中苏两党与两国之间的矛盾从来都是既有原则的分歧，又有利益的争端。中苏关系中的矛盾从主要方面看，是控制与反控制的斗争。反映在双方外交事务中的利害冲突以及前苏联对中国内部事务的干预，使中苏关系全面陷入僵局。
1958年在中苏之间发生了有损中国主权的长波电台和共同舰队事件，以后在台湾海峡危机和1959年的中印边界武装冲突中，前苏联指责中国，这加剧了中苏之间的分歧。
1958年4月，前苏联国防部长马利诺夫斯基致函中国国防部长彭德怀，建议由中苏共同建设一座长波电台，其中大部分资金由前苏联承担，建成后两国共同使用，企图在电台的主权上做文章。6月，中国给予明确答复，表示不同意前苏联建议。中国主张由前苏联给中国以贷款和技术援助，建台的一切费用均由中国承担，电台主权属于中国，中苏共同使用。为此，毛泽东后来在会见前苏联驻华大使尤金时反复强调：在军事上搞“合作社”是不适当的。这个问题最终不了了之。不久，前苏联利用中国要求苏方在海军建设方面给予新的技术援助的机会，又提出无理要求。同年7月，前苏联驻华大使尤金在会见毛泽东主席时，转达了苏共中央关于“中苏建立一支共同潜艇舰队”的建议。毛泽东认为，同合资建立长波电台一样，建立共同潜艇舰队也是涉及中国主权的政治问题。他表示：首先要明确方针，是我们办，你们帮助；还是只能合办，不合办你们就不给帮助。“要讲政治条件，连半个指头都不行”。中国主动撤销了关于前苏联为中国新型海军舰艇提供技术援助的要求，并明确拒绝了前苏联的这个建议。
7月底和8月初，赫鲁晓夫在访华期间就这两个事件进行了掩饰和辩解，推托说，合资建设长波电台的建议是由马利诺夫斯基提出的，并未经过苏共中央的讨论。至于建立共同舰队的事件，则是由于尤金传达错误而造成的误会。长波电台和共同舰队事件，暴露了前苏联要控制中国的野心，也显示了中国独立自主、捍卫主权的决心。
从50年代后期开始，中苏双方在对美政策上矛盾越来越大，成为两国国际战略分歧的主要内容。由于中美长期处于敌对状态，反对美国威胁一直是中国安全战略和外交政策的核心，而赫鲁晓夫上台后，加紧推行“美苏合作，主宰世界”的路线，力图将中国外交纳入其全球战略轨道。中苏两国国际战略的分歧与对立，很大程度上体现了双方国家利益的根本冲突。
1958年8月，中国人民解放军炮轰金门、马祖，第二次台湾海峡危机爆发，中美关系急剧恶化，处于一触即发的“战争边缘”状态。前苏联不顾危机的来龙去脉和是非曲直，对此深表不安和不满，唯恐小型战争、局部战争会“迅速蔓延为世界大战”，从而使“美苏合作，主宰世界”的蓝图化为泡影。于是在民族利己主义的支配下，前苏联于1959年6月单方面撕毁了中苏国防新技术协定，拒绝向中国提供原子弹样品及其生产技术资料，以此向中国施加压力。同年8月，正值赫鲁晓夫访美前夕，中印边境爆发武装冲突。前苏联为了迎合美国的立场，确保美苏最高首脑会议的顺利进行，竟不顾事实真相以及中国方面的多次解释和劝阻，于9月9日发表塔斯社声明，声称对这一“令人痛心”的事件持中立态度，并谴责“某些政治集团和西方国家的新闻界”企图“阻碍国际紧张形势的缓和”，在赫鲁晓夫访美前夕“使形势复杂化”。9月13日，苏印签订了前苏联为印度第三个五年计划提供3.75亿美元贷款的协定，比原定的援助额增加了一倍。前苏联这些孤立中国、偏袒印度的做法不仅背离了中苏友好同盟互助条约，而且把中苏分歧公开暴露在全世界面前。这种釜底抽薪的做法严重损害了中国国家利益。
