关于天启大爆炸的原因，有下列几种推测——
地震灾难说。
据史料记载，京畿仅明代就大小震百余起。
官方未明确此灾为地震所致，灾变前后如“大震一声”、“殿震”、“震撼天地”、“时息地震”、“震后”等种种迹象虽与地震均有诸多相符之处，但是在离震灾中心较近的建筑真如寺、承恩寺等均未受到多大破坏，这种情况是举世未见的；
再者蘑菇状烟云也不是地震出现的现象；
又如“不论男女，尽皆裸体”、“寸丝不挂”、“褫衣物”的现象，也不是地震的后果；至于灾变中产生的巨大冲击波，在地震史上也少有先例。
所以是否存在“地震”还有争议。
首先，缺乏明史支持。
天启六年五月初六那天，如京城确有地震，钦天监及内外观象台一定要报告，否则会承担隐漏之罪，而且官方文书也无京师地震的记载。
其次，缺乏确凿证据。“巨声带来了地面轻微震动”，用“蓟门地震”记载证明京城地震的做法，实在是不妥。试想连百里外的“蓟门”的地震都有史载，京师这么大的“地震”更不可能没有留下记载。
陨石灾难说。
文献中“但见飙光一道，内有大光”，“烟尘障空，白昼晦冥”等记载与现今科学证实了的陨石坠落时会出现的情况很吻合。
而且当陨石坠地时会发出巨大的震动、声响，这与记载中的“有声如吼”也一致。
不过“陨石说”又难以解释爆炸发生之前出现的那些情况，以及为什么会将几吨重的大石狮子抛到数里之外。对于陨石坠落这样一件大事，在历来重视天文观测的中国，有专门的天文水利观测记录中却点滴未见，很难解释得通。
龙卷风灾难说。
龙卷风是一种小范围的强烈旋风，寿命短，属于小尺度对流性天气系统。因此，龙卷风的发生必须具备对流性天气发生的条件。
龙卷风具有很大的破坏力，所经之处，树木、房屋、农作物等都可能被席卷一空，撕得粉碎。但震后有人入京报告，西山飘来大量衣服挂于树梢，随风飘扬。昌平州教场中衣服成堆，器皿、首饰、银钱也落得满地都是。
选择性地转移物品，没有人感觉到风的存在，说明灾难当时没有发生龙卷风或飓风。
火药焚爆说。
对于这次巨大灾变，明末清初的志、史书中多认为起因是“王恭厂灾”，意为皇家部队的火药库爆炸引起的。
王恭厂明中叶一度制造过火药。
古代制造火药系为兵卒释放作为联络信号，部队战斗力靠大刀、长予等“十八般”武器，并非靠炸弹。
王恭厂，名不符实，只是几个四合院驻有士兵，其规模比不上现代中国乡、镇办的鞭炮厂大。
即使是四合院内火药成堆，但中国古时的黑色炸药威力很小，就算全部点着，也不过将四合院以及周围的房屋烧光、焚为平地而已，绝不会死伤数千数万人。
特别是当时的司礼太监若愚明确记叙“王恭厂”是负责管营建的皇家部队后勤部。有钱、粮草、马匹是真的，也不排除有储备火药的库房，所以将都城灾变一起推给王恭厂爆炸是错误的。
当然，王恭厂也在爆炸范围内，居住附近的百姓说王恭厂有铁砂纷纷飞散，但这是在“蘑菇”云、“灵芝”云落地之后，冲击波摧毁了小火药储蓄室必然的结果，绝非王恭厂失火引起的灾变。
况且史、志各书如实记载这次灾变“不焚寸木”、“焚燎之迹全无”，也完全证明王恭厂是灾变的受害者，根本不是灾变的罪魁祸首。
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“你……想到什么了？”燕赤霞看着呆滞的周大军问道。
“京城西南……爆炸……脱衣……王恭厂……”周大军喃喃道：“这个地方……这个地方！不就是我们……”
“是什么？——”
“啊？！”周大军猛然抬头道：“您的意思是说……这场与魔珠有关？！”
“对！你终于看出来了——”燕赤霞道。
“这怎么可能？这怎么可能？”周大军冷汗都出来了。
“还是那句话——”燕赤霞道：“这个世界上没有偶然，只有必然！”
“必然？这么多巧合？这么离奇？”周大军道：“怎么会是必然？”
“我先问你——”燕赤霞道：“网上文章看了这么多，你看出事件的真相了吗？”
“没啊……”周大军道：“说什么的都有。”
“对！——”燕赤霞饮酒道：“这起事件，至今没有探明真相，原因就是——真相不止一个！”
“真相不止一个？”周大军抬头道：“啥意思？”
“你看，网上说原因可能有：地震灾难说、陨石灾难说、龙卷风灾难说、火药焚爆说……等等近十种，可是你有没有想过——”燕赤霞盯着周大军，一字一顿道：“这、些、都、是、真、相！”
“都是真相？！”周大军瞪大眼睛：“您是说——那天在京城西南，同时发生了地震、陨石、龙卷风、火药爆炸……等等？”
“对。”
“那怎么可能？”周大军叫道：“怎么会有一个地方这么背！同时发生这些灾难？”
“这个地方，怎么说呢——”燕赤霞犹豫一下，道：“这个事件，用你们的话来说，可能叫‘时空节点’，用我们修真之人的话说，这叫‘变易点’。”
“变易点？我这还真不知道……”周大军嘀咕：“我只知道便宜坊……”
“变易点！”燕赤霞道：“在此神州大地，至少存在九九八十一个变易点，这是其中一个！”
“九九八十一？”周大军头又晕了：“啥叫变易点啊，我还没明白呢！”
“变易点突出的就是个‘易’字——”燕赤霞道：“也可以先理解成这件事是个‘谜’，具体成因不详——比如你刚才说，怎么可能在一个地方，同时发生这些灾害呢？这就是谜。”
“对啊！为什么呢？”
“因为有些灾难！”燕赤霞盯住周大军道：“不是当时发生的……”
“您是说？”周大军惊得站起身来：“您是说，有些是后人移过去的灾难？！”
