指斥他们反对善后借款是“上无道揆，下无法守”，是“惟恐国之不亡，亡之不速”，又威胁说，都督是现役军官，“有绝对服从之必要”，今四省都督，“似此张皇宣告，荧惑人心，国事更将何赖？”企图用一纸申斥命令堵住四都督的嘴。另一方面又指使其军阀爪牙联合大骂国会反对借款是“不顾大体，无理取闹”，攻击国民党是唯恐世界不乱的“奸人”。进步党于5月底成立后，立即充当袁世凯的马前卒，指责国民党反对借款纯系一种“别有用心”的“手段”。5月30日，除国民党四督之外的17省都督和热河都统（当时共22行省）由黎元洪领衔致电国会，要求其放弃对袁世凯的斗争，批准善后大借款。就这样，一场反对袁世凯政府违法借款的政治风潮被平息了。然而此次风潮与“宋案”风潮一样，是资产阶级民主势力同袁世凯为首的封建军阀独裁势力政治斗争的反映，同时也是激起反袁的“二次革命”的导火线。当违法的善后借款终于得以实现，国民党看到一切“法律解决”的希望终成泡影之时，武装讨袁的方针也就不可逆转了。