中苏两党的分歧，经过一段若隐若现的发展，于1960年布加勒斯特会议前后完全公开化。这种分歧的根本原因在于前苏联无理地要求中国的内外政策服从其利益需要，甚至不惜以牺牲中国的主权为代价；而中国党和政府则坚持独立自主，坚决维护其国家主权和民族利益。这就使得中苏关系几乎完全丧失了回旋和妥协的余地，而最终走向冲突与对抗。
1960年2月，华沙条约成员国会议宣言指出：“当代国际生活的主要问题是，能否完全避免新战争的威胁，在目前条件下新战争会导致亿万人的死亡和整个国家的毁灭。”作为观察员列席会议的中国代表明确表示不同意大会宣言的这种说法。同年4月，《红旗》杂志和《人民日报》编辑部联合发表题为《列宁主义万岁》的文章，指出：“帝国主义战争会给各国人民带来巨大的牺牲”，但是胜利的人民“在帝国主义死亡的废墟上，将会以极迅速的步伐创造出比资本主义制度高千百倍的文明，创造出自己真正美好的将来”。显然，中苏两党在战争与和平一系列重大问题上的观点是尖锐对立的。
1960年6月，51个国家的共产党和工人党代表参加罗马尼亚工人党“三大”。赫鲁晓夫以突然袭击的方式，对中国共产党进行了全面攻击。在会议前夕，苏共散发了《苏共致中共的通知书》，全面攻击中共。在会议中，赫鲁晓夫带头组织对中共的围攻。他攻击中共“要发动战争”，宣称不能把核武器交给中国，指责中共是国际共运中的“宗派主义”，是“假革命”，甚至说不听苏共的话“还叫什么共产党”，并威胁说：中苏两党必须一致，否则苏共就把分歧公开，企图以此孤立和压服中共。以彭真为团长的中共代表团同苏共领导开展了针锋相对的斗争。6月26日，中共代表团散发了书面声明，以严厉的措辞点名批判了赫鲁晓夫，明确指出中共在马列主义一系列基本原则上与赫鲁晓夫存在根本分歧，指责赫鲁晓夫破坏协商一致原则，在国际共产主义运动中开了恶劣的先例。
中苏两党关系的公开破裂，导致两国关系的急剧恶化。布加勒斯特会议后，前苏联便采取了一系列恶化中苏关系的严重步骤。7月16日，前苏联突然照会中国政府，片面决定召回在华的所有前苏联专家。7月25日，前苏联不等中方答复又发出通知：自7月28日至9月1日，撤回全部在华专家，并中止派遣按协议应来华工作的900多名专家。7月31日，中方复照苏方，表示愿意挽留在华工作尚未期满的全部前苏联专家继续按原定聘期在中国工作，希望前苏联政府重新考虑并改变召回专家的决定。但苏方一意孤行，在短短一个月内撤走了在中国16个城市、200多个单位担负重要任务的1390多名前苏联专家，撕毁了两国政府签订的12项协定和两国科学院签订的1项约定书以及343个专家合同与合同补充书，废除了257个科学技术合作项目。与此同时，苏方还片面撕毁了中苏双方分别出版和互惠发行的《友好》周刊和《苏中友好》杂志的协议，无理要求中方召回驻苏使馆的1名工作人员，并在新疆博孜艾格尔山口地区挑起边界纠纷。
前苏联撤走援华专家并撕毁经济技术合作协议等一系列蓄意恶化中苏关系的行为，旨在对中国施加压力，进行控制，乃至整垮中国。这不仅使中国蒙受了巨大的经济损失，也极大地伤害了中国人民的民族感情，给中苏关系造成了难以弥合的创伤。中国共产党和中国政府在强大压力面前保持了独立自主的品格和自力更生的精神。1960年9月10日，中共中央在答复6月21日《苏共致中共的通知书》的信中再次阐明了自己在一系列重大原则问题上的观点，驳斥苏共的攻击。同时，中共中央总书记邓小平在中苏两党高级会谈中指出：中国共产党永远不会接受父子党和父子国的关系。你们撤退专家使我们蒙受了损失，给我们造成了困难……中国人民准备吞下这个损失，决心用自己双手的劳动来弥补这个损失，建设自己的国家。中国方面还向苏共提出解决分歧实现团结的建议。
