清晨，纽约上空的漩涡战机控制室。梦原希感到疼痛不己。见崎鸣走过来扶住梦原希。
见崎鸣慰问梦原希元首：“元首这是怎么了？”
梦原希不安的回答她道：“拉达曼迪斯他们在香港......失败了！”
见崎鸣大惊，不解为什么会这样。梦原希告诉她道：“那帮家伙似乎把那个人给请来了，而且他们也......”
梦原希之后在见崎鸣的扶持下勉强走到一个未知的房间，然后叫见崎鸣打开灯光，里面居然放着几颗洲际导弹！
见崎鸣求教梦原希元首道：“我们现在该怎么办？”
梦原希很干脆的回应她：“来不及了......我要提前结束这场纷争！”
同一时期，首尔市区，黑翼军团几乎不断对该城市发起攻击，离开毛利小五郎的灰原等人只得跑到一间仓库避难。
元太惊慌失措的说：“现在怎么办啊！整个地方到处都有他们的身影，我们没地方可逃了！”
光彦也紧张的说：“旅馆也被他们占领了，他们见谁就杀。”
步美担忧道：“没有柯南在，我们就真的进退两难了。”
步美三人都在害怕，灰原却表现得很镇静自若，她说：“怕什么？我相信总有一天黑翼军团会离开这里的。”
元太不理解灰原说的话，恐惧道：“这地方也不是久留之处。要不是光彦这个笨蛋突然想起要回去拿韩国明星的签名照，我们也用不着待在这受罪！”
光彦还在紧张的提醒元太：“还是先想想该怎么办吧！要不然等他们一进来，我们就死定了！”
步美无话可说，蹲在地上失声哭泣，灰原安慰步美就说：“还有一种办法能让黑翼军团看不见你们。”
步美三人不解，灰原就跟他们悄悄地说了几句话......
与此同时，五个光之美少女带着四个忍者神龟在首尔上空中向前飞去。
星空美幸问青木丽华道：“我们现在要做什么？”
青木丽华回应：“把所有的漩涡战机打下来，制止这场轰炸！”
米开朗基罗也问达芬奇：“那我们要干什么？”
达芬奇也回应：“我们和光之美少女分工，负责疏散城内的平民。”
拉斐尔激动的说：“我打了这么多年，终于有机会再打一次漂亮的仗了。”
绿川直有些焦虑道：“还是别高兴的太早，黑翼军团正在城内发起破坏，得在首尔彻底沦陷之前把他们一个个打败。”
黄濑弥生却有些恐惧的说：“他们也有我们对付不了的东西啊！”
多纳泰罗很有信心的说：“那我们得尽快护送所有市民离开，在一切太晚之前。”
星空美幸提议道：“下面的事就交给小乌龟们去做吧！你们都要保重。”
达芬奇随后也说：“我们在地面见！”然后光之美少女放开忍者神龟，忍者神龟在达芬奇的指引下拉开降落伞进行降落。之后光之美少女们便变身“Princess Form”开始往漩涡战机群飞去。
青木丽华首先召唤冰之剑将三架漩涡战机劈成两半，然后再使出“光之美少女美丽暴雪飞箭”将六架漩涡战机一次性炸毁。日野茜摧毁了多架赶来追杀的黑翼军团的普通战机后使出“光之美少女晴空火焰燃烧”摧毁了两架漩涡战机，最后和绿川直合力使出“光之美少女火焰射门”也将五架漩涡战机一次性炸毁。
这时，黄濑弥生飞了过来告诉四人：“又有大批战机朝我们这攻击了！”
星空美幸就说：“事不宜迟，我们来一次联合作战！”
于是五位光之美少女合力使出“光之美少女彩虹爆裂”将飞来的大批普通战机全部炸得粉碎，然后四人继续行动摧毁所有的漩涡战机。
另一方面，首尔街道上。四个忍者神龟正与地面上的黑翼军团部队激战，顷刻间把整条道路都弄得狼狈不堪。此时，一架暴风机甲出现在四人面前对着他们乱枪扫射，四人被迫边逃边闪。
米开朗基罗说：“消灭这里的敌军这得花上多少时间，也不知道光之美少女在上面处理得如何。”
拉斐尔便说：“管它会发生什么。我主要担心，那个大块头会把我们射成肉浆。”
达芬奇也说：“暴风机甲应该有个防御薄弱的地方，我会试试看能否破了它的系统。”
拉斐尔便对达芬奇拍肩说道：“拜托你了，兄弟！”