1960年11月，根据布加勒斯特会议的协议，81国共产党和工人党会议在莫斯科召开。苏共领导不顾中共代表团消除分歧、加强团结的愿望，在会议前夕向各国党的代表团散发了一封粗暴攻击中国共产党的长达6万字的信件（《苏共中央对中共中央9月10日信件的答复》），并在会上带头组织对中共代表团的围攻，企图压服中共代表团接受苏共的路线和观点。经过多方艰苦努力，会议勉强通过了《莫斯科声明》。中苏分歧非但未能消除，反而继续发展了。
1961年10月，苏共二十二大在莫斯科召开，周恩来率中共代表团列席了会议。二十二大再次强调反对个人崇拜，掀起了批判斯大林的又一次高潮，并谴责了马林科夫、卡冈诺维奇、莫洛托夫等为首的“反党集团”。会议结束前，苏共通过决议将斯大林遗体迁出列宁斯大林墓。中共代表团对苏共这一做法很不赞成。为了表明自己的立场，中共代表团抵达莫斯科后即向列宁斯大林墓敬献了花圈，在献给斯大林的花圈的缎带上写着：“献给伟大的马克思主义者斯大林同志”。赫鲁晓夫等苏共领导人对此深为不悦。
苏共二十二大又一次掀起了分裂社会主义阵营和国际共产主义运动的浪潮。赫鲁晓夫在总结报告中公然攻击应邀参加大会的阿尔巴尼亚劳动党，把国际共产主义运动中的内部争论公诸于世，开创了一国共产党在自己的代表大会上攻击另一国共产党的恶劣先例。中共代表团同苏共在阿尔巴尼亚问题上发生了严重分歧，中共明确站在阿劳动党一边，抵制了苏共压制、孤立阿党的沙文主义行为。周恩来在致辞中严正指出：“我们认为兄弟党、兄弟国之间，如果不幸发生了争执和分歧，应该本着无产阶级国际主义的精神、平等和协商一致的原则，耐心地加以解决，对任何一个兄弟党进行公开的片面的指责，是无助于团结，无助于问题的解决的。把兄弟党、兄弟国家之间的争执公开暴露在敌人的面前，不能认为是马克思列宁主义的郑重态度。这种态度，只能使亲者痛、仇者快。”在苏共的煽动下，一些代表团对周恩来的发言妄加指责。周恩来愤然退出大会，提前回国。
1962年，正值中国面临经济困难、美蒋不断骚扰中国大陆的时候，前苏联却乘机在我国新疆伊犁、塔城地区进行大规模颠覆活动，煽动和胁迫6万多中国公民越境跑到前苏联一边，严重威胁中国的国家安全和边境稳定。为此，中国政府于6月关闭了在新疆的所有前苏联领事馆。
60年代初，在中印边界冲突不断发生的情况下，苏印军事关系却密切起来。1961年4月，前苏联向印度出售了一批四引擎军用运输机和直升机等军用设备，部署在中印边界，对中国的主权和安全构成直接威胁。1962年10月，印度军队进一步入侵中国领土，中国人民解放军被迫进行自卫反击，并取得胜利。而前苏联却公然支持印度，在外交上为印度辩护，孤立中国。1962年12月，赫鲁晓夫在前苏联最高苏维埃会议上宣称，中印边境的争议地区，人烟稀少，对人的生活没有多大价值，而且印度也根本不想同中国打仗，公开指责中国自卫反击的正义行动。
伊犁叛乱和中印边界战争，使中国感觉到了来自前苏联的对中国国家安全和领土完整的直接或间接的威胁，中苏关系增加了更多敌对的成分。