达芬奇一边躲闪暴风机甲的子弹一边直接冲过去用刀插进暴风机甲的右腿，在暴风机甲跪下后又跳上去持刀插中暴风机甲的头部将其的护甲掀开，最后通过多纳泰罗给自己的芯片插在暴风机甲上的插口使其受达芬奇的控制，在达芬奇的指示下暴风机甲调转枪头对准身后的黑翼军团部队射出加特林子弹将他们乱枪射死。死伤惨重的黑翼军团被迫往后撤退，三个忍者神龟走到达芬奇操纵的暴风机甲身边。
米开朗基罗赞叹达芬奇道：“达芬奇你真厉害，连这东西你都能控制得下。”
达芬奇提醒他：“先不要高兴的太早，眼下还有很多难民还没来得及撤退。”
多纳泰罗也觉得达芬奇说的有道理，就激动的说道：“我们赶紧出发吧！”
于是四个忍者神龟再次行动试图救出更多的难民。
而在这边，奇犽和酷拉皮卡带领黑翼军团走进仓库搜捕剩余的难民。这时，酷拉皮卡发现灰原就在他们面前傻傻的站着。灰原一看到黑翼军团吓得往后逃跑想攀爬墙上从窗户逃出去。奇犽直接冲过去把她给抱住。突然，元太、光彦、步美三个人从黑翼军团身后跑过去离开了仓库大门。酷拉皮卡感知事情不妙，便留下了奇犽看好灰原，自己带领一部分黑翼军团从仓库大门追出去。
元太等人跑出外面，正巧看见了达芬奇、拉斐尔、多纳泰罗还有操纵暴风机甲的米开朗基罗。
元太惊恐的说：“这帮乌龟该不会又是黑翼军团的人吧！”
步美疑惑道：“应该不像。”
于是三人跑到忍者神龟面前。多纳泰罗感到困惑地问三人道：“你们这是要去哪？”
光彦向他们解释道：“我们中有一个人被抓住了，现在还在那求助呢！”
达芬奇回应他们：“我们会搞定的！”
米开朗基罗也自信的说：“包在我们身上吧！”
米开朗基罗操纵暴风机甲对付酷拉皮卡的黑翼军团，达芬奇等人冲上去干掉了少量的黑翼军团部队。忍无可忍的酷拉皮卡使用手指上的束缚之链让暴风机甲再次陷入瘫痪，然后再使用戒律之链破坏了暴风机甲。
酷拉皮卡对四个忍者神龟发出警告：“任何违背梦原希志向的人，都是死路一条！赶紧认输吧，这样也会对你们很好。”
达芬奇也警告他：“这不是认不认输的问题。梦原希的志向，只是一辆尼罗帝国牌的坦克在千万人尸体上越过。我们忍者神龟不会屈服于无情的独裁者脚下。”
酷拉皮卡就愤愤不平的说：“我已经警告过你们了。”
酷拉皮卡发红眼要杀掉忍者神龟，忍者神龟们只得与酷拉皮卡交战。一番激烈的惨战，酷拉皮卡最后耗尽了能力被打败。
多纳泰罗感到为他遗憾的说：“真是很现实。”
达芬奇提醒他：“不要太急，我们快进去救人吧！”
首尔上空，五位光之美少女继续摧毁所有轰炸首尔的漩涡战机。星空美幸使出“光之美少女快乐洗礼闪耀”摧毁了10架漩涡战机，黄濑弥生和青木丽华合力使出“光之美少女雷电暴雪”摧毁了8架漩涡战机。短短几个战斗，几乎只剩下6架漩涡战机还在不停的轰炸，并且做出了很多防备抵御光之美少女的攻击。
黄濑弥生觉得紧张道：“我们这样耗下去首尔就彻底完了。”
日野茜无可奈何的说：“我们就没有一招完全一次性摧毁它们的办法了吗？”
青木丽华感到困惑的提议：“我们或许再试试那招。”
绿川直觉得这招可能很危险就说：“可那样会消耗太多的体力的。”
青木丽华便说：“再怎么想也已经来不及了。虽然的确太过危险了，但眼下只有这样才能让这场战事快速结束。为了下面的难民着想，也只有再试试看。”
星空美幸觉得青木丽华说的很有道理，也说：“只有牺牲我们的全部，才能让这一切彻底结束。没时间多想了，让我们经历这场痛苦吧！”
于是五位光之美少女合力使出“光之美少女皇家彩虹爆裂”使6架漩涡战机彻底毁灭。之后不久，五位光之美少女因耗尽太多的能量被迫降落在街道上变了回来。
黄濑弥生惊恐的说：“我们的能量消失了？”
绿川直感叹道：“现实实在是太残酷了，到最后我们还是......”
星空美幸觉得疑惑道：“也不知道达芬奇那边怎么样了？”
四个忍者神龟走进仓库，干掉了来阻挡他们的黑翼军团士兵后发现奇犽就在二层栏杆后边抓着灰原看着他们。
奇犽骄傲的说：“真没想到你们还是到这来了。”
拉斐尔愤怒的说：“少废话！你到底放不放人？”
奇犽就说：“别急啊！我手里也有你们不可能应付的结果。我很高兴你们能杀到这里，但是今天你们都没有好运！”
米开朗基罗也表示愤怒道：“难道你那边就有好运吗？你要是敢碰她一根毫毛......”
达芬奇打断米开朗基罗的话，回应他：“我们都是因为命运一起出现在这里。现在你的部队正在溃败，你知道你也在劫难逃了。”
奇犽还是不肯屈服的说：“我才不管外面会发生什么。只要我有把柄在手，是不会轻易输掉的。”
多纳泰罗不解的问他：“你如何证明？难道梦原希还有什么大计划吗？”
奇犽便告诉陷入疑惑的忍者神龟们道：“不到一个月，这个世界都将被火海吞没。而你们，也会灭亡！”
忍者神龟们这才大吃一惊！多纳泰罗再次问他：“难道你们要把这个世界毁灭掉吗？”
奇犽说：“战争没有胜利者，只有失败者。这是个弱肉强食的世界。要想改变它，就得把火药桶点燃。”
达芬奇气愤道：“你不人道！”
拉斐尔也怒诉奇犽：“你太过分了！”
奇犽接着又说：“斗争的地方没有什么过分不过分的。既然来了，那在你们面前的是万劫不复的深渊！但在这之前，你们就在我的嘲笑中死去吧！”
“真的那么如此吗？”灰原突然随手扔几颗烟雾弹使奇犽慌忙手乱。灰原趁机跳过去，走到米开朗基罗后边。保持镇静的奇犽嘲讽灰原道：“你个傻丫头！你的烟雾弹对我是起不了作用的！”
灰原解释道：“这不是烟雾弹。”
然后奇犽突然间昏死过去了。昏倒前对灰原说道：“你好狠......”
之后不久，元太等人想进仓库找灰原，却看见忍者神龟们带着灰原以及被捆绑的奇犽走出了。步美喜极而泣的走过来抱住灰原，元太和光彦顿时松了一口气。
米开朗基罗放松心情道：“以后我真的不能小看女人，刚才那一幕可真把我吓得怕怕的。”
多纳泰罗安慰道：“至少我们已经把人给救了，我们在首尔的事也算是完成了。”
这时，星空美幸等五位光之美少女赶了过来。星空美幸问他们：“你们不要紧吧？”
达芬奇对星空美幸说：“你放心，这得托那位小姐的福。她那行为让我亲眼见识到，什么样的女人最不能惹。”
达芬奇腰上的乌龟手机传来斯普林特的通话，说：“你们经受了这次的考验，真的干得非常不错。”
达芬奇很高兴的说：“这都赖您老师的教导有方，我算是记住了不管我们会变成什么样，终究会改变世界的原理。”
手机上的斯普林特还说：“那个奇犽招了没有？”
达芬奇便充满一脸忧虑的用手机对着被捆绑在地上的奇犽说道：“恐怕我们有麻烦了，老师。”
